Staffel 3

Mittlerweile sind zehn Jahre vergangen, seit die seaQuest bei ihrer Mission auf dem Planeten Hybrion verschwand. Plötzlich erscheinen an den verschiedensten Orten auf der Erde Mitglieder der alten Crew und schließlich wird auch das U-Boot gefunden. Die UEO bestimmt Oliver Hudson zum neuen Captain. Dieser steht auch gleich vor seinem ersten Einsatz. Er muss den tyrannischen Präsidenten Bourne stoppen, der alle Macht an sich reißen will.

Um sich das Trinkwasser-Monopol in der arabischen Welt zu sichern, lässt ein skrupelloser Unternehmer einen Eisberg vor die Küste im Nahen Osten schiffen. Damit riskiert er eine Naturkatastrophe. Captain Hudson und die Mannschaft der seaQuest sollen den Eiskoloss zerstören und so die Gefahr abwenden. Doch der Verbrecher hat seinen Plan abgesichert: Er hat Flüchtlingen auf dem Eisberg eine neue Heimat verschafft und diese sind nicht bereit, kampflos das Feld zu räumen.

In der Nähe der Unterwasserminen von Perseid verschwinden auf merkwürdige Weise mehrere Frachtschiffe. Auch von der Besatzung fehlt jede Spur. Captain Hudson und seine Crew sollen der Sache auf den Grund gehen. Vor Ort erwartet Hudson allerdings eine unangenehme Überraschung: Die Kolonie wird ausgerechnet von der Frau geleitet, die er einst vor dem Altar stehen ließ.

Lucas organisiert die Jungfernfahrt eines revolutionären Unterwasserzuges. Der Omni Pacific bewältigt mit bis zu 3000 Stundenkilometern in kürzester Zeit die Strecke von San Francisco nach Peking. Auch Henderson und Ford sind bei der Fahrt auf dem Meeresgrund dabei. Doch Lawrence Deon, Eigentümer eines Flugunternehmens, sieht durch den schnellen Zug sein Geschäft gefährdet. Er plant, die Fahrt zu sabotieren.

Ein Waffenlager des makronesischen Bündnisses wurde zerstört. Captain Hudson und seine Crew sollen herausfinden, wer hinter dem Anschlag steckt. Eine Spur führt sie zu Admiral Vanalden, der die Basis in Mariana leitet. Von dort aus wurden die Torpedos abgeschossen. Der hochdekorierte Offizier scheint völlig den Verstand verloren zu haben: Er nimmt Hudson, Lucas und Dagwood gefangen und zwingt sie, in einem Kampf auf Leben und Tod gegen seine Soldaten anzutreten.

Lieutenant Henderson will zwei Kindern aus dem makronesischen Gebiet retten, deren Eltern beim Schmuggeln von Medikamenten getötet wurden. Sie wird geschnappt und zum Tode verurteilt. Captain Hudson versucht sie durch einen Handel mit der makronesischen Regierung zu befreien. Doch Präsident Bourne hält sich nicht an die Vereinbarung. Hudson startet daraufhin eine Rettungsaktion.

Alles Leben im Meer ist vom Aussterben bedroht. Der Grund dafür sind Mutationen einer Mikroben-Art. Captain Hudson will sofort ein künstliches Enzym einsetzen, um die Mikroben zu stoppen. Captain Bridger jedoch warnt davor. Zu Recht, denn das Enzym hat unerwünschte Nebenwirkungen. Sogar einige Besatzungsmitglieder sind erkrankt und schweben in Lebensgefahr.

Der radikale Umweltaktivist Max Scully, der seinen Tod vorgetäuscht hatte, taucht wieder auf. Er wurde trotz seiner mörderischen Verbrechen von der Regierung begnadigt und soll nun in der Unterwasser-Kolonie Ökotopia leben. Captain Hudson soll Scully mit der seaQuest dorthin bringen. Doch Scully schmiedet wieder finstere Pläne: Er will die seaQuest in seine Gewalt bringen und alles Leben auf der Erde zerstören.

Captain Bridger darf noch einmal das Kommando der seaQuest übernehmen, um einer unangenehmen Angelegenheit auf Banaba Island nachzugehen. Die Insel liegt inzwischen in feindlichen, makronesischen Gewässern, deshalb muss die seaQuest unbemerkt dorthin gelangen. Bridger soll mit Hilfe von Dagwood geheime Unterlagen aus einem ehemaligen Forschungslabor bergen.

Die seaQuest gelangt durch eine Differenz im Raum-Zeit-Kontinuum zurück ins Jahr 1962 zur Zeit der Kuba-Krise. Mit Schrecken muss die Crew feststellen, dass der Konflikt zwischen den USA und der Sowjetunion eskaliert ist und die Erde durch einen Atomschlag völlig vernichtet wurde. Captain Hudson will wieter in die Vergangenheit reisen, um die Katastrophe doch noch zu verhindern.

Der skrupellose Regierungschef von Makronesien will das Gipfeltreffen seines Landes mit der UEO sabotieren und plant einen Anschlag auf Verhandlungsführer McGrath. Mit Hilfe des korrupten Arztes Dr. Slaussen will er einen Teilnehmer der Konferenz so manipulieren, dass dieser McGath tötet. Für Captain Hudson beginnt ein Wettlauf gegen die Zeit, um den ahnungslosen Attentäter zu finden.

Die seaQuest bringt eine Handelsdelegation zur Unterwasser-Strafkolonie Tartarus. Hier werden die Gefangenen wie Sklaven gehalten und müssen in einer gefährlichen Chemie-Fabrik arbeiten. Lieutenant Lonnie Henderson trifft in Tartarus auf ihre frühere große Liebe John Pardee, der dort angeblich unschuldig versklavt wurde. Lonnie versucht alles, um John zu befreien. Dabei zettelt sie unbeabsichtigt eine Revolte an.

Commander Kimura aus dem Kleinstaat Chaodai will zur UEO überlaufen. Sie bittet um politisches Asyl an Bord der seaQuest. Captain Hudson willigt ein. Doch Chaodai lässt seinen Commander nicht so einfach ziehen. Das tatalitäre Land startet einen Angriff auf die UEO.