Staffel 1

Sergeant Hunter, Wrecker, Tech, Crosshair und Echo sind auf einer Mission, als Order 66 ausgerufen wird. Anders als die anderen Klone ignorieren sie den Befehl. Zurück auf Kamino erfahren sie, dass die Republik nun ein Imperium ist. Während Crosshair den Wechsel akzeptiert, sind die anderen vier skeptisch. Als sie dann Aufständige niederschlagen sollen und merken, dass sie gegen Zivilisten geschickt wurden, verweigern sie den Befehl erneut. Crosshair schlägt sich auf Seiten des Imperiums, während Sergeant Hunter, Wrecker, Tech und Echo fliehen.

Sergeant Hunter, Wrecker, Tech, Echo und Omega landen auf dem Planeten Saleucami, wo sie auf ihren alten Kameraden Cut Lawquan treffen. Dieser verlies die Klonarmee einst und gründete mit seiner Frau Suu eine Familie. Auf der Flucht vor dem Imperium und Gouverneur Tarkins Truppen versuchen die Klone, der Familie von Cut – als Zivilisten getarnt – dabei zu helfen, vom Planeten zu fliehen und unterzutauchen. Die Truppe fliegt jedoch auf und wird von einer Einheit von Klonsoldaten entdeckt, woraufhin ein Gefecht entbrennt.

Bei einer Bruchlandung mit ihrem Schiff landen die Kloneinheit 99 und Omega auf einem abgelegenen Mond. Wrecker gibt offen zu, den abtrünnigen Crosshair zu vermissen, welcher unterdessen von den Kaminoanern unter den Befehlen von Tarkin und Vizeadmiral Rampart, zu einem imperialen Elite-Soldaten gemacht werden soll. Auf dem Mond stiehlt ein Ordo-Monddrache einen Schiffskondensator, woraufhin Omega das Teil, ohne einen Kampf mit der Kreatur, zurückholt. Crosshair wird mit einer Elite-Einheit, aus Nicht-Klonen, des Imperiums von Tarkin nach Onderon entsandt, wo sie Saw Gerrera aufspüren sollen. Dieser ist bei ihrer Ankunft jedoch bereits unauffindbar

Um Nahrungsvorräte für den Weiterflug zu beschaffen und um das Schiff so umzubauen, dass es vom Imperium nicht geortet werden kann, rasten die Klone und Omega auf dem Planeten Pantora. Kurz nach ihrer Ankunft wird ein Arbeiter des Landeplatzes auf die Kloneinheit 99 aufmerksam und vermittelt diese Information an die Kopfgeldjägerin Fennec Shand, die es auf Omega abgesehen hat. Während Wrecker und Tech sich dem Umbau des Schiffes annehmen, besorgen Hunter, Echo und Omega die benötigten Vorräte. Um diese bezahlen zu können, verkauft Hunter als Tarnung den – als Droiden getarnten – Echo.

Um mehr über die Attentäterin Fennec Shand herauszufinden, begeben sich die Kloneinheit 99 und Omega nach Ord Mantell und suchen auf Echos Vorschlag hin die Trandoshanerin Cid, welche einst eine Informantin der Jedi war. Cid hat Informationen über Shand und bittet die Klone für diese um eine Gegenleistung.

Im Auftrag von Cid begeben sich die Klone und Omega nach Corellia, wo sie einen alten seperatistischen Taktikdroiden stehlen sollen, ehe dieser unter der neuen imperialen Regierung verschrottet werden soll. Bei ihrer Mission in einer Fabrik stoßen sie auf die Schwestern Trace und Rafa Martez, die auch auf der Suche nach dem Droiden sind. Bei einem Gefecht gegen angreifende Polizeidroiden klagt Wrecker wiederholt über starke Kopfschmerzen und bricht zusammen.

Nachdem die Klone und Omega einen weiteren Auftrag für Cid absolviert haben, treffen sie in der Kneipe auf eine mysteriöse Person, welche sich als Captain Rex herausstellt. Dieser wurde durch die Martez-Schwestern auf die Gruppe aufmerksam. Als Rex jedoch erfährt, dass die Gruppe noch ihre Inhibitor-Chips hat, beschließt er ihnen zu helfen, die Chips zu entfernen. Dazu begeben sie sich nach Bracca, wo die Gruppe auf einen alten Jedi-Kreuzer der Venator-Klasse stößt. Als sie mit der Operation beginnen wollen, wird Wreckers Chip aktiviert, wobei dieser Amok läuft und das Team überwältigt.

Immer noch auf Bracca bemerken die Klone, dass sie entdeckt wurden und beseitigen ihre Verfolger der Abwrack-Gilde. Auch Crosshair auf Kamino erfährt vom Aufenthaltsort der Kloneinheit 99 und begibt sich mit seiner Elite-Einheit, sowie einem Trupp Klonkrieger nach Bracca. Unterdessen befürchten die Kaminoaner, dass die imperiale Präsenz auf Bracca ihrem Notfallplan schaden könnte und beschließen einen weiteren Kopfgeldjäger darauf anzusetzen, Omega zurück in ihre Heimat zu bringen. Als Crosshair schließlich im Wrack des Jedi-Kreuzers erneut auf seine alten Kameraden trifft, versuchen Hunter und Omega ihn davon zu überzeugen, dass er dem Imperium nur aufgrund seines aktiven Inhibitor-Chips dient.

Im Luftraum von Bracca verfolgt Crosshair seine ehemaligen Kameraden, wobei Hunter hofft Omega zu finden und sich im Gegensatz zu den anderen weigert, in den Hyperraum zu springen. Derweil wird Omega von Bane auf dessen Schiff, der Justifier, festgehalten und verhört. Danach nimmt Bane mit Lama Su Kontakt auf, der sich gerade mit Nala Se und Taun We unterhält, und verspricht die Beute wie geplant abzuliefern. Als das Schiff auf dem Planeten Bora Vio ankommt, flieht Omega, wobei Bane die Verfolgung aufnimmt und die tote Taun We findet.

Auf dem Planeten Raxus, dem Hauptsitz der ehemaligen Separatistenbewegung, wird der Senator Avi Singh verhaftet, nachdem er die neuen Vorhaben der imperialen Besatzung kritisiert. Zurück auf Ord Mantell macht Cid die Einheit 99 darauf aufmerksam, dass sie ihre Schulden noch immer nicht beglichen haben. Darum erteilt sie ihnen den Auftrag, den inhaftierten Senator zu befreien. Jedoch verbietet Hunter Omega, sie zu begleiten, weswegen sie bei Cid verbleibt.

Auf Ryloth versucht das Imperium unter Vizeadmiral Rampart die Bevölkerung mithilfe des Senators Orn Free Taa unter Kontrolle zu bringen. Diese weigert sich und fordert Cham Syndulla, welcher zu ihnen spricht, aber seinen Bruder als Rebellenführer verhaften lässt. Derweil befindet sich Syndulla's Tochter Hera mit ihrem Droiden Chopper in einer Sperrzone, wobei sie entdeckt wird. Jedoch wird sie später von ihrem Vater vor ernsten Konsequenzen bewahrt.

Nachdem Cham Syndulla und seine Frau nach dem vermeintlichen Attentat auf den Senator eingesperrt werden, sendet Hera einen Hilferuf an die Kloneinheit 99, die sich nach anfänglichem Zögern schließlich zurück nach Ryloth begeben. Unterdessen erhält Crosshair von Vizeadmiral Rampart den Auftrag, nach der geflohenen Hera zu suchen, welche inzwischen mit der Kloneinheit und Omega einen Plan schmiedet, ihre Eltern aus den Fängen des Imperiums zu befreien. Der Plan gelingt und Cham und Eleni Syndulla, sowie mehrere weitere gefangene Anhänger des Freiheitskämpfers können gemeinsam mit Hunter und Echo fliehen. Bei ihrer Flucht treffen sie auf Captain Howzer.

Zurück auf Ord Mantell treffen die Klone und Omega nicht wie erwartet auf ihre Auftraggeberin Cid, sondern auf den Kriminellen Roland Durand der Cids Spielsalon an sich gerissen hat. Die Kloneinheit 99 entschließt sich, Cid dabei zu helfen, ihren Laden zurück zu bekommen. Durch unterirdische Gänge unterhalb des Spielesalons gelingt es den Klonen und Cid, mehrere Kisten Gewürze von Durand zu stehlen, welches dieser als Bezahlung an das Pyke-Syndikat übergeben muss.

Zurück auf der Marauder erhält die Kloneinheit 99 eine Holobotschaft von Captain Rex, welcher sie bittet, den Klon CT-5576 zu befreien. Auf Kamino ahnt Premierminister Lama Su, dass das Imperium sich ihnen früher oder später entledigen wird und äußert gegenüber Nala Se, dass er ihre Abreise organisieren wird. Auf dem Planeten Daro findet die Einheit 99 eine versteckte Anlage und dringt nach Echos Drängen ein, um den Klon zu finden. Als sie ihn befreien, stellt dieser sich als Captain Gregor heraus und erklärt, dass er die neuen Soldaten trainiert hatte.

Während Hunter von Crosshair nach Kamino gebracht wird, versucht Omega auf Ord Mantell die anderen der Einheit 99 zu überzeugen, ihren Anführer zu retten. Nach anfänglichem Zögern folgen sie jedoch einem Signal, dass von Crosshair insgeheim als Falle gedacht ist. Dieser bringt Hunter zu Admiral Rampart, welcher sich überrascht gibt, dass nur der Anführer gefangengenommen wurde. Parallel dringt der Rest von Hunters Einheit in die Klonanlage ein und kommt in das Labor, in welchem sowohl Omega als auch sie selbst erschaffen wurden.

Während das Bombardement der Sternenzerstörer noch in vollem Gange ist, wird die Einheit 99 voneinander getrennt. Beim Versuch aus der untergehenden Stadt zu entkommen, werden Omega, AZI-3 und Crosshair in einem überfluteten Raum eingeschlossen, können aber von ihren Kameraden gerettet werden. Anschließend durchqueren sie die zerstörte Anlage, um einen Ausweg zu finden, wobei AZI vorschlägt, wasserdichte Schläuche zu benutzen, um dem einstürzenden Gebäude zu entkommen. Als die Mannschaft an die Oberfläche schwimmt, werden AZI-3 und Omega von Crosshair gerettet, nachdem ersterem der Strom ausgeht und Omega beim Versuch ihn zu retten, beinahe ertrinkt. Danach setzt die Einheit 99 Crosshair aus, nachdem er sich weigert sich ihnen anzuschließen, und bricht mit der Marauder zu unbekannten Gefilden auf. In der Zwischenzeit wird Nala Se von Klon Kommandos in eine geheime Einrichtung gebracht, wo ihr erklärt wird, dass sie aufgrund ihrer Fähigkeiten noch viel zu tun habe.