Nach Monaten der Arbeit am Wiederaufbau der Föderation werden Captain Michael Burnham und die Crew der U.S.S. Discovery ausgesandt, um einer beschädigten Raumstation zu helfen - was wie eine Routinemission erscheint, offenbart die Existenz einer schrecklichen neuen Bedrohung.
Saru kehrt zurück, um der U.S.S. Discovery dabei zu helfen, das Geheimnis einer unerwartet zerstörerischen Kraft aufzudecken. Während Burnham die Crew anführt, muss sie Book dabei helfen, einen unfassbaren Verlust zu verkraften.
Burnham und Tilly jagen den Mörder eines Sternenflottenoffiziers, während Stamets und das Wissenschaftsteam in einem Wettlauf mit der Zeit verhindern wollen, dass die Anomalie noch weitere Opfer fordert.
Tilly und Adira führen ein Team von Kadetten der Sternenflottenakademie auf einer Trainingsmission an, die eine gefährliche Wendung nimmt. Währenddessen wird Burnham in angespannte Verhandlungen auf Ni'Var verwickelt.
Burnham und Book stürmen los, um Kolonisten auf dem Weg zur Anomalie zu evakuieren. Währenddessen kommt einer der klügsten Wissenschaftler der Föderation an Bord der U.S.S. Discovery, um mit Saru und Stamets risikoreiche Forschungen zu betreiben.
Auf der Suche nach Antworten begibt sich die U.S.S. Discovery in einen Subraumspalt, der durch die Anomalie der Dunklen Materie entstanden ist. Währenddessen trifft Book auf einen seltsamen Besucher aus seiner Vergangenheit.
Die Spannungen steigen an, als sich Vertreter aus der ganzen Galaxie versammeln, um sich der Bedrohung durch die Anomalie der Dunklen Materie zu stellen. Zoras neues Empfindungsvermögen wirft schwierige Fragen auf.
Captain Burnham folgt Book zu einem alten Treffpunkt aus ihrer Kurierzeit und wird in einen risikoreichen Wettbewerb um eine mächtige Waffe verwickelt.
Captain Burnham und die U.S.S. Discovery beeilen sich, Book und Ruon Tarka davon abzuhalten, einen gefährlichen Plan durchzuführen, der die Galaxie gefährden könnte.
Captain Burnham und ihre Crew müssen dorthin gehen, wo nur wenige zuvor waren: Jenseits der Galaktischen Barriere. Währenddessen erfährt Book die Wahrheit über Ruon Tarkas Motivation.
Während Captain Burnham eine Außenmission zu einem Planeten anführt, der einst von der unbekannten Spezies, die die DMA erschaffen hat, bewohnt wurde, dringen Book und Tarka in die U.S.S. Discovery ein.
Während die DMA sich der Erde und Ni’Var nähert, versuchen Captain Burnham und die Crew der U.S.S. Discovery, den Erstkontakt zu dieser fortgeschrittenen Spezies herzustellen, bevor es zu spät ist.
In der letzten Folge der vierten Staffel nähert die DMA sich der Erde und Ni’Var. Während die Planeten evakuiert werden, müssen Burnham und das Team an Bord der Discovery eine Möglichkeit finden, einer so ganz anderen Spezies näher zu kommen und mit ihr zu kommunizieren, bevor es zu spät ist.