Nachdem Liz aus ihrem Versteck auf Kuba von Alexander Kirk entführt wurde, der behauptet ihr Vater zu sein, unternimmt Reddington alles in seiner Macht stehende, um sie zu finden. Auch Tom und Agnes sind von Kirks Männern entführt worden, und Tom versucht sich aus ihren Händen zu befreien. Reddington lässt alle seine Beziehungen spielen, um über einen ehemaligen Mitarbeiter von Pinochet, Manuel Orentez Esteban, der mittlerweile alle möglichen lateinamerikanischen Staaten dabei berät und unterstützt die eigenen Bürger zu terrorisieren, den Aufenthaltsort von Liz in Erfahrung zu bringen.
Kirk will Liz in den "Sommerpalast" bringen, ein Landhaus, in dem sie in ihrer Kindheit die Sommer verbracht haben. Er hofft, ihr dort beweisen zu können, dass sie tatsächlich seine Tochter, Masha, ist. Doch um zu entkommen, tötet Liz den Piloten des Wasserflugzeugs, das daraufhin über dem Golf von Mexiko abstürzt. Kirk und Liz werden nach einigen Stunden im Wasser von einem Fischer entdeckt, den Kirk anschießt, als dieser die Küstenwache verständigt. Im "Sommerpalast" angekommen, kehrt Liz' Erinnerung teilweise zurück. Sie findet eine Schatzdose, die sie mit ihrer Mutter im Garten vergraben hatte...
Um Kirk zu überführen, jagt Red zusammen mit Dembe den Unternehmer Miles McGrath, der sein Vermögen mittlerweile hauptsächlich in das organisierte Verbrechen investiert. Er soll für Kirk Erreger des Robowski Virus besorgen – mit denen Kirk seine Leukämie heilen möchte. Währenddessen versucht Liz ihre Tochter ausfindig zu machen – erhält jedoch keine Unterstützung durch das FBI. Sie verschafft sich Zugang zu Unterlagen über den Sommerpalast und stößt dabei auf Informationen über ihre Familie, die auch Red betreffen.
Auf der Suche nach ihrer gemeinsamen Tochter gehen Liz’ und Toms Ansichten auseinander – und Tom geht eigene Wege, um Agnes zu retten. Unterdessen ist Red Kirk auf der Spur. Er jagt zusammen mit der Task Force den Öko-Terroristen Gaia, der eine Verbindung zu Kirk haben soll. Kirks Krebs schreitet voran und seine einzige Hoffnung sind die Stammzellen von Baby Agnes.
Ein Erfinder wird tot in seiner Garage gefunden und die Task Force beginnt ihre Jagd auf die Täter: Hinter dem Mord steckt die Gruppe „The Lindquist Concern.“ Red nimmt Kirks Arzt in seine Gewalt und erfährt von ihm, dass sich Kirk bald in Genf aufhalten werde. Dort will ihm Red eine Fall stellen – gerät dabei jedoch selbst in Lebensgefahr. Derweil taucht ein DNA-Test auf, der Aufschluss darüber gibt, ob Kirk tatsächlich Liz’ Vater ist.
Red will über den Geschäftsmann Le Bron an Kirk herankommen – denn Kirk ist einer von Le Brons Klienten. Derweil finden Liz und Red heraus, dass die Task Force von einer Hackergruppe überwacht wird: Drahtzieher hinter der Gruppe „The Trushes“ ist Kirk. Dieser nimmt Kontakt zu Liz auf und sie vereinbaren ein Treffen. Sollte es Liz und Red gelingen, mit dieser Falle endlich Baby Agnes wiederzubekommen?
Als sich Kirks Gesundheitszustand im Gewahrsam des FBIs drastisch verschlechtert, muss Liz eine schwere Entscheidung treffen: Soll sie ihrem vermeintlichen Vater helfen? Unterdessen führt Red die Task Force auf die Spur eines Fälschers, der neue Identitäten für flüchtige Kriminelle bereitstellt.
Red setzt Dr. Shaw unter Druck, um einen ehemaligen Patienten zu finden. Unterdessen überdenkt Liz ihre Beziehung zu Kirk noch einmal, der zunehmend bedrohlich handelt. Mr. Kaplan macht unterdessen eine für ihre Zukunft wichtige Feststellung.
Die Ermittlungen gegen einen internationalen Terroristen, der auf amerikanischem Boden operiert, stellt die Loyalität der Task Force auf die Probe, in der ein Maulwurf Red und Liz ausspioniert.
Liz findet vor ihrer Wohnungstür Dioramen, die grausame Verbrechen darstellen, bevor diese geschehen sind. Schnell stellt sich heraus, dass diese Schaubilder von einem Mädchen mit Entwicklungsstörungen namens Maggie erstellt werden. Deren Mutter ist überzeugt, dass ihre Tochter Vorahnungen hat, doch tatsächlich empfängt sie auf ihrem Hörgerät Telefonate aus dem Nachbargebäude. In diesen Gesprächen zwischen dem Unternehmer Farnsworth und seinem Komplizen Charnquist werden Morde geplant, die Einbrüche in Aktienkurse verursachen, um anschließend durch Leerverkäufe Gewinne an der Börse zu machen.
Liz möchte sich in eine Elite-Truppe von Diebinnen einschleusen. Dafür muss sie sich aber beweisen … Gleichzeitig kämpft Red mit unerwarteten Problemen bei seinen Unternehmungen.
Natalie trägt das Virus einer tödlich verlaufenden Krankheit in sich. Sie selber ist immun, sie dient jedoch als Wirt dieses Virus’. Eine Firma erkennt das Potential des Erregers als Biowaffe …
Judith Pruitt, die sich auch „Isabella Stone“ nennt, verbreitet auf einer Benefizveranstaltung des Arztes Justin Sperry Unwahrheiten über Red, der die Stifung anonym unterstützt. Währenddessen begibt sich Tom auf die Spuren seiner Vergangenheit …
Aram geht undercover, um den „Architect“ zu finden, ein kriminelles Mastermind. Obwohl es ihm widerstrebt, einen Außeneinsatz zu übernehmen, ist er der einzige, der für diese Aufgabe qualifiziert ist.
Red wird vergiftet, als er gerade versucht, den Verräter in seinem Umfeld aufzudecken. Von nun an beginnt ein Spiel auf Zeit, bei dem Red herausfinden muss, wer ihn vergiftet hat, während er sich gleichzeitig der auftretenden Symptome erwehren muss.
Dembe muss Red seine Unschuld beweisen und stellt deshalb eigene Ermittlungen an. Dabei bekommt er unerwartete Hilfe.
Erinnerungen aus der Vergangenheit bringen Red auf einen gefährlichen Kollisionskurs mit einem Feind, der entschlossen ist Reds kriminelles Imperium zu zerstören.
Die Task Force jagt einen Kopfgeldjäger, der es auf Reds Verbündete abgesehen hat. In der Zwischenzeit steht Ressler vor einem moralischen Dilemma, als er sich gemeinsam mit einem alten Kollegen einer neuen Aufgabe widmet.
Red lässt durch die Task Force Erinnerungen manipulieren. Dadurch stellt Liz ihre eigenen Erinnerungen in Frage. Währenddessen kümmert sich Ressler um einen anderen Fall
Liz wird zum Ziel eines Söldners, der als der Schuldeneintreiber bekannt ist. Red wendet sich deshalb an einen ungewöhnlichen Kontakt, um Hilfe einzuholen. In der Zwischenzeit stößt Ressler auf unerwartete Probleme, als er versucht, Agent Gales Ermittlungen weiterhin einen Schritt voraus zu sein.
Red, dessen Organisation sich einer lähmenden Belagerung ausgesetzt sieht, verfolgt einen Dieb, dem von Mr. Kaplan eine mysteriöse Aufgabe zugewiesen wurde. Agent Gale greift bei der Untersuchung des Verhaltens seiner Task Force auf extreme Maßnahmen zurück
Red, dessen Organisation sich einer lähmenden Belagerung ausgesetzt sieht, verfolgt einen Dieb, dem von Mr. Kaplan eine mysteriöse Aufgabe zugewiesen wurde. Agent Gale greift bei der Untersuchung des Verhaltens seiner Task Force auf extreme Maßnahmen zurück