Staffel 3

Nachdem ihre temporäre Allianz mit den Wraith zu Bruch gegangen ist, muss das Atlantis-Team einen Weg finden, zwei Wraith Schiffe auf ihrem Weg zu Erde aufzuhalten. Colonel Sheppard ist es glücklicherweise gelungen, sich mit seiner F-302 unbemerkt an eines der Schiffe zu heften. McKay und Ronon befinden sich jedoch in dem Moment als Gefangene der Wraith in Kokons an Bord eines der Schiffe. Obwohl die Daedalus stark beschädigt wurde, will Dr. Weir die Verfolgung der Wraith-Schiffe möglichst schnell aufnehmen. Zusammen mit der Orion macht sie sich auf den Weg...

Nachdem die Besatzung des gekaperten Wraith-Schiffs mit Hilfe des Retrovirus in einen menschlichen Zustand umgewandelt worden ist, überlegen alle im Team, wo man die Wraith in Menschengestalt am besten unterbringen könnte. Nach einigen Debatten einigt man sich darauf, die Wraith-Menschen auf einen einsamen Planeten zu bringen und jedem, der nachfragt, zu sagen, es handele sich um eine Viren-verseuchte Gemeinde. Zum Schutz aller anderen müssten sie dort in Quarantäne leben. Sheppard und Dr. Beckett bleiben ebenfalls auf dem Planten, um die Lage dort zu beobachten. Doch als ein Wraith-Schiff sich nähert, muss das Atlantis-Team schnell reagieren, um das Geheimnis von Atlantis zu bewahren...

Während ihrer Suche nach geeigneten Stargates für den neuen intergalaktischen Superhighway stoßen Major Sheppard und sein Team auf ein kleines Dorf mit einem sonderbaren Führer namens Lucius. Die Bewohner des Dorfes scheinen ihm völlig verfallen zu sein. Schnell gibt auch Dr. Beckett dem charmanten Lucius nach und lässt sich überreden, ihn nach Atlantis mitzunehmen. Dort angekommen, gelingt es dem hinterlistigen Lucius mit Hilfe einer Droge in kürzester Zeit die Bewohner von Atlantis abhängig zu machen. Als Sheppard und McKay von einer Mission nach Atlantis zurückkehren, müssen sie bestürzt feststellen, dass inzwischen alle auf der Basis der Droge verfallen sind und Lucius bedingungslos folgen....

Das Atlantis-Team erkundigt ein entlegenes Dort, als sie plötzlich attackiert und gefangen genommen werden. Es stellt sich heraus, dass Ronon den Planeten schon einmal besucht hatte und dabei unwissentlich die Wraith auf die Siedlung aufmerksam gemacht hat. Als die Wraith den Planeten angriffen, konnten die Siedler einen Pakt mit ihnen aushandeln: Die Angreifer versprachen, den Planeten zu verschonen, falls sie ihnen Ronon übergeben würden, sobald er wieder auf den Planeten zurückkehren würde. Ronon kann in Verhandlungen erreichen, dass Sheppard und Teyla freigelassen werden. Die beiden mobilisieren in kürzester Zeit eine Streitmacht, um Ronon zu befreien. Doch als die Atlantis-Truppen auf dem Planeten ankommen, finden sie ein Bild der völligen Zerstörung vor – von Ronon fehlt jede Spur. In der Zwischenzeit haben die Wraith ihn auf seinem zerstörten Heimatplaneten Sateda ausgesetzt, um mit ihm ein makabres Spiel zu veranstalten. Mit einem eingepflanzten Wraith-Transmitter wird er gejagt und muss nochmals die traumatischen Ereignisse von damals erleben, als seine Familie und seine Freunde von den Wraith ausgelöscht wurden.

Beim Durchsuchen der Datenbank von Atlantis stößt Dr. McKay auf die Koordinaten eines alten Antiker-Außenpostens. Dr. Weir und ihr Team machen sich sofort auf, um die Basis zu erforschen. Sie sind verblüfft, dort lebende Antiker anzutreffen und machen sich schon Hoffnungen, endlich Verbündete im Kampf gegen die Wraith gefunden zu haben. Doch der Anführer der Antiker, Oberoth, lehnt die Bitte um Hilfe brüsk ab. Als das Team resigniert nach Atlantis zurückkehren will, lässt Oberoth sie sogar gefangen nehmen und einem Gehirnscan unterziehen. Dabei enthüllen die vermeintlichen Antiker, dass sie in Wirklichkeit Asuraner sind – eine Rasse von Replikatoren, die einst von den Antikern als Waffe gegen die Wraith erschaffen wurden. Doch die Asuraner haben sich längst von ihren alten Meistern abgewandt. Während einige versuchen, es den Antikern gleichzutun und auf eine höhere Existenzebene überzuwechseln, kennen Oberoth und seine Verbündeten nur ein Ziel: Sie wollen alle Werke der Antiker in den bekannten Galaxien vernichten. Dr. Weir und ihre Begleiter müssen schnell handeln, um aus der Gefangenschaft zu fliehen und zu verhindern, dass Oberoths fanatische Asuraner über Atlantis herfallen…

Dr. Elizabeth Weir erwacht in einer psychiatrischen Klinik in Washington D.C. Die Geschichte, die ihr der Psychiater Dr. Fletcher erzählt, klingt für Elizabeth zunächst unglaublich: Demnach sind die letzten zwei Jahre, die sie in Atlantis und auf verschiedenen Stargate-Missionen verbracht hat, nur ein Produkt ihrer Phantasie – hervorgerufen durch eine Psychose, die sie nach dem Unfalltod ihres Verlobten erlitten hat. Elizabeth versucht, sich in dem für sie neuen Leben auf der Erde zurechtzufinden, hat aber anfangs einige Schwierigkeiten. Unterstützt wird sie von ihrer Mutter und General Jack O’Neill, der ihr glaubhaft versichert, nie von einem Stargate-Programm gehört zu haben – geschweige denn von einer außerirdischen Stadt namens Atlantis. Trotz ihrer Bemühungen, sich wieder in die Gesellschaft einzugliedern, wird Elizabeth immer wieder von beunruhigenden Visionen heimgesucht, in denen sie dazu gedrängt wird, nach Atlantis zurückzukehren...

Das Stargate-Team fängt einen Kommunikationscode der mit der Erde verbündeten Genii auf. Das vereinbarte Treffen auf einem abgelegenen Planeten erweist sich jedoch als Falle: Kolya, der aus der Führungsspitze der Genii verbannt wurde, hat eine eigene Splittergruppe gegründet und greift das Team an. Es gelingt ihm, John Sheppard gefangen zu nehmen, die übrigen können entkommen. Das Stargate-Team beschließt, mit dem neuen Führer der Genii, Ladon Radim, Kontakt aufzunehmen, der ihnen bei der Befreiung Sheppards helfen soll. Inzwischen hat Kolya seine Forderungen an Atlantis durchgegeben. Man soll ihm Ladon Radim ausliefern, damit er ihn von einem gefangenen Wraith töten lassen kann. Andernfalls muss Sheppard sterben. Die Erpressung stürzt Elizabeth Weir in ein moralisches Dilemma. Unterdessen schmiedet Sheppard Ausbruchspläne – und findet ausgerechnet in seinem Wraith-Mitgefangenen einen Verbündeten...

Rodney McKay wird zur Erde zurückbeordert. Er soll seine Schwester Jeannie Miller überzeugen, der Airforce einen wichtigen mathematischen Beweis zu liefern, den McKay dringend für eines seiner Experimente benötigt. McKay und Jeannie stehen sich allerdings nicht gerade nahe und haben sich das letzte Mal vor vier Jahren gesehen. Um überhaupt eine Chance zu haben, sein Ziel zu erreichen, muss McKay seine Schwester in das Stargate-Programm einweihen. Gemeinsam reisen die beiden nach Atlantis, um an McKays Experiment zu arbeiten. McKay hofft, der Menschheit schier unerschöpfliche Energiemengen zur Verfügung stellen zu können, indem er ein Paralleluniversum anzapft. Zunächst scheint auch alles bestens zu laufen - doch dann erscheint in der Experimentalkammer ein Rodney McKay aus dem Paralleluniversum. Er bittet darum, die Experimente sofort einzustellen, da sie sein Heimat-Universum zerstören könnten. Der neue McKay, der von allen nur "Rod" genannt werden will, wird von der gesamten Atlantis-Crew schnell ins Herz geschlossen – denn er ist weitaus umgänglicher und mutiger als der "originale" McKay. Gemeinsam findet das Team heraus, dass Rods Universum auch dann zerstört würde, wenn McKay sein Experiment abbricht...

Bei der Untersuchung eines ungewöhnlichen Energiephänomens auf einem neu entdeckten Planeten verschwinden Major Leonard und sein Team spurlos. Weil die Energieausbrüche auch eine Funkkommunikation durch das Stargate unmöglich machen, stellt Sheppard einen Rettungstrupp zusammen. Auf dem Planeten angekommen, stößt die Gruppe zunächst auf mehrere tote Genii, die sich allem Anschein nach gegenseitig erschossen haben. McKay spürt schließlich in einer Höhle die geheimnisvolle Energiequelle auf: Es handelt sich um eine Art Generator, der von den Wraith hergestellt wurde. Während McKay noch mit der Untersuchung des Artefakts beschäftigt ist, findet Teyla die vermissten Soldaten: Sie sind allesamt tot, ermordet offenbar von Major Leonard, der als einziger unauffindbar ist. Wenig später greift Leonard auch das Atlantis-Team an und verwundet drei Marines schwer. Sheppard bleibt nichts anderes übrig, als den Rückzug in die Höhle anzuordnen. Hier zeigt sich, dass der Wraith-Generator alles andere als ungefährlich ist: Unter seinem Einfluss werden Ronon, Sheppard und Teyla von furchtbaren Halluzinationen und Verfolgungswahn heimgesucht – und sind bald drauf und dran, sich gegenseitig umzubringen...

Während die Crew der Daedalus die neue intergalaktische Brücke von Carter und McKay testet, stoßen sie auf ein Raumschiff der Antiker, das mit annähernder Lichtgeschwindigkeit auf die Erde zurast. Das Antiker-Schiff wurde einst im Kampf mit den Wraith beschädigt und will nun zurück nach Atlantis. Durch die relative Zeitverzögerung im Raum während dieser Reise sind für die Antiker-Crew seither nur wenige Jahre vergangen. Gemeinsam mit der Daedalus fliegen die Antiker nach Atlantis zurück. Sie danken dem Team dafür, dass sie sich in ihrer Abwesenheit um Atlantis gekümmert haben. Desweiteren verlangen die Antiker aber, dass alle bis auf Woolsay Atlantis sofort verlassen. Er soll als Botschafter zurückbleiben. Ronon und Teyla bleiben in der Pegasus-Galaxie, aber der Rest der Crew versucht, ihr Leben auf der Erde wieder aufzunehmen. Doch für alle ist es schwer, sich dort wieder zu integrieren. Sheppard kommt mit seiner neuen Crew nicht richtig klar, McKay langweilt sich in seinem Labor in der Area 51und auch Dr. Weir hat große Probleme mit ihrem Leben nach Atlantis. Wenig später erhalten sie die Nachricht, dass Replikatoren die Antiker auf Atlantis angreifen. General Landry entsendet erneut die Daedalus mit einer nuklearen Bombe an Bord. Er möchte die Stadt lieber komplett zerstören, als sie an die Replikatoren fallen zu lassen. O’Neill und Woolsey sitzen derweil auf Atlantis in der Falle. Das Team muss nun schnellstens einen Weg finden, die beiden Kollegen und Atlantis selbst zu retten...

Nachdem die Asuraner O'Neill und Woolsey gefangen genommen haben, muss das Team um Weir und Sheppard einen Plan entwickeln, um die beiden so schnell wie möglich zu befreien und die Stadt zu retten.

Teyla wird von Geistern der kürzlich von den Replikatoren getöteten Antiker heimgesucht. Scheinbar wollen sie sie warnen, doch sie versteht nicht genau, vor was. Derweil glaubt McCay, dass er den Wal, der ihm vor einem Jahr das Leben gerettet hat, vor Atlantis wiedergefunden hat. Gemeinsam mit Colonel Sheppard macht er sich in einem Aufklärer auf die Suche und findet einen riesigen Schwarm von Walen, der offenbar auf dem Weg nach Atlantis ist. Die hohen Sonartöne, die von den Walen erzeugt werden, lassen die Bewohner von Atlantis langsam durchdrehen. Auch die Wale scheinen Atlantis warnen zu wollen. Der Schlüssel zu ihrer Botschaft liegt in Teylas Visionen...

Sheppard und sein Team hören immer wieder Geschichten von einem großen Krieger, der sowohl die Wraith wie auch die Genii besiegt haben soll. Um eine Allianz mit ihm zu prüfen, suchen sie ihn in seinem Dorf auf. Doch die Enttäuschung ist groß, als sie feststellen, dass der große Krieger kein anderer als der Betrüger Lucius ist. Er scheint sich mit den Schlachten des Stargate-Teams zu schmücken. Als sie wieder nach Atlantis zurückkehren wollen, werden sie von einer Bande überfallen. Lucius rettet sie zwar, doch es stellt sich bald als weiterer Schwindel heraus, da Lucius mit der Bande unter einer Decke steckt. Plötzlich taucht Kolya auf und fordert Lucius auf, ihm das Atlantis-Team zu übergeben. Alle außer Sheppard werden von Kolya in Gewahrsam genommen. Da es keine Möglichkeit gibt, Verstärkungen anzufordern, ist Sheppard auf sich alleine gestellt. Er hat nicht viel Zeit, bevor Kolya mit der Exekution seines Teams beginnt…

Während Dr. Rodney McKay dabei ist, alle Geräte der Antiker auszuschalten, um Energie zu sparen, wird er von einem Strahl aus einer Antiker-Maschine getroffen. Er lässt sich von Dr. Beckett untersuchen, der ihm versichert, völlig gesund zu sein. Doch schon bald wird offensichtlich, dass er durch den Strahl verändert wurde. Das Gerät scheint die Evolution zu beschleunigen. Seine Intelligenz wächst rasant und wenig später ist er in der Lage die Gedanken der anderen zu lesen. Scheinbar war die Maschine von den Antikern konstruiert worden, um schneller aufzusteigen. Wie sich bald herausstellt, haben jedoch viele Antiker den Gebrauch der Maschine nicht überlebt und auch McKay scheint dem baldigen Tod geweiht. Er will die verbleibende Zeit nutzen, echten Frieden mit seinen Kollegen zu finden. Doch die wollen ihn nicht so schnell aufgeben...

Major Lornes Team entdeckt nach einer Reise durch das Stargate ein Gitter aus Satelliten über einem Planeten. Das Team entschließt sich, auf dem Planeten zu landen. Dort entdecken sie zwei Zivilisationen, die miteinander im Wettstreit zu liegen scheinen. Lorne kontaktiert Atlantis, denn überraschenderweise scheint eine der Zivilisationen McKay für eine Gottheit zu halten. Als McKay und Colonel Sheppard davon hören, dämmert es ihnen sofort, mit was sie es hier zu tun haben. Kurz nach ihrer Ankunft auf Atlantis hatten die beiden einen Spieleraum der Antiker entdeckt, indem es eine Welt gab, die aus zwei Gesellschaften bestand. Sheppard und McKay kontrollierten jeweils eine Gesellschaft mit dem Ziel, die andere zu übertreffen. Nun muss Sheppard erfahren, dass er nicht nur gespielt hat, sondern dass zeitgleich eine komplexe Echtzeitwelt geschaffen wurde. Die beiden entschließen sich, die Gesellschaften zu besuchen. McKay wird von seiner Zivilisation, den Geldar, als eine Art Orakel begrüßt. Wie sich herausstellt, stehen sich die beiden Gesellschaften inzwischen sehr feindlich gegenüber und sind an der Grenze eines brutalen Krieges. Sheppard und McKay wollen das durch ihre diplomatische Mission im letzen Augenblick noch verhindern...

Bei der Untersuchung einer Raumstation im Inneren eines ausgehöhlten Mondes weckt McKay versehentlich einen Wissenschaftler aus der Stasis: Von dem Mann namens Henrick erfährt McKay, dass sein Volk mehrfach Opfer von Wraith-Angriffen wurde. Schließlich verließen die verbliebenen Bewohner ihre Heimat und ließen sich für tausende Jahre in Stasis versetzen – in der Hoffnung, die Wraith würden nicht mehr wiederkommen, wenn sie den Planeten verlassen vorfänden. Doch dann macht Henrick eine beunruhigende Entdeckung: Eine der beiden Stasis-Kapseln, in denen die Flüchtlinge zu ihrem Versteck gebracht wurden, fehlt. Das Stargate-Team will der Sache auf den Grund gehen und weckt den Anführer der Gruppe, Jamus. Von ihm erfahren sie die schreckliche Wahrheit: Als die Wraith früher als gedacht ihren nächsten Angriff starteten, ließ Jamus das Shuttle mit der zweiten Stasiskapsel auf dem Planeten zurück, um die Wraith abzulenken. Henrick ist untröstlich, denn an Bord des Schiffs befand sich auch seine gesamte Familie. Der verzweifelte Wissenschaftler beschließt, Selbstmord zu begehen, indem er die Hangartüren der Raumstation sprengt. Doch damit bringt er auch alle anderen an Bord in Lebensgefahr...

Das gesamte Atlantis-Personal bekommt einen freien Tag zur Entspannung verordnet. Alle tun ihr Bestes, nach den Anstrengungen der letzten Monate mal wieder die Seele baumeln zu lassen. Doch mit der Ruhe ist es bald vorbei, als Atlantis von einer gewaltigen Explosion erschüttert wird, bei der mehrere Menschen ums Leben kommen. Als McKay und Beckett am Unglücksort eintreffen, finden sie Teyla schwer verletzt vor. Zeugen berichten, dass die Katastrophe von einem der Wissenschaftler verursacht wurde: Der Mann ist vor ihren Augen explodiert! McKay findet heraus, dass die Ursache eine Antiker-Maschine war, mit der zwei seiner Kollegen vor kurzem experimentierten. Das Artefakt verwandelt alle in der Nähe befindlichen Organismen in lebende Zeitbomben. Sobald die Bombe, die wie ein Tumor im lebenden Gewebe heranwächst, eine kritische Masse erreicht hat, explodiert sie. Da es einen der beiden Experten schon erwischt hat, muss der zweite so schnell wie möglich gefunden werden, um ein größeres Unglück zu verhindern...

Das Atlantis-Team sucht in einem Puddle Jumper den Meeresboden nach einer geothermalen Bohrstation der Antiker ab. Mit dieser Anlage könnte Atlantis auf eine schier unerschöpfliche Energiequelle zurückgreifen. Unterwegs spürt Teyla mehrfach eine Wraith-Präsenz in der Nähe, doch McKay kann mit den Sensoren keine Lebensformen orten. Weit vermutet, dass Teyla einer stressbedingten Halluzination erlegen ist – und der Vorfall ist bald vergessen, als das Team die Antiker-Station schließlich entdeckt. An Bord verhält sich Teyla erneut sehr seltsam und versucht, den Rest des Teams mit Energiefeldern aus dem Jumper auszusperren. Als es Sheppard gelingt, sie zu überwältigen, kann sie sich an nichts mehr erinnern. Wenig später taucht eine Wraith-Königin in der Station auf, die auch für Teylas seltsames Benehmen verantwortlich ist. Sie greift zwei Wissenschaftler des Teams an und lockt Sheppard so zurück zum Jumper. Die Königin will ihn zwingen, sie zur Oberfläche zu bringen...

Nach der erfolgreichen Umsiedlung der Taraner ist der Kontakt zu deren Dorf plötzlich abgerissen. Sheppard und sein Team werden ausgesandt, um der Sache auf den Grund zu gehen. Sie finden das Dorf völlig verlassen vor, nur aus den unterirdischen Industrieanlagen der Taraner sind noch Lebenszeichen zu orten. Das Atlantis-Team steigt in das dunkle und unübersichtliche Tunnelsystem hinab. Schon bald finden sie Anzeichen dafür, dass sich hier unten Schreckliches abgespielt haben muss: In einem Labor scheinen die Wraith Experimente durchgeführt zu haben, außerdem sind überall die Leichen von Taranern verstreut, die Bisse von Iratus-Käfern aufweisen. Bevor McKay und seine Kollegen mehr herausfinden können, werden sie von einem riesigen Insektenmonster attackiert. Schusswaffen sind nutzlos gegen das dick gepanzerte Ungetüm – erst als Ronon dem Monster einen Arm abschneidet, lässt es von der Gruppe ab. Dem Team bleibt nur der Rückzug durchs Stargate, aber unterwegs wird Teyla von den anderen getrennt. In den Korridoren begegnet sie schließlich dem Schöpfer der monströsen Kreatur...

Das neue Schlachtschiff Apollo bringt beunruhigende Neuigkeiten nach Atlantis: Es hat eine Armada der Replikatoren aufgespürt, die allem Anschein nach einen Angriff auf die Erde vorbereiten. Colonel Ellis und das Atlantis-Team entschließen sich zum nuklearen Erstschlag. Die Operation gelingt und die Armada wird vernichtet – doch fast zeitgleich taucht im geosynchronen Orbit über Atlantis ein Satellit mit integriertem Stargate auf. Aus dem Satelliten schießt ein starker Laserstrahl, der die Schildenergie von Atlantis innerhalb eines Tages völlig aufzehren könnte. Da der Satellit durch einen undurchdringlichen Schild geschützt ist, scheint es nur eine Frage der Zeit, bis er Atlantis in Schutt und Asche legt. Es ist die Zeit für kreative Rettungsversuche: McKay schlägt vor, die Stadt im Wasser zu versenken, wie es Jahrtausende zuvor die Antiker taten. Der sofort umgesetzte Vorschlag führt jedoch nicht zum erhofften Erfolg. Im Gegensatz zu früher dringt der Energiestrahl problemlos auch durch gewaltige Wassermassen. Das Stargate-Team sucht nach einer Alternativlösung. Schließlich entsteht der Plan, einen Asteroiden als Deckung in den Energiestrahl zu manövrieren und gleichzeitig mit Atlantis in den Hyperraum zu starten. Der riskante Plan scheint zu gelingen – doch dann wird der Asteroid zerstört, bevor Atlantis entkommen kann...