Anti-Terror-Spezialistin Eve Baird ist mit ihrem Team auf einer geheimen Mission in Berlin unterwegs, wo sie eine Massenvernichtungswaffe finden und unschädlich machen soll. Dabei läuft ihr der seltsame Kauz Flynn Carsen über den Weg, der seinerseits auf der Suche nach einem dämonischen Artefakt ist, dem Opal von Samara. Nach einer wilden Schießerei und einer Prise Magie ist Eve schwer von dem mysteriösen Mann beeindruckt, der vorgibt schlicht „ein Bibliothekar“ zu sein. Kurze Zeit darauf wird Eve eingeladen, sich für eine führende Position in der Metropolitan Public Library von New York zu bewerben. Was sie noch nicht ahnt: Unter der Bibliothek liegt eine geheime Einrichtung versteckt, die eine schier endlosen Sammlung an magischen Artefakten verwaltet. Geführt wird sie vom Bibliothekar - Flynn Carsen, dem bereits in Berlin über den Weg gelaufen ist.
Flynn, Eve und die „Librarian“-Anwärter Ezekiel, Cassandra und Jake richten ihr Augenmerk auf mythische Artefakte, die vor dem Bösen geschützt werden müssen. Dazu zählt auch der Stein, in dem einst das legendäre Schwert Excalibur steckte.
Eve versucht, die neuen Bibliothekare auf ihren ersten Feldeinsatz vorzubereiten, doch die Aussichten sehen eher schlecht aus: Im harten Kampfeinsatz versagen Ezekiel, Jacob und Cassandra jämmerlich. Dennoch rücken sie aus, um ihren ersten Fall zu klären, denn die drei neuen Bibliothekare sollen beweisen, was in ihnen steckt.
Santa Claus wird entführt. Für die Bibliothekare keine große Sache, da sie ohnehin nicht an Weihnachten glauben. Doch offensichtlich scheint mehr auf dem Spiel zu stehen, als nur das Weihnachtsfest, also begeben sich die vier auf die Suche nach Santa Claus.
Auf dem ganzen Planeten ereignen sich zahlreiche Naturkatastrophen kurz hintereinander. Nur die Bibliothekare wissen, dass es sich bei den Erdbeben um zornige Drachen handelt, die unter der Erde schliefen und zu erwachen drohen. Offensichtlich ist ihnen eine wertvolle Perle abhandengekommen, und die Liga der Drachen beschuldigt sich gegenseitig, diese Perle entwendet zu haben. Laut den Statuten muss ein Konklave einberufen werden.
Nachdem in einer Kleinstadt nahe Washington ein Lkw auf mysteriöse Weise eine Brücke hinunterfällt, werden die Bibliothekare ausgesandt, um der Sache auf den Grund zu gehen. Als sie entdecken, dass dieser Unfall durch einen Troll verursacht wurde, ereignen sich kurz darauf noch mehr fabelhafte Dinge. Die Stadt gleicht einem wahrgewordenen Märchen, jedoch ohne Happy End. Die Fabelwesen greifen wahllos Bürger an und drohen, die Stadt zu zerstören
Eine Gruppe von Studenten versucht, sich bei einem Wissenschaftswettbewerb gegeneinander auszuspielen. Das ist für die Bibliothekare noch kein Grund einzuschreiten, doch schon bald entdecken sie, dass sich hinter all dem Konkurrenzverhalten ein mächtiger Zauber verbirgt, der ernsthafte Konsequenzen mit sich bringt.
Das Team der Bibliothekare befindet sich in Serbien. Als sie durch den Wald fahren, kommt ihnen ein aufgeschrecktes junges Mädchen entgegen: Katie ist blutverschmiert und erzählt, dass sie mit ihren Freunden wandern war und in einem Haus Unterschlupf gesucht haben. Ein Geist oder Dämon habe das Haus heimgesucht und ihre Freunde verschleppt.
Als in einem Wäldchen merkwürdige Lichterscheinungen auftreten und kurze Zeit darauf ein UFO-Jäger in der Nähe einer kleinen Stadt in der Nähe von New York spurlos verschwindet, untersuchen die Bibliothekare den Spuk vor Ort.
Flynn Carsen kehrt zum Team zurück mit einem Plan, wie er die verschwundene Bibliothek wiederfinden und an Jenkins Gebäude andocken könnte. Indem er einige der Artefakte benutzt, die die Bibliothekare bei ihren Abenteuern entdeckt und geborgen haben, öffnet er ein Portal in die Lücke zwischen Raum und Zeit.