Mitten am Tag verdunkelt sich der Himmel über Grünland, und es beginnt ein Naturschauspiel besonderer Art. Dies ist das Zeichen, dass sich Tabaluga auf die Suche nach dem sagenumwobenen Amulett der Drachen machen muss, das Tabalugas Vater Tyrion auch schon getragen hatte. Das Amulett verleiht demjenigen, der es trägt, große Kraft. Versteckt ist es an einem unbekannten Ort, über dem der große Geist der Drachen wacht. Während des Vollmonds muss die Höhle gefunden werden. Arktos erfährt von dem Amulett der Drachen und will es natürlich auch besitzen.
Happy und Digby sind traurig darüber, dass Tabaluga sich ohne sie auf die Suche nach dem ersten Zeichen, dem Feuerzeichen, macht. Während sie in Grünland zurückbleiben, fliegt Tabaluga nach Norden immer in Richtung des Nordsterns. Was er nicht weiß, Arktos und seine Leute verfolgen ihn mit dem Spezialflugzeug, dem Arktoplan. Doch James, Vultur und Kayo verursachen ständig irgendwelche Pannen, so dass sie umdrehen müssen. Zurück in Grünland hat Arktos einen hinterlistigen Plan. Wenn er Tabaluga nicht folgen kann, dann übernimmt er eben Grünland und zwingt Tabaluga somit zurückzukehren, um sein Land und seine Freunde zu verteidigen. Happy und Digby, die Tabaluga mit Hilfe der Kristallkugel gefunden haben, können ihn im letzten Moment aus einer brenzligen Situation retten und zurück nach Gründland holen. Tabaluga verblüfft alle, er lässt sich nicht von Arktos erpressen und dreht den Spieß um.
Tabaluga, Happy und Digby sind auf der Suche nach dem Feuerzeichen. Sie bewegen sich extra langsam, damit Arktos ihnen folgen kann. Denn das ist Tabalugas einzige Chance. Er muss Arktos „mit auf die Suche nehmen“. Nur so ist Grünland in seiner Abwesenheit sicher. Und das langsamere Reisen, ohne zu fliegen, hat noch einen anderen Vorteil. Tabaluga kann seine beiden Freunde mitnehmen. Am Abend schlagen beide Parteien, Tabaluga und seine zwei Freunde sowie Arktos mit seinen Untertanen, nah beieinander ihre Nachtlager auf und erzählen sich Gruselgeschichten. Dabei erschrecken sie sich gegenseitig so sehr, dass sie glauben, ein Monster sei im Wald.
Beim Überqueren eines Flusses stürzt Digby in die Fluten und wird zum Wasserfall getrieben. Da taucht eine unbekannte Rettung auf: Ling Yan. Sie kann schwimmen, fliegen, laufen und klettern und beschützt, wie Tabaluga, ein eigenes Volk. Am Abend im Dorf von Ling Yan wetteifern alle zusammen über Tabaluga und Ling Yans Fertigkeiten, so dass sie am nächsten Tag ein Rennen veranstalten, um zu sehen, wer besser ist. Das Rennen endet unentschieden. Aber Ming, ein Freund von Ling Yan, wirft Tabaluga Schummelei vor. Aber nicht nur das. Im Tumult vermisst eine Pandabärin plötzlich ihre beiden Kinder. Nun müssen Ling Yan und Tabaluga schnell handeln. Gemeinsam machen sie sich auf die Suche.
Hoch im Norden findet Digby per Zufall im Schnee den Zugang zu einer heißen unterirdischen Welt. Dort lebt Häuptling "Brennende Asche", Herrscher der Flammenwelt, mit seiner Tochter Ember und seinem Volk. Er nimmt Tabaluga und seine Freunde gastfreundschaftlich auf und lädt sie zum feuerfest ein. Immer wieder wird die Flammenwelt von Erschütterungen heimgesucht. Dadurch löst sich während des Feuerfests ein Felsbrocken, und Tabaluga kann im letzten Moment Ember vor ihm retten. Die Freude des Häuptlings ist groß. Doch als er hört, dass Tabaluga nach dem Feuerzeichen sucht, lässt er ihn und seine beiden Freunde einsperren. Denn das Feuerzeichen, ein Stein, ist für duie Flammenwelt lebensnotwendig. Wenn er es schafft, das Feuerzeichen gegen einen anderen Stein auszutauschen, dann hat die Flammenwelt eine Überlebenschance.
Tabaluga, Happy und Digby kommen mit dem Feuerzeichen nach Grünland zurück, und Tabaluga bringt es sicher in die Kristallhöhle. Aber einen Hinweis auf das zweite Zeichen bekommt er dort nicht. Erst wenn wieder der Mond der Drachen aufgeht, wird der Geist der Drachen zu ihm sprechen. So können die Drei einige Zeit in Grünland verbringen. Als sie sich in Shouhous Labor treffen, passiert ein Unglück. Happy spritzt aus Versehen einige Tropfen eines „Schrumpfmittels“ auf Tabaluga, der daraufhin die Größe eines Käfers einnimmt. Für den klitzekleinen Tabaluga wird die nähere Umgebung gefährlich. Kayo, der Happys Missgeschick beobachtet hat, klaut sich das Schrumpfmittel, um seinen Rivalen James endlich aus dem Weg zu schaffen. Doch Kayos Plan geht daneben, denn er schrumpft nicht nur James sondern auch Arktos. Jetzt muss Kayo handeln und in Shouhous Labor ein Gegenmittel finden.
Nessaja hat Geburtstag, und Tabaluga organisiert eine Überraschungsparty für sie. Die Grünländer schaffen es sogar, das gesamte Eis von Arktos für die Party zu bekommen. Kurz danach bricht Arktos’ Eismaschine zusammen. Da er kein Eis mehr hat, will er auch auf das Geburtstagsfest eingeladen werden, weil er hofft, dort Eis zu bekommen. Als Arktos hört, dass nur gut erzogene, liebe Wesen auf das Fest dürfen, will er Unterricht im „Gutsein“ bei Tabaluga nehmen. Natürlich fällt er durch sämtliche Prüfungen. Aber er hat Glück und wird trotzdem eingeladen. Denn aus Versehen Retter er die Grünländer und das Fest vor einem Feuer. Doch die Stimmung auf der Party hält nicht lange an. Denn Arktos’ Geburtstagsgeschenk, das James und Vultur ausgesucht haben, und Kayos knallige Partyüberraschungen bringen alles durcheinander.
Auf der Suche nach dem Windzeichen treffen Tabaluga und seine beiden Freunde auf hübsche Schmetterlinge, die einen Wald zum Wohnen suchen. Weiter auf ihrem Weg müssen Tabaluga, Digby und Happy eine Abkürzung durch den unheimlichen Wald nehmen. Dieser Wald ist gruselig, düster und verlassen. Bald erkennen die drei, dass sie im Kreis gegangen sind. Die Bäume können sich bewegen und sogar sprechen. Sie wollen Tabaluga und seine Freunde nicht wieder hinauslassen, damit sie endlich Gesellschaft haben. Da hat Tabaluga eine Idee: Die Schmetterlinge könnten doch in dem Wald leben. Aber Arktos kommt ihm in die Quere. Er hat eine Lichtung komplett eingefroren. Der Wald ist sauer und hat kein Vertrauen mehr zu Tabaluga. Nun muss Tabaluga beweisen, dass er dem Wald helfen will, und der Wald muss zeigen, dass er sich für einen neuen Bewohner öffnen will.
Auf ihrem Weg in das Tal des Windes finden Tabaluga und seine Freunde ein verlassenes Ei und kümmern sich darum. Als Arktos die Bemühungen um das Ei beobachtet, glaubt er, dass er das nächste Zeichen sein muss und klaut es. Aus dem Ei schlüpft ein Krokodil-Baby, das Arktos für seine Mutter hält. Zur gleichen Zeit trifft Tabaluga die Krokodil-Mutter, die sehr gereizt und bissig ist. Sie will ihr Baby wiederhaben. Tabaluga führt die aufgebrachte Krokodil-Mutter zur Arktos, der das Baby am Strand in der Nähe des Wassers verstecken kann. Das Baby wird unglücklicherweise von einer Welle ergriffen und aufs offene Meer getrieben. Die Krokodil-Mutter versucht es zu retten, aber eine große Welle droht, ihr Baby zu „verschlucken“. Glücklicherweise ist Tabaluga rechtzeitig zur Stelle.
Den einzigen Hinweis, den Tabaluga für die Suche nach dem Windzeichen hat, ist der, dass er nach dem „Auge im Himmel“ suchen soll. Auf ihrem weg kommen die drei Freunde nach Warrenvale, einem Dorf, in dem nur Kaninchen leben. Happy ist begeistert und möchte gern ein bisschen bei ihren Verwandten bleiben, aber Tabaluga drängt zum Weitergehen. Happy wird von einem starken Wind mitgerissen und weggeweht. Die Kaninchen wissen, dass Tempest, der böse Windgeist, der auf dem Berg im „Auge des Himmels“ wohnt, Happy zu sich geholt hat. Tempest bedroht schon seit langer Zeit das Dorf der Kaninchen. Tabaluga und Digby müssen mit Arktos auf den Berg hinauf, da die Schneemassen am Berg und der starke Wind einen Alleingang unmöglich machen. Mit letzter Kraft erreichen sie gemeinsam den Gipfel und das „Auge im Himmel“.
Auf dem Weg zurück nach Grünland mit dem Windzeichen in seinem Bauchbeutel, fällt Tabaluga in eine Falle von Arktos. Dabei verliert Tabaluga seine Erinnerung, und Arktos macht im glauben, dass er Norman heiße und sein Diener sei. So kommt Arktos an das Windzeichen. Da Arktos aber nichts mit dem Zeichen anzufangen weiß, soll Tabaluga das „Buch der Drachen“ in Grünland holen. Denn darin wird stehen, was zu tun ist. Arktos redet Tabaluga ein, dass die Grünländer böse und gefährlich seien, und wenn sie ihm das Buch nicht geben wollen, solle er Grünland niederbrennen. Vor Shouhous Labor treffen sie aufeinander: Die Grünländer treten Tabaluga mutig gegenüber, so dass Tabaluga ihnen mit Feuer drohen muss.
Ein kleines Erdbeben in Grünland reißt einen großen Spalt in Happys Gemüsefeld. Aus Versehen fallen Happy und Digby da hinein und rutschen in die Tiefe. Tabaluga folgt ihnen, um sie zu retten. In einer Höhle treffen die Drei auf einen Troll. Eine alte Legende sagt, dass Roly der Troll vor langer Zeit eine Schatztruhe gefunden hat und sie unter der Erde bewacht. Obwohl der Troll eher grob und unfreundlich ist, wollen Tabaluga, Happy und Digby ihn besser kennen lernen. Langsam freunden sie sich an, und nach einiger Zeit traut sich der Troll sogar ohne seinen Schatz aus der Höhle heraus und geht mit den Grünländern auf einen Spaziergang in den Wald.
Die Grünländer haben ein ungewöhnliches Problem: Arktos kann keinen Winter machen, weil er schwer krank ist. So können die Gänse nicht in den Süden ziehen, die Bären verpassen ihren Winterschlaf und das Wasser wird knapp. Nur eine Pflanze kann Arktos retten: Die Pajoris-Blume, aber die ist längst ausgestorben. Tabaluga hat die rettende Idee: Er will durch den „Fluss der Zeit“ in die Vergangenheit zurückschwimmen und von dort die Pflanze mitbringen. In der Vergangenheit trifft er einen netten Drachen und einen jungen sehr frechen Schneemann, der ihm die seltene Pajoris-Blume klaut. Aber mit der Hilfe des Drachen schafft es Tabaluga, den kleinen Schneemann auszutricksen. Irgendwie kommen ihm der Drache und der Schneemann bekannt vor.
Tabaluga ist wieder auf der Suche, als nächstes muss er das Wasserzeichen finden. Tabaluga vermutet, dass das Zeichen auf einer Insel versteckt ist. Mit einem großen Segelboot stechen er, Happy und Digby in See. Da wird ihr Boot von dem Baby-Wal Horatio gerammt. Horatio verdächtigt Tabaluga, seinen Vater und die anderen Wale entführt zu haben. Doch Tabaluga kann Horatio vom Gegenteil überzeugen, und gemeinsam suchen sie die Walfänger. Sie entdecken Piraten, die die Wale im Auftrag von Arktos fangen. In einem Gefecht versenken die Piraten Tabalugas Boot, Tabaluga wird verletzt und fällt bewusstlos ins Wasser, und Happy sowie Digby werden von den Piraten gefangen. Die Lage scheint ausweglos, aber Horatio kann Tabaluga retten. Die Beiden spüren Arktos auf, der mit einem Boot aus Eis unterwegs ist, das von mehreren Walen gezogen wird. Als auch noch die Piraten eintreffen, starten Tabaluga und Horatio eine mutige Befreiungsaktion.
Auf der Suche nach dem Wasserzeichen entdecken Tabaluga, Happy und Digby mitten im tropischen Gewässer eine Insel, die komplett mit Eis überzogen ist. Plötzlich beginnt ein eisiger Sturm mit magischer Kraft, der Arktos und James auf die Insel bläst und die drei Freunde mit ihrem Boot im Meer einfriert. Auf der Insel lebt die böse Eiskönigin Isodora, die schon lange auf einen Schneemann gewartet hat. Denn mit dem kräftigen Atem eines Schneemanns kann sie einen Zaubertrank mixen, der sie allmächtig macht. Sie gaukelt Arktos vor, dass sie dann mit ihm gemeinsam die Welt beherrschen wird. Aber in Wirklichkeit würde Arktos zu einer Pfütze schmelzen, wenn er seinen eisigen Atem in den Zaubertrank bläst.
Tabaluga, Happy und Digby verfolgen Arktos, der Kurs auf eine Insel hält, die genauso aussieht wie die Zeichnung des Wasserzeichens. Da kommt Ruby angeflogen. Völlig erschöpft berichtet er, dass es Nessaja sehr schlecht geht. Tabaluga und Ruby fliegen zurück nach Grünland, um Nessaja zu retten, während Happy und Digby sich um Arktos und das Wasserzeichen kümmern wollen. Nessajas See verliert Wasser und trocknet langsam aus. Je weniger Wasser da ist, um so schlechter geht es Nessaja. Tabaluga entdeckt einen Strudel im See, in dem das Wasser verschwindet, und er macht noch eine weitere Entdeckung: Wenn man die Zeichnung des Wasserzeichens auf den Kopf dreht, hat es genau dieselbe Form wie der Strudel.
Ein Jahrmarkt kommt nach Grünland: Die Dachse mit ihren Wagen und Karussellen wollen für einige Tage bleiben. Die Grünländer freuen sich über die lustige Abwechslung in ihrem Dorf. Doch irgendetwas stimmt mit dem Besuch nicht, denn die Grünländer werden jetzt nachts von hämmernden Geräuschen und Lichtern geweckt. Tabaluga findet heraus, dass die Dachse nachts unter der Erde nach den magischen Steinen graben. Er ist von den Dachsen enttäuscht. Sie hätten ihn doch wenigstens vorher fragen können. Die Dachse versichern Tabaluga, dass sie Experten seien, die die unterirdischen Stollen gut abgesichert hätten, und sie versprechen, mit der Buddelei sofort aufzuhören. Doch in der nächsten Nacht sind erneut hämmernde Geräusche zu hören und die Erde droht einzustürzen. Haben sich die Dachse nicht an die Abmachung gehalten, oder ist Arktos, der großes Interesse an den magischen Steinen gezeigt hatte, für diese Katastrophe verantwortlich?
Wie eine Sternschnuppe saust ein Himmelskörper durch die Luft direkt nach Grünland. Es ist ein Wunschstern. Wenn man den magischen Stein berührt und sich gleichzeitig etwas wünscht, geht der Wunsch in Erfüllung. Die Grünländer sind außer Rand und Band, jeder möchte an die Reihe kommen und sich etwas wünschen. Doch schnell stellt sich heraus, dass jeder erfüllte Wunsch woanders etwas wegnimmt. So kann Digby jetzt gut sehen, dafür aber nicht mehr richtig hören. Besonders gefährlich wird es, als Arktos den Wunschstern in die Finger bekommt und Grünland damit schaden will. Zum Glück kann Tabaluga ihn mit Mut und List rechtzeitig austricksen und Grünland retten.
Tabaluga wartet auf den Abend, denn in dieser Nacht wird wieder der Drachenmond aufgehen und Tabaluga seinen Hinweis auf das nächste Zeichen bekommen. Die kleine Hummel Buzz würde ihn zu gern begleiten, aber Tabaluga möchte das nicht. Vor lauter Enttäuschung und weil James so verständnisvoll tut, verrät Buzz dem listigen Pinguin von der Nacht des Drachenmondes. Daraufhin verkleiden sich Arktos und James. Sie wollen in Grünland spionieren und Tabaluga folgen, wenn er in der Nacht loszieht. Aber Tabaluga entdeckt die beiden Schurken und übernimmt deren Idee: Er veranstaltet einen Maskenball, um Arktos zu verwirren und unentdeckt das Fest verlassen zu können.
Tabaluga bekommt den Hinweis für das nächste Zeichen, das Eiszeichen: „Suche danach in der uralten Eiskammer“. Laut Shouhou liegt dieser Raum in den gefrorenen Tiefen des Schlosses, und Arktos hat schreckliche Angst dort hineinzugehen. Tabaluga und Shouhou fliegen in die Eiswelt, während Digby mit der Kristallkugel und der kranken Happy in Grünland zurückbleibt. Aber Digby hält es nicht lange aus in Grünland, er will seinen Freunden bei der Suche nach dem Eiszeichen helfen. Doch gerade im Palast angekommen wird er von Arktos gefangen genommen, und als Arktos ihm mit dem hungrigen Hai Rex droht, verrät Digby seine Freunde Tabaluga und Shouhou sowie deren Suche nach dem Eiszeichen.
In Grünland findet das alljährliche Seifenkisten-Rennen statt. Die Vorbereitungen laufen auf Hochtouren: Verschiedene Karren werden zusammengebaut, und Digby trainiert ohne Pause, damit er während des Rennens nicht schlapp macht. Für Arktos steht fest: Wenn die Grünländer solch einen Aufwand betreiben, dann muss der Preis für den Sieger des Rennens fabelhaft sein. Arktos lässt sich einen Wagen bauen, in dem er bequem von zwei Eisbären gefahren wird. Natürlich hat er vor, wenn nötig, die Grünländer auszutricksen.
Ein starker Sturm hat Happys Blumenfeld zerstört, und nun fehlen die Pflanzen für das Frühlingsfest. Das konnte nur passieren, weil Tabaluga sein Versprechen, mit Happy die Blumen fürs Frühlingsfest zu pflücken, nicht gehalten hat. Enttäuscht packt Happy einige Sachen zusammen und verlässt das Grünland-Dorf. Digby erzählt sie, dass sie ins „Hasental“ gehen und nie wieder kommen will. Digby muss versprechen niemanden zu sagen, wo sie hingeht. Als Tabaluga seinen Fehler und Happys Verschwinden bemerkt, macht er sich Vorwürfe und große Sorgen. Die gemeinen Bemerkungen von Arktos, der sich mit Kayo in Grünland aufhält, verstärken Tabalugas schlechtes Gewissen.
Kayo wird bei Arktos wieder rausgeschmissen. Er landet als Eisklotz im Fluss. Zum Glück ist Tabaluga in der Nähe, der das kleine Chamäleon rettet. Kayo hat genug von Arktos’ Launen, er möchte in Grünland bleiben. Als Tabaluga mit Kayo im Dorf ankommt, sind die Grünländer skeptisch, ob sie Kayo trauen können. Vielleicht will er für Arktos spionieren, denn heute Nacht wird der Drachenmond aufgehen und Tabaluga den Hinweis für das letzte Zeichen bekommen. Arktos weiß, dass Tabaluga in der Nacht den Hinweis für das letzte Zeichen bekommen wird. Aber er weiß nicht, wo dieser geheime Ort, die Kristallhöhle, ist.
Tabaluga, Happy und Digby brechen mit der Landkarte zu den „Magnetischen Bergen“ auf, um dort nach dem Eisenzeichen, dem letzten Zeichen, zu suchen. Kayo darf nach einigem Hin und Her die drei Freunde begleiten, doch Happy traut ihm nicht. Ihr Misstrauen scheint bestätigt, als sie Arktos bemerken, der sie verfolgt. In der Nähe der „Magnetischen Berge“ verliert Tabaluga seine Kraft. Er kann nicht mehr fliegen und Feuer spucken. Am Ziel bricht er kraftlos zusammen. Shouhou hatte ihn gewarnt: Bisher ist kein Drache lebend von diesen Bergen zurückgekehrt. Während Happy und Digby das Eisenzeichen suchen, kümmert sich Kayo um den schwachen Tabaluga und beschützt ihn vor dem eisigen Atem von Arktos.
Tabaluga kann es nicht erwarten in die Kristallhöhle zu gehen, um das Amulett der Drachen zu erhalten. In seiner Ungeduld bemerkt er nicht, dass Arktos dort bereits auf ihn wartet. Als ein Portal zu einer anderen Welt, dem Reich der Drachen, aufgeht, verschwindet Tabaluga darin. Zögerlich folgt Arktos ihm in diese wundersame Welt. Hier soll Tabaluga das Amulett überreicht bekommen. Tabaluga lernt in der fremden Welt eine Drachenfamilie kennen, die ihn bis zur Übergabe des Amuletts aufnimmt. Für Arktos ist diese Welt zunächst beängstigend, bis er feststellt, dass seine Kräfte hier besonders stark sind.
Arktos trägt voller Stolz das Amulett. Gerade als er davon träumt, wie er mit der allmächtigen Kraft des wunderbaren Anhängers König von Grünland wird, kommt Tabaluga in den Eispalast geflogen und nimmt ihm das kostbare Stück wieder ab. Doch Tabalugas Glück ist nur von kurzer Dauer. Arktos schafft es, ihm das Amulett erneut zu klauen und sich zu wünschen, dass Tabaluga nicht mehr fliegen und Feuer spucken kann. Außerdem friert Arktos Grünland ein und nimmt die Grünländer gefangen. Völlig mutlos versteckt sich Tabaluga. Erst Happy und Digby, die aus dem Eispalast fliehen können, geben ihm das nötige Vertrauen in sich selbst zurück.