Shaun und Jared behandeln mittellose Patienten an sozialen Brennpunkten. Shauns Mentor Glassman muss indes eine schwierige Entscheidung bezüglich seines Gehirntumors treffen.
Shaun muss dem Klinikhausmeister eine ernüchternde Diagnose überbringen. Glassman sondiert mögliche Chirurgen, die seinen Gehirntumor operieren könnten.
Claire und Melendez müssen ein Paar mit Kinderwunsch vor eine schwierige Entscheidung stellen. Shaun verspricht Glassman, nach der Operation nicht von seiner Seite zu weichen.
Glassman leidet an einer postoperativen Psychose. Die Ärzte müssen entscheiden, ob sie einen jungen Patienten ins Heim schicken – was Shaun an die Zeit bei seiner Pflegemutter erinnert.
Shaun will Glassman überzeugen, im Krankenhausflur zu spazieren, um dessen Heilung zu beschleunigen. Claire schlägt eine experimentelle Operation an einem magersüchtigen Herzpatienten vor.
Shaun und Morgan streiten sich über den Fall einer Konzertviolinistin mit schwerer Entzündung am Finger. Claire freundet sich mit einer jungen Patientin an, die Probleme mit ihren Eltern quälen.
Shaun und Morgan müssen mit einem Zwist zwischen Brüdern fertig werden. Eine an Krebs erkrankte Freundin bittet Claire um einen zweifelhaften Gefallen.
Eine Patientin von Shaun muss ihrem Ehemann ein Geheimnis beichten. Shauns Kollegen schlagen sich unterdessen mit rigorosen Impfgegnern herum.
Ein Patient wünscht sich, dass ihn die Chirurgen durch eine OP von seiner pädophilen Neigung befreien. Shaun lernt eine wichtige Lektion in Empathie.
Shaun und Alex behandeln zwei Reisende an einem Flughafen. Sie leiden an einer heftigen Infektion. Sind bereits weitere Infizierte in den abfliegenden Flugzeugen unterwegs?
Während das Krankenhaus weiterhin unter Quarantäne steht, ist Dr. Shaun Murphy überwältigt vom Chaos und den Geräuschen in der Notaufnahme. Dr. Morgan Reznick hat Schwierigkeiten, ihre Patienten am Leben zu erhalten und Dr. Audrey Lim kämpft um ihr eigenes Leben. Dr. Neil Melendez und Dr. Claire Browne müssen trotz des Ausnahmezustandes einen Weg finden, eine Knochenmarktransplantation zu schaffen.
Nach der Quarantäne versucht das Krankenhauspersonal wieder ihren normalen Abläufen nachzugehen. Das Gesundheitsamt entscheidet, herauszufinden, was geschehen ist, um das öffentliche Vertrauen wiederherzustellen. Dr. Audrey Lim erholt sich vom Virus und sie und Dr. Neil Melendez navigieren ihre neue private und ihre Arbeitsbeziehung. Dr. Shaun Murphy und Dr. Aaron Glassman versuchen sich zu entspannen und besuchen Lea auf der Arbeit.
Dr. Shaun Murphy, Dr. Morgan Reznick und Dr. Audrey Lim behandeln eine Patientin mit Autismus, dessen Gehirn sich in einem kritischen Zustand befindet und kümmern sich gleichzeitig um die Beziehung mit ihrem Mitbewohner. Unterdessen versuchen Lea und Shaun ihren Status zwischen Freundschaft und Mitbewohnern zu definieren.
Die Beziehung von Melendez und Lim wirkt sich auf ihren Job aus. Andrews behandelt eine Patientin, die nach einem Unfall entstellt ist - und zieht eine Gesichtstransplantation in Betracht.
Der neue Chefarzt der Chirurgie macht sich an seinem ersten Tag nicht nur Freunde. Weil Shaun den Eltern eines kranken Babys gegenüber zu ehrlich war, droht im jetzt ein Posten in der Pathologie.
Der neue Chef der Chirurgie, Dr. Jackson Han, glaubt, dass Dr. Shaun Murphy eher eine Gefahr als eine Bereicherung darstellt und arbeitet daran, ihn dauerhaft vom OP fernzuhalten.
Dr. Shaun Murphy möchte dringend dem Team beitreten, dem die gefährliche Operation eines Tumors bevorsteht. Da er jedoch von Dr. Jackson Han aus dem OP-Team genommen wurde, muss er sein Talent nutzen, um den Grund für die Verletzungen eines Kindes herauszufinden.
Eine Schlägerei in einer Bar sorgt dafür, dass Shaun selbst zu einem Patienten im St. Bonaventure-Krankenhaus wird. Alex und Audrey sind sich derweil nicht einig, wie sie die Symptome einer Frau behandeln sollen, die nach einer Operation gesundheitliche Probleme hat. Neil und Dr. Lim machen ihre Liebe zueinander in der Zwischenzeit öffentlich, während Aaron sein Verhältnis zu einem guten Freund pflegt.