Nach der Verbannung in die Phantomzone sucht Clark verzweifelt nach einer Möglichkeit, zur Erde zurückkehren zu können. Dort hat Clarks Erzfeind General Zod damit begonnen, seinen wahnsinnigen Plan umzusetzen: Er will die Erde in eine Kopie des Krypton verwandeln. Doch dazu muss Zod die Erdoberfläche erst einmal vollständig zerstören...
Lex und Lana werden im Auftrag des verbrecherischen Jungunternehmers Oliver Queen entführt. Clark will sie befreien, ist dabei aber gehandikapt: Aufgrund einer Erkältung kann er seine Superkräfte nicht voll zum Einsatz bringen... Oliver, ein alter Freund von Lex, kommt nach Metropolis...
Clark muss ein gefährliches Monster bekämpfen: Gloria ist eine Art Mischwesen aus Kryptonierin und Pflanze. Dank ihrer kryptonischen Herkunft verfügt sie über ähnliche Superkräfte wie Clark – und ist deshalb nahezu unbesiegbar...
Ein grün gewandeter Maskierter entwendet Martha auf einer Wohltätigkeitsveranstaltung eine wertvolle Kette. Bei der Suche nach dem gestohlenen Schmuckstück kommt Clark hinter das Geheimnis, wer sich hinter der Maske des Meisterdiebs „Green Arrow“ verbirgt...el testen..
Lex’ ehemaliger bester Freund Duncan liegt seit Jahren im Koma. Lex ahnt nicht, dass sein Vater Lionel den wehrlosen Duncan seither gefährlichen Experimenten unterzieht. Durch eines davon entwickelt Duncan telekinetische Kräfte – und nutzt sie, um sich aus der Ferne an seinen Peinigern aus Schulzeiten zu rächen...
Ein Phantom namens Baer, das sich nach seiner Landung in Kalifornien sofort auf den Weg nach Smallville gemacht hat, will den ihm verhassten Sohn Jor-Els zu töten. Doch Clark bekommt Schützenhilfe.
Oliver hat von der Biochemikerin Dr. Black eine Substanz entwickeln lassen, die jede Art von Wunde sofort wieder verheilen lässt. Dieses erstaunliche Medikament hilft sogar gegen Schussverletzungen jeder Art, und Oliver will es in seinem täglichen Kampf gegen die Schurken dieser Welt verwenden. Er hofft, damit ebenso unverwundbar zu werden wie sein Superheld-Kollege Clark. Fatalerweise hat das Medikament ungeahnte Nebenwirkungen: ‚Green Arrow‘ verwandelt sich zunehmend in einen aggressiven Wüterich, der sich seinen Mitmenschen gegenüber äußerst unfair und sogar gewalttätig verhält. Clark muss eingreifen, als auch Lois von der Wandlung ihres Freundes in Mitleidenschaft gezogen wird. Gelingt es Clark, Oliver den Konsum der gefährlichen Substanz zu untersagen? Oliver zeigt sich wenig einsichtig und die Lage wird noch bedrohlicher, als Lex von der Sache Wind bekommt und das ‚Wundermittel‘ für seine zunehmend dubioser werdenden Geschäfte nutzen will
Lex löst sich vor Lanas Augen in Luft auf. Wie sich herausstellt, wurde er von dem Meteoritenfreak Bronson, der mit Lex noch eine alte Rechnung offen hat, in eine andere Dimension entführt. Lana, Chloe und Jimmy starten eine waghalsige Rettungsaktion...
Jed McNally, dem die an das Land der Kents grenzende Nachbarfarm gehört, lässt illegale mexikanische Einwanderer unter menschenunwürdigen Bedingungen für sich schuften. Als Clark davon erfährt, will er dem Treiben ein Ende machen – doch leider treibt sich auf McNallys Farm auch ein gefährliches Monster herum...
Chloe bekommt in ihrer Redaktion Konkurrenz von der zickigen Klatschreporterin Linda Lake. Wie sich herausstellt, ist die dank der Kryptonit-Meteoriten mutiert und kann sich jederzeit in eine Wasserpfütze verwandeln. Dank dieser perfekten Tarnung findet Linda sogar heraus, dass Clark ein Außerirdischer ist...
Clarks alter Freund Bart, der schnellste Mann der Welt, taucht überraschend wieder in Smallville auf. Bart plant, in einer geheimen Anlage von LuthorCorp nach Beweisen gegen die Firma zu suchen. Als Bart dabei gefangen wird, will Clark ihn natürlich befreien. Überraschende Hilfe bekommt er dabei von der Superhelden-Gruppe „Justice League“...
Clark ist Patient des liebenswürdigen Dr. Hudson, der ihm nahezubringen versucht, dass er sich in seiner Obhut befindet, weil er seit vielen Jahren in einer Phantasiewelt leben würde, die nur in seinem Wahn existiert.
Lois trägt einen mit Kryptonit versetzten Lippenstift auf, der auch Clark sofort wieder zu dem altbekannten Draufgänger in schwarzer Lederkluft werden lässt, der sich über sämtliche gesellschaftlichen Konventionen hinwegsetzt.
Ein Mitglied der Security-Truppe von Lex namens hat sich unsterblich in die Frau seines verhassten Auftraggebers verliebt.
Ein blinder Ex-Mitschüler von Chloe verfügt offenbar über die Fähigkeit, Meteoritenfreaks zu identifizieren. Deshalb wird er als Spürhund für Kryptonit-Infizierte eingesetzt und schlägt bei Chloe an!
Clark überlegt, ob er Lana vor der Hochzeit sein Geheimnis anvertrauen soll. Doch das muss er gar nicht mehr: Denn Lana erfährt bzw. sieht selbst, wer Clark wirklich ist. Doch Lionel setzt Lana unter Druck...
Clark und Chloe untersuchen einen Fall und stoßen dabei auf Titan, der aus der Phantom Zone stammt. Er ist ein Kämpfer, der seine Gegner tötet. Das alles wird live im Internet gesendet. Nun versucht Clark gegen ihn anzutreten, um ihn aufzuhalten. Doch auch Lois bekommt Wind von der Sache und ermittelt auf eigene Faust... Lana verliert das Baby. Doch es sieht so aus, als stecke Lex dahinter...
Lex findet heraus, dass Chloe's Mutter spezielle Kräfte besitzt. Deshalb zwingt er sie dazu diese Kräfte für seine Zwecke zu benutzen. Doch das lässt sie nicht mit sich machen - auch Chloe und Clark unterstützen sie... Lana erfährt, dass sie nie schwanger war...
Lex wird in einem Labor von einer verrückten Frau gefangengenommen, da diese denkt, dass er etwas mit der Entführung ihres Ehemanns zu tun hat. Sie will das Labor und Lex in die Luft sprengen, wenn sie keine Antworten auf ihre Fragen erhält. Clark eilt ihm zu Hilfe. Doch die Beiden müssen ihren Haß gegeneinander unterdrücken, um heil aus der Sache herauszukommen... Lionel wurde verletzt. Im Krankenhaus konfrontiert Lana ihn mit offenen Fragen...
Lana und Lionel haben ein geheimes Treffen. Kurz darauf wird Lana angeschossen. Jimmy und Chloe versuchen den Fall aufzudecken. Dabei wird Jimmy niedergeschlagen und träumt von einer anderen Realität im Jahr 1940... Chloe findet heraus, warum Lana Lex wirklich geheiratet hat...
Lex versucht aus einem Soldaten, der angeblich in Afghanistan gestorben ist, einen Super-Soldaten zu machen. Der Senator jedoch will die ganze Sache öffentlich machen. Deshalb setzt Lex den Soldaten auf den Senator an, um diesen umzubringen. Lois bekommt dies mit und soll das nächste Opfer des Soldaten werden. Außerdem kennt sie den Soldaten aus ihrer Vergangenheit...
Clark findet heraus, warum Lana Lex wirklich geheiratet hat und will deshalb Lionel umbringen. Außerdem will Lana sich endlich von Lex trennen. Doch das scheint sehr gefährlich für sie zu werden... Lex benutzt DNA von dem letzten Phantom, um seine Super-Soldaten zu perfektionieren... Chloe findet heraus, welche Kraft sie besitzt... Lois wird beim Versuch Lex's Labor zu finden von der Scurity geschnappt und schwer verletzt...