Lois findet Clarks leblosen Körper und entfernt das Kryptionit, das verhindert, dass er heilen kann. Chloe sucht unterdessen verzweifelt nach Oliver und wendet sich dabei an eine überraschende Quelle. Jonathan kehrt zur Kent-Farm zurück, im Gepäck eine wichtige Nachricht für Clark.
Nach Lois Abreise nach Ägypten verpflichtet der Daily Planet eine neue Reporterin. Die rückt gleich in den Fokus eines Killers namens Deadshot. Lois trifft in Ägypten unterdessen auf Carter Hall.
Kara kehrt zur Erde zurück und eröffnet Clark, dass Jor El sie gesendet hat, um die dunkle Macht, die kommt, zu stoppen.
Um Clark aufzumuntern, überzeugt ihn Lois die 5-Jahres-Highschool-Reunion zu besuchen. Brainiac 5.0 nutzt dies, um Clark auf eine Reise durch seine Vergangenheit, die Gegenwart und die Zukunft zu führen.
Lois entscheidet sich Clark zu erzählen, dass sie sein Geheimnis kennt. Versehentlich aktiviert sie aber ein altes Artefakt, dass sie in die Göttin Isis verwandelt und ihr damit selbst Superkräfte verleiht.
Clark ist besorgt über Lois Sicherheit und sorgt daher dafür, dass sie nicht über den Vigilante Registrations Act, sondern über eine andere Story berichtet. Als Lois dies bemerkt, wird sie allerdings sauer und gerät kurz darauf in ernsthafte Gefahr.
Der General und Lucy Lane überraschen Clark und Lois mit einem Thanksgiving-Essen. Doch dann kommt es zu einem Mordanschlag.
Lois findet ein Video, dass ihre Mutter für sie gemacht hat, bevor sie starb. Nachdem sie sich das Video angeschaut hat, trifft sie eine drastische Entscheidung bezüglich ihrer Beziehung zu Clark.
Um das restliche Team zu beschützen, registriert sich Oliver im Rahmen des „Vigilante Registration Act“, auch um zu sehen, was die Regierung mit dem neuen Gesetz plant. Wie er schon befürchtet hat, ist das ganze eine Falle, um Superhelden zu einer geheimen Einrichtung zu locken, wo sie verhaftet werde und eine Reihe brutaler Test durchstehen müssen. Aquaman und seine neue Frau Mera verbünden sich mit Clark um Oliver zu befreien. Lois ist frustriert, dass Clark sie nicht helfen lässt und will beweisen, dass sie mit den anderen in einer Liga spielt.
Tess kommt an eine Kryptonit-Box, die einst Lionel Luthor gehört. Als Clark versehentlich die Box aktiviert, wird in einer Paralleluniversum transportiert, in dem nicht die Kents, sondern Lionel Luthor Baby-Clark im Kornfeld fand. In diesem Universum ist Clark Luthor ein skrupelloser Mörder und Lois hat eine Beziehung mit Oliver. Beide schweben in Gefahr, da Clark sie hasst. Clark muss nun vorsichtig sein, um Lionel glauben zu lassen, dass er sein Sohn ist, während er eine Möglichkeit findet, in seine Welt zurückzukehren. Dort ist nämlich nun an seiner Stelle der böse Clark Luthor gelandet und droht schlimmes Unheil anzurichten.
Der „Vigilante Registration Act“ ist aktiv und hat unschöne Auswirkungen für unsere Superhelden. Als der Green Arrow einen Dieb stoppen will, wird er selbst von Bürgern attackiert, weil er ein Superheld ist. Clark findet heraus, dass die Angreifer alle ein Tattoo hatten. Slade kidnappt Lois, doch Clark bekommt Hilfe: Carter Hall und Star Girl kehren in die Stadt zurück…
Clark, Oliver, Lois und Dinah werden freigelassen, nachdem Sie bei Hawkmans Beerdigung gefangen genommen wurden. Jeder einzelne hat Flashbacks von Chloe, die sie gegen ihren Willen fest hält. Als Chloe zurückkehrt, warnt Dinah die anderen, dass Chloe vielleicht zur Verräterin geworden ist. Oliver zweifelt nicht an Chloe, doch Clark ist sich ihrer nicht so sicher.
Clark ist überrascht, als er seine Mutter im Fernsehen sieht und sie plötzlich vor laufender Kamera erschossen wird. Während dessen, tritt Lionel an die Öffentlichkeit und beansprucht LuthorCorp wieder für sich.
Chloe und Oliver geraten durch einen Zufall in die Ermittlungen des FBI. Eine mysteriöse Mordserie erschüttert zurzeit Metropolis. Schnell erkennen Chloe und Oliver, wer dahinter steckt: Desaad. Kurze Zeit später nimmt der auch schon Chloe gefangen und versucht sie mit der Dunkelheit zu infizieren. In der Zwischenzeit wird Clark bei seinen Rettungsaktionen immer unvorsichtiger und traut sich sogar weiter in die Welt hinaus. Damit seine Identität nicht eines Tages auffliegt, schlägt Lois ihm eine Tarnung vor.
Zu ihrem gemeinsamen Junggesellenabschied erhalten Clark und Lois eine verhexte Flasche Champanger von Zatanna. Der Twist: Nachdem sie mit ihren Freunden angestoßen haben, kann sich niemand mehr am nächsten Morgen an die Ereignisse des Vorabends erinnern. Als sie versuchen, ihre Schritte zu rekonstruieren, muss Lois entsetzt feststellen, ihren Verlobungsring verloren zu haben. Sie glaubt ihn im Fortune Casino wiederzufinden und schleift Oliver mit sich. Dort angekommen, rennen sie dem exzentrischen Casinobesitzer Fortune in die Arme, der sie bezichtigt, Geld von ihm gestohlen zu haben. In der Zwischenzeit erzählt Clark Chloe, er erinnere sich daran, einen gepanzerten Truck gestohlen zu haben.
Tess stattet Clark einen Überraschungsbesuch ab. Sie bittet ihn, sich in nächster Zeit um Alexander zu kümmern. Erst lehnt er es ab, ihr zu helfen, bis er mit eigenen Augen mitansehen muss, wie Conner (so sein jetztiger Name abgeleitet von Cognitional Neuroplastic Replicant, kurz CNR) spielend leicht einen Traktor anhebt. Kurzerhand ändert Clark noch seine Meinung und bringt Conner bei, verantwortungsvoll mit seinen Kräften umzugehen. Es kommt jedoch vieles anders als erwartet. In der Zwischenzeit kämpfen Lionel und Tess um den Namen Luthor.
Clark ist schockiert, als er auf eine neue Spiegelbox in der Scheune stößt. Plötzlich steht Clark Luthor vor ihm, der ihn zurück ins Paralleluniversum schickt. Dort angekommen, bekommt er es mit einem wutentbrannten Jonathan, der pleite, obdachlos und nicht mit Martha zusammen ist, zu tun. In der normalen Welt spürt Clark Luthor Tess auf und stellt ihr ein Ultimatum: Entweder sie tut sich mit ihm zusammen oder er wird sie töten. In der Zwischenzeit bittet Lois Emil, einen Weg zu finden, um Clark aus dem Paralleluniversum zu befreien.
Nach allem, was sie mit dem VRA durchgemacht haben, erklärt Lois Clark, er müsse seine Tarnung Clark Kent unauffälliger und tollpatschiger gestalten, damit niemand auf die Idee kommt, er könne der Blur sein. Beide sind jedoch erstaunt, als ein Superheld aus der Zukunft, Booster Gold, in Metropolis auftaucht, Menschen rettet und vor der Presse posiert, um den alleinigen Ruhm der Bürger von Metropolis zu erlangen. Booster startet eine Kampagne, um den Platz des Blur einzunehmen und der größte Superheld der Menschheit zu werden und versucht Lois um den Finger zu wickeln, damit sie eine Story über ihn schreibt. Aber diese springt nicht auf seinen Charme an und ruft stattdessen eine Kampagne für den Blur ins Leben. Während einer von Boosters Rettungen fällt eine Alienwaffe in Form eines Käfers vom Dach eines Trucks und gerät in die Hände eines Jungen namens Jaime Reyes, der sich kurze Zeit später in den Blue Beetle verwandelt. Nur leider weiß Jaime nicht, wie das Kostüm kontrolliert wird, und der Blue Beetle beginnt, Schaden in Metropolis anzurichten.
Tess erfährt, dass General Slade bewusslos in einer Straßenecke gefunden wurde – mit dem Beweis dafür, jemand habe den Zugang zum Phantomzonenfluchtportal erlangt und ihn zur Erde zurückgesandt. Clark beschließt daraufhin, der Phantomzone einen Besuch abzustatten, um festzustellen, dass nicht weitere Phantome zu fliehen versuchen. Oliver trickst ihn aus und begleitet ihn ins kryptonische Exil. Da Clark in der Phantomzone über keinerlei Kräfte verfügt, werden er und Oliver von zwei Phantomen in Gefangenschaft genommen und zu deren Anführer, General Zod, geführt, der nach Rache dafür dürstet, im kryptonischen Gefängnis gefangen zu sein. In der Zwischenzeit findet Lois heraus, dass Tess vor ihr ein Geheimnis von Clark kannte.
Clark führt Lois zur Festung der Einsamkeit, um von seinem biologischen Vater Jor–El, den Segen für seine bevorstehende Hochzeit zu erhalten. Jor–El schenkt dem glücklichen Paar ein einzigartiges Hochzeitsgeschenk: er gibt Lois Superkräfte, damit diese erkennt, wie es ist, nur für einen Tag lang, Clark zu sein. Wie der Zufall es so will, kehrt Toyman wieder nach Metropolis zurück, so muss Lois es mit dem Bösewicht aufnehmen, anstelle von Clark. In der Zwischenzeit sucht Oliver nach dem Bogen des Orion, der das Omega–Symbol von seinem Schädel beseitigen soll. Auf der Suche danach trifft er auf Kara, die auf der Mission ist, Darkseid zu stoppen.
Der Planet Apokolips rast auf die Erde zu. Clark bleiben nur noch wenige Stunden, die Gefahr zu bannen. Aber dafür muss er seine letzte Hürde in seiner Superhelden–Ausbildung nehmen: seine kryptonische Seite akzeptieren. Nachdem alles danach aussieht, als würde die Hochzeit von Clark und Lois ins Wasser fallen, beschließen sie doch noch den gemeinsamen Schritt vor den Traualtar zu wagen, jedoch kommt alles anders als gedacht...