Auf einem fremden Planeten streifen ein paar Einheimische durch die Wälder - der Älteste erzählt eine Parabel und ein Junge beschwert sich, die Geschichte schon mal gehört zu haben. Plötzlich stolpern sie über einen nackten Mann, der zusammengekrümmt auf dem Boden liegt. Die Einheimischen fragen ihn, wo er herkommt, aber er antwortet, er könne sich nicht erinnern. Im SGC rennt Jonas Quinn durch den Gänge, denn er möchte seine neueste Entdeckung bekannt geben: Die verlorene Stadt ist eigentlich die Stadt der Verlorenen. Er stößt auf General Hammond, der sich gerade mit Sam Carter unterhält, und erklärt beiden seine Theorie. Carter wünscht sich die Gate-Adresse zu diesem Planeten. Die letzte Adresse auf der Liste mit Zeichen, die Jonas hat, gehört zu dem Planeten, der eingangs zu sehen war. SG-Teams tauchen dort auf, sichern das Camp und sehen sich um. SG-1 besucht das Dorf der Einheimischen, um sie zu befragen. Dann kommt jemand von einem anderen SG-1 Team dazu und berichtet, man habe jemanden gefunden: Daniel Jackson. Die Einheimischen nennen ihn Aron, was in ihrer Sprache so viel wie "Der Unbekleidete" bedeutet. Daniel Jackson scheint seine früheren Teamkameraden nicht zu erkennen, er geht einfach daran vorbei. SG-1 stellt fest, dass Jackson von den Lichtwesen zurückgeschickt wurde und sich an nichts mehr erinnern kann. Jack versucht Daniel zu helfen, sich zu erinnern, aber es klappt nicht so recht. Sam versucht Daniel zu überzeugen, dass er mit ihnen zur Erde kommen soll. Daniel ist sich aber nicht sicher, ob er sich daran erinnern will, was vorher war. Sam lässt ihn nachdenkend zurück und nach einer Weile kommt Daniel mit gepacktem Zeug zu den anderen - er hat sich entschieden, mitzugehen. Wieder in der Basis zeigt Jack Daniel den Raum, wo sie sein Zeug untergebracht haben. Daniel sieht ein Foto von Share und schläft ein, während er es noch in der Hand hat. Er scheint von ihr zu träumen, wacht auf und geht zu Teal'C. Erfreut erzählt er ihm, dass er sich an ihren Namen erinnern könne. Der Jaffa muss ihm erneut erzählen, dass er es war, der Share getötet hat. Am nächsten Tag findet eine Besprechung mit General Hammond statt und Daniel platzt hinein. Alle Militärs sind ungehalten, weil es ein vertrauliches Gespräch ist und sie nicht sicher sind, ob Daniel dabei sein sollte. Daniel meint, er fühle, er sollte dabei sein und das scheint als Erklärung zu reichen. In dem Gespräch geht es um den Planet der Verlorenen und Daniel blättert durch die Unterlagen und ruft plötzlich, die Theorie sei falsch - er habe sich geirrt. Er kann nicht erklären warum, aber er weiß, dass der Planet und der Ort vorsätzlich von den Antikern aus irgendeinem Grund geschützt wurde. Diese Info würde nicht dokumentiert und so ist die Info auf der Inschriftentafel falsch. Dann findet eine weitere Besprechung statt, in der ein Angriff auf Anubis geplant wird. Sie überzeugen Yu, mit ihnen beim Angriff auf Anubis gemeinsame Sache zu machen. Teal'C geht zu Yu an Bord. General Hammond und noch ein paar Leute der Basis gehen zu dem Planeten, wo Daniel gefunden wurde. Jack und Sam sind in einem Raumjäger unterwegs zum Mutterschiff, während Daniel Jackson und Jonas Quinn in das Mutterschiff gehen, um die Infos zu holen, die sie aus Anubis' Computer brauchen. Dann stellen die SG-Teams und General Hammond auf dem Planeten fest, dass Anubis plant, das Gate dort zu sprengen, also verlassen sie den Planeten wieder. In dem Moment, wo sie Yu brauchen, schaltet dieser Teal'C aus und düst ab. Daniel Jackson und Jonas Quinn bekommen die benötigten Infos, aber auf dem Weg zurück wird Jonas von Anubis' Wachen gefangen genommen. Anubis spannt Jonas in ein futuristisch aussehendes Gerät ein, um Jonas' Gedanken zu lesen, so eins, mit dem er auch schon Thors Gedanken gelesen hatte…. Fortsetzung folgt.
Das SG-1-Team kehrt auf Jonas Heimatwelt zurück, wo sie erfahren, dass die Goa`Uld hinter ihrem Naquadria her sind. Als Jonas von Anubis gefangen genommen wird, ist Daniel Jackson seine einzige Hoffnung.
Ein Teenager kommt im SGC an und behauptet, er sei Jack O'Neill. Er schickt das Team auf eine Mission, um seine wahre Identität herauszufinden
Nach einer schweren Verletzung muss Teal'C seine Selbstzweifel vergessen, als das SG-1 Team eine Rettungsmission startet, um Teal'cs Sohn und dessen Mentor Bra'tac aus den Händen der Goa'uld zu befreien.
Das Team besucht einen Planeten, der eine giftige Atmosphäre hat. Doch das Team findet einen Bio-Dome unter dem Menschen leben, die alle über ein Interface an einen Zentralcomputer angeschlossen sind.
Als SG-1 ein abgestürztes Raumschiff findet, wird Daniels Gehirn von den Passagieren des Schiffes eingenommen
Als das SGC versucht eine neue Naquadah Mine zu errichten, welche von einem Stamm eingeborener Unas bewacht wird, muss das SG-1 Team zu einem alten Freund zurückkehren, der ihnen helfen soll
Major Carter nimmt als Pilot an einem außerirdischen Weltraumrennen teil, bei dem der Gewinner ein Vertrag mit der größten Firma des Planeten erhält. Aber das Team erfährt, dass es mehr zu bewältigen gibt, als über die Ziellinie zu fahren.
Ein Wissenschaftler des SGC entwickelt einen Computervirus, der feindliche Stargates abschalten kann -- doch statt dessen endet alles mit einem kompletten Versagen des ganzen Stargate Netzwerkes.
Das Team findet eine Kolonie von Jaffa Frauen, die andere Jaffa töten müssen, um deren Symbionten zu erhalten.
Das Team trifft auf einen neuen Soldaten, erschaffen von Anubis, und ist nicht dazu in der Lage ihn aufzuhalten. Dr. Jackson führt eine Expedition auf der Suche nach ein außerirdisches Gerät, nach Zentral Amerika. Doch er bekommt mehr, als er sich gewünscht hat.
O'Neill nimmt die Hilfe eines ehemaligen Kameraden an, um Daniel und Dr. Lee zu retten, die in Zentral Amerika entführt wurden. Währenddessen infiltrieren Carter, Teal'c und Jacob die Fabrik, in der Anubis seine Supersoldaten herstellt.
Carter wird verletzt, als die Prometheus von einem unbekannten Schiff angegriffen wird. Als sie erwacht findet sich sich alleine auf der Prometheus, gestrandet im Weltraum
Als die Kelownaner erkennen, dass eine massive, unterirdische, Ader von Naquadah sich in Naquadriah verwandelt, erbittet Jonas Quinn die Hilfe der Erde um die totale Zerstörung seines Planeten zu verhindern.
Daniel wird von Träumen in denen seine ehemalige Freundin erscheint - die nun ein Goa'uld Wirt ist- geplagt. Samantha Carter beginnt eine romantische Beziehung mit einem Detektiv, vor dem sie ihr Leben im SGC verheimlichen muss.
Die geheime Off-World Basis der Erde wird von Anubis Streitkräften attackiert und Major Carter wird vom Feind gejagt. General Hammonds und Jacob Carters Untersuchungen des Vorfalls führen zu einer unerwarteten Entdeckung über die Allianz der Erde mit den Tok'ra.
Eine Filmcrew kommt im SGC an, um eine Dokumentation, für den Fall eine Veröffentlichung des SGC, zu drehen. Doch die Filmcrew erkennt, dass das Personal der Basis nicht sehr bereit ist an dieser Dokumentation teilzunehmen
SG-1 wird in Alarmbereitschaft versetzt, als eine Filmcrew eine Dokumentation über das SGC dreht. Doch das SGC wird einer Untersuchung unterzogen, nachdem eine Mission katastrophal schief läuft.
SG-1 untersucht ein geheimes NID Labor, in dem ein ruchloser Wissenschaftler von der Klontechologie gebrauch gemacht hat, um einen Mensch-Goa'uld Hybriden zu erschaffen
Der neu gewählte Präsident wird über das Stargate Programm informiert und Vize-Präsident Kinsey unternimmt einen neuen Versuch, die Macht des SGC an sich zu reißen
O'Neill geht ein großes Risiko ein, als er das Wissen der Antiker vor den Goa'uld schützt, als das Team eine zweite Wissensdatenbank findet. Kurz darauf erfährt das Team, dass der neue Präsident eine Umstrukturierung des SGC vorsieht und General Hammond durch eine zivile Diplomatin ersetzt.
Anubis beginnt mit einem systematischen Angriff auf die Erde und die einzige Hoffnung unseres Planeten liegen darin, ob SG-1 die mystische Stadt der Antiker, Atlantis, findet.