Bei den Gallaghers geht es auch zu Beginn der dritten Staffel drunter und drüber. Frank ist schon seit fast fünf Monaten nicht mehr zu Hause gewesen, und die Familie – mit Ausnahme von Debbie – hat sich an das Leben ohne ihn gewöhnt. Jimmy ist inzwischen eingezogen und hilft Fiona, alles in Gang zu halten. Fiona empfindet das jedoch eher als befremdlich und sehnt sich nach der alten Leidenschaft in der Beziehung zurück. Jimmy bekommt echte Probleme, als Estefanias Vater auftaucht und ihn zum Komplizen beim Mord an ihrem Liebhaber macht. Lip und Ian geraten in Schwierigkeiten, als sie an der Uni einen Laser stehlen
Nachdem Fiona ihren Job in der Sondermüllentsorgung verloren hat, will sie neue Wege gehen und sich als Party-Promoterin versuchen. Sie bekommt eine Chance in dem Club, in dem sie ab und zu kellnert, doch es läuft nicht alles wie geplant, und sie muss um ihre Kaution bangen. Frank will sich wieder im Haus breit machen, doch irgendwann platzt sogar Debbie der Kragen. Jimmy ist frustriert und verängstigt, denn Estefanias Gangster-Vater hat jemanden abgestellt, um ihn Tag und Nacht zu überwachen. Frustration herrscht auch bei Sheila und Jody, die keinen Schlaf mehr bekommen, seit sie sich um Karens Baby kümmern.
Fiona bewirbt sich um einen Job als Kassiererin, aber der Manager erwartet als Gegenleistung sexuelle Gefälligkeiten. Das lässt Fiona natürlich nicht mit sich machen. Als Debbie und sie auf der Rückfahrt im Bus von einem Exhibitionisten belästigt werden, verliert sie die Beherrschung. Dieser Vorfall bringt die ganze Familie dazu, sich mit Sexualstraftätern im Viertel auseinanderzusetzen. Sheila ist so erschöpft, dass sie Frank bittet, Hymie zu seiner Impfung zu bringen. Doch Frank hat andere Pläne mit dem Baby. Veronica muss sich inzwischen mit Kevs Noch-Ehefrau und seinem potenziellen Sohn auseinandersetzen.
Mandy erhält einen Anruf von ihrer jüngeren Halbschwester Molly, deren Mutter gerade gestorben ist. Lip überzeugt Mandy, Molly aus Milwaukee abzuholen, damit sie nicht in eine Pflegefamilie kommt. Währenddessen erfährt Jimmy von seinem Vater, dass sich seine Eltern scheiden lassen - und dass sein Vater schwul ist. Und Carl hat seine Koffer gepackt und ist bereit für die Reise ins Camp für krebskranke Kinder. Mit den Freizeitaktivitäten dort ist er allerdings alles andere als zufrieden.
Ein städtischer Angestellter informiert Fiona, dass die Abwasserleitung repariert wird und die Arbeiter dafür im Hinterhof der Gallaghers graben müssen. Das Problem ist dabei allerdings, dass Tante Ginger irgendwo im Hinterhof vergraben liegt. Nun muss Frank schnell das Skelett finden, bevor es die Arbeiter tun. Unterdessen hat Fiona ziemlichen Ärger mit ihren Kollegen, weil sie nicht wie die anderen auf die sexuellen Avancen ihres Chefs eingeht.
Der Zusammenhalt der Gallagher-Familie ist in Gefahr. Fiona versucht, ihre Geschwister zurückzuholen, nachdem sie von Mitarbeitern des Jugendamtes mitgenommen wurden. Da beim Jugendamt die Unterschrift beider Elternteile erforderlich ist, und Fiona Monica nicht finden kann, gibt sich Sheila kurzerhand als Monica aus. Um die Kinder zurückzubekommen, müssen Frank und Sheila einen Eltern-Kurs besuchen. Inzwischen versuchen Veronica und Kev weiterhin, ein Baby zu bekommen. Weil auch die künstliche Befruchtung nicht funktioniert, macht Veronica Kev einen unglaublichen Vorschlag ...
Nachdem sie endlich begriffen hat, dass Frank der Grund für alle Probleme ist, hat Fiona eine mutige Entscheidung über ihre Zukunft mit den Kindern getroffen. Sie will versuchen, das volle Sorgerecht für ihre Geschwister zu bekommen. Dazu braucht sie einen Vollzeit-Job und ein Haus. Außerdem will sie Frank endlich den Geldhahn zudrehen, indem sie die bereits vor langer Zeit verstorbene Tante Ginger endlich offiziell beerdigen lässt und ihm so den Zugang zu deren Schecks verwehrt. Währenddessen bereitet sich Frank auf seinen Gerichtstermin vor, indem er nüchtern wird.
Die Gallagher-Familie versammelt sich für die getürkte Beerdigung von Tante Ginger. Franks Cousin Patrick ist ebenfalls dabei. Der will mit einem gefälschten Testament Fiona und die Kinder aus dem Haus vertreiben, doch da hat er die Rechnung ohne die Gallaghers gemacht. Lip und Sheila werden von Karens Rückkehr aus der Bahn geworfen, und nachdem Hymie weg ist, braucht Sheila Frank nicht mehr als Babysitter - sodass er nun einen neuen Ort braucht, an dem er wohnen kann. Veronicas und Kevs Versuche, mit Hilfe von Veronicas Mutter ein Baby zu bekommen, nehmen immer skurrilere Formen an.
Fiona hat einen neuen Bürojob und muss versuchen, ihre familiären Probleme mit einer geregelten Arbeit unter einen Hut zu bringen. Jimmy hingegen arbeitet immer noch im Café, überlegt aber, nachdem er einen besonders schlechten Tag hatte, sein Medizinstudium wieder aufzunehmen. Frank versucht verzweifelt, seine angenehme neue Wohnsituation bei einem Bekannten zu verteidigen, und steckt plötzlich, ohne es zu ahnen, in einer Kampagne zur Stärkung der Rechte von Homosexuellen. Lip beschließt endlich, sich von Karen zu trennen, und Mandy greift zu brutalen Mitteln, um sicherzustellen, dass die Trennung diesmal endgültig sein wird.
Während Fiona sich langsam an ihrem neuen Arbeitsplatz zurechtfindet und sogar mit den Kollegen Softball spielen geht, teilt Jimmy ihr mit, dass er wieder Medizin studieren will und zwar in Michigan. Fiona beschuldigt Jimmy, dass er sein Studium als Ausweg aus der Beziehung nutzen will. Und als Beto von Jimmys Entscheidung erfährt, malt er ihm aus, was passieren könne, sollte er seine Pflichten gegenüber Estefania vernachlässigen. Frank hingegen sonnt sich in seiner neu gewonnenen Popularität als Sprecher der Schwulenbewegung, wird aber bald davon überzeugt, dass es für ihn in finanzieller und sexueller Hinsicht lukrativer sein könnte.
Fiona spielt mit dem Gedanken, sich einen neuen Job zu suchen, um zu Jimmy nach Michigan ziehen zu können. Es kommt zum Streit zwischen den beiden. Fionas Arbeitgeber veranstaltet einen Ausflug mit den Angestellten und ihren Familien. Während des Campings kommen sie und ihr Boss sich gefährlich nahe. Nachdem Frank eine Nacht auf dem Bahnhof schlafen musste, schmuggelt ihn Carl in den alten Familien-Van. Doch dann steht die Polizei vor der Tür, um Carl mitzunehmen, weil er seine letzten Pflegeeltern bestohlen habe. Frank nimmt jedoch alle Schuld auf sich. Lip findet heraus, dass Mandy es war, die Karen angefahren hat, und zieht seine Konsequenzen.
Lip schließt erfolgreich die Highschool ab. Grund genug für Fiona und die anderen Geschwister, eine Überraschungsparty für ihn zu geben. Doch auch Vater Frank hat sich etwas Besonderes ausgedacht. Mit ein wenig Geld, das er beim Wetten gewonnen hat, lädt er seinen Sohn zum Hummer-Essen ein. Die beiden verbringen ein paar schöne Stunden zusammen. Ian zieht die Konsequenzen aus seinem unglücklichen Liebesleben und meldet sich zur Army.