Fünf eigenwillige Klone absolvieren ein Training auf Kamino. Sie sollen als Team zusammenarbeiten, doch ihre Starrsinnigkeit bereitet ihnen große Probleme ...
Anakin und Obi-Wan machen sich auf den Weg zum Planeten Kamino, um die Separatisten aufzuhalten ...
Ryloth befindet sich im Belagerungszustand. Während Ima-Gun Di mit seinen Truppen gegen die Feinde kämpft, setzt der Rat der Jedi alles daran, Hilfe zu organisieren ...
Papanoidas Töchter werden entführt und gegen Lösegeld festgehalten. Ahsoka, der Senator von Pantora und Riyo Chuchi arbeiten zusammen, um Papanoida zu helfen ...
Herzogin Satine hat Mandalore in die Neutralität geführt. Seitdem findet sie kaum noch Unterstützung im Volk. Auf dem Planeten herrscht blanke Verzweiflung - lebensnotwendige Güter sind nur noch auf dem Schwarzmarkt erhältlich. Um die Spannungen zu entschärfen, lädt Satine Senatorin Padmé Amidala zu einem Treffen. Schon bald kommen Satine und Padmé dunklen Machenschaften auf die Spur ...
Der friedliche Planet Mandalore befindet sich im Würgegriff der Korruption. Herzogin Satine wendet sich in ihrer Not an den Rat der Jedi. Ahsoka erhält den Auftrag, Kadetten auf Mandalore zu unterrichten, um der Korruption endlich Einhalt zu gebieten ...
Padawan Ahsoka Tano wird von wiederkehrenden Visionen gequält. Sie ist davon überzeugt, dass Aurra Sing noch am Leben ist und Senatorin Padmé Amidala nach dem Leben trachtet. Schließlich begleitet Ahsoka die Senatorin auf ihre Reise zu Bail Organas Konferenz, um sie zu beschützen ...
Während sich der Rat der Jedi auf das Kriegsgeschehen konzentriert, verbreiten Verbrecher Angst und Schrecken. Jabba der Hutte setzt den Kopfgeldjäger Cad Bane auf C-3PO an und lässt ihn entführen. Als sich herausstellt, dass der Droide über keinerlei brauchbaren Informationen verfügt, verlagert sich Banes Aufmerksamkeit auf R2-D2 ...
Cad Bane befreit Ziro den Hutten aus dem Gefängnis. Im Gegenzug soll Ziro belastende Informationen über die ruchlosen Taten des Rates übergeben. Mit Hilfe von Sy Snootles gelingt Ziro die Flucht. Schon bald ist ihm nicht nur Bane auf den Fersen - auch Obi-Wan Kenobi und Quinlan Vos sind hinter ihm her ...
Die gesamte Galaxis droht im Sumpf des Krieges zu versinken, die Republik steht kurz vor dem Bankrott. Der Senat verhandelt einen neuen Gesetzesentwurf für neue Kreditrichtlinien zur Finanzierung des Krieges. Unterdessen machen sich Padmé Amidala und Ahsoka Tano heimlich auf den Weg hinter feindliche Linien, um eine Einigung mit den Separatisten zu erzielen ...
Die Verhandlungen zwischen der Republik und den Separatisten werden durch ein Druiden-Selbstmordattentat erschüttert. Der Senat verabschiedet ein Gesetz zur Deregulierung der Banken, um die Verstärkung der Truppen zu sichern. Padmé Amidala, Bail Organa und Onaconda Farr setzen sich gegen das neue Gesetz zur Wehr. Das macht die drei zur nächsten Zielscheibe ...
In einem erbitterten Kampf im Sullust-System stehen sich republikanische und separatistische Armeen gegenüber. Asajj Ventress, Count Dookus hinterlistige Attentäterin, führt den Angriff an. Darth Sidious zeigt sich über Ventress' wachsende Macht besorgt. Er befiehlt Count Dooku, die Attentäterin auszuschalten. Als die Ermordung fehlschlägt, kehrt Ventress zum Orden der Nachtschwestern zurück - und sinnt nach Rache ...
Mit Hilfe ihres Clans, den Schwestern der Nacht, plant Asajj Ventress einen Anschlag. Durch eine Täuschung glaubt Dooku, dass ihm die Jedi nach dem Leben trachten, und wirbt die Schwestern für seinen Rachefeldzug an ...
Anakin und Obi-Wan sollen den mysteriösen Verantwortlichen für den Tod mehrerer Jedi ausfindig machen und heften sich schnell an die Fersen des abscheuerregenden Schülers, den Ventress geschaffen hat: Savage Opress, den Dooku in den Wegen der Sith unterwiesen hat.
Einem Notruf mit einem alten Jedicode folgend, geraten Anakin, Ahsoka und Obi-Wan auf einen Planeten, der sich als ein Ballungsort der Macht in der gesamten Galaxie entpuppt. Dort begegnen die drei Jedi drei Entitäten, die das Gleichgewicht der Macht verkörpern: Vater Mortis und dessen Sohn und Tochter. Diese bereiten sich darauf vor zu prüfen, ob Anakin wirklich der Auserwählte ist; dabei werden er und seine Freunde mit den Geistern ihrer eigenen Zweifel konfrontiert.
Als Anakin und seine Freunde Mortis’ Planeten verlassen wollen, entführt Sohn dessen Padawan Ahsoka, um mit Anakins Hilfe die dunkle Seite der Macht, die er verkörpert, triumphieren zu lassen. Während Anakin zu seinem Schrecken seinem korrumpierten Padawan gegenübertreten muss, versuchen Obi-Wan und Tochter, den Sohn daran zu hindern, Chaos ins Universum zu tragen, indem sie eine mystische Klinge aus einem uralten Altar bergen – die einzige Waffe, die einen Machtträger töten kann.
Mit dem Tod von Tochter gerät die Macht auf Mortis aus dem Gleichgewicht, und Sohn schickt sich an, den Planeten zu verlassen. Zuvor will er aber noch Anakin auf seine Seite ziehen und zeigt ihm seine Zukunft - eine Eröffnung, an der Anakin zu zerbrechen droht. Aus Liebe zu seinem Sohn muss Vater Mortis schließlich selbst eingreifen, um die Macht auf Mortis wieder ins Gleichgewicht zu bringen.
Jedi-Meister Even Piell wurde gefangengenommen und wird von den Separatisten nun über die Koordinaten einer geheimen Hyperraumroute befragt. Eine Befreiungsaktion gestaltet sich aber als extrem schwierig, denn Piell wurde in ein Spezialgefängnis auf dem Planeten Lola Sayu gebracht, genannt die Zitadelle – und aus dieser ist bisher weder jemand entkommen, noch hat jemand jemals sie von innen gesehen und darüber berichten können.
Die gemischte Jedi-, Klon- und Droidentruppe versucht verzweifelt der Zitadelle zu entkommen, doch dies gestaltet sich wegen der zahlreichen Sicherheitsvorkehrungen als schwierig genug - und mit der wachsenden Verzweiflung des Gefängnisleiters Osi Sobeck, der Count Dookus Zorn nicht auf sich ziehen will, wird die Flucht scheinbar ein Ding der Unmöglichkeit.
Die Jedi bereiten sich auf beiden Seiten vor, die Flüchtigen der Zitadelle von Lola Sayu herunterzuholen. Doch während die Rettungsmission anläuft und Ahsoka dabei die Aufgabe zufällt, den anderen Teil der Koordinaten zu bewahren, stimmt Anakin verstörenderweise immer mehr mit Captain Tarkin überein, dass die Jedi mit ihrem derzeitigen Codex und ihrer Aufgabe als Bewahrer des Friedens in diesem Krieg nicht mehr weit kommen werden ...
Während eines Einsatzes wird Ahsoka von trandoshanischen Jägern verschleppt, die sie und andere Gefangene auf einer Insel auf dem Mond Wasskha zu ihrem Vergnügen jagen wie wilde Tiere. Ahsoka muss nun drei Jedi-Jünglingen, die schon länger auf der Insel gefangen sitzen, wieder beibringen, was es heißt, ein Jedi zu sein.
Bei dem Versuch, den Nachstellungen der trandoshanischen Jäger entgegenzuwirken, bekommen die jungen Jedi einen neuen Verbündeten: den jungen Wookiee Chewbacca.