Staffel 2

John "Bear" Graves und das SEAL-Team Six planen, es demjenigen heimzuzahlen, der das tückische Attentat auf Ex-Team-Leader "Rip" Taggart begangen hat. Michael Nasry landet indessen an einem geheimen Ort in CIA-Gewahrsam. CIA-Agentin Gina Cline bündelt alle Kräfte und zapft sämtliche Quellen an, um den Drahtzieher hinter dem heimtückischen Anschlag und den vielen anderen Terrorakten zu finden.

Da "Rip" nicht mehr da ist, streiten sich John "Bear" Graves und Ricky "Buddha" Ortiz um die Leitung von SEAL-Team Six. Gina Cline zieht bei den Verhören von Michael Nasry zunehmend die Daumenschrauben an - sie nimmt die Sache sehr persönlich. Währenddessen lernt das Team seinen neuen Kameraden Trevor kennen, der mit seinen deutlichen Worten und Ansichten bei anderen stark aneckt.

Mit Gina Clines neuen Geheiminformationen im Gepäck macht sich SEAL-Team Six auf nach Bosnien. Ziel ist es, der Gefangennahme des "Prinzen", dem Drahtzieher hinter dem Anschlag auf Rip, während eines Boxkampfs einen Schritt näher zu kommen. Bei dem Einsatz wird Alex Caulder verletzt und muss ins Krankenhaus - ausgerechnet er, der mit undefinierbaren Kopfscherzen zu kämpfen hat.

Gina Cline gibt Michael Nasry eine letzte Chance, endlich seine Verbindung zum "Prinzen" offenzulegen. Währenddessen greift "Buddhas" Frau Jackie zu verzweifelten Maßnahmen, um ihre in Gefahr schwebende Familie zu schützen. Ein hochrangiger Vertrauter des Präsidenten, Andrew Hall, und seine Assistentinnen werden in Aserbaidschan als gekidnappt. Gina Clines Vorgesetzte macht starken Druck.

Das SEAL-Team Six wird nach Aserbaidschan beordert, um Andrew Hall zu befreien. Doch es findet nur dessen Assistentinnen im Versteck vor. Alex Caulder muss nach dem Krankenhausaufenthalt eine langweilige Reha machen, um wieder 100-prozentig Einsatzfähig zu werden. Doch dort trifft er auf Dawn - eine Seelenverwandte. Der "Prinz" schlägt Gina Cline besonderen Deal im Austausch für Andrew Hall vor.

Ein Gefangenenaustausch soll an der russischen Grenze stattfinden. Doch davor wird das SEAL-Team Six von Gina Cline mir einer Tatsache konfrontiert, die das gespannte Verhältnis zur CIA noch weiter strapaziert. Trotzdem kann Gina Cline das Team zum Weitermachen bewegen. Alex Caulder absolviert Schießübungen, um bald zum Team zurückzukehren und gibt auch seiner Tochter Unterricht.

In einem gottverlassenen kriegsgebeutelten Grenzdorf warten die SEALS auf den Gefangenenaustausch. Die Aktion läuft schief. Gina Cline und Six treten den Rückzug an. Währenddessen nistet sich bei Familie Ortiz eine harmlos wirkende aber sehr gefährliche Person ein. Bei Alex Caulder wird nach einem Black-Out eine erschütternde Diagnose gestellt. Er steht an einem Scheideweg.

Jackie bekommt Ärger mit "Buddha", weil er ihre Waffe im Haus entdeckt. Die Schlinge um Michael Nasrys Kopf zieht sich zu: Mittlerweile ist er in der Gewalt des "Prinzen". Auch Gina Cline wird von ihren CIA-Vorgesetzten erpresst. Doch dann wendet sich plötzlich das Blatt für beide: Michael hat eine rettende Idee und auch das Geheimwissen der CIA-Agentin stehen plötzlich wieder hoch im Kurs.

SEAL-Team Six ist mit Alex Caulder wieder komplett und rückt zu einem neuerlichen Einsatz gegen den "Prinzen" aus. Michael Nasrys Tipps machen es möglich, ihn und den "Prinzen" in einem Geheimversteck aufzuspüren. Aber das Gebiet ist stärkstens bewacht und die Mission kein Zuckerschlecken. Es kommt zu einem Schwerverletzten und der neue Kollege Trevor kann endlich seine Qualitäten beweisen.

Noch hat der "Prinz" die Oberhand und Michael Nasry muss seinen letzten Trumpf ausspielen, um am Leben zu bleiben. CIA-Agentin Gina Cline überwacht die ziemlich ausweglose Operation von SEAL-Team Six zusammen mit deren Einsatz-Koordinator. Als sie persönlich vor Ort eintrifft, trifft sie eine folgenschwere Entscheidung. Nach der Rückkehr des Teams zu seinen Angehörigen geschieht Unvorstellbares.