SG-1 strandet mit einem zerstören Schiff in einer fernen Galaxie, zusammen mit Apophis, der ihnen droht sie zu vernichten. Teal'c wurde einer Gehirnwäsche unterzogen und nochmals zu Apophis treuestem Primus gemacht.
Nachdem sein Gehirn von Apophis ausgelöscht wurde, muss sich Teal'c einer Prüfung unterziehen, die ihn nahe an den Tod bringt, damit er sich selber findet.
Ein außerirdisches Wesen folgt Carter durch das Stargate, nimmt menschliche Form an und freundet sich mit ihr an.
O'Neill und Lieutenant Tyler wurden von Streitmächten der Goa'uld eingekreist und befinden sich hinter feindlichen Linien, während der Rest des Teams erkennt, dass sie Tyler nicht kennen.
SG-1 erkennt, das ihr Trip durch das Stargate vielleicht eine komplette außerirdische Bevölkerung zum Tode verdammt hat. Das Team bittet die Asgard um Hilfe.
Cassandra wird plötzlich unter mysteriösen Umständen krank und schickt das SG-1 Team zurück auf ihren Heimatplaneten, auf dem sie ein dunkeles Geheimnis der Goa'uld entdecken.
Das SG-1 Team entdeckt eine außerirdische Zivilisation, die Unas als Laborratten nutzen. Daniel und das Team versuchen Daniel's Freund, Chaka, vor dem sicheren Tod zu bewahren.
SG-1 besucht zusammen mit einem russischen Team einen Planeten, auf dem eines der Teams in einem mysteriösen außerirdischen Tempel eingeschlossen ist.
Die Tollaner bieten der Erde Waffentechnologie an, und verlangen von der Erde etwas geheimes, etwas so geheimes, das zu einer großen Entdeckung führt.
Das SG-1 Team entdeckt eine neue potentzielle technologisch fortgeschrittene Rasse, mit der sie eine Allianz eingehen können, um im Krieg gegen die Goa'uld einen Vorteil zu erhalten. Doch sie ahnen nicht, was das dunkele Geheimnis der Ashen ist.
Major Carter wird von einem todkranken Mann gekidnappt, der sein Leben dadurch retten will, indem er sich einen Goa'uld Symbionten einsetzten lassen will. O'Neill wird dazu gezwungen ein Team, mit einem alten Feind zu bilden, um Carter zu retten.
Ein außerirdisches Raumschiff stürzt auf die Erde. Dadurch kommt das SG-1 Team zu einem bekannten Freund zurück, doch sie entdecken, dass Martin Lloyd eine TV Show über die Abenteuer des SG-1 Teams geschaffen hat.
Während er mit Kadetten auf einem geheimen Gelände übt, erfährt O'Neill von einer möglichen Infiltration des SGC und muss mit den jungen Kadetten in eine reele Kampfsituation.
Ein schwerer Fehler im Stargate, welcher Teal'c im Stargate gefangen hält, zwingt das SG-1 nach Russland, zu ihren Feinden, um sie um Hilfe zu bitten.
Der Krieg der Tok'ra gegen die Goa'uld eskaliert, und sie senden Daniel Jackson zu einem geheimen Treffen der Systemlords. Die Goa'uld beginnen die Invasion der Tok'ra Heimatwelt.
Dr. Jackson's Undercover Mission wird von der plötzlichen Ankuft eine Gastes gestört. Der Rest des Teams erwägen eine komplette Evakuierung der Tok'ra Heimatwelt.
Die Erde wird von etwas größerem bedroht als den Goa'uld. Als das Team erfährt, dass ein Asteroid auf Kollisionslurs mit der Erde ist werden sie auf eine Rettungsakion geschickt.
Ein Anführer einer Jaffa Rebellion bietet der Erde eine Allianz an, und gewinnt das Vertrauen von Teal'c und Bra'tac.
SG-1 entdeckt eine junge Frau, welche die Replikatoren kontrolliert, und die vieleicht der Schlüssel zur Rettung der Asgard darstellt.
SG-1 muss zu einem Paar von bestraften Kriminellen um eine Welt vor der Zerstörung der Goa'uld zu bewahren.
Daniel Jackson wird auf einem fremden Planeten, auf dem er sich zusammen mit dem SG-1 Team befindet, einer tödlichen Dosis Radioaktivität ausgesetzt und das Team erfährt, dass die Bewohner des Planeten eine massive Zerstörungsbombe bauen.
SG-1 muss den Asgard zur Hilfe eilen, als Anubis eine geheime Laboreinrichtung der Asgard angreift.