Staffel 1

Das SG-1 Team hat die Überreste der verlorenen Stadt der Antiker der Erbauer der Sternentore - entdeckt. Mitten in den Ruinen findet Daniel Jackson eine Stargate-Adresse, von der er hofft, dass sie zu der neuen Stadt dieses uralten Kulturvolkes führt, von der einige glauben, dass es sich dabei um das sagenumwobene Atlantis handelt. Allerdings befindet sich dieser Ort in der entfernten Pegasus-Galaxie und damit weiter weg, als sich bislang irgendein Stargate-Team ins Universum hinausgewagt hätte. Schließlich würde die Energie des Stargates bei einem so weit entfernten Ziel nur für eine Tour ausreichen die Rückkehr könnte nicht gewährleistet werden. Also steht General Jack O'Neill, der neue Commander des SGC, vor der schwierigen Aufgabe, ein geeignetes Team für diese gefährliche Mission mit ungewissem Ausgang zusammenzustellen. Die Leitung überträgt er der Zivilistin Dr. Elizabeth Weir. An ihrer Seite schreiten u.a. Major John Sheppard, Lieutenant Aiden Ford, Colonel Marshall Sumner und Dr. Rodney McKay durch das Sternentor.

An ihrem Zielort stößt das Atlantis Team auf ein wahres Wunderwerk der Technik: Eine Stadt mitten im Meer, die allerdings völlig verlassen zu sein scheint. Ein mächtiger Schutzschild bewahrt sie davor, von der gewaltigen Meeresströmung einfach mitgerissen zu werden. Allerdings findet Dr. McKay heraus, dass die Stadt offensichtlich allmählich ihre Energie verliert und damit ihr kostbares Schutzschild. Da es nicht auf die Erde zurück kann, muss das Atlantis-Team schleunigst eine andere Energiequelle finden. Also wählen sie eine Stargate-Adresse an, die sich ganz in der Nähe befindet. So landen Major Sheppard und Colonel Sumner auf einem Planeten, der von menschenähnlichen Wesen bewohnt wird. Doch deren Anführerin Teyla warnt die Neuankömmlinge vor einem mächtigen Feind. Zu spät, denn bald darauf geraten Sumner und Teyla in die Gewalt der brutalen Wraith, die Menschen als Energiequellen nutzen...

Dr. McKay unterzieht sich einer speziellen Gen-Therapie, damit er den genetischen Code der Antiker in seine DNA aufnehmen kann. Nur so ist er in der Lage, die Technologie von Atlantis benutzen zu können. Doch als es endlich soweit ist, tun sich neue Probleme für McKay auf, denn er hat ein persönliches Kraft- und Schutzfeld für sich aktiviert, das er leider nicht mehr abstellen kann. Zu spät hat er entdeckt, dass ihn dieses Feld zwar unverwundbar macht, ihn aber gleichzeitig an der Nahrungsaufnahme hindert. Während eines Versteckspiels öffnen Kinder einen Sicherheitsbehälter, dem sofort ein schwarzer Schatten entströmt. Zunächst nimmt das Atlantis Team an, dass es sich um ein harmloses ätherisches Gebilde handelt, aber dann mehren sich auf einmal Fälle von technischen Störungen auf Atlantis und das Team stellt fest, dass es sich bei dem dunklen Schatten um eine mysteriöse Kreatur handelt, die sämtliche Energiequellen von Atlantis anzapft...

Das Atlantis-Team gerät in einen bösen Hinterhalt der Wraith, kann aber im Raumgleiter in Richtung Stargate fliehen. Während Teyla sich um den verletzten Major Sheppard kümmert, der von einem außerirdischen Symbioten außer Gefecht gesetzt wurde, kümmert sich der Rest der Besatzung um ein großes Problem. Da der Raumgleiter im Kampf beschädigt wurde, steckt er im Stargate fest. Jetzt bleiben dem Team nur noch 38 Minuten, um den Raumgleiter wieder zu aktivieren und sicher durch das Stargate zu bekommen, denn danach schließt sich das Tor und würde damit das Schiff auseinander reißen. Lieutenant Ford und Dr. McKay arbeiten auf Hochturen, um eine Lösung zu finden, kommen aber einfach nicht weiter. Und die Uhr tickt unerbittlich...

Bei verschiedenen Missionen in fremde Welten wird das Atlantis-Team immer wieder von den Wraith überrascht und angegriffen - als wüßten ihre Gegner schon vorher über ihre Ziele Bescheid. Könnte es sein, dass es einen Wraith-Spion unter den Athosianern gibt, die seit kurzem auch in Atlantis leben? Da sie sich nicht anders zu helfen weiß, setzt Dr. Weir vorübergehend alle Stargate-Missionen aus und verbietet den Athosianern den Zugang zum Gate-Raum und zu anderen wichtigen Istitutionen. Außerdem befragt sie die Athosianer, um sie besser kennen lernen und einschätzen zu können. Zunächst stimmen diese Dr. Weirs Anordnungen zu, doch als ihre Befragungen immer anklagenderen Ton annehmen, fühlen sie sich ungerecht behandelt. Vor lauter Wut auf die Erdlinge setzen sie Teyla als ihre Anführerin ab, weil sie zum Stargate-Team gehört, und erklären sich bereit, auf eine Landebene vor den Toren von Atlantis zu ziehen. Nun glaubt Dr. Weir, die Stargate-Reisen gefahrlos wieder aufnehmen zu könne. Doch auch bei der nächsten Mission gerät das Stargate-Team in einen Hinterhalt der Wraith. Sollte etwa Teyla die Wraith-Spionin sein?

Während einer Erkundungstour auf einem fremden Planeten gerät der Jumper mit Major Sheppard, Lieutenant Ford, Dr. McKay und Teyla an Bord in ein elektromagnetisches Feld und muss notlanden. Da ihre gesamte Technik lahm gelegt ist, wollen sie zu Fuß zum Stargate zurückkehren, um Hilfe zu holen. Auf ihrem Weg begegnen sie einer Gruppe von Jugendlichen, die ihnen gegenüber sehr misstrauisch ist. Ihr Anführer nennt sich Keras. Er erlaubt ihnen, ihr Schiff zu reparieren. Doch andere aus der Gruppe wollen, dass das Stargate-Team sofort verschwindet. Dr. McKay entdeckt in den Ruinen einer nahe gelegenen Stadt ein Kraftfeld, das von einem Z.P.M. versorgt wird. Er schaltet es ab, um es zu weiteren Untersuchungen mit nach Atlantis nehmen zu können. Inzwischen wundert sich Sheppard darüber, dass auf dem Planeten offensichtlich niemand älter als 24 ist. Von Keras erfährt er, dass in seinem Volk von alters her der Brauch besteht, sich am Vorabend seines 25. Geburtstages selbst zu opfern. Nur so glaubte man sich vor Überfällen der Wraith schützen zu können. McKays Untersuchungen ergeben, dass das Kraftfeld bislang sämtliche Angreifer von dem Planeten ferngehalten hat. Gerade rechtzeitig kehrt er zurück, um es wieder zu installieren. Jetzt muss Sheppard nur noch Keras und seine Leute davon überzeugen, von den alten Bräuchen abzulassen - und das am Vorabend von Keras' 25. Geburtstag!

Major Sheppard, Dr. Beckett, Dr. McKay, Lieutenant Ford und Teyla probieren eine neue Stargate-Adresse aus und landen dabei auf dem Planeten Hoff. Die Hoffaner befinden sich nach dem letzten verheerenden Angriff der Wraith in einer hektischen Wiederaufbauphase. Um sich endgültig gegen ihren schlimmsten Feind zu wappnen arbeiten sie unter Leitung der Wissenschaftlerin Dr. Perna an einem Impfstoff, der die Wraith daran hindern soll, den Hoffanern ihre Lebensenergie zu rauben. Dr. Beckett bietet der Wissenschaftlerin seine fachkundige Hilfe an, und gemeinsam entwickeln sie ein Serum, das jedoch erst einmal getestet werden muss. Da jedoch die Zeit drängt, besteht Kanzler Druhin darauf, sämtliche Hoffaner mit dem Serum impfen zu lassen. Entsetzt versucht Dr. Beckett, ihn von seinem Vorhaben abzubringen, schließlich könnten die Hoffaner sich so selbst einer unbekannten Epidemie aussetzen. Doch Druhin lässt nicht mit sich reden, und die Folgen sind verheerend...

Auf der Suche nach Handelspartnern, von denen sie Nahrungsmittel importieren können, landet das Atlantis-Team auf dem Planeten der Genii, einem sehr scheu wirkenden Volk von Farmern. Cowen, der Anführer der Genii, verlangt im Austausch für Lebensmittel C-4 und Medizin. Dr. Weir hat schwere Bedenken dabei, die Genii mit Sprengstoff zu beliefern, doch wegen der schwierigen Versorgungslage in Atlantis bleibt ihr nichts anderes übrig als zuzustimmen. Auf dem Rückweg zu den Genii macht Dr. McKay jedoch eine beunruhigende Entdeckung: Er misst radioaktive Strahlung. Bei der Suche nach der Ursache entdecken Sheppard und er, dass die Genii offensichtlich im Untergrund Atombomben entwickeln, um sie gegen die Wraith einsetzen zu können. Da es gegen den gemeinsamen Feind geht, bietet Dr. McKay Cowen den Genii seine Hilfe an. Aber als Dr. Weir erfährt, dass Cowen vorhat, die Bienenstockschiffe der Wraith, in denen sich unter anderem auch deren menschliche Gefangene befinden, mit Atombomben zu zerstören, will sie auf keinen Fall mit den Genii zusammenarbeiten. Allerdings wird sie von den anderen überstimmt. Doch gleich bei der ersten gemeinsamen Aufklärungsmission erweisen sich die Genii als äußerst zweifelhafte Verbündete...

Auf dem in völligem Nebel liegenden Planeten M5S-224 entdeckt Dr. McKay Energiewerte, die auf eine fortschrittliche Zivilisation deuten. Aber seltsamerweise existiert keine Spur von Leben auf M5S-224. Dafür findet Dr. McKay heraus, dass das Stargate auf diesem Planeten durch dessen energiereiche Atmosphäre angetrieben wird. Die Energie könnte sogar ausreichen, um mit dem Stargate die Erde anzuwählen. Also installiert das Atlantis-Team den nötigen Steuerungskristall am Stargate von M5S-224 - und wird wenig später von General Hammond auf der Erde in Empfang genommen. Die Stargate-Atlantis-Crew ist überglücklich, endlich wieder in der Heimat angekommen zu sein. Doch schon bald kommt ihnen einiges auf der Erde seltsam vor. Freunde und Angehörigen benehmen sich eigenartig, und als General Hammond Dr. Weir urplötzlich unterbreitet, dass sie vom Kommando der Stargate Atlantis Mission enthoben wurde, weil Hammond lieber eine Militäreinheit nach Atlantis schicken will, kann sie einfach nicht glauben, was sie da hört. Dr. Weir ist sich sicher, dass irgendetwas nicht stimmt...

Während eines Erkundungsfluges entdecken Teyla und Major Sheppard, dass sich ein gewaltiger Sturm zusammenbraut, der Atlantis und die Siedlung der Athosianer bedroht. Ohne Schutzschild würde die Stadt bis auf die Grundmauern zerstört werden. Da die Zeit drängt, beschließt die Stargate-Crew, die Athosianer mit Hilfe des Stargates zu evakuieren. Tatsächlich erklären sich die Maranianer bereit, die Flüchtlinge kurzzeitig bei sich aufzunehmen. Allerdings arbeiten sie heimlich mit Cowen und den Genii zusammen. Sie verraten Cowen nicht nur, dass Atlantis bald nur noch notdürftig besetzt und damit ohne jeden Schutz sein wird, sondern entlocken außerdem noch einem der Athosianer den Zugangscode für das Atlantis Gate. Daraufhin schickt Cowen den Kommandanten Kolya mit einer Truppe Soldaten nach Atlantis. Während Teyla, Ford und Beckett weiterhin mit der Evakuierung der letzten Athosianer beschäftigt sind, versuchen Dr. Weir, Dr. McKay und Major Sheppar vom Atlantis Gate aus die vier Pfeiler von Atlantis abzukoppeln. Da tauchen Kolya und seine Männer auf, überwältigen Weir, McKay und Sheppard und nehmen sie als Geiseln...

Der Genii-Kommandant Kolya hat mit einer kleinen Truppe die Gewalt über Atlantis übernommen. Während Major Sheppard ihm entwischen konnte, hat er Dr. Weir und Dr. McKay in seine Gewalt gebracht und würde sie am liebsten sofort eliminieren. Doch McKay macht dem Genii unmissverständlich klar, dass er sie nocht braucht, sollte er nicht wollen, dass Atlantis von dem drohenden Sturm zerstört wird. Also lässt er seine Geiseln vorerst am Leben, damit McKay die Konsole einer der Erdungsstationen reparieren kann, die während der Schießerei beschädigt wurde. Nur dann können McKay und Weir das Schutzschild aktivieren, bevor die Sturmflut Atlantis erreicht. Teyla, Lieutenant Ford und Dr. Beckett, die den Sturm in einem Puddle Jumper auf dem Festland abwarten wollten, finden sich urplötzlich im sicheren Auge des Sturms wieder. Sie beschließen, nach Atlatnis zurückzukehren, um dort nach dem Rechten zu sehen. Doch auf dem Weg zurück hat Teyla eine folgenschwere Begegnung. In Atlantis setzt Kommander Kolya mittleweile mehrere seiner Männer darauf an, Major Sheppard gefangen zu nehmen, doch der kann seine Angreifer in eine Falle locken und sie ausschalten. Daraufhin fordert Kolya Verstärkung an, die über das Stargate in Atlantis ankommen soll. Das will Sheppard auf jeden Fall verhindern. Gleichzeitig rollt bereits eine gigantische Flutwelle auf Atlantis zu - und die Schutzschilde sind noch immer nicht intakt...

Dr. Gall entdeckt in der Pegasus Galaxie einen gewaltigen Satelliten, den er gerne näher untersuchen würde. Obwohl Dr. Weir bei diesem Vorhaben ein schlechtes Gefühl hat, beugt sie sich der Mehrheit, die wie Dr. Gall mehr über den seltsamen Satelliten erfahren will. Also fliegen Major Sheppard, Dr. McKay, Dr. Gall und Dr. Abrams mit dem Puddle Jumper zu dem Satelliten und entdecken, dass es sich dabei um eine gigantische Waffenplattform handelt, die vermutlich von den Antikern als letzte Bastion gegen die Wraith errichtet worden war. Plötzlich empfangen sie ein schwaches Notrufsignal, das von einem benachbarten Planeten stammt. Offenbar wird es von einem Schiff der Wraith gesendet, das vor 10.000 Jahren von dem Satelliten abgeschossen wurde. Die Atlantis-Crew fliegt hin, um das Schiff genauer unter die Lupe zu nehmen. Darin befindet sich eine große Halle voller menschlicher Körper, die künstlich am Leben erhalten werden. Während sie noch ihren grausigen Fund inspizieren, schießt plötzlich ein Wraith auf sie zu, überwältigt Abrams und saugt ihm die Lebenskraft aus. Dann verschleppt er Dr. Gall als Nahrungsvorrat. Major Sheppard versucht die Flucht des Wraith zu vereiteln, indem er sich ihm in den Weg stellt. Doch der Kampf gegen den grausamen Außerirdischen scheint aussichtslos, da er sich nach jeder Verwundung blitzschnell regeneriert. Selbst mit McKays Unterstützung scheint Sheppard keine Chance gegen den mordlüsternen Wraith zu haben....

Dr. McKay inspiziert mit einem Team die noch unbekannten Außenbereiche von Atlantis, um festzustellen, welche Schäden der gewaltige Sturm angerichtet hat. Während der Exkursion verhalten sich zwei Männer des Teams plötzlich sehr auffällig und sterben kurze Zeit später. Gleichzeitig entdeckt Dr. McKay ein geheimes Labor der Antiker voller zerbrochener Behälter, die gefüllt waren mit obskuren Substanzen. Als er Dr. Weir von seiner Entdeckung berichtet, schickt sie Dr. Beckett und seine Leute in Schutzanzügen in das Labor und stellt in Anbetracht der beiden Todesfälle die gesamte Stadt unter Quarantäne. Allerdings durchbrechen Teyla und Major Sheppard die Quarantäne, als sie erfahren, dass der offensichtlich ebenfalls infizierte Dr. Peterson aus dem Team von McKay noch vor den Toren der Stadt herumirrt. Sie müssen um jeden Preis verhindern, dass er die Stadt betritt. Nach genauer Untersuchung der Toten kommt der Verdacht auf, dass es sich bei dem Erreger um einen Nano-Virus handelt, eine Art miniaturisiertem Computer. Aber wer hat diesen komplexen Virus entworfen? Man kann den Nano-Virus nur mit einem elektromagnetischen Impuls außer Gefecht setzen. Doch wie kann das Atlantis-Team einen Impuls erzeugen, der stark genug ist, die gesamte Stadt vor dem Virus zu bewahren? Major Sheppard hat eine Idee, die nicht ungefährlich ist...

Major Sheppard ist mit dem Jumper im Orbit eines Planeten namens Proculis unterwegs, als er plötzlich von einer ganzen Truppe Wraith angegriffen wird. Nur Dank einer mysteriösen Energiewaffe, die plötzlich auf die Wraith feuert, kann Sheppard gerettet werden. Auf der Suche nach dieser geheimnisvollen Waffe und seinen Rettern landet Sheppard auf Proculis. Aber weder Hohepriesterin Chaya, die der Göttin Athar dient, noch ihr Volk scheinen etwas über den seltsamen Vorfall zu wissen. In der Tat kennen die Bewohner von Procul die Wraith nicht einmal. Das bringt Major Sheppard auf eine Idee. Er fragt Chaya, zu der er sich gleich sehr hingezogen fühlt, ob die Athosianer und das Atlantis-Team nicht auf Proculis Zuflucht vor den Wraith suchen dürften. Doch nachdem Chaya ihre Göttin befragt hat, muss sie Sheppards Bitte ablehnen. Allerdings begleitet sie Sheppard, um Atlantis einen kurzen Besuch abzustatten. Als sie in Atlantis eintrifft, erregt sie gleich die Aufmerksamkeit von Dr. McKay, dem einiges an ihr seltsam vorkommt. Bald schon hegt er einen bestimmten Verdacht. Doch Sheppard, der mittlerweile bis über beide Ohren verliebt ist, will davon nichts wissen...

In Atlantis gibt es noch zahlreiche unerforschte Räume. In einem von ihnen entdeckt Major Sheppard ein Labor mit einer Stasiskammer, in der eine alte Frau schläft. Auf Dr. Weirs Befehl hin wird sie trotz ihres bedenklichen Gesundheitszustandes von Dr. Beckett und Dr. McKay wiederbelebt. Als sie erwacht, überrascht sie alle mit der Behauptung, sie sei Dr. Elizabeth Weir! Dann erzählt sie ihren verblüfften Zuhörern eine ganz unglaubliche Geschichte: Als sie zum ersten Mal mit ihrem Team Atlantis durch das Stargate betreten wollte, gab es einen Unfall. Das Kraftfeld der Stadt brach zusammen und Atlantis wurde vollkommen überflutet. Nur Dr. Zelenka, Major Sheppard und sie konnten damals in einem Puddle Jumper fliehen. Sie ahnten jedoch nicht, dass es sich bei dem vermeintlichen Puddle Jumper um eine Zeitmaschine handelte. Als das kleine Raumschiff abgeschossen wurde, landeten sie also bei den Antikern vor 10.000 Jahren. Mellia vom Atlantischen Rat hieß Dr. Weir in Atlantis willkommen. Doch die Evakuierung der Atlanter stand kurz bevor. Nachdem all ihre Schiffe von den Wraith zerstört wurden, wollen die Atlanter durch das Stargate auf die Erde zurückkehren. Dr. Weir hingegen wollte liebend gerne in ihre Zeit zurückkehren, doch leider wurden die Experimente mit Zeitreisen untersagt, so dass die Atlanter gar nicht die Möglichkeit besaßen, sie wieder zurückzuschicken. Doch der Antiker Janus wusste Rat...

Bei ihrer Flucht vor den Wraith vor 10.000 Jahren haben die Antiker zahlreiche Z.P.M.s in verschiedenen Welten versteckt. Auch sudarianischen Priestern, der Bruderschaft der 15, haben die Antiker einst ein Z.P.M. anvertraut. Die Sudarianerin Allina hilft der Atlantis-Crew dabei, dieses verschollene Z.P.M. zu finden. Die Bruderschaft der 15 schuf zehn Steinplatten, die - richtig zusammengelegt - den Aufenthaltsort des Z.P.M. verraten sollten. Diese Platten sind in alle Winde zerstreut. Als Allina und die Atlantis-Crew neun der zehn Platten gefunden haben, taucht überraschend Kommandant Kolya von den Genii auf, um die Steine an sich zu bringen. Nach schweren Kämpfen gelingt es der Atlantis-Crew jedoch die Genii zu überwältigen. Endlich können Major Sheppard und sein Team sich daran machen, die Steintafeln in die richtige Reihenfolge zu bringen... Auf Atlantis rast ein Dart-Jäger zu. Als die Atlantis-Crew ihm drei Jumper entgegenschickt, zerstört er sich von selbst, nicht ohne jedoch vorher eine Botschaft in den Weltraum zu übermitteln. Als Dr. Zelenka dieser Botschaft nachforscht, macht er eine schreckliche Entdeckung: Drei gigantische Wraith-Basisschiffe haben Kurs auf Atlantis gemacht und müssten in ungefähr zwei Wochen ihr Ziel erreicht haben

Nachdem das Team erfahren hat, dass die gesamte Wraith-Armada auf die Stadt zusteuert, wird beschlossen, die restliche Energie zu nutzen, um die Stargate-Kommandozentrale über die Bedrohung durch die Wraith zu informieren und mitzuteilen, wie es allen auf Atlantis geht. Während die anderen aus dem Team Videobotschaften für ihre Lieben aufnehmen, begeben sich Sheppard und Teyla auf eine Mission, bei der sie direkt auf die Wraith-Armee treffen werden...

Schreckliche Alpträume von den Wraith plagen Teyla. Sie sucht den Psychologen der Stadt auf und muss erkennen, dass sie die Wraith spüren kann. Fest entschlossen, die ganze Wahrheit zu erfahren, begibt sie sich mit einem kleinen Team auf eine Mission zu einem Planeten, auf den Entführungsopfer der Wraith "wie durch ein Wunder" zurückkehrten. Dort entdeckt sie so etwas wie ein Genlabor. Könnte Teylas Verbindung mit den Wraith also das Ergebnis eines Genversuchs sein...?

Während die Wraith-Armada Atlantis immer näher rückt, entstehen zwischen Teyla und einigen anderen Teammitgliedern Spannungen wegen ihrer seelischen Verbindung mit den Wraith. Nachdem eine Spähexplosion in einem Feuergefecht endet, wird sie beschuldigt, den Standort des Teams preisgegeben zu haben. Sheppard springt Teyla bei und verteidigt sie. Aber selbst ihm kommen Zweifel, als derjenige, der sie beschuldigt hat, bewusstlos aufgefunden wird, nachdem er von einem Unbekannten attackiert wurde...

Als die Wraith Atlantis angreifen, bekommt das Team unerwartet Unterstützung durch Hilfstruppen von der Erde, die Atomsprengköpfe und gute Nachrichten mitbringen: Das Schlachtschiff Daedalus soll in vier Tagen ankommen. Als die Wraith die Sprengköpfe aber ohne Probleme zerstören können, wird immer deutlicher, dass die Hilfstruppen nicht einmal ausreichen, die Stadt vier Stunden lang zu schützen, geschweige denn vier Tage...