Unter Einfluss von rotem Kryptonit hat sich Clark in einen skrupellosen Draufgänger verwandelt und lebt nun in Metropolis auf großem Fuß. Seinen aufwendigen Lebensstil finanziert er mit Bankeinbrüchen, die dank seiner Superkräfte ein Kinderspiel für ihn sind. In Smallville verfolgt man Clarks Entwicklung mit Sorge. Seine Freunde und Familie glauben dennoch an das Gute in Clark und sind nicht gewillt, ihn aufzugeben.
Jonathan kann Clark den roten Kryptonitring entreißen. Schlagartig kommt Clark zur Besinnung. Er lässt Metropolis und sein kriminelles Leben hinter sich und begleitet seinen Vater nach Smallville, wo ihn Freunde und Familie bereits sehnsüchtig erwarten. In Smallville trifft ein weiterer Heimkehrer ein: der lange verschollene Lex. Er ist fest entschlossen sich an seiner Ex-Frau Helen zu rächen, die für den verheerenden Flugzeugabsturz verantwortlich ist, bei dem er beinahe sein Leben verloren hätte.
Jake Pollen ist durch das Bad in einem kryptonitverseuchten Kratersee zu einem Amphibienmensch mutiert. Als er sich in Lana verliebt, will er sie für immer an sich binden und zieht sie in die Tiefen des Wassers. Lanas Leben wird in letzter Sekunde von Jakes Freund Van McNulty gerettet. Der führt seinerseits Böses im Schilde: Er will Clark und Lex aus dem Weg räumen.
Clark wird in letzter Zeit von einem wiederkehrenden Albtraum gequält. Ein ihm unbekanntes Mädchen namens Sarah Conroy wird von einem Kapuzenmann verfolgt und in die Unterwelt gerissen. Überrascht vernimmt Clark, dass die Tochter der neuen Nachbarn der Kents Sarah Conroy heißt. In der Hoffnung der Bedeutung seines Traumes auf die Spur zu kommen, stattet er der Familie einen Besuch ab.
Der Versuch eine Enthüllungsreportage über Lionel Luther zu schreiben, kostete Starreporter Perry White einst die Karriere. Luther zerstörte systematisch Beruf und Leben des Mannes. Nun kehrt White nach Smallville zurück, um eine Bericht über die zahlreichen unerklärlichen Phänomene dort zu drehen. Gerade jetzt hat Clark seine Superkräfte nicht im Griff und erregt schon bald die Aufmerksamkeit des aufdringlichen Besuchers.
Clark findet in der Indianerhöhle ein Medaillon mit einem eingravierten Symbol. Wie es scheint, handelt es sich dabei um ein Tagebuch seines Vaters Jor-El. Denn Clark kann plötzlich in die Vergangenheit, ins Jahr 1961, sehen. Damals hatte Jor-El Smallville einen Besuch abgestattet und sich in Lanas Großtante Loise verliebt. Die beiden wollten durchbrennen, doch Loise wurde ermordet, ihr Ehemann Dexter der Tat für schuldig empfunden. Gemeinsam mit Lana rollt Clark den Fall neu auf.
Clarks Mitschüler Seth kommt bei einem Unfall mit Kryptonit in Berührung. Während der anschließenden Kernspintomografie zucken grüne Blitze um seinen Körper. Als er dem Gerät entsteigt, stellt er fest, dass er metallische Gegenstände schweben lassen und Gedanken anderer Menschen manipulieren kann. Seth nützt seine neue Gabe, damit sich seine Traumfrau in ihn verliebt. Dabei handelt es sich ausgerechnet um Lana.
Lex hat Beweise gesammelt, dass sein Vater gemeinsam mit Morgan Edge seine Großeltern ermordet hat, um deren Versicherungen zu kassieren. Dafür will Lex die beiden vor Gericht bringen. Nachdem ein Anschlag auf ihn verübt wird, sind die Beweise jedoch unauffindbar. Auch das Attentat lässt sich nicht nachweisen. Alle Spuren wurden beseitigt. Lionel Luther tut die Anschuldigungen seines Sohnes als Spinnerei ab und droht Lex mit der Einweisung in eine psychiatrische Anstalt.
Lionel Luther hat seinen Sohn in eine psychiatrische Anstalt einweisen lassen. Mit Hilfe von Medikamenten soll Lex' Kurzzeitgedächtnis, und somit seine Erinnerung an das Verbrechen seines Vaters, ausgelöscht werden. Als die Behandlung nicht anschlägt, überredet Lionel den Arzt, Lex einer Elektroschock-Therapie zu unterziehen. Clark beschließt, seinen Freund zu befreien. In der Anstalt warten drei alte Bekannte nur darauf, Clark in eine Falle zu locken.
Bei dem Versuch Juwelenräuber zu stoppen, blendet sich Clark mit seinem Hitzeblick selbst und verliert sein Augenlicht. Dies hindert ihn nicht daran, nach Pete zu suchen, als dieser entführt wird. Dabei macht er eine erstaunliche Entdeckung. Als Ausgleich für den Verlust seiner Sehkraft hat sich sein Gehör extrem verbessert.
Clark und Lana verüben unabhängig voneinander Attentate auf ihre Freundin Chloe. Beide hatten vor ihren Amokläufen mysteriöse E-Mails von einem Absender namens 'Brainwave' erhalten. Offenbar versucht jemand, ihre Gedanken zu manipulieren. Gemeinsam machen sie sich auf die Suche danach wer und was dahinter steckt.
Clarks Schulkollege Jordan wurde am Tag des Meteoritenschauers geboren und hat die Gabe in die Zukunft zu sehen. Im Speziellen besitzt er die Fähigkeit den Tod jedes Menschen exakt vorherzusagen. Er erzählt Clark, dass sich Coach Altman aus Trauer über den Tod seiner Tochter vor ein Auto werfen wird. Im letzten Moment kann Clark das Schlimmste verhindern. Sein Eingreifen ist erneut gefragt, als Jordan Lanas baldigen Tod prophezeit.
Clark ärgert sich über Pete, der neuerdings an illegalen Autorennen teilnimmt. Als sich Pete weigert bei einem manipulierten Rennen mitzufahren, macht ihn der Gangster Dante für den Verlust seines Wettgewinns verantwortlich. Er droht ihm mit dem Tod, sollte er das Geld nicht auftreiben. Pete wendet sich in seiner Verzweiflung an Clark, der für ihn die Summe beschaffen soll - notfalls auch auf kriminellem Wege.
Clark findet heraus, dass seine Mitschülerin Alicia ebenfalls übernatürliche Kräfte besitzt. Schwer beeindruckt von einander, verlieben sich die beiden und werden ein Paar. Es dauert nicht lange und Clark muss feststellen, dass seine Freundin eine Nervensäge ist. Als er ihr den Laufpass gibt, flippt Alicia völlig aus und wird für alle, die Clark lieb sind, zur Gefahr.
Clarks Mitschüler Garrett ist verzweifelt. Sein Bruder Vince stirbt an einer seltenen Lebererkrankung. Lionel Luther überführt den Leichnam in ein Labor und erweckt den Burschen mit einem medizinischen Experiment wieder zum Leben. Als Vince erneut an Leberversagen zu sterben droht, weiß Garrett nur noch einen Ausweg: Er will das Krankenhaus sprengen, sollte sein Bruder kein Spenderorgan bekommen. Jonathan Kent, der gerade operiert wird, käme für den geforderten Eingriff in Frage.
Clark nimmt bei der Krisen-Hotline des Jugendzentrums einen panischen Anruf von Lana entgegen. Als er im Hintergrund Schüsse hört, rast er sofort ins Talon. Dort trifft er auf eine völlig entspannte Lana, die nicht die geringsten Sorgen zu haben scheint. Schön langsam dämmert es Clark, dass der Anruf aus der Zukunft kam.
Clark sucht die Indianerhöhle auf, um mit Hilfe des achteckigen Schlüssels Verbindung zu Jor-El aufzunehmen. Dabei wird er beinahe von Lionel Luthor erwischt. Luthor wird misstrauisch. Kurz darauf wird die Farm der Kents vom FBI nach dem geheimnisvollen Schlüssel durchsucht. Zu der Zeit scheint jedoch Dr. Swann der Einzige zu sein, der weiß, wo sich dieser befindet.
Chloe bricht bei Luthor Corp. ein, auf der Suche nach belastendem Material, um die Wiedereinstellung ihres Vaters zu erzwingen. Dabei kommt sie mit Kyptonit-Gas in Berührung. Erstaunt stellt Chloe fest, dass es sich um eine Art Wahrheitsserum zu handeln scheint. Ihre Gesprächspartner können sie nicht anlügen. Nicht wissend, dass das Gas tödlich wirkt, sucht Chloe die Kents auf, um endlich die Wahrheit über Clark herauszufinden.
Lex ist überzeugt, dass ihm durch die Gehirnwäsche wichtige Informationen über die Vergangenheit seines Vaters verloren gegangen sind. Mit Hilfe Dr. Garners will er diese Erinnerungen auffrischen. Clark versucht dies verhindern, da dadurch auch sein Geheimnis ans Tageslicht käme. Doch es kommt noch schlimmer. Clark gerät in die Fänge von Lionel und des Doktors und wird durch Anwendung desselben Verfahrens dazu gebracht, seine Identität zu lüften.
Ein junger Kiwatche-Indianer stiehlt ein Messer aus Luthors Höhle. Als er plötzlich über dieselben Kräfte wie Clark verfügt, stellt er eine unheimliche Bedrohung dar. Neben Lionel Luthor hat auch Clark Probleme, den neuen Superman zu überwältigen.
Clark beschließt, Lana in sein Geheimnis einzuweihen, um den Weg für eine Beziehung mit ihr zu ebnen. Inzwischen wird Pete von einem ehrgeizigen FBI-Agenten entführt, der von ihm die Wahrheit über Clark wissen möchte. Auch Lex hat Kontakt mit dem FBI. Er möchte seinen Vater endlich hinter Gitter bringen.
Kara, eine Frau mit Superkräften, taucht auf der Kent-Farm auf. Sie ist in jegliche Geheimnisse über das Geheimnis Clark Kent eingeweiht und behauptet von Krypton zu stammen. Kara versucht Clark zu überreden, dass er ihr über ein Portal in seine wahre Heimat folgt.