1989 verwüstet ein Meteoriteneinschlag das Städtchen Smallville. Jonathan und Martha Kent entdecken unter den Trümmern ein Baby, das offensichtlich nicht von der Erde stammt. Sie nehmen das Kind bei sich auf. Jahre später ist Clark Kent zu einem scheinbar normalen Teenager herangereift. Er verliebt sich in die hübsche Lana Lang und freundet sich mit dem charismatischen Lex Luthor an. Dennoch unterscheidet sich Clark von den anderen Jugendlichen: Er besitzt Superkräfte.
Der schüchterne Außenseiter Greg hat zwei Schwächen: Lana, die er heimlich mit seiner Videokamera filmt und Insekten. Ebendiese fallen eines Tages über ihn her. Völlig zerstochen entdeckt Greg neue Fähigkeiten bei sich. Er ist zu einer Art menschlicher Spinne mutiert. Sofort nützt er seine neuen Superkräfte. Er versucht alle Konkurrenten, die zwischen ihm und Lana stehen, auszuschalten. Der einzige, der Greg jetzt noch stoppen kann, ist Clark.
Coach Walt steht kurz vor seinem 200. Sieg als Trainer der College-Football-Mannschaft. Dass Direktor Kwan einige seiner Spieler aus Disziplinargründen sperrt, macht Coach Walt zornig. Dabei entdeckt er, dass er in Momenten großer Wut Gegenstände entflammen kann. Er lernt diese Fähigkeit zu steuern. Rücksichtslos setzt er sie ein, um seine sportlichen Ziele zu erreichen. Clark, der inzwischen als Ersatzmann ins Football-Team einberufen wurde, schöpft Verdacht.
Tina litt in ihrer Kindheit an einer Knochenkrankheit. Als der Meteoritenschauer über Smallville niederging, führte dies zu ungewöhnlichen Veränderungen ihrer Skelettstruktur. Tina besitzt seitdem die Fähigkeit, ihr äußeres Erscheinungsbild zu ändern und dem Aussehen anderer Menschen anzupassen. Damit sorgt sie nun für allerhand Verwirrung. Clark kommt hinter Tinas Geheimnis. Von großem Nutzen erweist sich dabei seine neu entdeckte Fähigkeit des Röntgenblicks.
Es ist bitter kalt, als Sean Kelvin durch das Eis eines kryptonitverseuchten Sees bricht. Wie durch ein Wunder überlebt er die nächsten Stunden im eisigen Wasser. Völlig durchgefroren absorbiert er jede Form von Wärme. Diese entzieht er auch Menschen, die durch seine Berührung unweigerlich zu Eis erstarren. Um seine Körpertemperatur zu halten, braucht Sean immer neue Opfer. Als nächstes hat er es auf Clarks Freundin Chloe abgesehen.
Clark und Lana verrichten gemeinnützige Arbeit in einem Altenheim. Dort lernen sie den Rentner Harry kennen. In einem unbeaufsichtigten Moment stürzt der gebrechliche Mann in einen mit grünem Meteorgestein umrandeten Teich. Um Jahrzehnte verjüngt entsteigt er dem Gewässer wieder und entkommt unerkannt. Seine wiedergewonnene Jugend nützt Harry, um Rache zu üben. Einst wurde er des Mordes verurteilt. Die Nachkommen der Geschworenen sollen dafür nun büßen.
Clark rettet Paul, bevor er - im wahrsten Sinne des Wortes - von einer Klassenkameradin verschlungen wird. Deren Crash-Diät mit kryptonitverseuchtem Gemüse entfacht einen kaum stillbaren Hunger in ihr. Inzwischen finanziert Lex ein Studie über die grünen Meteor-Fragmente und kommt damit Clarks Geheimnis einen Schritt näher.
Earl Jenkins, ehemaliger Mitarbeiter der Luthor Corporation, leidet unter unerklärlichen Zitteranfällen. Sein Leiden führt er auf Experimente zurück, die die Firma einst auf Ebene drei des Gebäudes durchgeführt hatte. Nun will er endlich Antworten. Als Druckmittel nimmt er Clarks Schulklasse als Geisel. Lex erklärt sich bereit den Mann auf das Firmengelände zu führen. Clark begleitet die beiden. Sein Röntgenblick zeigt ihm, dass Ebene drei existiert, der Zugang aber zugemauert wurde.
Clarks geheime Identität steht auf dem Spiel, als ein korrupter Polizist Zeuge seiner übermenschlichen Kräfte wird. Der Beamte versucht sofort, seinen Vorteil aus dem Wissen zu ziehen. Clark kann den Mann zunächst überlisten. Ihm drohen dadurch aber unabsehbare Konsequenzen für sich und seine Familie.
Ein unsichtbarer Angreifer attackiert Lex' Freundin Victoria. Clark und Chloe vermuten als Motiv Eifersucht. Damit rückt Amy Palmer ins Rampenlicht. Die Tochter eines Hausangestellten bei den Luthors ist unsterblich in Lex verliebt. Die Palmers werden des Hauses verwiesen. Lex glaubt damit, das Problem gelöst zu haben. Inzwischen erkennen Clark und Chloe, dass sie die falsche Person verdächtigt haben.
Der Geschäftsmann Bob Rickman kommt nach Smallville, wo er ein Werk zur Herstellung von Pestiziden bauen will. Als Bauland hat er Jonathan Kents Grundstück ins Auge gefasst. Jonathan verspricht seiner Familie, dass er nicht verkaufen wird. Doch Rickman hat noch eine As im Ärmel. Auch er war in Smallville als der Meteoritenschauer niederging. Seitdem besitzt er die Macht, Menschen von seinem Willen zu überzeugen.
Ein Unwetter geht über Smallville nieder. Durch einen Blitzschlag gehen Clarks Kräfte auf seinen Mitschüler Eric Summers über. Clark genießt es, endlich ein 'normaler' Mensch zu sein. Inzwischen geht Eric sorglos und recht eigennützig mit seinen neu erworbenen Superkräften um. Clark wird schnell klar, dass er seine Fähigkeiten zurückerlangen muss.
Tatoos aus einer grünlich schimmernden Lösung verleihen drei ehemaligen Sportlern unglaubliche Kräfte. Sofort nützen sie ihren körperlichen Vorteil und begeben sich auf Raubzüge quer durch Smallville. Auch in Lex Haus wird eingebrochen. Als sich Whitney den Verbrechern anschließen will, gerät Clark bei der Verbrecherjagd unter Zeitdruck.
Lex wird von seiner dunklen Vergangenheit eingeholt. Ein ehemaliger Bekannter, Jude Royce, kommt nach Smallville und will noch eine alte Rechnung begleichen. Als ein weiterer Racheengel auf der Suche nach Vergeltung auftaucht, scheint Lex' Schicksal besiegelt. Clark macht sich auf die fieberhafte Suche nach seinem Freund, um ihn aus der Patsche zu helfen.
Aus zunächst ungeklärten Gründen werden einige Einwohner von Smallville von Wutausbrüchen heimgesucht und fallen anschließend in ein tiefes Koma. Auch Jonathan Kent und Lana sind Opfer dieser Krankheit. Clark stellt sofort Nachforschungen an. Heimlich sucht auch Lex ein Gegenmittel, da die Krankheit auf Versuche in seinen Labors zurückzuführen ist.
Der kleine Ryan besitzt die Fähigkeit, die Gedanken anderer Menschen zu lesen. Seine kriminellen Stiefeltern nützen diese Gabe, um Safekombinationen auszuforschen. Ryan muss mit ansehen, wie sein Stiefvater bei einem Raubzug auch vor Mord nicht zurückschreckt. Panikartig ergreift er die Flucht und läuft in Mrs. Kents Wagen. Besorgt nimmt sie den Jungen mit nach Hause, wo er sich mit Clark anfreundet.
Bei einem Sturz aus großer Höhe durchstößt ein Schmuckstück aus Meteoritengestein die Haut von Tyler. Dank dieser Tatsache überlebt er zwar den Unfall, seine Berührung bringt von nun an aber den Tod. Diesen Umstand will er nützen, um alte und kranke Menschen von ihren Leiden zu erlösen. Nur Clark scheint dem selbst ernannten Sterbehelfer noch Einhalt gebieten zu können.
An der High School soll ein neuer Schulsprecher gewählt werden. Clark findet seinen Namen auf der Liste der Kandidaten. Da seine Mitschüler sehr positiv darauf reagieren, stellt sich Clark der Wahl. Zwei von drei Konkurrenten fallen nach kurzer Zeit aus, da sie von aggressiven Bienen attackiert werden. Somit bleiben nur noch Clark und die mysteriöse Sasha im Rennen. Es dauert nicht lange und auch Clark wird von einem Bienenschwarm angefallen.
Clarks Mitschüler Justin kehrt nach langem Krankenhausaufenthalt an die High School zurück. Nach wie vor leidet er unter den Folgen eines Verkehrsunfalls, bei dem der Schuldige Fahrerflucht begangen hatte. Nun zählt für Justin nur noch eins: Rache an dieser Person zu nehmen. Rücksichtslos nützt er seine Fähigkeit der Telekinese, um alle Verdächtigen auszuschalten. Clark ahnt sehr früh, das mit Justin etwas nicht stimmt.
Lana erleidet bei einem Reitunfall eine Gehirnerschütterung. Von diesem Moment an hat sie beunruhigende Visionen. Sie sieht voraus, dass Chloe entführt wird. Als diese tatsächlich verschwindet, wendet sich Lana an die Polizei. Dort zweifelt man ihre Geschichte jedoch an. Nur Clark glaubt an Lanas Visionen und sichert ihr Unterstützung zu.
Roger Nixon hat nach hartnäckigen Nachforschungen Clarks Geheimnis gelüftet. Jonathan Kent überlegt ernsthaft, Nixon zu beseitigen, um das Familiengeheimnis zu wahren. Lex gerät in Streit mit seinem Vater. Dieser hat die Fabrik in Smallville geschlossen, die sein Sohn nun aufkaufen möchte. Inzwischen zieht ein Sturm über die Stadt und richtet große Schäden an. Lana gerät in Lebensgefahr, als sie ins Zentrum des Unwetters gerät.