Nachdem Yos Kolina, der König der Mon Calamari, auf Dac getötet worden ist, begeben sich Senatorin Padmé Amidala und Anakin Skywalker nach Dac, um Verhandlungen zwischen den Mon Calamari und den Quarren beizuwohnen. Dabei wird besprochen, ob sich die beiden Völker friedlich einigen können oder es zu einem Bürgerkrieg kommt. Der designierte Herrscher Prinz Lee-Char, der Sohn von Yos Kolina, versucht durch Verhandlung eine friedliche Lösung zu finden, aber der separatistische Botschafter Riff Tamson ruft zum Krieg gegen die Mon Calamari auf. Die Quarren hören auf Tamson, und so scheint ein Bürgerkrieg zwischen den Quarren und den Mon Calamari unvermeidbar zu sein.
Nossor Ri und Riff Tamson berichten Graf Dooku über die aktuelle Lage in der Schlacht gegen die Mon Calamari. Dooku verlangt dabei, dass sämtliche Überlebenden gefunden und gefangen genommen werden sollten. Vor allem Prinz Lee-Char soll hierbei gefunden werden, weil seine Gefangennahme die Moral der Mon Calamari erheblich senken könnte. Des weiteren sollen sämtliche Gefangenen einschließlich der Kinder und der Frauen in Arbeitslager gebracht werden.
Nachdem Ahsoka und Lee-Char als Einzige entkommen sind, werden die Jedi, Ackbar, Jar Jar Binks und Padmé zum Verhör in ein Gefängnis gebracht. Als sie dort ankommen, werden Padmé und Jar Jar gefesselt, und Anakin und Kit Fisto werden zwischen je vier Zitteraalen eingesperrt. Dadurch will Riff Tamson erreichen, dass ihm einer der Anwesenden verrät, wo sich Lee-Char aufhält. Weil ihm jedoch niemand antwortet, lässt Tamson die Zitteraale Anakin und Fisto einen elektrischen Schlag versetzen.
Nachdem Gungan-Boss Lyonie mit einer Halskette hypnotisiert worden ist, bereitet er seine Armee auf einen Angriff auf die Naboo vor. Anakin Skywalker und Padmé Amidala, die zu Besuch sind, merken schnell, dass etwas nicht stimmt. Als Lyonie niedergestochen wird, soll Jar Jar den Gungan-Boss spielen, da er ihm zum Verwechseln ähnlich sieht. Kann der Krieg im letzten Augenblick verhindert werden?
Als die Truppen der Republik bei Aleen eintreffen, spricht CC-3636 mit Senatorin Padmé Amidala und Jedi-Meister Yoda. Die republikanischen Streitkräfte, darunter C-3PO und R2-D2, bereiten sich darauf vor, auf dem Planeten Aleen zu landen. Als diese dann mit Kanonenbooten losfliegen, werden sie von einem Aleena auf einem Can-Cell begleitet. Nachdem sie gelandet sind, werden sie von Manchucho begrüßt. Da er allerdings seine eigene Sprache spricht, versteht Wolffe nichts und zieht den Protokolldroiden C-3PO hinzu. Während dieser übersetzt, beginnt ein Aleen-Beben, weshalb Wolffe anordert, den Boden zu scannen. Kurz darauf bringen die Aleena die Klone zu ihrer Ansiedlung, doch als sie Informationen suchen, ereignet sich ein erneutes Beben.
Nachdem die Republik den Aleena geholfen hat, fliegen die Droiden C-3PO und R2-D2 mit der Flotte der Republik zurück nach Coruscant. Während des Fluges wird das Schiff der Republik von Separatisten unter Grievous angegriffen. C-3PO und R2-D2 versuchen, einer Auseinandersetzung auszuweichen, hingegen kämpfen Grievous und Adi Gallia gegeneinander. R2-D2 fährt in den Hangar des Schiffes und platziert sich in einem der Kampfflieger der Republik. Da C-3PO weiß, dass dies verboten ist, klettert er ebenfalls auf den Flieger, um R2-D2 dort wegzulotsen. Dieser startet allerdings in dem Moment, in dem C-3PO hinaufgeklettert ist, den Antrieb, woraufhin der Protokolldroide in das Cockpit des Fliegers fällt. Während die zwei im Weltraum gegen die Vulture-Droiden der Seperatisten kämpfen, verfolgt einer hiervon sie und versucht sie abzuschießen. R2-D2 steuert darum den Planeten Patitite Pattuna an, um den feindlichen Sternjäger abzuschütteln. In den dichten Wolken werden C-3PO und R2-D2 jedoch von dem Vulture-Droiden abgefangen. So zieht R2-D2 hoch, um hinter den Droiden zu gelangen. Dieser durchschaut das Manöver nicht und sucht nach dem Flieger. Bevor der Droiden-Sternjäger sie angreifen kann, schießt R2-D2 ihn ab.
Nachdem die republikanischen Schiffe die Blockade des Planeten Umbara durch die Seperatisten überwunden haben, besprechen Obi-Wan Kenobi und Anakin Skywalker mit ihren Soldaten das weitere Vorgehen. Im Anschluss daran fliegen die Truppen in Kanonenbooten zu ihrer Landezone. Da die Schiffe von Anakin jedoch unter starkem Beschuss stehen, befürchten die Piloten, dass sie die Landezone nicht erreichen könnten. So springen die AT-RTs vor der Landung ab, um die ersten Bodengeschütze zu zerstören. Nachdem die Läufer die feindliche Artillerie neutralisiert haben, landen die Kanonenboote, was die Umbaraner zur Flucht veranlasst. Während des Angriffes der republikanischen Truppen stolpern Hardcase und ein anderer Klon über eine Ranke, woraufhin das Vixus-Lebewesen, zu der die Ranke gehört, einen Klon und Fives zu fressen versucht. Der Klon schafft es nicht, sich zu befreien und wird von dem Wesen verschlungen. Als der Vixus auch Fives fressen will, wirft dieser einen Thermaldetonator in das Maul des Wesens, das durch die Explosion stirbt.
Während der Kampf weitergeht, spricht Pong Krell mit Obi-Wan Kenobi über ihre aktuelle Lage. Bei diesem Gespräch verabreden sie, dass Krells Soldaten den Luftstützpunkt einnehmen sollen, um die Hauptstadt einfacher erobern zu können. Nach dem Gespräch lässt Krell seine Truppen aufbrechen. Als sie in der Nähe des Stützpunktes sind, besprechen sich Krell und Rex mit dem Ergebnis, dass eine Armeegruppe den Stützpunkt einnehmen muss, da die übrigen Soldaten für den Angriff auf die Hauptstadt benötigt werden. Als die Gruppe sich zum Abmarsch bereit macht, sind viele Klone der Meinung, dass dies kein guter Plan sei und Krell nicht in ihrem Sinne handele. Um den Angriff auszuführen teilt sich die Gruppe in drei kleinere Abteilungen: Eine unter Rexs Kommando, eine unter Fives und eine unter Hardcase. Doch während die Gruppen vorrücken, wird die Gruppe unter Fives von mehreren Umbaranischen Raupenpanzern angegriffen. Da diese Schilde haben, fordert Fives die Hilfe von Rex an, der daraufhin einen Raketenwerfer benutzen lässt. Als die Munition für den Werfer ausgeht, laufen die Klonsoldaten auf einen Hügel, um die Raupen in eine Falle zu locken und mit Hilfe von Thermaldetonatoren zu zerstören.
Nachdem die Klone den Luftstützpunkt erobert haben, erreicht Pong Krell eine Nachricht von Obi-Wan Kenobi. Als sie über den Erfolg und die weiteren Pläne sprechen, stellt sich heraus, dass die Hauptstadt erst eingenommen werden kann, wenn die Basis in der Luft zerstört worden ist. Krell lässt seine Truppen sich dessen ungeachtet auf den Angriff vorbereiten. Als Rex dies seinen Männern erzählt, sind diese der Meinung, dass dies ein sehr schlechter Plan sei. Des Weiteren schlägt Fives vor, dass sie die Jäger der Umbaraner benutzen sollten, um die Basis zu zerstören. Als Rex dies dann Krell vorschlägt, zeigt dieser sich davon wenig begeistert.
Nach Pong Krells Anordnung, Fives und Jesse hinzurichten, spricht Rex mit ihm, um ihn von diesem Vorhaben abzubringen. Doch der Versuch hat die ungewollte Folge, dass Krell die Erschießung sofort durchführen lässt. So muss Rex Jesse und Fives aus ihrer Zelle holen und zum Ort der Exekution bringen. Während die Klone, welche die das Urteil vollstrecken sollen, ihre Waffen anlegen, versucht Fives sie davon zu überzeugen, dass dies nicht richtig sei und der General einen Fehler begangen habe. Dennoch erteilt Dogma den Befehl zu schießen, allerdings zielen alle Klone des Peletons absichtlich daneben. Dogma, der davon alles andere als erfreut ist, äußert sein Unverständnis darüber, dass die anderen Klone so gehandelt haben. Daraufhin begeben sich Rex und ein weiterer Klon zu Krell, um sich neue Befehle von ihm zu holen. Während sie bei Krell sind, kommt eine Nachricht für diesen an, in der ihm mitgeteilt wird, dass die Truppen bereit seien.
Auf dem Planeten Kiros herrscht Aufregung. Die Seperatisten unter der Führung von Count Dooku sind auf dem Planeten einmarschiert. Jedi-Meister Yoda entsendet die Jedi Obi-Wan Kenobi, Anakin Skywalker und dessen Padawan Ahsoka Tano zum Planeten um die Bewohner, friedliche Togruta, zu befreien. als sie auf den Planeten gelangen, fahren sie mit Speedern in das zentrum einer Stadt. Alles scheint ausgestorben, bis sich einige Kommandodroiden (ebenfalls auf Speedern nähern). Ein Kampf entbrennt, allerdings wurden die Droiden schnell verschrottet. Im Stadtzentrum angekommen, erhält Kenobi eine Nachricht des Sklavenhändlers Darts D'Nar. Dieser fordert ihn auf, zu einem Turm im Stadtzentrum zu gehen, damit über die Kapitulationsbedienungen verhandelt werden kann.
Nachdem die Togruta vom Planeten Kiros von zygerrianischen Sklavenhändlern entführt wurden, reisen die Jedi Anakin Skywalker, Obi-Wan Kenobi und Ahsoka Tano nach Zygerria. Als sie daraufhin auf dem Planeten landen, verkleiden sich Rex, Anakin und Obi-Wan als Sklavenhändler. Ahsoka hingegen verkleidet sich als Sklavin. Da Sklavenhändler allerdings keine Lichtschwerter tragen, müssen die Jedi R2-D2 die Schwerter geben, der diese daraufhin in seinem Körper versteckt. Kurze Zeit später erreichen sie eine Stadt, in der sich ihr Ziel, die zygerrianische Königin, befindet. Doch während sie die Stadt durchqueren, fällt kurz vor ihnen ein Twi'lek auf den Boden, da dieser jedoch ein Sklave ist und er zu seinem Meister Atai Molec sagte, dass seine Arbeit zu schwer sei, will sein Meister ihn bestrafen, indem er ihn mit einer Elektropeitsche auspeitscht. Doch als Atai zum Schlag ausholt, hält Ahsoka seinen Arm fest, weshalb Anakin eingreift und sich für das Verhalten seiner angeblichen Sklavin entschuldigt. Jedoch will Atai daraufhin wissen, wer er ist. Als Anakin darauf erwidert, dass er mit der Königin über Bruno Denturri sprechen will, werden sie von einem Droiden im Auftrag der Königin Miraj Scintel eingeladen.
Dooku trifft auf Zygerria ein, um die Königin in ihre Schranken zu weisen. Sie hatte vor, die Jedi zu brechen, anstatt sie auf der Stelle hinzurichten. Gemeinsam mit Rex und den anderen Kolonisten von Kiros wurde Obi-Wan Kenobi versklavt und muss nun in den Minen Zwangsarbeit verrichten. Während er langsam die Hoffnung verliert, versucht Anakin Skywalker alles, um seine Freunde zu retten.
Das erste Treffen zwischen den Abgesandten beider Lager wird im Thronsaal der Regentin Satine Kryze abgehalten. Überraschend für alle taucht plötzlich Lux Bonteri auf, der Dooku beschuldigt, an der Ermordung seiner Mutter beteiligt gewesen zu sein. Um sich zu rächen, hat Lux sich der Terrorgruppe Death Watch angeschlossen. Ahsoka will ihrem Freund helfen und wird in seinen Plan hineingezogen.
Als Obi-Wan Kenobi nach einem Treffen des Jedi-Rats gemeinsam mit Anakin und Ahsoka auf dem Heimweg ist, werden die drei auf offener Straße angegriffen. Dabei gelingt es dem Kopfgeldjäger Rako Hardeen, Obi-Wan töten. Anakin ist entsetzt von Tod seines Lehrmeisters! Doch Obi-Wan ist gar nicht gestorben, sondern hat sein Ableben nur vorgetäuscht, um ein noch größeres Verbrechen zu verhindern.
Nach ihrer gelungenen Flucht müssen der falsche Rako Hardeen, alias Obi-Wan Kenobi, Moralo Eval und Cad Bane an ein neues Gefährt und Waffen kommen. Anakin, der immer noch nicht weiß, dass Obi-Wan am Leben ist und sich als Rako Hardeen ausgibt, macht sich auf die Suche nach dem Mörder seines Freundes. Als er schließlich auf den falschen Hardeen trifft, droht die geheime Mission aufzufliegen.
Der falsche Hardeen, alias Obi-Wan Kenobi, und Cad Bane werden von Dooku eingeladen, gemeinsam mit anderen äußerst berüchtigten Kopfgeldjägern an einem Wettstreit auf Serenno teilzunehmen. Dabei werden die Kandidaten in eine würfelförmige Arena gesperrt, in der sie verschiedene, tödliche Abenteuer überstehen müssen. Die fünf Besten sollen schließlich zu einer geheimen Mission entsandt werden.
Nachdem sich Obi-Wan Kenobi als falscher Hardeen im Wettstreit der Kopfgeldjäger behaupten konnte, ist er auserwählt, gemeinsam mit Dooku und ein paar anderen den Kanzler zu entführen. Yoda und Windu haben indes den anderen erzählt, dass Obi-Wan noch am Leben ist und sich bei den Separatisten eingeschlichen hat, um die Entführung Palpatines zu vereiteln. Geht ihr Plan auf?
Asajj Ventress, die sich nach dem Anschlag auf Dooku längere Zeit versteckt gehalten hatte, kehrt zu den Nachtschwestern zurück. Nachdem Mutter Talzin sie mit offenen Armen empfängt, ist Asajj bereit, der Vereinigung erneut beizutreten. Doch Dooku hat ihren Mordanschlag nicht vergessen und sinnt auf Rache. Er entsendet die Droidenarmee nach Dathomir, um die Nachtschwestern auszulöschen.
Als ihr Leben einem Scherbenhaufen gleicht, landet Asajj Ventress in einer Kneipe, wo sie zufällig auf ein paar Kopfgeldjäger trifft, die Hilfe gebrauchen könnten. Da Asajj nichts Besseres zu tun hat und unbedingt Geld braucht, nimmt sie das lukrative Angebot von Boba Fett und seinen Männern an: Gemeinsam sollen sie die Lieferung einer Fracht für Quarzites Herrscher Otua Blank überwachen.
Savage Opress ist fest entschlossen, seinen tot geglaubten Bruder Darth Maul zu finden. Doch kann Darth Maul immer noch am Leben sein, zehn Jahre nachdem ihn Obi-Wan Kenobi mit dem Lichtschwert in zwei Hälften geteilt hat? Tatsächlich gelingt es Savage, seinen Bruder aufzuspüren, der inzwischen verrückt geworden ist und – gänzlich entstellt – Rache an Obi-Wan nehmen möchte.
Nachdem sich die Brüder Darth Maul und Savage Opress wiedergefunden haben, machen sie sich gemeinsam auf den Weg nach Dathomir, wo Mutter Talzin sich um Maul kümmert. Da Darth Maul auf Rache sinnt, erklärt sich Obi-Wan Kenobi bereit, alleine gegen seinen alten Feind zu kämpfen. Schnell gelingt es den beiden Brüdern, den Jedi zu besiegen. Da naht von unerwarteter Seite plötzlich Hilfe ...