Das Ausrufen der Republik und der Sturz von Napoleon III. führen auch in Wien zu Unruhen. Deswegen beschließt Franz, die Militärausbildung seines Sohnes Rudolf früher zu beginnen. Gleichzeitig befielt er Grünne, sich inkognito unter die protestierenden Arbeiter zu mischen, um herauszufinden, wer ihr Anführer ist. Sisi kann ihren sensiblen Sohn nicht vor der Armee bewahren und beschließt, ihn auf eigene Faust zu befreien.
Sisi packt ihre Sachen und hinterlässt Franz ein Ultimatum. Sie wird erst mit Rudolf an den Hof zurückkehren, wenn Franz ihr die Erziehung überlässt. Trotz der Garde von Franz, die Sisi und Rudolf dicht auf den Fersen ist, gelingt ihnen die Flucht. Dabei ist die Fotografin Alma behilflich, welche Mutter und Sohn mit nach Südfrankreich nimmt. Allerdings bleibt ihr Ankommen auf einer kleinen, idyllischen Insel nicht unbemerkt.
Mutter und Sohn finden auf der Insel endlich zu ihrer Lebensfreude zurück.Gleichzeitig entwickelt Sisi eine vertrauensvolle Beziehung zu Alma. Franz kämpft gegen ein Bündnis zwischen dem Deutschen Reich und Russland, welches er nur mithilfe seiner Mutter verhindern kann. Doch dann erfährt er von einem Spion, wo Sisi und Rudolf sich aufhalten.
Franz sucht Sisi und Rudolf in Frankreich auf. Endlich ist die Familie wieder vereint. Kaiser und Kaiserin verbringen eine leidenschaftliche Nacht miteinander, aber schon am nächsten Tag nimmt Franz Rudolf heimlich mit nach Wien zurück. Sisi und Franz versuchen einander in fremden Armen zu vergessen. Franz' harter Umgang mit den aufständischen Arbeitern lässt Grünne an seiner Loyalität gegenüber der Krone zweifeln.
Als Sisi erfährt, dass Franz Rudolf aus der Armee genommen hat, kehrt sie an den Hof zurück. Trotz ihrer Beziehungsprobleme empfangen Sisi und Franz gemeinsam den russischen Zaren für die Bündnisverhandlungen. Indes macht sich einer der unglücklichen Arbeiter auf den Weg an die Hofburg, um ein Attentat an der Kaiserfamilie zu verüben.
Sisi erfährt, dass ihr Sohn von einem Arbeiter entführt wurde, der das Leben des Kaisers im Gegenzug für die Freilassung des Kronprinzen fordert. Dicht gefolgt von Franz, reitet Sisi los, um Rudolf zu retten. Während sich Erzherzogin Sophie und Gräfin Esterhazy um den Deutschen Reichskanzler Bismarck kümmern, finden sich Sisi und Franz in einer scheinbar ausweglosen Situation wieder.