Everett and the crew continue their efforts to save Destiny while holding off the Lucian Alliance invaders.
Als die Vorräte der Destiny zur Neige gehen, sieht sich Rush (Robert Carlyle) gezwungen, die Destiny zu stoppen und einen Planeten anzusteuern, der nicht im Navigationssystem des Schiffs vermerkt ist. Mit dem Shuttle sollen Scott (Brian J. Smith) und sein Team dort nach Nahrung suchen. Da kommt das Shuttle in starke Turbulenzen. Währenddessen sind Young (Lois Ferreira) und Wray (Ming-Na) unterschiedlicher Meinung, wie mit den luzianischen Gefangenen umzugehen ist.
Die Destiny findet ein im All treibendes Schwesternschiff der Antiker. Die Crew entdeckt darauf eine Stargate-Fabrik, die es ihnen ermöglichen würde, auf die Erde zurückzukehren. Als Colonel Telford (Lou Diamond Phillips) und sein Team die Energiereserven des Schwesternschiffs wieder herstellen, bringen sie sich unwissentlich in tödliche Gefahr. Auch Rush (Robert Carlyle) versucht seine Geheimnisse vor dem Rest der Crew zu verbergen.
Eli (David Blue) und Rush (Robert Carlyle) bemerken, dass sich Chloe (Elyse Levesque) seit ihrer Entführung durch die Aliens immer merkwürdiger verhält. Bei ihren Nachforschungen entdecken sie, dass sie durch einen Krankheitserreger von den Aliens gesteuert werden kann und das Schiff ausspioniert. Inzwischen versucht Young (Louis Ferreira) die Luzianer in die Crew zu integrieren.
Bei einem Außeneinsatz auf einem Planeten, wird Lieutenant Scott (Brian J. Smith) von einem pflanzenähnlichen Organismus angegriffen und fällt ins Koma. Während Rush (Robert Carlyle), TJ (Alaina Huffman) und der Rest des Teams alles versuchen, ihn zu retten, halluziniert Scott von einem Leben auf der Erde und seiner bevorstehenden Hochzeit.
Colonel Young (Louis Ferreira) wird von immer wiederkehrenden Visionen eines Angriffs auf die 'Destiny' heimgesucht. Dabei schlägt jeder seiner Versuche, das Schiff zu retten, fehl. Von dieser Situation überfordert greift Young zur Flasche. Er zieht sich immer mehr zurück, trifft irrationale Entscheidungen und beginnt langsam psychisch zu zerbrechen. Währenddessen verändert die Alien-DNS langsam Chloes Körper (Elyse Levesque) und Eli (David Blue) macht Bekanntschaft mit der Luzianerin Ginn (Julie McNiven).
Die 'Destiny' trifft abermals auf ein verlassenes Raumschiff im All. Um es zu untersuchen, machen sich Rush (Robert Carlyle) und Young (Louis Ferreira) auf den Weg. Doch es kommt zu Komplikationen und bald sind sie auf dem fremden Schiff auf sich alleine gestellt. Rush versucht verzweifelt sein, im Geheimen gesammeltes Wissen um den Kommandoraum der 'Destiny' zu verbergen, doch Young durchschaut sein Spiel. Es kommt zur abermaligen Konfrontation, in deren Zuge Rush die wahre Mission der 'Destiny' enthüllt. Währenddessen versucht der Rest der Besatzung alles, um die beiden aus dem Schiff zu retten.
Rushs (Robert Carlyle) und Elis (David Blue) Freundinnen werden vom Luzianer Simeon (Robert Knepper) umgebracht. Auch mehrere Soldaten sterben, als Simeon durch das Stargate auf einen verlassenen Planeten flüchtet. Lieutenant Scott (Brian J. Smith) soll Simeon mit einem Team zurückholen, da dieser wichtige Details des bevorstehenden Luzianer-Angriffs auf die Erde kennt. Getrieben von unbändigem Hass, verfolgt auch Rush den Flüchtigen. Nach einem brutalen Katz-und-Maus-Spiel kommt es schließlich zur tödlichen Konfrontation.
Ehemalige Crewmitglieder, die sich dazu entschlossen haben, auf dem Planeten 'Eden' ein neues Leben zu beginnen, tauchen mit einem funktionstüchtigen Shuttle nahe der 'Destiny' wieder auf. Selbst erstaunt über ihren plötzlichen Ortswechsel, versuchen sich die Rückkehrer wieder in die Mannschaft zu integrieren. Da kommt es zu einem mysteriösen Todesfall. Währenddessen bereitet sich Chloe (Elyse Levesque) auf ihre endgültige Verwandlung vor.
Die Besatzung der 'Destiny' beschließt eine mysteriöse Energiesignatur zu untersuchen. Dafür verlassen sie den vorgegebenen Kurs und treffen auf im All treibende Raumschiffüberreste. Als sie diese näher untersuchen wollen, werden sie in den Krieg zweier verfeindeter Alienrassen hineingezogen. Währenddessen verändert sich Chloes (Elyse Levesque) Körper immer mehr und ein für tot gehaltener Verbündeter taucht wieder auf.
Volker und Brody versuchen, die Schilde der Destiny zu reparieren, damit das Schiff wieder mit Überlichtgeschwindigkeit fliegen kann. Währenddessen verraten die Ursini in dem Saatgut-Schiff versehentlich ihre Position und lösen somit einen weiteren Drohnen-Angriff aus. Sie bitten die Destiny beim Kampf gegen die Drohnen um Hilfe. Rush willigt ein, verlangt aber dass die Ursini Chloe im Austausch für ihren Schutz heilen. Während Scott Chloe zum Schiff der Aliens bringt, springt ein weiteres Kommandoschiff aus dem Hyperraum und greift die Destiny an. Doch diesmal haben Rush und Eli einen Plan ...
Eli behauptet, endlich einen Weg gefunden zu haben, mit dem Stargate auf die Erde zurückzukehren. Rush hat jedoch Zweifel an dem Verfahren und warnt davor, das Schiff und die Crew einer unkontrollierbaren Gefahr auszusetzen. Davon wollen jedoch die anderen Besatzungsmitglieder nichts hören und vertrauen auf Elis Genie - bis plötzlich ein weiterer Rush aus der Zukunft auf der Destiny eintrifft und sie ausdrücklich warnt ...
Senatorin Michaels ist die neue Vorsitzende des Weltraumfinanzierungskomitees und will das Potential und die Entwicklungsfähigkeit der 'Destiny'-Mission prüfen. Um ihr und dem neuen Forschungsleiter im SGC einen Antrittsbesuch auf der 'Destiny' zu ermöglichen, nutzen Greer und Camille die Kommunikationssteine und reisen auf die Erde. Im Stützpunkt angekommen müssen Greer und Camille jedoch feststellen, dass dort die akute Gefahr besteht, Ziel eines Terroranschlages der Luzianer-Allianz zu werden. Das gesamte Gebäude wird gerade mit einem Geigerzähler nach Naquadria-Bomben durchforstet, als ein getarntes Frachtschiff der Allianz auf die Zentrale des Heimatplanetenkommandos prallt und das Gebäude zum Einsturz bringt ...
Als Chloe (Elyse Levesque) mit den Kommunikationssteinen die Erde zu erreichen versucht, übernimmt Ginn (Julie McNiven) die Kontrolle über ihren Körper. Kurz darauf manifestiert sich auch noch der Geist von Amanda Perry (Kathleen Munroe) in ihr und bringt sie dadurch in Lebensgefahr. Rush (Robert Carlyle) und Eli (David Blue) suchen fieberhaft nach einen Weg, wie Chloe die Kontrolle über sich selbst wieder zurückerlangen kann. Unterdessen diagnostiziert Johansen (Alaina Huffman) bei Dr. Volker (Patrick Gilmore) eine tödliche Krankheit.
Dr. Rodney McKay und Richard Woolsey wollen mit dem Stargate der verbündeten Langaraner die Destiny anwählen. Als diese jedoch den Zutritt zu ihrem Planeten verweigern, schlägt Young einen verwegenen Plan vor. Unterdessen hält Amanda Perry in einer von ihr programmierten Simulation Dr. Rush gefangen. Ginn und Eli versuchen alles, um ihn zu befreien. Doch dazu müssen sie eine schwere Entscheidung treffen ...
Als die Destiny-Crew einen unbekannten Planeten besucht, werden Lieutenant Johansen und Corporal Reynolds von einer fremdartigen Kreatur entführt. Young, Greer und der Rest des Außenteams nehmen die Verfolgung auf - mit blutigem Ausgang. Um die Entführten doch noch zu retten, bittet Young Varro und seine Luzianer um Hilfe. Auf der Destiny wird Brody bei der Untersuchung von technologischen Artefakten der Antiker unwillentlich in einer Kryokammer eingefroren ...
Auf der Destiny wird der Sauerstoff knapp. Als die Crew einen geeigneten Planeten anwählen will, um Rohstoffe für neue CO2-Filter aufzunehmen, wird das Schiff von den Drohnen entdeckt. Gerade noch kann die Crew das Schiff in den Orbit eines erdähnlichen Planeten in Sicherheit bringen. Nun ist Eile geboten: Scott (Brian J. Smith) und Greer (Jamil Walker Smith) sollen mit einem Außenteam schnellstmöglich die Rohstoffe finden. Da treffen sie auf Menschen, die behaupten, sie wären die Nachfahren der Destiny-Besatzung.
Die 'Destiny' bringt die Siedler zu ihrem Heimatplaneten Novus. Dort finden sie jedoch nur die Überreste einer hochmodernen Zivilisation vor. Der Planet wird von starken seismischen Aktivitäten erschüttert und steht kurz vor seiner Zerstörung. Während die Crew mit Hilfe von Datenarchiven versucht, möglichst viel über die Zivilisation zu erfahren, entdeckt Rush einen möglichen Weg den Überlebenden zu helfen ...
Destinys Energievorräte gehen zur Neige. Um diese aufzufüllen, steuert die Crew den nächsten Stern an. Plötzlich taucht ein alter Feind auf und blockiert alle in Frage kommenden Sonnen. Eli (David Blue) schlägt einen riskanten Plan vor, um die Energieversorgung des Schiffes doch noch sicherzustellen. Young (Louis Ferreira) evakuiert die Crew auf einen Planeten. Während Rush (Robert Carlyle) und Eli die Destiny auf ihren möglicherweise letzten Flug vorbereiten, wird die Besatzung auf dem Planeten von Drohnen angegriffen.
Die feindlichen Drohnen haben ihre Streitmacht entlang des Kurses der Destiny in Stellung gebracht. Immer wenn das Schiff den Hyperraum verlässt, greifen sie mit geballter Macht an. Hoffnungslos unterlegen droht dem Antiker-Schiff die Vernichtung. Um sich zu retten, muss die Crew eine schwierige Entscheidung fällen. Entweder begibt sich die Besatzung für unbekannte Zeit in Stasis oder sie wählt den Tod. Doch als es zu Komplikationen mit den Stasis-Pods kommt, wird klar, dass nicht alle überleben werden.