Christopher Pike, Captain der USS Enterprise wird von Admiral Robert April während eines Landgangs zurückbeordert, nachdem Pikes Erster Offizier, Una Chin-Riley, während einer Erstkontakt-Mission vermisst wird. Pike zögert, in den Weltraum zurückzukehren, da er auf der USS Discovery eine Vision seines eigenen Todes hatte. Zusammen mit seinem vulkanischen Wissenschaftsoffizier Spock reisen sie zum Planet Kiley 279, der am Rande eines Bürgerkriegs steht. Die Bewohner des Planeten haben eine Waffe aus Teilen eines Warpantriebes nachgebaut. Pike und seine Crew können Chin-Riley retten, sind aber dadurch gezwungen den Allgemeinen Befehl 1 der Sternenflotte, sich nicht in die Gesellschaft fremder Planten einzumischen, zu brechen.
Ein Komet droht einen Planeten zu zerstören. Als die Enterprise-Crew einen Aufprall verhindern will, kommen die sogenannten "Shepherds" ins Spiel und fordern, dass die Enterprise sich von dem Kometen fernhält. Schnell muss eine Lösung her, um die Shepherds nicht zu verärgern und den Planeten zu retten.
Nach einer Außenmission ist ein Virus an Bord der Enterprise gelangt. Dieser überträgt sich durch Licht. Während an Bord der Enterprise das reine Chaos ausbricht, bleibt nur Una vom Virus verschont, da sie eine Illyrianerin ist, die genetisch verbessert wurde. Derweil sind Pike und Spock auf einem Planeten gestrandet.
Während einer routinemäßigen Versorgungsmission zu einer Planetenkolonie wird die U.S.S. Enterprise von einem unbekannten Schiff angegriffen. Pike setzt seine ganze taktische Erfahrung ein, um sich der Krise zu stellen. Lt. Noonien-Singh warnt ihn jedoch, dass der Feind nicht mit konventionellen Mitteln der Sternenflotte bekämpft werden kann. Uhura befindet sich derweil innerhalb ihrer Ausbildungsrotation unter Hemmers Fittiche, als sie sich plötzlich unvorhersehbaren Herausforderungen stellen muss.
Nach der erschütternden Begegnung mit den Gorn befindet sich die Enterprise auf Sternbasis 1. Hier müssen Capt. Pike, Spock und Admiral April hochbrisante, diplomatischen Gespräche mit den R'ongovianern führen. Ebenso kommt Spocks Verlobte T'Pring auf das Schiff. Number One und La'an erfahren von einem Spiel namens Enterprise-Bingo. Der Doc geht angeln und Schwester Chapel muss sich über ihre Beziehung mit Lt. Dever klar werden, den sie auf der Basis wiedersieht.
Eine Bedrohung für einen idyllischen Planeten führt Captain Pike zu einer verlorenen Liebe zurück. Um sie und ein wissenschaftliches heiliges Kind vor einer Verschwörung zu schützen, bietet Pike seine Hilfe an und wird gezwungen, sich den ungelösten Gefühlen seiner Vergangenheit zu stellen.
Während einer gefährlichen humanitären Mission stolpert die Besatzung der U.S.S. Enterprise in ein erschütterndes Spiel mit dem tödlichsten Weltraumpiraten des Quadranten.
Die U.S.S. Enterprise bleibt in einem Nebel stecken, der ein außerirdisches Bewusstsein beherbergt, das die Besatzung in einem Märchen gefangen hält.
Die Besatzung der U.S.S. Enterprise wird mit ihren Dämonen konfrontiert - und auch mit furchterregenden Monstern -, als ihr Landetrupp auf einem kargen Planeten mit einem gefräßigen Feind gestrandet ist.
Captain Pike überlegt, wie es weitergehen soll, nachdem er jemandem begegnet ist, der ihm sein dunkles Schicksal vor Augen führt - was den Offizier zu der Frage führt, ob er sich vor der Zukunft retten kann.