Clark hat sich nicht nur mit Lois herumzuschlagen, die ihm fälschlicherweise Anzüglichkeiten zuschreibt und sehr übel nimmt. Chloe hat massive Probleme nach ihrem Unfall und im Krankenhaus kann man nichts mehr für sie tun - sie stirbt an den Folgen. Doch dank des Eingreifens von Clark erwacht sie wieder, allerdings in der ungemütlichen Umgebung einer Leichenkammer. Doch das größte Problem hat Clark mit Bizarro Clark: Es ist eine Art Doppelgänger, äußerlich absolut identisch und mit enormen Fähigkeiten ausgestattet, allerdings ohne jedes Gefühl für Menschlichkeit. Und Clarks Alter Ego ist schwer zu bekämpfen. Er geht über Leichen, um seine Idee von der Zerstörung der Erde umzusetzen. Doch Clark gelingt es, ihn in seine Grenzen zu verweisen. Er kann eine gigantische Überschwemmung, die nach einem Deichbruch drohte, in letzter Sekunde verhindern...
Gemeinsam mit Clark entdeckt Lois ein unbekanntes Flugobjekt. Als neugierige Journalistin will sie natürlich gleich Fotos machen, doch dabei wird sie angegriffen und verliert das Bewusstsein. Clark entdeckt die Angreiferin namens Kara und erfährt von ihr, dass sie wie er vom Planeten Krypton kommt, aber offenbar viele Jahre in einem totenähnlichen Dämmerzustand verbracht hat. Sie ist seine Cousine und hat einen Auftrag ihres Vaters auszuführen. Doch jetzt erfährt sie, dass Krypton nicht mehr existiert und sie muss einen neuen Weg gehen. Als Lois aus der Ohnmacht erwacht, will sie unbedingt eine Geschichte über das UFO bringen, obwohl Chloe ihr heftig davon abrät. Der neue Chefredakteur des "Daily Planet" Mister Grant, erfährt davon und will Lois gleich einen Job anbieten. Lex Luthor weiß, dass seine Lana nicht tot ist, sondern dass an ihrer Stelle ein Klon ums Leben kam. Er kann sie mit Hilfe eines Detektivs in China ausfindig machen und versucht, mit ihr ins Reine zu kommen. Und auch Clark nimmt Kontakt zu jemandem aus einer anderen Welt auf: zu seinem Vater! Der rät ihm, vor Kara auf der Hut zu sein...
Clarks Cousine vom Planeten Krypton, Kara, bereitet ihm große Kopfschmerzen. Er versucht, sie davon zu überzeugen, dass sie ihre Fähigkeiten nur dosiert einsetzt. Entgegen Clarks Warnung nimmt Kara aber an dem Miss Sweet Corn Schönheitswettbewerb teil. Doch auch die dortige Konkurrenz verfügt über besondere Kräfte: Die drei meteor-infizierten Mädchen Tyler, Carly und Tempest nutzen ihre Macht, um eine Schatzkarte zu stehlen, die zu einer versteckten Zeitkapsel in Smallville führen soll. Nachdem Tyler bemerkt hat, dass auch Kara übermenschliche Kräfte besitzt, heucheln die Mädchen Freundschaft vor, in Wahrheit wollen sie Kara aber nur für ihren hinterhältigen Plan missbrauchen... Lex scheint wie ausgewechselt: Er bittet jeden um Entschuldigung für seine früheren Übeltaten und möchte nur noch seine Retterin wieder finden. Und er er glaubt, sie gefunden zu haben: Kara.
Chloe leidet unter ihrer Meteor-Infektion und unter ihrem herrischen neuen Chefredakteur, dem sie unbedingt eine Story liefern will. Beides veranlasst sie dazu, Doktor Knox aufzusuchen, einen Mann, dessen zweifelhafte Behandlungsmethoden ihn auch für Lex interessant werden ließen. Lex hat sich Knox' Kenntnisse zunutze gemacht, um seinen "Patienten" das Erinnerungsvermögen zu nehmen. Doch insgeheim verfolgt Doktor Knox auch einen eigenen Plan. Er sucht Spenderorgane für seine todkranke große Liebe Sophia, und da kommt ihm Chloe gerade recht. Dank ihrer Kryptonit-Verseuchung hat sie das perfekte Herz, das er immer gesucht hat. Zum Glück erscheint – kurz bevor der Arzt ans Werk gehen kann – Clark, um die Situation zu retten. Allerdings gelingt es erst dem Marsianer John, den unsterblichen Doktor Knox von seinem Vorhaben abzubringen. Zu allem Überfluss muss Clark auch Lex aus Knox' Gefangenschaft befreien, was er nur höchst ungern tut. Und dann ist da auch noch seine Cousine Kara, die ihm familiäre Illoyalität vorwirft...
In Smallville wird gerade der Spielfilm "Warrior Angel" gedreht. Leider verlaufen die Dreharbeiten ganz und gar nicht nach Plan, denn Hollywood-Star Rachel Davenport wird von einem Unbekannten bedroht und fürchtet nun um ihr Leben. Glücklicherweise ist Clark immer zur Stelle, um ihr beizustehen. Gemeinsam mit Chloe findet er schließlich sogar heraus, warum die Schauspielerin so massiv bedroht wird: Ein offensichtlich verwirrter Warrior-Angel-Fan ist mit dem Schluss des Films nicht einverstanden, denn im Gegensatz zum Original-Comic bleibt Rachel, die die Geliebte von "Warrior Angel" spielt, am Leben. Das versucht der Fan mit allen Mitteln zu verhindern...
Kara muss unbedingt den Kristall aus dem Raumschiff zurückbekommen, denn er ist ihre letzte Erinnerung an Krypton. Dafür bricht sie sogar im Geheimlabor des Heimatschutzministeriums in Washington ein. Doch sie wird dabei von Agent Carter überrascht, dem es gelingt, sie mit Kryptonitflüssigkeit gefügig zu machen. In ihrem Rausch erzählt Kara ihm alles, was er wissen will: Agent Carter erfährt, wie Clark auf die Erde gekommen ist und dass seine leibliche Mutter eine gewisse Lara ist. Unterdessen ist Clark bereits zu Karas Rettung aufgebrochen und erscheint gerade noch rechtzeitig. Doch dann fällt auch er der Kryptonitflüssigkeit zum Opfer und sieht seine Mutter Lara in Karas Erinnerungen...
Durch eine unglückliche Verkettung übertragen sich Clarks Fähigkeiten auf Lana, und die beiden erleben eine berauschende und wunderbare Zeit, bis Lana erkennt, dass sie ihre neuen Kräfte einsetzen kann, um ihre alten Rachegelüste zu befriedigen. Sie kämpft gegen Lex. Sie entdeckt seine Geheimnisse und bekämpft skrupellos jeden, der sich ihr in den Weg stellt, auch Clark. Der liebt sie aufrichtig und möchte unbedingt, dass die alte Lana wieder zum Vorschein kommt. Gemeinsam mit Chloe entdeckt er Lanas geheime Kommandozentrale in der Isis-Stiftung. Und es gelingt ihm, dafür zu sorgen, dass Lana die neu erworbenen Kräfte wieder verliert. Damit erhält ihre Liebe eine zweite Chance. Allerdings können sie nicht verhindern, dass eine seltsame Flüssigkeit, die in Lex' Laboren freigesetzt wurde, ein Eigenleben entfaltet...
Endlich steht Clark seiner leiblichen Mutter Lara gegenüber. Und er ist sehr glücklich. Doch Lara schenkt ihm einen Ring, der ihn seiner kryptonischen Kräfte beraubt. Und er erkennt, dass er ein Werkzeug von Zor-El geworden ist, dem Vater von Kara, der nur ein Ziel hat: mit Lara zusammen die kryptonische Rasse neu aufzubauen. Doch Lara verweigert sich und es kommt zu einem Showdown. Mit Hilfe eines Tricks kann Clark Zor-El töten, aber das bedeutet auch für Lara das Ende. Nur Kara kann sich retten. Doch Clark hat keine Ahnung, wo sie geblieben ist. Auch sein Vater ist nicht bereit, ihm zu helfen. Doch nicht nur in Clarks Familie sind die Verhältnisse verworren, auch bei Lex Luthor ist einiges im Argen. So erfahren wir, dass Lex einen Bruder hat, Gabriel, der eigentlich Julian Luthor heißt. Aber Lex versucht alles, um die wahre Identität seines Bruders geheimzuhalten und schreckt auch nicht davor zurück, seinen Bruder auszuspionieren und ihn dazu zwingen zu wollen, mit seiner Liebe Lois Lane Schluss zu machen. Doch es ist immer gleich: Es ist schwer, den Lauf der Welt beeinflussen zu wollen…
Lois Lane ist von Lex Luthor auserkoren worden, um eine Enthüllungsstory über ihn zu schreiben. Doch da tritt ein gewisser Adrian in Lois’ Leben und setzt sie extrem unter Druck, angebliche Menschenexperimente von Lex Luthor zu veröffentlichen. Adrian schreckt auch nicht vor Gewalt zurück. Und er bedroht Chloe, um seinen Forderungen Nachdruck zu verleihen. Doch auf die Angriffe von Adrian und Lois reagiert Lex Luthor in gewohnter Weise. Er bringt Adrian um und kauft die Zeitung. Aber sein Bruder Grant hat jetzt erfahren, dass er auch das Ergebnis seines Menschenexperiments ist. Ein Klon, erschaffen, um für Lex den Bruder zu spielen. Eine schlimme Vorstellung. Und er bittet Luthor, ihm seinen freien Willen zu lassen, was auch bedeutet, dass er mit Lois Lane Schluss machen muss. Ein anderes Pärchen kommt glücklich wieder zusammen. Clark kehrt von der Festung zurück und entdeckt seine Liebe zu Lana neu. Und Lana entschließt sich, ihm gegenüber ehrlich zu sein und ihm ihre Recherchen über Lex Luthor zugänglich zu machen. Noch ein anderes Pärchen erlebt ein Auf und Ab: Chloe und Jimmy. In der Stunde der Todesbedrohung gestehen sie sich noch einmal ihre Zuneigung und küssen sich innig, doch als die Gefahr, dank Clark, ausgestanden ist, hakt es wieder bei den beiden ein bisschen.
Während Clark weiter eingefroren ist, übernimmt Bizzaro als Clarks Phantom dessen ganzes Leben, auch die Beziehung zu Lana. Clark muss Bizzaro für immer aus dem Weg schaffen oder alles, was er aufgebaut hat, gerät in Gefahr, vor allem seine Liebe zu Lana. Doch allein vermag Clark nichts auszurichten. Er braucht die Hilfe des Kryptoniers Dax-Ur, der sich ebenfalls auf der Erde eingerichtet hat. Und es gibt noch jemanden aus der alten Welt: Brainiac, ein gefallener Engel, ein Mann, dem klar ist, dass sein Leben schiefgelaufen ist und der jetzt neue Energie bei Dax-Ur tanken will. Doch das größte Problem hat Lex Luthor. Er glaubt, sein Bruder Gabriel könnte ihm im Verhältnis zu seinem Vater gefährlich werden. Aus diesem Grund lässt Lex seinen Bruder töten...
Lois Lane gerät in ein echtes Gefühlschaos. Die Beziehung zu Grant Gabriel ist beendet. Da taucht Oliver Queen wieder auf, ein toller, schwerreicher Mann, der sich den Kampf für die Gerechtigkeit auf die Fahne geschrieben hat und unter seinem Namen Green Arrow bekannt ist. Er bekommt es mit einer Handlangerin von Lex Luthor zu tun: Dinah, die Sirene. Auch sie kämpft für die Gerechtigkeit und glaubt mit Luthor auf der richtigen Seite zu sein. Doch sie muss erkennen, dass sie sich geirrt hat, und Lex Luthor der Verbrecher ist, den es in Wahrheit zu bekämpfen gilt. Sie schließt sich Oliver und seinem Kampf an. Oliver hätte zwar gerne wieder mit Lois einen neuen Versuch gewagt, aber Lois ist nach der Enttäuschung mit Gabriel nicht mehr in der Lage, noch einmal eine Beziehung einzugehen, die so kompliziert sein könnte. Während sie versucht mit einem Riesenbecher Eis alleine ihren Frust abzubauen, gelingt es Clark und Lana einen Schritt aufeinander zuzugehen und es noch einmal miteinander zu versuchen.
Lex ist mit Lois nach Detroit gefahren, um Kara zu suchen. Diese hat das Gedächtnis verloren und arbeitet als Bedienung in einem Restaurant. Lex verspricht ihr Hilfe und Kara ist überglücklich. Doch gerade als Lex mit ihr und Lois zurückkehren will, werden sie von Finley überrascht, der "Linda", wie er Kara nennt, als sein Eigentum betrachtet. Er schießt Lex Luthor in den Kopf. Der lebensgefährlich Verletzte wird gefunden und in eine Spezialklinik gebracht, wo sich Lionel Luthor um seinen Sohn kümmert. Gemeinsam mit Experten von LuthorCorp überlegen sie, wie man Lex retten könnte, und stoßen auf ein altes Versuchsprojekt, das es ermöglicht, in das Bewusstsein anderer Menschen einzudringen. Clark ist bereit, diese Reise zu unternehmen. Eine Reise, die auch ihn bis an seine Grenzen führen wird. Denn er sieht nicht nur, wo Kara sich befindet – sondern er erkennt auch Lex’ Innerstes und sieht den oft so skrupellosen Luthor-Spross jetzt mit anderen Augen...
Kara kämpft immer noch damit, ihre Erinnerungen zurückzubekommen. Clark glaubt, der Armreif, den sie verloren hat, könnte ihr dabei helfen. Inzwischen hat aber auch Lex herausgefunden, dass dieser Armreif im Tresor seines Vaters liegt. Er beschließt, sich das Schmuckstück zu beschaffen. Auch anderswo in Smallville braut sich Unheil zusammen: Pete ist nach Smallville zurückgekehrt. Er verfügt dank kryptonitgverseuchter Kaugummis über gewaltige Kräfte und rettet mit ihnen Kara prompt das Leben. Jimmy, der zufällig Zeuge dieser Aktion wird, möchte Pete zum Helden des Tages machen; ein Gedanke, der Pete auch durchaus nicht unangenehm zu sein scheint. Doch schon bald stößt Pete an seine Grenzen: Erst will er Lex vernichten, doch dann lässt er sich von diesem sogar anheuern, den Armreif aus Lionels Tresor zu stehlen. Dabei wird er von Clark erwischt. Als seine Kryptonitkräfte allmählich nachlassen, erkennt Pete, dass das Heldendasein doch nicht so erstrebenswert ist, wie er glaubte...
Lionel Luthor wird unter Druck gesetzt. Irgendjemand scheint zu wissen, dass er die Mitglieder eines Geheimbundes, zu dem er früher gehörte, umgebracht hat. Patricia, die Tochter eines der Opfer glaubt, dass ihr Vater die Existenz eines Reisenden aus einer fernen Galaxis bemerkte und deshalb sterben musste. Der Reisende war Clark Kent, aber Lionel Luthor wollte den Reisenden für sich alleine. Um sein Ziel nicht zu gefährden, lässt er Clark in einen Kryptonit-Käfig sperren. Chloe und Lana erkennen, dass niemand außer Kara Clark helfen kann. Doch die hat ihre Kräfte verloren. Nur eine Operation könnte ihr helfen. Doch dazu müsste sie Lex Luthor vertrauen...
Patricia Swann wurde ermordet. Sie war die letzte, die abgesehen von Lionel Luthor das Geheimnis des Veritas-Club kannte. Clark vermutet nicht zu Unrecht, dass Lionel hinter diesem Mord steckt. Doch der versucht alles, um den Verdacht von sich auf Lex abzulenken. Kara beschließt, Clark das Fliegen beizubringen. So will sie dessen Chancen im Kampf gegen Brainiac erhöhen.
Lex Luthor ist besessen von dem Wunsch, den zweiten Schlüssel zu einem Züricher Bankschließfach zu finden, in dem ein Umschlag mit dem Geheimnis des Reisenden verborgen ist. Für diesen Schlüssel geht er über Leichen. Er stürzt seinen Vater Lionel aus dem Fenster, um ihn aus dem Weg zu räumen. Dummerweise hat just in diesem Augenblick Jimmy auf den Auslöser seiner Kamera gedrückt und die Szene festgehalten. Chloe gelingt es, das Foto zu entschlüsseln. Doch Gina, die treue Assistentin von Lex, schlägt Chloe nieder und vernichtet alle Beweise. Clark weiß nun, dass sein Geheimnis in Gefahr ist, und dass Lex alles tun wird, um dadurch die Kontrolle über ihn zu gewinnen. Das muss er verhindern, egal wie...
Chloe versucht verzweifelt Kara und Brainiac in den Weiten des Universums zu finden. Eine so groß angelegte Suche bleibt natürlich nicht unbeobachtet. Tatsächlich erscheint die Bundespolizei in Gestalt von Agent Webber, die sich zunächst Jimmy vorknöpft, um ihn davon überzeugen, dass Chloe eine terroristische Aktivistin ist. Jimmy fällt es schwer, das zu glauben, aber er ist sich in der Sache nicht ganz sicher. Er kooperiert mit der Agentin, glaubt er nach wie vor an Chloes Unschuld. Wenig später wird Chloe überwältigt, aber sie hat inzwischen eine Spur von Kara entdeckt. Sie glaubt, diese könnte auf Krypton in einer anderen Zeitdimension gelandet sein und versuche von dort Warnungen an Kal-El zu schicken, die dessen jetzige Existenz beeinträchtigen. Doch Lex Luthor kann sie aus den Fängen der Bundespolizei befreien...
Clark ist verzweifelt und glaubt, dass sein Dasein auf der Erde immer nur für Probleme gesorgt hat. Doch dann bekommt er Einblick in eine alternative Realität, in der er nicht auf der Erde gelandet ist: Ohne ihn wäre Lex Luthor mittlerweile zum Präsidenten der Vereinigten Staaten gewählt worden, und das Schicksal der Welt würde von Brainiac gelenkt, dessen Auftrag lauten würde, die Erde endgültig zu vernichten. Clark erkennt, dass seine Existenz auf der Erde wichtig und notwendig ist - und auch in Zukunft bleibt!
Lex glaubt, in einem alten Kryptographen die Lösung für das Rätsel des Reisenden zu finden, nachdem er von einem Unbekannten Zeichen auf die Brust geritzt bekam. Doch auch Chloe und Clark scheinen ihr Rätsel lösen zu können. Alles führt zu einer Kirche in Montreal, und dort taucht Teague auf, dem es gelungen ist, unentdeckt zu überleben. Er will das Vermächtnis von Dr. Swann vollenden. Er glaubt, dass er die Welt nur schützen kann, wenn er den Reisenden seiner Kräfte beraubt, um ihn für seinen Feind unschädlich zu machen. In dieser Situation wird Clark von Chloe befreit, aber ein Ende des ewigen Kampfes ist nicht in Sicht, zumal Lex der Lösung auf einem Flug nach St. Kilda ein ganzes Stück näher kommt...
Kara erzählt Lex, dass er dazu bestimmt sei, den "Reisenden" zu besiegen und erklärt sich bereit, ihn zur Festung der Einsamkeit mitzunehmen und ihm zu erklären, wie er das anstellen kann. Clark ist erstaunt, dass Kara zu Lex geht, aber es wird klar, dass Brainiac sich als Kara tarnt. Die echte ist in der Phantomzone eingesperrt! Chloe wird vom Innenministerium festgenommen und Lana erwacht aus ihrem komatösen Zustand. In einer epischen Schicksalswende treffen sich Clark und Lex in der Festung der Einsamkeit und Lex erfährt von Clarks Geheimnis.