Clark ist bereit, sein Training bei Jor-El wieder aufzunehmen. Er möchte wissen, warum er im Gegensatz zu seiner Cousine Kara nicht fliegen kann. Jor-El eröffnet ihm, dass er immer noch zu sehr ein Mensch sei und sich von seinen Freunden lossagen muss. Als kurz darauf Chloe Clark bittet, mit dem Ring der Legion in die Vergangenheit zu reisen und so Jimmy zu retten, lehnt Clark ab. Lois kehrt von ihrem Ausflug in die Zukunft zurück, den sie mit dem Legion-Ring unternommen hat, kann sich aber an nichts mehr erinnern. Kurz nach ihr trifft eine unbekannte Kämpferin auf der Erde ein, die es auf Clark abgesehen hat. Sie besitzt dieselben Kräfte wie er und will ihn töten ...
Lois neuer Kollege Corben wird von einem Wagen überfahren. Als er wieder zu sich kommt, muss er feststellen, dass ihm von einem Unbekannten einige merkwürdige Geräte implantiert worden sind. Offenbar wurden hierbei Technologien verwendet, die zuvor aus Einrichtungen von LuthorCorp gestohlen wurden. Im Krankenhaus eröffnet ihm Doktor Emil, dass nun anstelle seines Herzens ein Stück Meteoritengestein den Körper mit Energie versorgen würde. Zu den Nebenwirkungen dieser Operation zählt ein chronisch erhöhter Adrenalinspiegel, der äußerst aggressives Verhalten auslöst. Das Krankenhauspersonal wird Zeuge eines ersten Wutanfalls. Lois, die trotz Auseinandersetzungen mit Tess ihre Stelle beim "Daily Planet" behält, soll über diesen Fall berichten. Corben wiederum hat nichts anderes im Sinn, als die Identität des mysteriösen "Rot-blauen Fleck" zu lüften und ihn umzubringen. Dieser unbändige Hass rührt daher, dass Corbens Schwester von einem Killer ermordet worden war, der dank Clarks Eingreifen aus der Haft entfliehen konnte. Corben hofft nun, dass Lois ihn auf die richtige Spur führen kann ...
Ein gefährliches Virus verbreitet sich in Windeseile in der Stadt. Die Infizierten fallen anfangs in einen tiefen Schlaf und erwachen dann als Zombies. Tess gehört zu den ersten Opfern. Bei ihrem Besuch im Krankenhaus können Lois und Clark eine Blutprobe von Tess entwenden. Chloe und Doktor Emil gelingt es, das Virus zu analysieren und ein Gegenmittel herzustellen, das sowohl in die städtische Wasserversorgung als auch in die Atmosphäre eingespeist wird. Dazu ist jedoch das Blut einer besonderen Blutgruppe erforderlich, nämlich der von Davis Bloome. Glücklicherweise hat Clark dieselbe Blutgruppe, so dass er das benötigte Blut spenden kann.
Tess spürt den ziemlich heruntergekommenen Oliver Queen in Mexiko auf und kann ihn dazu bewegen zurückzukehren, um die aufgebrachten Aktionäre seines Unternehmens zu beruhigen. Unterdessen sieht sich Clark mit der Tatsache konfrontiert, dass er in der Lage ist, Gedanken zu lesen. Auch wenn das für sein jeweiliges Gegenüber durchaus peinlich werden kann, verbessert sich sein Verhältnis zu Lois dadurch schlagartig. Sie verabreden sich zum ersten Mal, einen Abend gemeinsam zu verbringen. Doch dann ist Clark leider gezwungen, Lois zu versetzen. Der wahnsinnige "Toyman" hat es auf die Aktionärsversammlung von Queen Industries abgesehen, wo Oliver seine Rede halten wird. "Toyman" will Oliver zwingen zuzugeben, dass er für den Tod von Lex Luthor verantwortlich ist. Ansonsten droht er, alle Anwesenden mit einer Bombe zu töten. Jetzt kommt Clark seine neue Fähigkeit zugute. Mit Hilfe von Chloe gelingt es ihm, das Schlimmste zu verhindern.
Oliver Queen wird in einem Casino von der geheimnisvollen Schönheit Victoria zu einem Spiel eingeladen. Er schluckt eine rote Pille - und erwacht kurz darauf in einem Sarg. Als er sich befreit erfährt Oliver von einer Stimme aus einem Lautsprecher, dass das Spiel bereits läuft und er es nur durch ein Codewort beenden kann - dass Oliver aber nicht kennt. Das Spiel nimmt seinen tödlichen Lauf, bis Oliver erneut auf Victoria trifft. Diese wird nun ebenfalls von den Hintermännern des Spiels gejagt und auf der Flucht erschossen. Der Verdacht fällt auf Oliver, der verhaftet und vom FBI verhört wird. Dabei erfährt er, dass er Opfer einer betrügerischen Bande geworden ist, die es auf sein Geld abgesehen hat. Doch auch das erweist sich kurz darauf als Lüge. Mit Hilfe von Chloe und Clark versucht Oliver nun, die Wahrheit herauszufinden.
Clark soll Lois helfen, einen TV-Job als Moderatorin zu bekommen. Die Überraschung ist groß, als die beiden als Team engagiert werden. Für die erste Sendung sollen beide Erfahrungen mit Blind Dates sammeln. Chloe macht sich währenddessen weiter auf die Suche nach den Kandorianern und versucht an Informationen auf Tess' Computer zu gelangen. Stuart gelingt es jedoch, ihre Angriffe abzuwehren. Clarks Blind Date war ein voller Erfolg. Nun will Lois ihn übertrumpfen und bittet Oliver um ein paar Tipps. So lernt sie die Prostituierte Mia kennen, die Lois für seine neueste Eroberung hält. Tatsächlich bemüht sich Oliver jedoch darum, Mia von der Straße zu holen, indem er ihr anbietet sie auszubilden. Er weiß nicht, dass Mia ein doppeltes Spiel spielt. Gleichzeitig präsentiert Tess den Aktionären von LuthorCorp stolz ihr neuestes Projekt: ein Solarhochhaus. Da tritt Zod auf zu ihrer Überraschung, der sich als Planer in diesem Projekt zu erkennen gibt. Zod will aber vor allem Tess dazu bringen, den 'Fleck' auszuliefern ...
Ein Blick in die Vergangenheit auf Krypton: Jor-El hat es, entgegen dem Befehl des Herrscher-Rats, gewagt, ein Klon-Experiment abzubrechen. Dank des Eingriffs von Major Zod wird Jor-El freigesprochen, allerdings unter der Bedingung, dass er seine Klonversuche, sowie den Bau der Kugel, fortsetzt, um das Überleben der Kryptonier zu sichern. Zod erwartet als Gegenleistung, dass Jor-El seinen toten Sohn aus den Zellen eines Haarbüschels wieder auferstehen lässt. Doch Jor-El weigert sich. In der Gegenwart begibt sich Zod auf die Suche nach Jor-El, der auf der Erde gesichtet wurde. Zod hält Jor-El für den 'Fleck', der seiner Meinung nach die Kandorianer ihrer Kräfte beraubt hat. Gleichzeitig ziehen Oliver und Clark auf der Suche nach kryptonischen Symbolen durch die türkische Wüste. Hier entdeckt Clark das Zeichen seines Vaters Jor-El.
Die Superhelden-Zwillinge Zan und Jayna tauchen in Metropolis auf. Sie sind ein großer Fan des „Flecks“ und wollen ihn bei seinen Heldentaten unterstützen. Doch den beiden fehlt es eindeutig an Erfahrung, und so enden ihre gutgemeinten Taten meist im Chaos. Als Chloe herausfindet, dass sie hinter den Taten stecken versucht sie Zan und Jayna klarzumachen, dass sie Clark mit ihren Aktionen mehr schaden als helfen.
Lois ist von Tess aus dem Krankenhaus entführt worden, wohin Clark sie nach einem Ohnmachtsanfall gebracht hatte. Tess will endlich herausfinden, was sich hinter den merkwürdigen Träumen von Lois verbirgt. Nachdem Lois an eine Maschine angeschlossen wurde, findet Tess ihre Vermutung bestätigt: Lois erinnert sich im Traum an jene drei Wochen, die sie in der Zukunft verbracht hat. So findet Tess heraus, wie die Welt in einem Jahr ausschaut: Zod ist es gelungen, mit Hilfe des Solar-Hochhauses das gelbe Licht der Sonne in ein rotes Licht zu verwandeln, und unter der roten Sonne können die Kandorianer ihre ganze Macht entfalten. Als auch Clark die Zukunft sieht beschließt er, Zod aufzuhalten …
Nach einem Partybesuch wird Lois von einem Pfeil in die Schulter getroffen. Der Bogenschütze sieht Oliver als „Green Arrow“ verdächtig ähnlich, so dass zunächst Eifersucht als Motiv naheliegt. Doch dann wird auch Chloe Ziel eines Anschlags. Oliver hat daher den Verdacht, dass sein alter Meister Vordigan, der ihm das Bogenschießen gelehrt hat, hinter diesen Anschlägen steckt. In dem geheimen Bogenschützenbund herrschen strenge Regeln: keine Geliebte, keine Verbündete, keine Schüler außerhalb dieses Bundes. Und gegen alle diese Regeln hat Oliver verstoßen. Als Vordigan Mia entführt, nimmt Oliver den Kampf gegen seinen Meister auf.
Chloe trifft einen Mann namens Sylvester Pemberton, der behauptet, Clark, Oliver und die anderen Superhelden zu kennen. Bevor er mehr erzählen kann, wird er von einem Unbekannten mit Eisgeschossen ermordet. Chloe setzt nun alles daran, um die Sache aufzuklären. Sie und Clark finden heraus, dass Pemberton eine Gruppe von Freunden wieder zusammenbringen wollte. Dabei handelt es sich um ehemalige Superhelden, die früher Mitglieder der Justice Society of America waren. Der Mörder, ein Superschurke namens Icicle, hat es auf die Mitglieder der Gruppe abgesehen. Er hat seine Eiskräfte von seinem Vater geerbt, der vor vielen Jahren von der JSA besiegt wurde, wofür er sich nun rächen will. Clark, Oliver und John Jones schließen sich mit Dr. Fate, Hawkman und Star Girl zusammen, um gemeinsam Icicle aufzuhalten. Lois erhält währenddessen Informationen von einer Frau namens Amanda Waller, deren Organisation Checkmate ein umfangreiches Wissen über die Superhelden zu besitzen scheint…
Auf einer Comicmesse trifft Clark die Magierin Zatanna. Sie erzählt ihm, dass ihr Vater ein bestimmtes Comicheft mit einem Fluch belegt hat. Ausgerechnet dieses Heft wird von einem Jungen gestohlen, der daraufhin Superkräfte entwickelt. Doch der Fluch hat auch negative Folgen ...
Nachdem er mit Edelsteinkryptonit in Berührung kommt hat Clark die Fähigkeit, Menschen allein mit seinen Worten zu manipulieren ...
Ein Wissenschaftler, der von Kandorianern für Experimente missbraucht wurde, will sich rächen und den Menschen die Wahrheit über die angebliche Invasion von Außerirdischen vor Augen führen ...
Clark Kent und Freundin Lois Lane planen ein gemeinsames Wochenende im romantischen Schottland. Dort stoßen sie auf Oliver und Chloe, welche sich ebenfalls näher gekommen sind. Doch das Glück der beiden Paare gerät in große Gefahr, als sie mit einem uralten, Männer mordenden Geist konfrontiert werden ...
Oliver hilft einer jungen Frau, die von bewaffneten Männern angegriffen wird. Kurz nach ihrer Rettung schlägt das angebliche "Opfer" Oliver nieder. Es handelt sich um Tess Mercer, die Oliver im Auftrag der Organisation Checkmate entführen soll. Chloe informiert Clark darüber, dass sie den Kontakt zu Oliver verloren hat. Da sämtliche Überwachungskameras zum Zeitpunkt von Olivers Verschwinden plötzlich ausgefallen sind ahnt sie bereits, dass das kein Zufall sein kann. Clark findet heraus, dass John Jones ebenfalls im Fall von Olivers Entführung ermittelt und ihm vermutlich Informationen vorenthält.
Nachdem Clark erfahren hat, dass Chloe gemeinsam mit Oliver im ganzen Land Lager mit Meteoritengestein angelegt hat, wendet er sich von ihr ab und verbrüdert sich stattdessen mit Zod. Unterdessen sucht Chloe Tess auf. Beide haben ein Interesse daran, Clarks Normalzustand wieder herzustellen. Corben wird in die Festung der Einsamkeit geschickt, indem sich Zod und Clark befinden. Im Kampf verliert Corben den Chip und kann nun nicht mehr ferngesteuert werden. Wieder ganz er selbst, befreit Corben Clark von den Wirkungen des roten Kryptonits, aber dennoch sieht Clark von nun an in Zod einen Bruder.
Maxwell Lord, auch der schwarze König genannt und Mitglied von "Checkmate", will mit Hilfe von Sacks herausbekommen, wer sich hinter dem "Fleck" verbirgt. Sein erklärtes Ziel ist es, alle Außerirdischen auf der Welt zu eliminieren. Sacks liefert ihm also verschiedene Personen, die den "Fleck" bereits gesehen haben - unter anderem auch Lois ...
Tess gelingt es, in den Wachturm einzudringen. Als Chloe sie aufhalten will werden dabei die Sicherheitssysteme aktiviert. Chloe und Tess sind nun im Wachturm eingeschlossen. Chloe findet heraus, dass der Wachturm die Systeme aufgrund eines Sicherheitslecks abgeriegelt hat. Checkmate hat Tess einen Sender implantiert, mit dem sie den Wachturm ausfindig machen wollen ... Clark versucht unterdessen, Zod zur Rede zu stellen, da er sich gegenüber Lois als Fleck ausgegeben hatte. Oliver unterstützt ihn dabei, wird aber von Zod schwer verwundet. Faora und die übrigen assimilierten Kandorianer warten auf die Rückkehr von Zod, da sie sich ihm wieder anschließen wollen. Clark gelingt es, Faora von der Bösartigkeit Zods zu überzeugen. Dabei erfährt er, dass Faora von Zod ein Kind erwartet. Als Faora kurz darauf von Checkmate gefangen genommen wird, ist sie bereit, Zod zu verraten. Zod hingegen geht zum direkten Angriff auf Checkmate über ...
Überraschend taucht Martha Kent auf, um Clark nach langer Zeit mal wieder einen Besuch abzustatten. Begleitet wird sie von ihrem neuen Lebensgefährten, dem Journalisten Perry White. Die Situation beim gemeinsamen Familienabendessen ist angespannt, denn Lois verspürt das dringende Bedürfnis, ihrem Leben einen höheren Sinn zu verleihen und fühlt sich da von Clark nicht unterstützt. Also beschließt sie, die Beziehung vorübergehend ruhen zu lassen.
Zod möchte nach wie vor in dem Besitz des Buches von Rao gelangen. Erneut nimmt er Kontakt mit Lois auf, indem er sich als der Fleck ausgibt. Doch Lois ist skeptisch und stellt ihm eine Falle. Daraufhin zeigt Zod Lois gegenüber sein wahres Gesicht und greift sie an. Clark ist jedoch zur Stelle um die zu retten. Später bitte Lois Clark, ihr endlich die Wahrheit zu sagen. Doch er lehnt ab. Unterdessen hat der kandorianische Krieg begonnen. Chloes Heldenteam schwärmt in alle Richtungen aus, doch dann bricht das ganze Satellitensystem zusammen. Glücklicherweise hatte Oliver rechtzeitig einen neuen Satelliten in den Himmel geschickt, der jetzt nur noch aktiviert werden muss. Doch die Kontrollanlage wird schwer bewacht. Clark erkennt, dass der Konflikt gegen Zod nur dann friedlich beigelegt werden kann, wenn er mit Hilfe des Buches von Rao alle Kandorianer, sich selbst eingeschlossen, auf einen anderen Planeten transportiert. Die Kandorianer, die an Zod zu zweifeln beginnen, sind bereit, mit Clark die Erde zu verlassen. Es kommt zum entscheidenden Kampf zwischen Zod und Clark ...