Zwei Kilometer unter dem Meeresspiegel erforscht die Mannschaft der seaQuest ein außergewöhnliches Phänomen: Vulkankrater bergen faszinierende Lebensformen. Doch plötzlich erkrankt Captain Bridgers Delfin Darwin. Der Grund scheinen Bakterien aus dem Vulkan zu sein, die offenbar auch für Menschen gefährlich werden können. Die Ärztin Dr. Westphalen versucht, das seaQuest-Team zu warnen, doch Bridgers hört den Funkspruch nicht.
Die seaQuest bekommt einen neuen Auftrag. Im Mittelmeer soll die Mannschaft um Captain Bridger ägyptische Schätze bergen. Tatsächlich stößt sie auf einen Flügel der versunkenen Bibliothek von Alexandria. Doch nicht nur die seaQuest zeigt Interesse an dem Fund. Auch verschiedene Anrainerstaaten beanspruchen ihn für sich. Bridger soll mit Hilfe russischer Parapsychgologen zwischen ihnen vermitteln, bevor die Lage eskaliert.
Das seaQuest-Team befindet sich auf einer Polarexpedition. Als Sicherheitsmann getarnt verschafft sich der Verbrecher Dr. Zellar Zugang zur seaQuest. Sein teuflischer Plan: Er droht, Captain Bridger und die gesamte Besatzung mit einem tödlichen Virus zu infizieren, wenn die seaQuest nicht einen Angriff auf die UEO unternimmt. Um sich und seine Crew zu retten, sieht Bridger keinen anderen Ausweg, als sich Zellar zunächst zu beugen.
Lieutenant Krieg hat von seinem letzten Unterwassertrip wertvolle Edelsteine mitgebracht. Das versetzt die Mannschaft in einen regelrechten Goldrausch. Alle wollen sich einen Teil des Schatzes sichern. Vor lauter Eifer schenkt niemand Kriegs Warnungen, in der Gegend gebe es gefährliche Seeungeheuer, Glauben. Doch dann greift eine der Kreaturen die seaQuest an. Unterdessen untersucht Dt. Westphalen die Steine und macht dabei eine schreckliche Entdeckung.
Die seaQuest-Besatzung stößt auf eine kleine Kolonie von Kindern, die sich in einer Munitionslagerhalle unter Wasser eingerichtet haben. Die dort gelagerten Waffen drohen das altersschwache Gebäude jeden Moment zu zerstören. Captain Bridger sieht keinen anderen Ausweg, als das Lager kontrolliert zu sprengen, bevor es explodiert und damit eine Katastrophe ausgelöst wird. Er versucht die Kinder dazu zu bewegen, das Lager zu verlassen. Doch eines weigert sich zu gehen.
In einer Forschungsstation macht Commander Ford einen grausamen Fund. Die gesamte Mannschaft scheint an einer mysteriösen Krankheit gestorben zu sein. Bald zeigen sich auch bei Ford erste Symptome der Erkrankung. Zur selben Zeit wird in der Nähe der Station eine abgestürzte Raumkapsel entdeckt. Der einzige Überlebende an Bord ist der Gentechniker Dr. Peché. Ford bittet ihn um Hilfe bei der Untersuchung der rätselhaften Krankheit.
Vor über hundert Jahren sank der Luxusdampfer King George unter rätselhaften Umständen. Captain Bridger will die genaue Ursache des Schiffsunglücks herausfinden und schickt ein Team in die Tiefe. Doch bei ihren Nachforschungen gerät die Crew in eine schier endlose Serie von mysteriösen und übernatürlichen Ereignissen.
Während eines Unwetters treibt ein U-Boot mit vielen Kindern an Bord aufs offene Meer hinaus. Der Kapitän ist tot und das Boot bleibt havariert auf dem Meeresgrund liegen. Captain Bridger und seine Mannschaft starten eine Rettungsaktion. Die Zeit drängt, denn der Sauerstoff an Bord wird allmählich knapp. Doch während der dramatischen Mission geraten Commander Ford, Dr. Westphalen und ihr Team selbst in Gefahr.
Das Klimakontrollsystem der seaQuest bricht zusammen, die Temperatur an Bord steigt bedrohlich. Allein Der Regulator, ein dubioser Wissenschaftler, kann bei der Reparatur helfen. Während seiner Visite auf dem U-Boot beobachtet er zufällig Lucas Experimente mit Delfinen und ist sofort fasziniert. Kurz nachdem er die seaQuest verlassen hat, ist ein Delfin spurlos verschwunden. Für Captain Bridger steht der Schuldige schnell fest und die Crew macht sich auf die Suche nach dem Forscher.
Ein verschlüsselter Hilferuf von Minenarbeitern erreicht die seaQuest. Lieutenant-Commander Katie Hitchcock reist daraufhin undercover zu der Goldmine auf dem Meeresgrund. Der Besitzer der Mine und seine Familie werden offenbar von Verbrechern gefangen gehalten und zum Goldabbau gezwungen. Doch bevor Hitchcock Verstärkung von Captain Bridger anfordern kann, wird sie entdeckt.
Captain Bridger ist alles andere als begeistert, als er den Auftrag erhält, mit der seaQuest eine Gruppe junger Computerhacker zu einer Unterwasserbasis zu bringen. Lucas dagegen, der ein Faible für alles Technische hat, ist über den Einsatz hoch erfreut. Als er am Stützpunkt auf sein Idol trifft, ist er zunächst von dem Computerexperten angetan. Doch nach und nach dämmert ihm, dass die Gruppe nichts Gutes im Schilde führt.
Die erste bemannte Marsmission kehrt zur Erde zurück. Doch beim Landeanflug kommt es zu technischen Komplikationen und das Shuttle stürzt in den Atlantik. Nur Captain Bridger und seine Crew von der seaQuest können die Astronauten jetzt noch retten. Doch der Präsident eines asiatischen Landes will die Rettungsaktion unter allen Umständen verhindern.
Aufgrund einer Notfallübung reduziert Captain Bridger die Besatzung der seaQuest. Es bleiben nur wenige Crewmitglieder zurück. Diese Gelegenheit nutzt Colonel Schraeder aus, um die seaQuest mit seiner Terrorgruppe zu überfallen. Das Ziel des fanatischen Umweltschützers: Er will mit Hilfe der in der seaQuest gespeicherten Daten alle Industrieanlagen und Atomkraftwerke weltweit lahmlegen.
Geologen haben es geschafft, mit Hilfe einer speziellen Boje Seebeben und Vulkaneruptionen exakt vorherzusagen. Als die Crew der seaQuest mit ihrem Shuttle zu der Boje fährt, wird ein Anschlag auf sie verübt. Die Mannschaft kann sich in letzter Sekunde auf eine Insel retten. Dort treffen sie auf eine Gruppe Schatzsucher. Unterdessen kündigen die Messdaten der Boje einen Vulkanausbruch auf dem Eiland an.
Der radikale Umweltaktivist Scully greift mit einem alten russischen U-Boot Walfangschiffe an. Walfang ist zwar illegal, trotzdem beauftragt das Pentagon Captain Bridger und seine Crew, Scullys Gewaltaktion mit der seaQuest zu stoppen. Bridger gerät durch den Auftrag in einen heftigen Gewissenskonflikt, denn persönlich kann er Scullys Motive durchaus verstehen.
Lucas und Hitchcock entwickeln ein völlig neuartiges Mini-U-Boot. Damit wollen sie einen Wettbewerb der UEO gewinnen, die nach einem schnellen Shuttle für die seaQuest sucht. Doch bei der Probefahrt mit dem neuen Stinger verunglückt Lucas und verliert das Bewusstsein. Als er wieder zu sich kommt, ist der Stinger spurlos verschwunden.
Der größenwahnsinnige Ex-Diktator Milos Tezlof entführt Dr. Westphalen. Er will sie dazu zwingen, seinen autistischen Sohn zu behandeln. Um die Wissenschaftlerin zu retten, verspricht Captain Bridger, den Jungen auf der seaQuest zu behandeln. Doch Tezlofs politische Feinde sind ihm bereits auf den Fersen und bedrohen die seaQuest mit Atomwaffen.
Die Crew der seaQuest erhält den Auftrag, General Andrea Dre zu einer UEO-Konferenz zu bringen. Während des Gipfeltreffens verschwinden unter mysteriösen Umständen alle anwesenden Regierungschefs. Captain Bridger will Ruhe bewahren, doch Dre ruft sofort den Ausnahmezustand aus. Als Bridger auf eigene Faust Nachforschungen anstellt, macht er eine unglaubliche Entdeckung.
In einer Tiefe von 10.000 Metern hat Ford eine unheimliche Begegnung: Eine junge Frau schwimmt ohne Tauchausrüstung an ihm vorbei. Zurück auf der seaQuest glaubt Captain Bridger an eine Sinnestäuschung und verordnet ihm Landurlaub. Doch die freien Tage kann Ford nicht genießen. An der Küste gleiten zwei Männer, ohne jedes Hilfsmittel, aus dem Wasser. Ford kann gerade noch einen Notruf absetzen, dann wird er in die Tiefe gezogen. Dort trifft er auf Abalon, der über ein bizarres Unterwasserreich herrscht.
Ein gewaltiges Seebeben ruft die Crew der seaQuest auf den Plan. Captain Bridger beschließt, mit dem Forschungs-U-Boot zum Zentrum des Bebens auf den Meeresgrund zu fahren. Plötzlich treten bei der Besatzung heftige Kopfschmerzen auf und auch Delfin Darwin legt ein sonderbares Verhalten an den Tag. Doch bevor Bridger der Sache auf den Grund gehen kann, taucht aus den Gesteinsschichten am Grund des Ozeans ein UFO auf.
Im Auftrag von Amazonien soll die seaQuest ein U-Boot mit Schmuggelware unter Beschuss nehmen. Doch zu Captain Bridgers Überraschung befinden sich an Bord keine Juwelen, sondern Kinder. Begleitet werden diese von Cynthia, der Tochter von Dr. Westphalen. Sie ist mit den Kleinen auf der Flucht, weil ihnen in ihrer Heimat wegen Hochverrats der Tod droht. Bridger gewährt den Kindern Asyl. Doch dadurch zieht er sich den Zorn von Amazoniens General Guzmano zu.
Lucas Vater, Dr. Wolenczak, hat eine bahnbrechende Erfindung gemacht. Mit seinem umweltfreundlichen Energiewerk auf dem Meeresgrund ist die gesamte Stromversorgung der Erde garantiert. Kurz nach dem Start des Projekts klafft plötzlich ein Riss im Meeresboden, durch den Magma austritt. Weitere Beben drohen das Kraftwerk zu zerstören. Captain Bridger sieht nur eine Chance, die Katastrophe abzuwenden: Er fährt mit der seaQuest direkt in die glühende Hölle.