Staffel 1

2014 tötet der Chef der Navy-SEAL-Truppe SIX, Rip Taggart, bei einem Einsatz in Afghanistan einen jungen Terrorverdächtigen. Zwei Jahre später, er arbeitet inzwischen als Sicherheits-Experte in Nigeria, wird er von Boko Haram entführt. Seine ehemalige Einheit beschließt, ihn zu retten. Bald stellt sich heraus, dass der Bruder des damals Getöteten lebt und diesen rächen will.

Während Rip in der Gefangenschaft dem Tod durch seine Entführer entgegensieht, verfolgt seine ehemalige Truppe mit dem Boot eine terroristische Einheit, die über seinen Aufenthaltsort informiert sein könnte. Bear besucht mit seiner Frau eine Kinderwunsch-Klinik, obwohl ihm die zu erwartenden Kosten Sorgen bereiten. Buddha hat Ärger mit seiner Familie.

Die Gründe für Rips Abschied beim SEAL-Team SIX kommen ans Licht. Während seine ehemaligen Kameraden über einen von Boko Haram verbreiteten Videoclip seinen Aufenthaltsort herausfinden, versucht er zu fliehen. Michael, der Bruder von Rips Opfer, arbeitet inzwischen für den Islamisten-Führer Muttaqi. Er plant, das auf Rip ausgesetzte Lösegeld zu zahlen und ihn so in seine Gewalt zu bringen.

Das SIX-Team versucht, nicht nur Rip, sondern auch verschleppte Schulmädchen und ihre Lehrerin, aus den Händen Boko Harams zu retten. Als sie allerdings das Camp erreichen, fehlt von den Entführten jede Spur und die Geiselnehmer sind erschossen. Damit nicht genug, geraten sie in eine Schießerei mit Michaels Milizen. SEAL-Soldat Buckley wird verwundet.

Buckley erliegt schließlich seinen schweren Verletzungen, womit das SIX-Team erst einmal klarkommen muss. In der Zwischenzeit bringt Michael seine Gefangenen nach Chad, wo Muttaqui die Anwerbungszentrale seiner Terrororganisation betreibt. Man zwingt Rip, live im Fernsehen seine "Kriegsverbrechen" aus der Zeit der Kämpfe in Afghanistan zu gestehen.

Das SEAL-Team muss mit den Auswirkungen von Rips "Bekenner-Video" zurechtkommen. Sie dringen in die Wohnung von Akmals Schwester ein, der das Rekrutierungszentrum in Chad leitet. Zur gleichen Zeit erfährt Muttaqui, dass Michael Rip entführt und dabei dessen Geiselnehmer umgebracht hat. Um den Abtrünnigen zu bestrafen, geht er auf ein riskantes Angebot Rips ein.

Das SIX-Team hört vom Ausbildungslager in Chad und unternimmt einen Erkundungseinsatz, um herauszufinden, was aktuelle Ziele der Terroristen sind und um Rip und die Geiseln zu lokalisieren. Gleichzeitig müssen Rip und Michael notgedrungen zusammenarbeiten um Muttaquis Organisation zu destabilisieren, indem sie Akmal überzeugen, seinen Anführer zu verraten.

Während des Angriffs auf das Ausbildungszentrum tötet Rip Muttaqui, bevor er versucht, mit den Geiseln zu fliehen. Michael übernimmt die Führung der Dschihadisten und will die Gefangenen wieder in seine Gewalt bekommen. Das SIX-Team greift ein und kann die Geiseln retten, verliert aber Rip an Michael. Schließlich gelingt es Caulder, Chase und Buddha, Michael und Rip zu stellen ...