Staffel 5

Edison, der als Einziger nicht unter Michaels Labor verschüttet wurde, informiert Colonel Carter über die Explosion. Sofort werden Pioniere losgeschickt, um nach Überlebenden zu suchen. McKay und Lorne können schnell geborgen werden. Doch Sheppard und Ronon sind tiefer verschüttet. Da Carter überzeugt ist, dass Michael von der Explosion erfahren hat, ist es ein Wettlauf gegen die Zeit. Sie hofft, die Überlebenden an Bord der Daedalus beamen zu können, doch zu dem Zweck muss der Schild heruntergefahren werden – und die Daedalus wäre Michaels Angriff ausgesetzt. Sie wagen es dennoch, und das riskante Manöver gelingt. Außerdem legen sie den Hyperantrieb von Michaels Flaggschiff lahm, damit er nicht entkommen kann. Sie gehen zu Recht davon aus, dass Teyla sich an Bord befindet. Sheppard müsste dringend operiert werden, aber zunächst will er versuchen, Teyla zu retten. Mit einem getarnten Jumper fliegen Sheppard und Team in den Wraith Cruiser. Sie finden auch tatsächlich die hochschwangere Teyla. Da Michael seinen Hyperantrieb inzwischen beinahe repariert hat, brechen Sheppard und Ronon zu einer weiteren Sabotageaktion auf. Währenddessen wird McKay gezwungenermaßen zum Entbindungshelfer für Teylas Baby...

Vor lauter Müdigkeit vergisst Dr. Keller, eine merkwürdige Absonderung auf ihrer Hand näher zu untersuchen. Als Mr. Woolsey sein Amt als Colonel Carters Nachfolger antritt, legt er größten Wert darauf, dass die Vorschriften eingehalten werden. Dennoch ermuntert ausgerechnet er Dr. Keller, eine Entscheidung zu treffen. Sie beschließt, Dr. Beckett aus der Stasis zu erwecken und es gelingt ihr tatsächlich, seinen Zellverfall zu bremsen. Damit rettet sie indirekt ihr eigenes Leben, denn kurz darauf entsteht auf ihrem Körper eine riesige Wucherung und sie fällt in eine Art Koma. Dr. Beckett findet heraus, dass sie von einem Krankheitserreger produziert wird, den sich offenbar alle eingefangen haben, die in Michaels Labor waren. Woolsey schickt Sheppard und Team daher in Quarantäne und versucht das Problem mit Beckett und Zelenka zu lösen. Zum Glück hält Sheppard sich nicht an seine Quarantäne und so kann er Dr. Keller in letzter Sekunde ein Gegengift injizieren. Mr. Woolsey ist zwar unglücklich, so viele Vorschriften missachtet zu haben, aber immerhin haben sie es so geschafft, Atlantis vor dem wuchernden Monster zu retten.

Bei einem Einsatz mit Teyla wird Ronon von seinem alten Weggefährten Tyre entführt. Tyre wurde von den Wraith frei gelassen, leidet aber unter extremen Entzugserscheinungen, weil er ein Enzym, das sie ihm täglich gaben nicht mehr bekommt. Um es wieder zu bekommen, ist er gewillt, ihnen Ronon zu bringen. Das restliche Team bittet einen anderen Sateder, Solen Sincha, um Hilfe. Dieser gibt ihnen den Tipp, wo sie Tyre finden können. Sie nehmen ihn mit nach Atlantis und Dr. Keller bringt ihn wohlbehalten durch den Entzug. Er ist nun wieder ein loyaler Verbündeter und mit ihm machen sie sich auf, Ronon zu befreien. Leider ist Ronon inzwischen auch abhängig von dem Enzym und so läuft der Plan erstmal schief und sie geraten alle in Wraith-Gefangenschaft. Teyla steht derweil vor der schweren Entscheidung Kind oder Karriere – Sheppard und Woolsey wollen endlich eine Entscheidung von ihr. Mit Kanaans Unterstützung entscheidet sie sich für das Team und Atlantis.

Als plötzlich die Daedalus auf ihrem Bildschirm auftaucht, obwohl sie sich auf dem Weg zur Erde befinden soll und sie auch kein Lebenszeichen an Bord entdecken, fliegen Sheppard und sein Team zum Schiff, um es auszukundschaften. Es ist tatsächlich die Daedalus, aber der letzte Log-Eintrag stammt von einer gewissen Colonel Sobol, die keiner von ihnen kennt. Sie erzählt, dass die Mannschaft das Schiff verlassen und sich auf einen Planeten begeben hat. Lorne bestätigt unterdessen, dass die Daedalus sich planmäßig auf Kurs befindet. Es wird noch merkwürdiger, als sie die Leichen ihrer Doppelgänger entdecken. McKay findet des Rätsels Lösung: Dies ist die Daedalus aus einem Paralleluniversum. Ein anderer McKay hat einen neuen Antrieb entwickelt, um in andere Universen zu springen. Leider lässt sich das Ganze noch nicht richtig steuern. So springen auch sie unfreiwillig von einem Universum zum nächsten, müssen mit Außerirdischen kämpfen und verglühen fast in der Hitze der Sonne. Schließlich greift McKay Sheppards Vorschlag auf, den „Rückwärtsgang“ einzulegen und so auf demselben Weg in ihr Universum zurückzuspringen. Unterwegs bekommen sie unerwartete Hilfe von einem weiteren Colonel Sheppard...

Nach einem Erkundungsflug haben Sheppard und sein Team plötzlich Riesenprobleme mit ihrem Jumper - alle Systeme fallen aus und gehen dann, wie von Geisterhand, wieder an. Nach ihrer Rückkehr nach Atlantis passiert dort dasselbe: Computer stürzen ab, der Strom fällt aus und eine Art Blitz aus Verschiebungsstrom tötet sogar einen Mann. Plötzlich fährt ein Laptop wieder hoch und auf dem Bildschirm erscheint Schrift. Das gespenstische Wesen behauptet, Elizabeth Weir zu sein. McKay verleiht dem Computergespenst eine Stimme und "Elizabeth" erzählt, wie sie in den Computer gekommen ist: Sie ist bei den Naniten in eine Gruppe geraten, die den Aufstieg anstrebt und deren Anführer Koracen alle davon überzeugt hat, ihren physischen Körper aufzugeben und "technologisch aufzusteigen". Seitdem irrten sie durch die Computersysteme der Galaxie. McKay ist überzeugt, doch Woolsey ist skeptisch und will sie, wie einst Ava, lieber in eine virtuelle Welt abschieben. Aber Elizabeth kommt ihnen zuvor und baut sich einen Körper - den von Fran. Leider kommt der Rest ihrer Gruppe nun auch und droht, Atlantis zu versenken. Woolsey willigt ein, ihnen vorübergehend Replikatorenkörper zu geben, damit sie sich selbst menschlichenähnliche Körper bauen können. Doch als Koracen in seinem Übergangskörper fliehen will, sieht Elizabeth ein, dass der Plan zu riskant war. Sie tötet Koracen und lockt den Rest der Gruppe ins All, um Atlantis zu schützen.

Nachdem das Team einige Zeit auf einem überfluteten Planeten verbringen musste, entwickelt McKay eine tödliche Krankheit, die langsam seine Erinnerungen auslöscht. Sie wird von einem Parasiten ausgelöst, der sich im Hirn ausbreitet und nicht herausoperiert werden kann. Ronon und Teyla bestätigen, dass viele ältere Menschen in der Galaxie daran leiden und dass die Krankheit bei ihnen "die zweite Kindheit" heißt. Jeanie wird gerufen, um sich von ihrem Bruder zu verabschieden. Ronon erzählt ihr von einer heiligen Stätte, zu der man seinen Großvater einst brachte. Dort wird der Sterbende einen Tag lang wieder normal und hat so die Gelegenheit, sich von seinen Lieben zu verabschieden. Leider liegt dieser Ort auf einem von den Wraith belagerten Planeten. Entgegen Dr. Kellers Warnungen beschließt Jeanie, ihren Bruder dort hinzubringen, um sich von ihm zu verabschieden. Tatsächlich wird McKay in dieser Höhle wieder "normal" und ist alles andere als erfreut darüber, dass man ihn dorthin gebracht hat. Doch dann entdeckt Dr. Keller des Rätsels Lösung: In der Höhle herrscht eine starke Strahlung, die den Parasiten dazu bringt, sich zusammen zu ziehen und McKays Gehirn aus seinen Fängen zu lassen. Sie beschließt, ihn vor Ort zu operieren, um den verkleinerten Parasiten zu entfernen.

Beckett will abreisen und sich der Erforschung des Hoffaner Proteins widmen, da er sich für dessen Verbreitung mit verantwortlich fühlt. Doch Sheppard verkündet, ein weiteres von Michaels Laboratorien gefunden zu haben. Beckett soll ihn auf den betreffenden Planeten begleiten. In den Katakomben der Anlage entdecken sie Wesen in Stasiskapseln. Doch laut Dr. Beckett ist ihnen nicht mehr zu helfen, da sie keine Menschen mehr sind. Mirellus, ein ängstlicher Einheimischer, dem sie begegnen, öffnet die Kapseln trotzdem heimlich, da seine Frau unter den Eingeschlossenen ist. So lässt er die hochgefährliche Wesen frei. Es handelt sich um Vorstufen zum Mensch-Iratus-Hybriden, die blind jagen und aus deren Kiemen eine Art Nebel strömt. Captain Vega und er selbst fallen ihnen zum Opfer. Dr. Beckett und Dr. Porter müssen ihren heftigen Flirt unterbrechen, als es gilt die gefährlichen Monster zu stoppen...

Dr. Keller glaubt eine Behandlung gefunden zu haben, die es den Wraith ermöglichen würde, sich normal zu ernähren. Sie trifft sich mit ihrem alten Bekannten Todd, um ihm den Vorschlag zu unterbreiten, es an "lebenden Testsubjekten" - den Wraith seiner Allianz - auszuprobieren. Todd gibt zu, seine Position etwas übertrieben zu haben und erklärt, die Wraith würden den Vorschlag nur akzeptieren, wenn ihre "Übermutter", die Königin der Königinnen, überzeugt würde. Das wiederum kann nur eine andere Königin. Teyla wird, dank ihrer Wraith-Gene, zur glaubwürdigen Wraithkönigin umoperiert. Sie und Todd dürfen auf das Schiff der Übermutter, doch dann springt dieses in den Hyperraum. Todd tötet die Übermutter und schafft es so, Teyla zur Übermutter zu machen. Sheppard, Ronon und McKay, die ihnen nachgereist sind, wollen Teyla zu befreien. Todd überzeugt sie jedoch, das Spiel eine zeitlang mitzuspielen. Er tötet den Kommandeur der früheren Übermutter, der ihnen auf die Schliche gekommen war. Nach einiger Zeit lässt er Teyla abreisen. Sie lässt die Wraith in dem Glauben, dass sie auf ihr altes Basisschiff zurückkehrt, sie aber weiterhin unter ihrem Schutz stehen. Zurück auf Atlantis ist Teyla nicht wohl bei dem Gedanken, dass Todd durch diese Geschichte Herrschaft über die gesamte Allianz erlangt hat ...

Um Dr. Keller zu beeindrucken, meldet McKay sich in seiner Freizeit freiwillig für eine Goodwill Mission, um ihr bei der medizinischen Versorgung auf einem Planeten zu helfen. Zu seinem Leidwesen begleitet Ronon sie auch. Als Dr. Keller entführt wird, müssen die beiden Konkurrenten zusammenhalten, um sie zu retten. Ronon nimmt die Fährte auf, was äußerst schwierig ist, da Kellers Entführer, Kiryk, ein Teleportationsgerät besitzt und so kaum Sputen hinterlässt. Da das Gate von Wraith umzingelt wird, kann McKay nicht wie geplant einen Suchtrupp anfordern. Dafür kommt er auf die Idee, einem von Ronon getöteten Wraith ein Gerät abzunehmen, mit dem sie Kiryk orten können. Er ist ein Läufer, dem die Wraith einen Sender eingepflanzt haben und er hat Dr. Keller entführt, damit sie ein schwer verletztes kleines Mädchen namens Celise behandelt. Kiryk fühlt sich ihr verpflichtet, weil er die Wraith unfreiwillig in ihr Dorf lockte und sie als Einzige überlebt hat. Keller deaktiviert Kiryks Sender durch einen Kurzschluss mit dem Defibrillator. Mit Ronon und McKay, die sie inzwischen eingeholt haben, kehren sie zum Gate zurück, um Celise nach Atlantis zu bringen. Auf Atlantis gelingt es Dr. Keller, Celise zu heilen. McKay und Ronon vereinbaren daraufhin, Dr. Keller entscheiden zu lassen wen sie bevorzugt...

McKay ist schlecht gelaunt, weil Kollege Dr. Daniel Jackson nach Atlantis kommt und er ihm assistieren soll. Jackson ist überzeugt davon, das Geheimlabor des Antiker-Wissenschaftlers Janus auf Atlantis finden zu können. Obwohl McKay extrem skeptisch ist, entdecken sie das Geheimlabor tatsächlich. Schlimmer noch, kaum haben sie es entdeckt, stellen sie den ersten Kontakt mit Außerirdischen her. Die Aliens entführen die beiden Wissenschaftler und ein wichtiges Gerät aus dem Labor. Woolsey, Dr. Keller und Ronon reisen unterdessen an Bord der Daedalus zu einem Treffen mit Todd und seiner Delegation, um Dr. Kellers „Ernährungsumstellung“ für Wraith auszuprobieren. Die Außerirdischen zwingen McKay und Jackson, das Gerät zu aktivieren. Es dient dazu, den Hyperantrieb sämtlicher Wraithschiffe im Hyperraum lahm zu legen und die Wraith so zu besiegen ...

Ein längst ausgestorben geglaubter Stamm der Asgard taucht auf und will die Wraith auslöschen, um in die Pegasus Galaxie zurückkehren zu können.

Colonel Sheppard und sein Team verbinden eine Medikamentenlieferung mit einem Besuch bei Dr. Beckett auf seinem abgelegenen Planeten. Er versorgt dort nicht nur die Einheimischen, sondern auch die Balarer, Überlebende der Hoffaner Plage von einem anderen Planeten. Plötzlich tauchen die Wraith auf und fordern die Dorfbewohner auf, die Balarer auszuliefern. Durch die überstandene Krankheit sind sie jetzt nicht nur immun gegen die Ernährungsversuche der Wraith, sondern sogar regelrechtes Gift für die Angreifer. Daher wollen diese sie auslöschen. Ein Mann namens Jervis würde die Außenseiter sofort ausliefern, doch Dorfoberhaupt Elson lässt sich von Sheppard überzeugen, dass man alle Bewohner umsiedeln und so in Sicherheit bringen könne. Leider kommen die Wraith früher als geplant mit Verstärkung und einem Basisschiff an...

Colonel Sheppards Team wird zu einem Treffen verschiedener menschlicher Völker der Pegasus Galaxie eingeladen. Doch sofort nach ihrer Ankunft werden alle gefangen genommen. Die neu gegründete Koalition der Menschenvölker will Colonel Sheppard vor Gericht stellen und für die Taten von Atlantis zur Rechenschaft ziehen. Sie sollen direkt oder indirekt für den Tod von zwei Millionen Menschen verantwortlich sein. Wenn der aus drei Mitgliedern bestehende Rat ihn für schuldig befindet, werden Sheppard und sein Team für Lebzeiten auf einen einsamen Planeten verbannt. Sheppard rechtfertigt sich so gut es geht dafür, dass sein Team damals die Wraith frühzeitig geweckt und später das Halbblut Michael erschaffen hat. Woolsey ist empört, dass seine Leute entführt wurden und bietet sich als ihr Verteidiger bei der Gerichtsverhandlung an. Offenbar war er früher als Anwalt tätig und kennt alle Tricks. Irgendwann kommt er dahinter, dass das Ratsmitglied Kelore mit den Genii unter einer Decke stecken muss und der Prozess ein abgekartetes Spiel ist. Ausgerechnet der sonst so prinzipientreue Woolsey besticht Kelore und gewinnt so den Prozess. Natürlich macht er sich sofort darauf Sorgen, wie er das dem Komitee erklären soll...

Sheppard und McKay spielen im Ostpier Autorennen, als plötzlich der Strom ausfällt. Unterdessen wird Teyla betäubt und mit Torren zusammen weggebracht. Es dauert einige Zeit, bis alle sich verständigen können, denn durch den Stromausfall funktionieren weder die Funkgeräte noch die Transporter. Mit Hilfe einer Überwachungskamera können sie jedoch feststellen, was passiert ist: Michael ist mit einem gestohlenen Jumper gelandet und hat mit seinen Hybriden den Kontrollraum eingenommen. Er will Atlantis zerstören, Torren entführen und „bittet“ Teyla, mitzukommen. Als Ronon mit Michael kämpft, gelingt es Teyla, mit Torren zu entwischen und sich zu verstecken. McKay, Sheppard und Zelenka tüfteln unterdessen einen Plan aus, wie sie trotz eines von Michael aktivierten Kraftfeldes in den Kontrollraum kommen. Als Michaels Leute den Selbstzerstörungsmechanismus der Stadt auslösen, ist Eile geboten: Sheppard will mit einem notdürftig reparierten Jumper aus der Unterwasserbucht einen Kamikazeflug Richtung Kontrollturm starten...

Richard Woolsey ist nervös: Ihm steht der Besuch Xiao Shens vom Komitee bevor, die seine Leistung beurteilen soll. Offenbar war seine Nervosität begründet, denn sie teilt ihm mit, dass das Komitee ihn auf einen anderen Posten abschieben will. Ausgerechnet zu diesem Zeitpunkt lernt er die mysteriöse Dr. Vanessa Conrad kennen, die ihm rät, Shen die Stirn zu bieten, da vermutlich noch nichts entschieden sei. Sheppard, der zwei Biologen auf einen Planeten begleitet hat, wird vom tot geglaubten Genii Kolya und seinen Soldaten entführt. Sie wollen mit seinem Jumper Atlantis angreifen und hacken Sheppard sogar die Hand ab, um an das benötigte Antikergen zu kommen. Derweil entdecken McKay und Zelenka einen Apparat auf dem Meeresboden, der offenbar die Aufzeichnungen einer ausgestorbenen Zivilisation enthält – und biologisches Material, das diesem Volk, den Sekkari, einen Neubeginn ermöglichen sollte. Leider würde dieses Material zerstört, falls man versuchen würde, die restlichen Daten herunterzuladen...

McKay überredet Jennifer Keller, ihn während ihres Urlaubs auf der Erde zu einem wissenschaftlichen Vortrag zu begleiten. Ein ehemaliger Kommilitone von ihm, Malcolm Tunney, wird ein streng geheimes Projekt vorstellen. Keller ist schwer beeindruckt davon, dass sie im Privatjet abgeholt werden, doch McKay meckert an allem herum und lässt kein gutes Haar an seinen Kollegen. Tunneys Projekt ist eine Abwandlung von McKays eigener „Raumzeitbrücke“, bei der es damals schon Probleme mit exotischer Materie gegeben hatte. Tunney will mit einer solchen Brücke Hitze ableiten und so die globale Erwärmung stoppen. McKay fleht Tunney an, seine Erfindung nicht vor versammeltem Publikum vorzuführen, doch der lässt sich nicht abhalten. Prompt lässt sich das Gerät nicht mehr ausschalten und die Temperatur sinkt unter Null. Es entstehen Gefrierblitze, die unvorhersehbar zuschlagen und sogar töten können. Während Keller versucht, eine Handyverbindung zum Militär herzustellen, arbeitet McKay fieberhaft an einer Lösung des Problems.

Ein Basisschiff, das seit Tagen Kurs auf Atlantis nimmt, versetzt alle in Aufregung. Woolsey befiehlt, die Stadt zu tarnen. Doch anstatt angegriffen zu werden, empfangen sie eine verschlüsselte Videobotschaft ihres alten Freundes Todd. Die Datei ist stark beschädigt und kaum zu verstehen. Todd scheint um Hilfe zu bitten. Daraufhin fliegen Colonel Sheppard und sein Team mit getarntem Jumper zum Basisschiff. Da keinerlei Lebenszeichen zu entdecken sind, gehen sie an Bord. Wie sich herausstellt, haben Todd und seine Crew sich allesamt in ihre Kapseln begeben und das Schiff per Autopilot nach Atlantis geschickt, weil alle todkrank sind. Todd hatte bei der letzten Begegnung die Formel für Kellers Gentherapie gestohlen und sie getestet. Dann wurde die ganze Crew krank. Sogar das Basisschiff ist von der Krankheit befallen und so kommt es zu Stromschwankungen, die einige der Wraith wecken...

Es kommt zu verwirrenden Verwechselungen, nachdem eine Diebin Dr. Kellers Körper als Wirt übernommen hat.

Las Vegas. Sheppard ist Detective und untersucht einen mysteriösen Serienmord. In der Wüste tauchen vermehrt Leichen auf, die aussehen, als hätte man ihnen das Leben ausgesaugt. Da fast alle Opfer bisher radioaktive Spuren aufwiesen, bittet er eine befreundete Krankenschwester, ihm Patienten zu nennen, die wegen Strahlenvergiftung eingeliefert werden. So kommt er auf die Spur eines Wraith, der sich als Mensch tarnt und große Mengen Geld beim Pokern gewinnt. Ein vermeintlicher FBI Agent namens Woolsey und sein Kollege McKay interessieren sich sehr für seine Ermittlungen. McKay erklärt dem störrischen Sheppard, was Wraith sind und was auf dem Spiel steht und lässt ihn dann wieder gehen. Sheppard folgt seinem untrüglichen Instinkt, klappert die Stromleitungen der Umgebung ab und findet so den Wohnwagen des Wraith. Der will von dort aus gerade das Stromnetz anzapfen, um eine Subraumübertragung mit den Koordinaten der Erde an alle anderen Wraith zu schicken. Sheppard warnt McKay und so kann das Schlimmste gerade noch verhindert werden. Leider reißt der Übertragungsversuch ein Loch ins Raum-Zeit-Kontinuum, so dass damit zu rechnen ist, dass die Botschaft des Wraith in anderen Realitäten umso deutlicher angekommen ist ...

Atlantis erhält überraschenden Besuch von Todd, der wieder gesund ist und sie um Hilfe bittet. Er gibt zu, auf dem Replikatorenplaneten seinerzeit noch weitere ZPMs gestohlen zu haben. Seine besten Wissenschaftler haben daran gearbeitet, ein Basisschiff mit einem ZPM zu versehen. Kaum dass es gelungen war, hat einer seiner Untertanen ihm dieses Basisschiff entwendet – was natürlich eine große Bedrohung für Atlantis darstellt. Als sie sich das Basisschiff im getarnten Jumper näher ansehen wollen, werden sie beschossen. Auch die Daedalus, die ihnen zur Hilfe eilt, wird schwer beschädigt. Doch es kommt noch schlimmer. Sie fangen eine chiffrierte Übertragung der Wraith aus einer anderen Realität mit den Koordinaten der Erde ab. Kein Wunder, dass die Wraith mitten im Kampf abgezogen sind. McKay glaubt, das Basisschiff noch unterwegs abfangen zu können, wenn es einen Stopp zur Rumpferneuerung einlegen muss. Doch weder die Apollo noch die Sun Tzu können die Wraith aufhalten. Sie müssen Todd überreden, ihnen die restlichen ZPMs zu überlassen, um mit Atlantis selbst zur Erde fliegen und das Basisschiff aufhalten zu können...