Einige Verbrecher von Raymond „Red“ Reddingtons berühmter Liste formieren sich zu einer Einheit, um der Regierung bei Fällen zu helfen, an die sie sich selbst nie herantrauen würden. Nachdem sie jahrelang auf der Flucht waren und der Welt Schaden zugefügt haben, wollen sie jetzt rehabilitiert werden. Unter der Leitung von Scottie Hargrave schließt sich auch Tom dieser Organisation an – und findet immer mehr über seine eigene Vergangenheit heraus.
Als der US-Journalist Kevin Jensen unter dem Verdacht der Spionage in Kyrkistan verhaftet wird, beschließt Scottie ihn mit Hilfe ihres Teams aus dem Gefängnis zu befreien. Doch Kevin Jensen wird bei der Befreiungsaktion und seinem Versuch wichtige Informationen zu retten, getötet. Zurück in der Heimat, erfahren Scottie und Tom, dass Kevin tatsächlich als Spion der CIA in Kyrkistan stationiert war.
Scottie erfährt, dass Howard ohne ihr Wissen eine Mission geplant hatte, bei dem Informationen über ein russisches Geheimprojekt gesammelt werden sollen. In dem russischen Projekt sollen Agenten ausgebildet werden, die als amerikanische Bürger getarnt, Anschläge verüben sollen. Nez und Tom können einen Anschlag dieser Art vereiteln. Howard ist unterdessen davon überzeugt, dass Scottie eine Doppelagentin aus dem Projekt der Russen ist.
Halcyon wird beauftragt, fünf entflohene Terroristen zu ergreifen. Doch als das Team den Anführer der Terroristen ergreifen will, stellen sie fest, dass Mayhew nur versucht zu beweisen, dass man ihn zu Unrecht verdächtigt. Unterdessen glaubt Scottie, die Wahrheit über ihren toten Sohn herausgefunden zu haben, doch gerät sie in ein Netz aus Lügen. Howard unterrichtet Tom über die Operation „Whitehall“, hinter der angeblich Scottie steckt.
Nach einem Giftgasanschlag auf Flüchtlinge in Deutschland erhält Halcyon den Auftrag, die Lieferanten des Gases ausfindig zu machen und gerät dabei an eine Gruppe von Ex-Navi Seals, die kurzerhand die chinesisch-amerikanische Agentin Jennifer Linn entführen. Tom und Howard versuchen mit Hilfe eines Schlüsselwortes geheime Nachrichten von Scottie zu entschlüsseln, doch als Tom erfolgreich damit ist, ist es für Howard schon zu spät
Nachdem die wohlhabende Familie Lang von Diego Rocha entführt wird, erhält Scottie den Auftrag, die Familie zu befreien. Doch Rocha fordert im Austausch für die Familie die Freilassung seines ehemaligen Komplizen Carlos Cantara. Der hat längst die Seiten gewechselt und arbeitet als Informant für das FBI. Derweil findet Tom heraus, wo Howard versteckt wird, doch scheitert er bei dem Versuch ihn zu befreien.
Scottie erfährt, dass Tom ihr totgeglaubter Sohn Christopher ist und versucht, ihn auf ihre Seite zu ziehen. Doch als dieser vorgibt, nichts über das Geheimprojekt „Whitehall“ zu wissen, lässt sie ihn foltern. Tom kann entkommen und findet mit Hilfe von Howard Hinweise zum geheimen Standort von „Whitehall“. Sie erfahren, dass mit „Whitehall“ die Erschaffung eines Quantencomputers gemeint ist, der seinem Besitzer gefährlich viel Macht verleiht
Als Howard, Tom und Scottie erfahren, was sich hinter dem Projekt „Whitehall“ verbirgt, entfacht dies einen heftigen Kampf um die Kontrolle über den Supercomputer. Während Scottie und ihre Komplizen versuchen, sich den Weg zu „Whitehall“ durchzuschießen, arbeiten Tom und Howard mit dem FBI zusammen, um Scottie aufzuhalten. Doch bekommt die Geschichte ein dramatisches Ende, als Kat Tom die komplette Wahrheit auf einem USB-Stick anvertraut.