Als Arzt wird Shaun Murphy (Freddie Highmore) an ein prestigeträchtiges Krankenhaus geholt. Doch Shaun ist Autist – außerordentlich begabt, aber kaum fähig, Beziehungen zu Menschen aufzubauen. Ist er wirklich der Richtige für einen Beruf, der sich um menschliche Extremsituationen dreht?
Der erste Tag am St. Bonaventure Hospital – und schon kriegt Shaun (Freddie Highmore) wegen seiner Über-Genauigkeit Probleme. Claire (Antonia Thomas) lernt eine wichtige Lektion, wie man ehrlich mit Patienten umgeht, die eine beunruhigende Diagnose erhalten.
Shaun und Claire (Freddie Highmore, Antonia Thomas) müssen improvisieren, um eine zur Transplantation vorgesehene Leber frisch zu halten. Andrews (Hill Harper) muss Melendez (Nicholas Gonzalez) widerwillig bei der OP eines wohlhabenden Patienten unterstützen.
Ein Ehepaar muss eine folgenschwere Entscheidung über das Schicksal seines ungeborenen Kindes treffen. Das führt Dr. Melendez (Nicholas Gonzalez) und sein Team auf juristisches Glatteis. Shaun (Freddie Highmore) hat Probleme, sich an sein neues Zuhause zu gewöhnen, macht in der Klinik jedoch einen Riesenschritt in der Beziehung zu seinen Kollegen.
Shaun (Freddie Highmore) trifft auf einen jungen Patienten, der seinem verstorbenen Bruder auf unheimliche Weise ähnlich sieht. Außerdem erfährt der Jung-Chirurg, dass seine Eltern ihm nie die ganze Wahrheit über seinen Gesundheitszustand sagten. Die Ärzte der Klinik kämpfen unterdessen mit einer rätselhaften Serie lebensgefährlicher allergischer Reaktionen unter den Patienten.
Shaun und Claire (Freddie Highmore, Antonia Thomas) erarbeiten eine experimentelle Methode, mit der sie das Leben eines jungen Bräutigams retten könnten – aber das erfordert die Kooperation seiner zukünftigen Braut und seiner Eltern. Unterdessen kämpft Jared (Chuku Modu) bei der Behandlung eines Patienten mit einer extremen emotionalen Herausforderung.
Shaun (Freddie Highmore) muss mit einem Patienten fertig werden, der offen seine Vorurteile über Shauns Autismus äußert. Dabei leidet der Mann selbst an der Krankheit. Jared (Chuku Modu) stößt mit seinen Fähigkeiten als Chirurg an Grenzen.
Beim Einkaufen gerät Shaun (Freddie Highmore) in einen Raubüberfall. Seine Kommunikations-Defizite lösen eine lebensgefährliche Situation aus. Am Ende des traumatischen Tages stellt sich Dr. Glassman (Richard Schiff) eine ernste Frage: Tut er genug, um Shaun zu helfen?
Im Rahmen einer internationalen humanitären Initiative versorgt das Team des St. Bonaventure Hospitals einen herzkranken Jungen aus dem Kongo. Neil (Nicholas Gonzalez) hat Zweifel an der Sicherheit der geplanten OP-Methode, doch Shaun (Freddie Highmore) kommt eine rettende Idee. Privat hat der junge Arzt eine irritierende Begegnung mit seiner Nachbarin.
Das Chirurgie-Team zeigt sich beeindruckt von einem charmanten neuen Arzt – bis dessen wahrer Charakter zu Tage tritt. Dr. Glassman (Richard Schiff) hat das Gefühl, er müsse Shaun in seinem Privatleben stärker unterstützen und schlägt ihm vor, einen Therapeuten zu besuchen. Doch Shaun will seinem Mentor beweisen, dass er es alleine schafft.
Dr. Andrews (Hill Harper) hat eine heikle Aufgabe für Neil (Nicholas Gonzalez): Der Chirurg soll eine Trennung von siamesischen Zwillingen durchführen. Shaun (Freddie Highmore) lässt sich auf einen spontanen Trip mit Lea (Paige Spara) ein und kann endlich einmal seine Sorgen vergessen.
Nach der Trennung der siamesischen Zwillinge befindet sich Katie in einem Wachkoma, während ihre Zwillingsschwester Jenny das Bewusstsein wiedererlangt, aber an einem schwachen Herzen leidet. Nur Katies intaktes Herz könnte ihr rechtzeitig helfen, doch dafür müssen die Zwillinge vorübergehend wieder verbunden werden. Shaun (Freddie Highmore) kehrt von seiner Auszeit zurück und will kündigen, um mit Lea (Paige Spara) nach Hershey zu ziehen.
Shaun (Freddie Highmore) vermutet, dass eine Patientin ihn anlügt. Der Chirurg hat eine ganz andere Erklärung für ihre Verletzung. Private Turbulenzen haben offenbar Auswirkungen auf die Arbeit von Dr. Melendez (Nicholas Gonzalez), was womöglich auch Patienten in Lebensgefahr bringen kann.
Shaun (Freddie Highmore) ist irritiert, als sich seine neue junge Krebspatientin als Frau identifiziert – obwohl sie doch körperlich offensichtlich ein Mann ist. Der junge Chirurg muss lernen, sensibel damit umzugehen, vor allem auch wegen der Familie der Patientin.
Eine junge Patientin erhofft sich vom Chirurgen-Team, dass es sie aus ihrer häuslichen Isolation holt. Eine geplante Organtransplantation bringt die Eltern des Empfängers in ein moralisches Dilemma.
Wenn das Team einen Patienten behandelt, der sich zwischen einer gefährlichen Operation entscheiden muss, die sein Leben verändern oder gleich bleiben könnte, fragt er Dr. Shaun Murphy, was er tun würde, wenn er dieselbe Wahl hätte.
Shaun (Freddie Highmore) freundet sich mit einer Patientin an, die am Möbius-Syndrom leidet. Claire behandelt eine Patientin, die in einen Betrugsfall verwickelt ist – was sie in ein Dilemma bringt.
Shaun (Freddie Highmore) wird durch schlechte Nachrichten über seinen Mentor Glassman aus dem Konzept gebracht. Daraufhin passiert ihm ein Fehler, der seine Karriere beenden könnte.