Viele Jahre nach einer nebulösen Katastrophe leben die letzten Menschen in einem gigantischen Untergrundbunker, dem sogenannten Silo. In der Welt außerhalb des Betonbaus ist aufgrund einer verseuchten Atmosphäre, so heißt es, Leben nicht mehr möglich. Sheriff Holston und seine Gattin Allison sind hocherfreut, als sie die Erlaubnis erhalten, ein Kind zu zeugen. Eines Tages lernt die junge Frau jedoch den Hacker George Wilkins kennen und zweifelt plötzlich am strikten Regeln unterworfenen System im Silo. Verheimlichen die Herrschenden den Bewohnern wichtige Informationen? Werden sie schon seit langem unterdrückt? Im Zuge ihres Sinneswandels trifft Allison eine folgenreiche Entscheidung, die ihrem Ehemann auch einige Zeit später noch zu schaffen macht.
Sheriff Holston ringt sich ebenfalls zu einem drastischen Entschluss durch. In Rückblenden nimmt der Gesetzeshüter Kontakt zur Ingenieurin Juliette Nichols auf, die nicht glauben will, dass der unerwartete Tod ihres heimlichen Geliebten George ein Selbstmord war. Gemeinsam folgen Holston und die technisch beschlagene Frau einer heißen Spur. In der Gegenwart informiert Hilfssheriff Marnes Bürgermeisterin Ruth Jahns über einen Vorschlag Holstons.
Juliette will beweisen, dass George ermordet wurde, und begibt sich dabei in Gefahr. Ruth und Marnes treten eine ausgedehnte Wanderung in den unteren Teil des Silos an, um Holstons potenzielle Nachfolgerin zu befragen. Bernard, der Leiter der geheimnisvollen IT-Abteilung, für die auch Allison tätig war, spricht sich gegen die Pläne der Bürgermeisterin aus. Juliette muss ein akutes Problem mit dem Generator lösen und bespricht sich mit ihrer Vertrauten Martha Walker. Rückblenden verraten mehr über die traumatische Vergangenheit der zupackenden Ingenieurin.
Nach dem mysteriösen Tod der Bürgermeisterin übernimmt Bernard interimsweise ihren vakanten Posten. Hilfssheriff Marnes lässt seinem Schmerz und seiner Wut freien Lauf. Juliette macht sich derweil mit ihrem neuen Arbeitsumfeld vertraut, in dem ihr nicht alle Personen wohlgesonnen sind. Rückblenden zeigen Konflikte mit ihrem Vater und enthüllen ihre Anfänge unter Marthas Fittichen. Marnes, mit dem Juliette eine Abmachung trifft, sieht sich einem Angreifer gegenüber.
Sims ernennt Billings zum Stellvertreter, damit dieser Juliette überwacht. Ihre Bemühungen, zwei Morde aufzuklären, führen zu einem dramatischen Showdown.
Während ihrer Ermittlungen findet Juliette beunruhigende Geheimnisse über jemanden heraus, vom dem sie annahm, ihn gut zu kennen.
Bernard bittet Juliette um ihre Unterstützung, da er sich zunehmend Sorgen um die Sicherheit des Silos macht. Juliette bittet ihren Vater um einen Gefallen.
Durch neue Informationen sieht Juliette die Vergangenheit ihrer Familie in einem anderen Licht - und sie bekommt endlich Zugang zu den größten Geheimnissen des Silos.
Von Schuldgefühlen geplagt, stellt Billings selbst Nachforschungen an und entdeckt einen unglaublichen Hinweis von Juliette.
Als endlich die Wahrheit ans Licht kommt, scheint Juliettes Schicksal besiegelt.