Liz und Red schaffen es auf ihrer Flucht gerade noch rechtzeitig unterzutauchen, werden jedoch an das FBI verraten, womit ihr Versteck auffliegt. Red wendet sich daraufhin an den Troll Farmer der ihnen mit seinem Team und einer Desinformationskampagne über das Internet zur Flucht verhelfen soll. Red gelingt es später aus dem Sperrbereich zu entkommen, Liz jedoch nicht. Ihr bleibt nur noch die Flucht in die russische Botschaft.
Red kann gerade noch verhindern das Liz vom Cabal ausgeschaltet wird als sie sich von der russischen Botschaft nach Moskau begeben will. Wieder vereint täuschen Liz und Red in einem Diner eine Geiselnahme vor, um die Freilassung des inhaftierten Anwalts Marvin Gerard zu erreichen.
Liz und Red kehren in die USA zurück, um einem Aktivisten, welcher scheinbar gegen die Verdrängung von Bauern aus dem Markt durch den Marktführer Verdiant kämpft, eine gestohlene und hochgeheime Blaupause eines genmanipulierten Erbguts abzujagen. Hierzu brauchen sie ein Druckmittel gegen Verdiant und damit auch gegen den Cabal, aber der Aktivist ist Teil eines Komplotts, den es aufzudecken gilt.
Sofern man zahlungskräftig ist lässt der Dschinn Rachephantasien wahr werden. Alles lässt sich arrangieren: Seinen Erzfeind bei lebendigem Leib verspeisen, seine Firma in den Ruin treiben oder übernehmen? Alles kein Problem. Dass der Dschinn eine Frau ist, ist die erste Überraschung. Die zweite ist, dass die sanfte Alice, die sich für den Dschinn ausgibt, nur die Stellvertreterin von Nasim Bakhash ist – der Tochter des in New York ansässigen iranischen Geschäftsmannes Barham Bakhash, dem Haupteigentümers von Azeri Financial. Die größte Überraschung ist jedoch, dass Nasim früher ein homosexueller Junge war, den sein Vater aus Furcht vor gesellschaftlicher Ächtung kastrieren und zur Frau umoperieren ließ.
Red arbeiten gewissermaßen mit dem FBI zusammen um Liz zu beschützen, nachdem für ihren Tod auf einer Website im DarkNet ein hohes Kopfgeld ausgesetzt wurde. Das zieht natürlich eine ganze Menge potenzieller Killer an.
Der Milliardär Sir Crispin Crandall, Gründer von Crandall Cryonics, wohnt über den Wolken in seinem Airbus A380, der auch in der Luft betankt wird. Es wird nur für eine Ausnahme gelandet: Um seine kostbare Fracht an Bord zu nehmen. Crandall will eine fliegenden Arche für die genialsten Köpfe unserer Zeit erschaffen und lässt daher Koryphäen aller großen Wissenschaftsfelder (jeweils Mann und Frau) entführen, um sie für die Zukunft zu konservieren. Auch der belgische Ökonometriker Andras Halmi ist unfreiwillig an Bord der Arche. Halmi war vormals der wichtigste Berater des Directors und der Verwalter seines finanziellen Rettungspolsters. Auf der Suche nach dem Mann, der Liz womöglich entlasten könnte, findet sich Tom in einem brutalen "Fight Club" wieder.
Als das Team sich auf der Jagd nach einem internationalen Terroristen befindet kommt eine Familientragödie aus Samars Vergangenheit ans Licht. Das FBI rückt Liz und Red immer näher und unverhofft werden die beiden voneinander getrennt. Red wird einer gefährlichen Situation ausgesetzt. Werden die beiden es schaffen voneinander getrennt die richtigen Entscheidungen zu treffen?
Am Morgen nach Samars und Resslers Schäferstündchen sind Red und Liz im ländlichen West Virginia unterwegs. Red wird an einer Tankstelle von einer Bande Wegelagerer, den selbsternannten „Kings of the Highway“ (KOTH) entführt. Um Red aufzuspüren bittet Liz in ihrer Verzweiflung Samar, heimlich Reds Handy zu orten. Samar hat in diesem Moment nur Resslers Laptop zur Hand da sie noch bei ihm ist. Ressler wird misstrauisch als er merkt das Samar den Verlauf gelöscht hat.
Während Red einen Tatort schafft, um sein Paket wiederzubekommen, versammeln sich wahre Freunde um Liz, deren Leben jetzt durch die Haft in Gefahr ist.
Reddington trifft sich heimlich mit der Task Force, während Ressler Liz ins Bundesgericht bringt und sie dort beschützt. Mit einem ausgeklügelten Plan entführen Reddington und die Task Force den Direktor und übergeben ihn den venezolanischen Behörden, die vorhaben, einen hohen amerikanischen Vertreter, wegen Kriegsverbrechen vor den Internationalen Strafgerichtshof in Den Haag zu bringen. Die Drohung mit der Kriegsverbrechensanklage gibt Red ein Druckmittel. Er will mit Hilfe seines Anwalts einen Deal mit Laurel Hitchin aushandeln, um Liz zu rehabilitieren. Dank Tom, der Karakurt im Bundesgericht abliefert, kann Gerard die Regierung dazu bringen, alle Anklagen gegen Liz, außer die der fahrlässigen Tötung von Generalbundesanwalt Tom Connolly, fallenzulassen. Der Deal bewahrt Liz davor ins Gefängnis zu müssen, da sie eine Bewährungsstrafe bekommt. Er verhindert aber auch, dass sie als Agent zum FBI zurückkehrt, es sei denn als externe Mitarbeiterin der Task Force. Als Liz endlich frei ist, tritt Ressler als Leiter der Task Force zurück, und übergibt die Geschäfte wieder an Cooper. (Text: RTL)
Reddington bekommt Konkurrenz. Das FBI verhaftet einen Mann namens Ray, der behauptet, der wahre Raymond Reddignton zu sein. Da Ray Dinge weiß, die nur der wahre Reddington wissen kann, stellt sich die Frage, ob unser Red ein Hochstapler ist. Diese klärt sich jedoch bei dem ,Shell Island Konzil’, einem unregelmäßigen Treffen der weltgrößten Verbrecher. Der aktuelle Zeremonienmeister dieser seltenen Zusammenkunft, Marcus Caligiuri, wirft Red wegen dessen Verbindung zu Liz vor, mit dem FBI zusammenzuarbeiten. Er schickt Red eine Warnung, indem er drei Damen seines Tatortputztrupps töten lässt. Außerdem entführt er Janet MacNamara, Leiterin der Abteilung Aufklärung durch menschliche Quellen’ des FBIs. Caligiuri zwingt sie, Red als FBI-Informant vor den Shell Island-Mitgliedern zu enttarnen. Als Ray, der zweite Reddington, – vom FBI verwanzt – ebenfalls beim Treffen auftaucht und behauptet, der wahre Reddington zu sein, ist die Verwirrung perfekt. Genau wie es Red geplant hatte, denn Ray ist sein alter Freund und Trickbetrüger, Gregory Devry, der an Magenkrebs leidet und Red mit dieser Maskerade einen letzten Gefallen tut. Als das FBI zugreifen will, verhilft Red allen Shell-Island-Mitgliedern zur Flucht, außer Caligiuri, der für seinen Putschversuch mit dem Leben bezahlt. (Text: RTL)
Die Task Force hat es mit der ‚Feme‘, einer Selbstjustizgruppe zu tun, die einige grausam zugerichtete Todesopfer hinterlässt. Die Mitglieder dieser Gruppe sind allesamt Männer, die sich selbst kastriert haben, weil sie sich an Kindern vergriffen hatten. Im Auftrag eines Kardinals verfolgen und richten sie nun selbst vermeintliche Kinderschänder. Der Kardinal allerdings verfolgt mit den Morden seine eigenen Ziele … Reddington hat seine Zweifel, dass es wirklich um Kinderschänder geht, und stellt parallel zur Task Force eigene Nachforschungen an, die ihn auf die Spur von professionellen Geldwäschern bringen. Nachdem Liz erfahren hat, dass sie schwanger ist, muss sie sich überlegen, wie es weitergehen soll. Tom bekommt heraus, dass sie ein Kind erwartet, und möchte mit ihr nach Boston gehen, wo er eine Stelle als Lehrer antreten könnte. Red lässt jedoch seine Beziehungen spielen und sorgt dafür, dass Tom die Stelle nicht bekommt. Er möchte unbedingt verhindern dass Liz weggeht, da er sie ansonsten nicht mehr beschützen kann. (Text: RTL)
Reddington setzt das FBI auf Alistair Pitt an, einen Unterhändler, der Frieden zwischen verfeindeten Verbrecherklans stiftet, indem er Ehen zwischen den Sprößlingen beider Lager arrangiert. Red hat eine persönliche Rechnung mit Pitt offen. Dieser hat vor Jahren Reds Geliebte Josephine Molière, die Tochter eines berüchtigten Waffenhändlers, mit dem gewalttätigen Sohn dessen erbittersten Konkurrenten Stockwell, verheiratet. Als Stockwell Junior von Josephine und Red erfuhr, fügte er ihr im Gewaltrausch irreversible Hirnschäden zu. Als Pitt jetzt in New York auftaucht, um die verfeindeten Drogenklans der schwedischstämmigen Erikssons und der italienischen Vaccaros durch die arrangierte Ehe des jüngsten Erikssons-Sohnes mit der einzigen Vacarro-Tochter zu versöhnen, ist Reds Chance gekommen, sich zu rächen. Währenddessen sucht Liz nach Adoptiveltern für ihr Ungeborenes. Da sie eine offene Adoption mit Besuchsrecht möchte, bedeutet das, dass sowohl sie, als auch die künftigen Adoptiveltern im Vorfeld Informationen über einander bekommen und bei Interesse in Austausch miteinander treten. Aufgrund von Liz’ Vorgeschichte reagiert ein zunächst interessiertes Paar letztendlich doch ablehnend.
Helen Shuster, alias Lady Ambrosia, entführt mit Hilfe ihres Mannes, nicht gewollte, körperlich oder geistig eingeschränkte Kinder und lässt sie bis zu ihrem zwölften Geburtstag bei sich leben. Danach tötet sie sie in einem Ritual ...
Ein junger Geschäftsmann wird tot in seinem Haus aufgefunden. Anhand der Tatortinszenierung erkennt Reddington sofort, dass es sich um den Serienkiller „Drexel“ handeln muss. Dieser tötet seine Opfer, drapiert sie als Kunstwerke und veröffentlicht anschließend ihre Bilder im Internet. Seine Taten stoßen in einer Untergrundorganisation auf großen Anklang und Verehrung. Mit seinem letzten Mord kündigt er bereits eine Fortsetzung seiner sogenannten „Show“ an. Wollen die Ermittler den Tod weiterer Menschen verhindern, müssen sie den psychopathischen Künstler mit Red’s Hilfe stoppen. Dieser macht sich derweil mit seinen unkonventionellen Methoden auf die Suche nach ‚Drexel‘. Tom hat den Mordversuch seiner kriminellen Ex-Freundin Gina überlebt, befindet sich jedoch mit lebensgefährlichen Schussverletzungen im Krankenhaus, wofür Liz Red verantwortlich macht. Liz hat außerdem den Entschluss gefasst, ihr Baby zu behalten und es gemeinsam mit Tom großzuziehen.
In Peking wird ein Mitarbeiter des Außenministeriums ermordet aufgefunden. Red bringt die Tat mit einer weiteren Figur auf der „Blacklist“ in Verbindung: dem ‚Caretaker‘. Dieser bewahrt hochsensible Geheimnisse für Regierungen, hochrangige Organisationen und die mächtigsten Kriminellen der Welt. Doch wie sich herausstellt, wird der „Caretaker“ erpresst: Kriminelle haben seine Tochter Rose entführt und fordern von ihm die Preisgabe bestimmter Geheimnisse. Darunter auch ein geheimer Vertrag der Deutschen Regierung, der nach Red’s Auffassung unter keinen Umständen an die Öffentlichkeit geraten darf, um diplomatische Beziehungen nicht zu gefährden. Um Rose zu retten, veröffentlicht das FBI, trotz Reddington’s eindringlicher Warnung, das geheime Dokument der Deutschen Regierung. Ungeahnt davon, welche Konsequenzen diese Entscheidung mit sich führt. Anstatt sich an ihr zu rächen, sucht Tom Gina auf, um sie um Hilfe zu bitten. Er möchte endgültig aus dem kriminellen und gefährlichen Geschäft aussteigen. Erst recht, weil er und Liz beschlossen haben zu heiraten.
Red hat erfahren, dass eine Atomwaffe das Ziel von Dieben geworden ist. Die Task Force startet ein Wettlauf gegen die Zeit, um die Verbrecher zu stoppen und eine nukleare Katastrophe zu verhindern.
Solomon jagt Liz und Tom mithilfe von Operator 4–6 und provoziert einen fatalen Autounfall. Liz erleidet eine Plazentalösung, wodurch das Baby nicht genug Sauerstoff bekommt und per Notkaiserschnitt geholt werden muss. Da Red zurecht befürchtet, dass Solomon die Krankenhäuser der Umgebung überwachen lässt, muss sein mobiles OP-Team die ärztliche Versorgung übernehmen. Liz’ Ex-Freund Nik eilt der Verletzten als Arzt zur Hilfe und schafft es, das gesunde Mädchen auf die Welt zu holen. Doch als Fruchtwasser in ihr Blut gelangt, verschlechtert sich Liz’ Zustand rapide. Nik verfügt nicht über die nötigen Spezialgeräte um ihr zu helfen. Die Entscheidung, Liz doch in ein Krankenhaus zu bringen, fällt vermutlich zu spät. Nachdem der Transport, trotz Ablenkungsmanöver, von Solomons Leuten entdeckt und angegriffen wird, hat sich Liz’ Gesundheitszustand dramatisch verschlechtert.
Nach Liz’ Tod hat sich Red in eine Opiumhöhle begeben. Erst nach einigen Tagen des Drogenkonsums fährt er nach Cape May in New Jersey, um sich dort an den Strand zu setzen. Da beobachtet er, wie sich eine junge Frau ins Meer stürzt – offensichtlich um sich umzubringen. Red kann sie jedoch retten und erfährt von ihr, dass sie verfolgt wird und es jemand auf ihr Leben abgesehen hat. Als die beiden dann von mehreren Männern angegriffen werden und Red im Anschluss die Leichen beseitigen will, ist die Frau aber plötzlich verschwunden und auch im und am Haus sind keinerlei Spuren des Kampfes zu sehen. Handelte es sich bei der Fremden auch nur um eine weitere Wahnvorstellung, die er sich im Opiumrausch zugezogen hat?
Nachdem Elizabeth’ Tod die FBI Task Force erschüttert, wird alles darangesetzt, die Täter zu finden. Solomons Auftraggeber haben scheinbar ein stillgelegtes Satellitennetz benutzt, das Artax-Netzwerk, um Liz bei jedem ihrer Schritte zu verfolgen. Außerdem wurde mit diesem Netzwerk auch Benjamin Stalder ausspioniert, der Präsident eines Energie Konsortiums. Inwieweit er und Liz in Zusammenhang stehen ist noch nicht klar. Die Untersuchung ergibt zudem, dass sich sowohl Stalder als auch Präsidentenberaterin Cynthia Panabaker mit einer unbekannten Frau getroffen haben. Red muss sich seiner Vergangenheit stellen. Er besucht Liz ’ Großvater, um ihren Tod zu verarbeiten.
Als Reddington eine elegante, mächtige und sehr gefährliche Frau in Verbindung mit den tragischen Vorfällen bringt, beginnt für die Spezialeinheit ein Katz- und Mausspiel, um sie von einem weiteren Anschlag abzuhalten.
Um den Auftraggeber von Liz’ Entführung zur Rechenschaft zu ziehen, bittet Red das FBI mit Scottie und ihrem Team zusammenzuarbeiten. Und tatsächlich gelingt ihnen ein genialer Schlag gegen Alexander Kirk, der sich allerdings nicht so leicht geschlagen gibt. Tom erfährt die Wahrheit über seine Herkunft und mit dieser die wahre Identität seiner Mutter.
Die Jagd auf Alexander Kirk geht weiter. Während Reddington und die Taskforce derjenigen Person näherkommen, die für den Tod von Liz verantwortlich ist, kommt es zu einem schockierenden Betrug, der das Leben einer der ihren in Gefahr bringt.