Jaces Abreise mit Valentine sorgt für Aufregung im Institut. Die Ankunft von Victor Aldertree verhindert derweil den Rettungsplan für Jace. Jocelyn erwacht unterdessen und versucht, auf den neuesten Stand gebracht zu werden.
Alec und Isabelle fackeln auf der Suche nach Jace nicht lange, nachdem der Clave einen Tötungsbefehl ausgegeben hat.
Jaces Situation verschlimmert sich, als er zum Ziel des New Yorker Wolfsrudels wird, das ihn für einen Mörder hält.
Jace wartet auf seine Verhandlung in der City of Bones. An anderer Stelle kämpft Clary gegen einen Dämon, der das Institut von Alec und Isabelle terrorisiert. Jocelyn konfrontiert Clary mit einem Vorschlag. Raphael und Simon verschärfen ihre Jagd nach Camille.
Jeder der Shadowhunter geht mit dem kürzlichen Angriff auf das Institut anders um. Simon zieht zurück nach Hause, findet es allerdings nicht einfach, sein neues Leben zu führen, während seine Familie in umgibt.
Um Informationen über Valentines Plan zu erhalten, werden Isabelle und Clary zu den Iron Sisters geschickt. Simon und Maia werden damit beauftragt den immer noch verschwundenen Luke zu finden. Magnus und Alec haben ihr erstes Date.
Clary und Luke streiten sich wegen Cleo, die hinsichtlich des jüngsten Angriffs ihre Unschuld beteuert. Als Lukes Schwester im Jade Wolf auftaucht, gerät er mit Clary über das weitere Vorgehen aneinander. Simon erhält derweil Beziehungsratschläge aus überraschender Quelle
Alec hat den Auftrag, die Runenzeremonie seines Bruders Max zu organisieren. Diese Gelegenheit ergreift er, um Magnus seiner Familie vorzustellen.
Als Iris ihren Blutschwur aktiviert, hat Clary mehr Grund zur Sorge als nur das Verstecken vor Valentine und den Unterweltlern.
Die Shadowhunters müssen schnell handeln, um ihre Lieben und den Rest der Unterwelter zu retten. Das New York Institut wird angegriffen, als Valentines Plan für das Seelenschwert gefährlich nahe der Erfüllung kommt. Clary hat mit der Feindseligkeit der Unterweltler und der Aktivierung von Iris' Bluteid zu kämpfen. Isabelle und Raphael kommen sich indes näher.
Alle widmen sich den Nachwirkungen des Seelenschwert-Angriffs auf das Institut.
Clary fühlt sich mit der Entscheidung zwischen Jace und Simon unter Druck gesetzt. Sebastian befreit seinen Vater aus dem Gefängnis. Simon bittet Isabelle um Hilfe.
Die Leiter des Instituts fürchten den Aufstieg eines Unterweltlers, als Shadowhunters in alarmierender Folge sterben.
Alec hat große Pläne, um eine Allianz mit der Downworld zu schmieden, während Jace und Clary zu Seelie, der Königin der Elfen, zitiert werden.
Simon folgt einer dunklen Spur, während sich Alec und das Team darauf vorbereiten, Valentine zu transportieren.
Mit allem, was Simon im letzten Jahr erlebt hat, ist ein Abendessen mit der Familie zu Yom Kippur eine echte Herausforderung. Wie kann er damit ins Reine kommen, dass er ein Vampir ist und vor allem was gerade erst mit seiner Familie passiert ist? Und was passiert, wenn er gestresst ist und seinen Vampirgelüsten nicht widerstehen kann? Während er mit diesen Problemen selbst klarkommen möchte, besteht Maia darauf, ihm zu helfen, ob er möchte oder nicht. Währenddessen gehen Clary und Jace auf eine nicht genehmigte Mission und wollen ihre neuen Kräfte testen.
Weil zwei der drei tödlichen Instrumente vermisst werden, versucht jeder den letzten zu finden - der tödliche Spiegel. Jace und Clary sind auf der Jagd danach und wollen es als erstes finden, sodass der Spiegel nicht in gegnerische Hände fällt. Auf dem Weg bemerkt Clary jedoch, dass ihr Bruder Jonathan näher sein könnte als gedacht. Währenddessen fällt es Isabelle nicht leicht zu akzeptieren, dass ihr kleiner Bruder Max langsam erwachsen wird und Maia kämpft damit, mit Simon klarzukommen.
Nach einem verheerenden Angriff auf das Institut ist jeder alarmiert als sich die Shadowhunter zusammentun und sich auf die Jagd nach Jonathan begeben. Währenddessen helfen Simon und Maia einem Neuen in der Unterwelt während die Seelie Königin eine Antwort von Magnus und Luke erzwingt.
Nach Jahrhunderten von Misshandlung und Lügen der The Clave gegenüber den Downworlders, entscheiden die Downworlders sich zusammenzuschließen und die Sache selbst in die Hand zu nehmen während die Jagd nach Valentine und Sebastian sich verstärkt. Die Downworlders Entscheidung sich von den Shadowhunters zu trennen, könnte schnell zu einem Krieg eskalieren.
Jace and Clary rush to make a final stand, but when a traitor is revealed, Jace and Clary may have a bigger fight on their hands than expected. Meanwhile, Alec and Izzy must fight off a large mass of demons that have unexpectedly shown up, as Luke and Simon head to the Seelie Court to deal with some unfinished business with the Seelie Queen.