Commander Michael Burnham des Föderationsraumschiffs U.S.S. Shenzhou stellt die friedfertige Haltung ihres Captains infrage, als sie auf eine feindliche Macht treffen.
Während des Angriffes auf das Schiff bricht Burnham aus der Arrestzelle aus und unterstützt den Captain bei einem gewagten Plan zur Vermeidung eines drohenden Krieges.
Michaels Shuttle wird von Captain Gabriel Lorca von der mysteriösen U.S.S. Discovery abgefangen, der ihr befiehlt, an einer gefährlichen Mission teilzunehmen.
Voq muss bei der Verfolgung von T'Kuvmas Zielen eine große Herausforderung bewältigen. Michael entdeckt indes eine mögliche Lösung für die Antriebsschwierigkeiten.
Als Lorca von den Klingonen entführt und mit einem merkwürdigen Mithäftling eingesperrt wird, wird die Discovery beauftragt, ihn Michaels Zweifeln zum Trotz zu retten.
Michael nutzt ihre Verbindung zu Sarek, um diesen nach dem Mordanschlag, bei dem er verwundet wurde, aufzuspüren. Lorca hat mit einem Überraschungsgast zu tun.
Der Angreifer auf die Discovery, der das Schiff dessen ehemaligen Entführern liefern will, kommt Lorca und Lt. Tyler vom klingonischen Gefängnisschiff bekannt vor.
Michael, Ash und Saru erforschen einen Planeten mit einzigartigen Kommunikationsmerkmalen, während Lorca in den Kampf zieht und Admiral Cornwell versucht, zu entkommen.
Lorca ignoriert einen direkten Befehl und schickt Burnham und Tyler auf eine Mission, die Tarnvorrichtung der Klingonen an Bord des feindlichen Flagschiffs zu überwinden.
Während Tyler mit posttraumatischem Stress kämpft, landet die Discovery aufgrund eines Antriebsfehlers in einem Paralleluniversum, wo viele Rollen vertauscht sind.
Tilly schlägt zur Rettung von Stamets ein radikales Vorgehen vor. Derweil weigert sich Michael, Kontakt zum Anführer eines versteckten Rebellenlagers aufzunehmen.
Stamets ist in einem Myzelium-Netzwerk gefangen und läuft dort bekannten Gesichtern über den Weg. Michael hat beim Treffen mit dem Kaiser mit ihren Gefühlen zu kämpfen.
Lorca, dessen wahre Absichten bekannt geworden sind, zettelt auf dem Schiff des Imperators eine Rebellion an. Michael gerät infolgedessen in einen Loyalitätskonflikt.
Zurück in ihrem Unviversum wird die Crew der Discovery damit konfrontiert, dass die Klingonen den Krieg gewonnen haben, und wie ihre klingonische Gefangene L´Rell unterstreicht, wird es keine Friedensverhandlungen geben - dafür sei der Eroberungswille und der Hass gegenüber der Sternenflotte zu groß. Und es wird noch schlimmer, die Klingonen haben auch bereits eine Basis gekapert und alle dort lebenden Seelen ausgelöscht!
Die Sternenflotte befiehlt eine riskante Mission auf der Heimatwelt der Klingonen, die zwar zum Sieg führen könnte, aber bei Michael für starke ethische Zweifel sorgt.