Aufgrund seltsamer Energieschübe vom Rand der Galaxie soll Captain Christopher Pike im Auftrag der Sternenflotte als Kommandant der Discovery Nachforschungen anstellen.
Ein neues Signal lockt die Discovery auf einen entfernten Planeten, der von den Überlebenden eines mehrere Jahrhunderte zurückliegenden Krieges auf der Erde bewohnt wird.
Unruhen in der klingonischen Heimatwelt rufen einen geheimen Sternenflotten-Befehl auf den Plan. Burnham begrüßt ein Familienmitglied auf der Suche nach Antworten.
Die Discovery steckt in einer vermutlich intelligenten Sphäre fest. Saru ist von einer körperlichen Verwandlung überfordert. Eine feindliche Lebensform gefährdet Tilly.
Mithilfe alter Verbündeter, die inzwischen in der Sektion 31 tätig sind, widmet sich die Discovery einer gefährlichen Mission, um Tilly aus dem Myzelnetzwerk zu retten.
In der Nähe von Sarus Heimat Kaminar taucht erneut ein Signal auf. Für die Discovery ist ein Konflikt mit den Ba'ul, der dominanten Spezies, nun unvermeidbar.
Burnham reist auf der Suche nach Spock nach Vulkan. Pike geht indes mit Tyler nach dem Auftauchen des roten Engels einer räumlichen Anomalie auf den Grund.
Burnham bringt Spock auf den Planeten Talos IV in der Hoffnung, dass dessen Bewohner den Geist ihres Bruders wiederherstellen können. Pike widersetzt sich Sektion 31.
Admiral Cornwell beauftragt die Discovery, einen Anführer von Sektion 31 zu verhaften. Spock versucht zu verstehen, warum es der rote Engel gerade auf ihn abgesehen hat.
Nach einer verblüffenden Enthüllung über die Herkunft des roten Engels schmiedet die Crew der Discovery einen Plan zu dessen Ergreifung – zum Risiko für Michaels Leben.
Die Sternenflotte will die KI-Control davon abhalten, die Sphärendaten für sich zu gewinnen. Doch dieses Vorgehen zieht verheerende Konsequenzen nach sich.
Ein weiteres Signal bringt die Discovery zum Klingonenmond Boreth. Dort gewährt eine wertvolle Ressource Pike einen schockierenden Einblick in seine Zukunft.
Da eine Flotte von Sektion 31 Kurs auf die Discovery nimmt, muss die Crew schnell eine Lösung finden. Michael hat einen Vorschlag für ihre wohl letzte Mission.
Während der neue Zeitanzug Form annimmt, kommen Spock und Michael zu einer Einigung. Captain Pike steht indes überwältigenden Kräften und schwindenden Optionen gegenüber.