Carter wird gefangen genommen als sie und Teal'c versuchen die Asgard zu kontaktieren. Sie erhoffen sich von den Asgard Hilfe zu bekommen, um den gefrorenden O'Neill zu befreien. Dr. Weir und Daniel Jackson verhandeln unterdessen mit nicht vertraulichen Partnern, welche sich wünschen gegen einen gemeinsamen Feind Seite an Seite zu kämpfen.
Als die Goa'uld der Erde mit einem Angriff drohen, unternehmen die Asgard zusammen mit dem SG-1 Team einen letzten und verzweifelten Versuch um gegen die Replikatoren zu bestehen. Doch sie müssen auf Major Carter achten, denn sie wurde von den Replikatoren gefangengenommen, kurz bevor die Replikatoren mit einer Invasion des letzten Außenposten der Asgard Zivilisation begonnen haben.
Das SGC wird unter Quarantäne gestellt, als eine mysteriöse Infektion einen russischen Offizier in der Krankenstation liegen lässt. Doch der Virus scheint kein Virus zu sein.
General O'Neill versucht endlich Fuß in seinem neuen Job zu fassen, doch kaum endende Krisen machen ihm das Leben schwer. Zum Höhepunkt kommt es, als SG-1 von den Goa'uld gefangengenommen wird.
Daniel ist auf einem anderen Planeten gestrandet, nachdem die Ankunft des Teams auf dem Planeten einen weltweiten und blutigen Bürgerkrieg gestartet haben.
Teal'c ist in einer virtuellen Kampfsimulation gefangen, in welcher er die Basis vor einer Übernahme von Goa'uld Super-Soldaten bewahren muss.
Teal'c wird der Hauptverdächtige in einem Mordfall, nachdem er in sein eigenes Apartment außerhalb des SGC gezogen ist. Unterdessen überdenkt Carter ihre Zukunft mit Pete Shanahan.
Ein großer Geschäftsmann droht damit die Geheimnisse um außerirdisches Leben der Welt zu präsentieren. Dies zwingt das Stargate Kommando dazu, ihm zu zeigen, wieso er die Geheimnisse besser für sich behalten sollte.
Teal'c kommt wieder mit Ishta zusammen, doch bald darauf muss er eine wagemutige Rettungsaktion starten. Denn Ishta ist von dem Goa'uld Moloc gefangen genommen worden.
Das SG-1 Team muss eine Rettungsaktion starten, die keiner anderen gleicht. Denn das Stargate ist gestohlen und Teal'c befindet sich auf einem anderen Planeten und kann nicht mehr zurück ins SGC.
Ein Duplikat von Colonel Carter erbittet die Hilfe des SGC, im Kampf gegen den Repliaktor Fünfter. Dieser soll nach ihren Aussagen einen Weg gefunden haben der neuen Asgard Waffe zu widerstehen.
Als eine Rettungsmission mit der Prometheus scheif läuft, findet sich Daniel alleine auf der Prometheus und muss sich einem mächtigen Gegner stellen.
SG-1 muss eine einst von den Goa'uld besetzte Welt befreien, als die früheren Meister wiederkehren um die Bewohner erneut zu versklaven. Doch SG-1 unter der Führung von O'Neill weiß nicht, dass Harry Maybourne ihr König ist.
Als die Russen annehmen, dass die US Regierung hintergangen wurde, beginnen sie mit Untersuchungen im SGC. Unterdessen wird klar, dass ein alter Bekannter des SG-1 Teams nicht mehr der ist, der er mal war
Ein Frisör aus Indiana steht Jack O'Neill gegenüber und behauptet, dass er Vision von den Missionen des SG-1 Teams über die letzten sieben Jahre hinweg gehabt hat.
Im Kampf gegen die Goa'uld führen Teal'c und Bra'tac die Jaffa-Rebellion an. Doch Replikatoren stürmen das Rebellenschiff. Während Daniel weggebeamt wird, bringt sich die restliche Besatzung in Sicherheit. Um die desillusionierten Jaffa zu motivieren, entscheidet sich Teal'c, einen Tempel der Goa'uld anzugreifen. Carter macht sich Sorgen um Daniel und vermutet, dass dieser entführt wurde, da die Replikatoren Informationen über die ihnen gefährlichen Antikerwaffen erhalten wollen.
Dem SG-1-Team kommt zu Ohren, dass im Tempel von Dakara eine Waffe versteckt sein soll, die in der Lage ist, alles Leben in der Galaxis zu zerstören. Auch die Replikatoren sind an der Waffe interessiert. Carter will die Waffe vernichten, doch Selmak hat eine andere Idee. Sie will die Waffe so umbauen, dass sie nur die Replikatoren vernichtet, aber alle anderen Bewohner der Galaxie verschont.
Die Galaxie wird erneut von den Goa'uld bedroht. Daniel muss sich wieder entscheiden ob er aufsteigen oder den sichern Tod erleiden will, als ihm Oma Desala eine zweite Chance zum Aufstieg gewährt. Unterdessen haben O'Neill und Carter Probleme mit ihren eigenen persönlichen Beziehungen.
SG-1 reist mit einem wagemutigen Plan zurück in der Zeit um ein Zero-Point Modul von Ra, dem mächtigen Goa'uld der im alten Ägypten herrschte, zu stehlen und verändert dadurch die Vergangenheit.
Da die Zeitlinie von SG-1 nun verändert wurde, muss eine alternative Version des Teams nun mit dem neulich entdeckten Antiker Zeitraumschiff erneut zurück in die Vergangenheit, um die Dinge wieder zu richten.