Nachdem sich Savage Opress und Maul wiedergefunden haben, verbreiten die beiden Brüder schnell Angst und Schrecken in der Galaxie. Gemeinsam wollen die zwei die Piratentruppe bestechen, die unter Hondos Befehl steht, und Obi-Wan Kenobi vernichten. Obi-Wan hat sich jedoch bereits mit dem Jedi Adi Gallia auf den Weg gemacht, um die gefährlichen Sith-Brüder in die Flucht zu schlagen.
Anakin, Obi-Wan Kenobi, Ahsoka und Rex reisen nach Onderon, das ebenfalls gefallen ist und inzwischen unter der Herrschaft der Separatisten steht. In der Wildnis des Planeten hat sich eine kleine Gruppe Rebellen versteckt, die Onderons Hauptstadt Iziz zurückerobern will. Dazu brauchen die Aufständischen, unter denen sich auch Lux Bonteri befindet, allerdings dringend Hilfe von außen.
Nach dem Training durch die Jedi starten die Rebellen von Onderon ihre erste größere Aktion zur Befreiung ihres Planeten. Allerdings herrschen in der Führungsriege der Rebellen einige Uneinstimmigkeiten über die richtige Vorgehensweise, und am Schluss muss eine Entscheidung getroffen werden, wer von den drei Hauptkandidaten der Anführer der Freiheitsbewegung werden soll.
Um der Rebellenbewegung, die seine Herrschaft gefährdet, den Wind aus den Segeln zu nehmen, befiehlt der Marionettenkönig Sanjay Rash, seinen Vorgänger Ramsis Dendup als den Instigator des Aufstandes öffentlich hinrichten zu lassen. Im Angesicht dieser Gefahr müssen der resignierte König und sein Volk sich endlich entscheiden, wie stark ihre Loyalität für ihre Heimat und ihre Sehnsucht nach Freiheit wirklich in ihrem Herzen ist.
Nachdem König Dendup befreit wurde, rüsten die Rebellen zum endgültigen Kampf gegen die Separatisten-Besatzungsmacht. Mithilfe eines weiteren subtilen Hilfsmanövers der Jedi trägt der Plan endlich die ersehnten Früchte, doch kommt der Sieg zu einem hohen Preis.
Um in den Rang eines Jedi aufzusteigen, muss eine Gruppe von Jedi-Jünglingen einen Test bestehen: nämlich die Kristallkerne für ihre eigenen Lichtschwerter in den Eishöhlen von Ilum zu finden. Doch um diese zu erlangen und wieder zurückzukehren, müssen die jungen Jedi die vielleicht tödlichste Falle von allen überwinden.
Auf dem Rückweg von Ilum, wo die neuen Jedi-Schüler gefährliche Aufgaben bestehen mussten, soll ihnen Huyang beibringen, wie sie ihr Lichtschwert zusammensetzen. Doch die Übungsstunde wird bald gestört, denn Hondos Piraten greifen das Schiff an, da sie die Kristalle auf dem Schwarzmarkt zu Geld machen wollen. Tatsächlich gelingt es den Piraten an Bord zu kommen.
Hondo und seine Piraten haben ein Raumschiff der Jedi angegriffen, das sechs Schüler transportierte, die Kristalle für ihr Lichtschwert zur Basis bringen wollten. Bei dem Überraschungsschlag wurde Ashoka von Hondo gefangen genommen und das Raumschiff ramponiert. Den jungen Schülern gelingt es jedoch, mit anderen Jedi Kontakt aufzunehmen und um Hilfe für sich und Ashoka zu bitten.
Tatsächlich ist es den jungen Schülern gelungen, Ashoka zu finden und zu befreien. Auf ihrer Flucht sind ihnen die Piraten dicht auf den Fersen, doch dank der Hilfe von R2-D2, Ganodi und Huyang können sie Hondos Gefolge im letzten Moment sicher entkommen. Enttäuscht kehren die Piraten in ihre Basis zurück, wo schon die nächste böse Überraschung auf sie wartet: eine Armee der Separatisten!
Die Jedi haben eine verschlüsselte Nachricht erhalten, können den Code jedoch nicht knacken. Da die Gefahr eines Angriffs durch die Separatisten besteht, arbeiten die Jedi einen Plan aus: Unter der Leitung von Colonel Gascon sollen ein paar handverlesene Droiden, unter ihnen auch R2-D2, ein Modul aus dem Safe eines Raumschiffes der Separatisten stehlen, das den Code entschlüsseln kann.
Nachdem die Droiden unter der Leitung von Colonel Gascon das Modul entwenden konnten, versuchen sie, ihre Beute in den Tempel der Jedi zu bringen. Auf dem Rückweg wird ihr Raumschiff allerdings beschädigt und so sind die Droiden gezwungen, auf dem verlassen wirkenden Planeten Abafar eine Notlandung zu machen.
Um den Code der Separatisten zu knacken und einen Angriff der Feinde abwehren zu können, müssen die Droiden so schnell wie möglich zurück nach Hause und das entwendete Modul abliefern. Tatsächlich stoßen sie auf dem verlassen wirkenden Planeten Abafar auf eine Stadt namens Pons Ora. Finden die Droiden dort die dringend benötigte Hilfe, um rechtzeitig zurückkehren zu können?
Endlich scheint Rettung nah! Ein Schiff der Republik schwebt in der Umlaufbahn des Planeten und will die gestrandete Sondereinheit mitnehmen. Die Droiden haben ein ungutes Gefühl, da sich die Crew an Bord nicht sehen lässt, doch Colonel Gascon zerstreut ihre Zweifel. Hätte Gascon jedoch besser auf die anderen gehört, denn es handelt sich tatsächlich um ein Täuschungsmanöver der Separatisten.
Savage und Maul werden von einigen Mitgliedern der Todeswache gefunden und nach Zanbar gebracht, wo die beiden ihre Geschichte erzählen sollen. Nachdem der Anführer der Todeswache Vizsla den Befehl gegeben hat, Savage und Maul gut zu behandeln, erfährt er schließlich, dass die zwei Brüder und die Todeswache einen gemeinsamen Feind haben: Obi-Wan Kenobi.
Gemeinsam mit Darth Maul und Savage Opress will Vizsla, der Anführer der Todeswache, die Herzogin Satine stürzen. In der Basis in Zanbar bereitet die Todeswache alles für den Angriff auf die mandalorische Hauptstadt Sundari vor. Darth Maul kommt dabei seinem großen Ziel immer näher, ein riesiges Imperium des Schreckens aufzubauen.
Nachdem es Darth Maul gelungen ist, Vizsla, den Anführer der Todeswache, in einem Duell zu töten, hat er nun die Herrschaft über dessen Truppe erlangt. Nun versucht Maul, sein gerissenes Spiel weiter voranzutreiben: Mit der Nachricht, Herzogin Satine sei bei dem Angriff auf die Stadt gefangen genommen worden, hofft er, Obi-Wan Kenobi nach Mandalore locken zu können.
Eines Tages wird der Jedi-Tempel von einem plötzlichen Anschlag erschüttert - und das Bestürzende an der Sache ist, dass der Täter nur aus den eigenen Reihen stammen kann. Da jetzt in der Öffentlichkeit und selbst im Jedirat Misstrauen herrscht, werden Anakin und Ahsoka beauftragt, den Infiltrator ausfindig zu machen.
Der Fall des Terroranschlags im Jedi-Tempel scheint gelöst, doch die Dinge sind bei weitem nicht so einfach, wie sie scheinen. Bevor die Täterin Ahsoka verraten kann, wer hinter dem Angriff steckt, wird sie ermordet, und durch die Mithilfe des unbekannten Drahtziehers wird Ahsoka nun zum gehetzten Flüchtling.
Ahsoka ist auf der Flucht vor der Republik und hält sich in der Unterwelt von Coruscant auf. In einem Lager glaubt sie, endlich Antworten auf ihre Fragen zu finden. Anakin Skywalker und Plo Koon haben sich indes auf die Suche nach ihr gemacht und finden sie relativ leicht, während der Schurke, der Letta Turmond getötet hat, weiterhin auf freiem Fuß ist.
Nachdem Ahsoka gefangen wurde, soll sie sich vor einem galaktischem Gericht verantworten. Als sie auch noch aus dem Jedi-Orden ausgeschlossen wird, beschließt Anakin, auf eigene Faust die Wahrheit rauszufinden. Durch die Hilfe von Asajj Ventress schafft er es schließlich, den Verräter in den Reihen der Jedi ausfindig zu machen, wodurch aber eine schreckliche Wahrheit ans Licht kommt.