Nachdem Barbie die Bewohner von Chester’s Mill durch einen Nebel an die Oberfläche und aus der Kuppel heraus geführt hat, nutzt er seine neu gewonnene Freiheit, um sich ein neues Leben aufzubauen. Ein Jahr später kehrt er für eine Gedenkfeier nach Chester’s Mill zurück. Doch dort warten beunruhigende Hinweise: Irgendetwas stimmt nicht mit der schönen neuen Realität.
Von den Tunneln unter Chester’s Mill aus scheint Melanie die Geschicke der Bewohner zu kontrollieren. Die Körper der Menschen vegetieren derweil in mysteriösen Kokons vor sich hin. Aber ist es wirklich Melanie, die die Fäden in der Hand hält? Möglicherweise ist das rätselhafte Ei der Schlüssel, um die Bewohner zu befreien. Melanie bringt es in ihren Besitz – doch Big Jim und Julia überraschen sie und es geschieht Dramatisches,
Nach ihrer Befreiung aus den Kokons machen die Bewohner von Chester’s Mill eine niederschmetternde Entdeckung: Die Kuppel ist immer noch da. Das Jahr in Freiheit, das sie alle erlebt haben, war nur eine Illusion. Jetzt müssen alle irgendwie mit der bitteren Realität klarkommen. Um ihnen dabei zu helfen, bietet Christine ihre Dienste als Therapeutin an. Niemand ahnt, wie eng sie in Wirklichkeit mit der Kuppel verbunden ist.
Während Christine so tut, als würde sie tatkräftig den Wiederaufbau von Chester’s Mill unterstützen, verfolgt sie eigentlich andere Absichten: Sie will, dass die Bewohner des Ortes nicht von der Erinnerung an ihre Erlebnisse in den Tunneln loskommen, und drängt sie deshalb immer wieder in die Richtung von Personen und Sachen, die damit in Zusammenhang stehen. Julia und Big Jim machen derweil eine schlimme Entdeckung – unter der Kuppel lauert eine neue Bedrohung!
Julia und Big Jim verbünden sich, um Beweise für Christines falsches Spiel zu finden. Dabei gewinnen sie neue Erkenntnisse über die außergewöhnlichen Fähigkeiten der Kuppel. Unterdessen muss sich Christine etwas einfallen lassen: Die Stimmung in Chester’s Mill wird immer explosiver und bedroht ihre Stellung als Anführerin. Sie fasst einen Plan – dessen Konsequenzen tödlich sind.
Big Jim wird von Marston gefangen genommen. Der Wissenschaftler hat etwas mit ihm vor: Er soll die Absichten der in der Zelle neben ihm einsitzenden Christine herausfinden. Erst scheint das Unterfangen aussichtslos, doch dann schafft Big Jim es doch noch, Licht in die dunklen Pläne der Außerirdischen zu bringen. Nicht nur Christine, auch ihre Verbündete Eva redet. Sie erzählt Barbie von ihrer Arbeit für Aktaion. Die bedrohlichsten Details behält sie aber für sich.
Die Geschehnisse in Chester’s Mill werden immer bedrohlicher. Eva und Barbie stellen entsetzt fest, dass sich Selbstmorde häufen – Christines Einfluss auf die Bewohner ist so groß geworden, dass viele sich ohne ihre Anwesenheit führungslos und nicht überlebensfähig fühlen. Unterdessen scheint die Welt außerhalb der Kuppel dem Untergang geweiht. Pinke Sterne fallen als Meteoriten vom Himmel und hinterlassen ein Bild der Zerstörung. Wird die Kuppel zur einzig sicheren Zuflucht?
Big Jim, Julia, Joe, Norrie und Hunter beschließen, sich zusammenzutun. Ihr gemeinsames Ziel: Christine muss gestoppt werden! Denn sie ist aufgewacht und versucht, ihren Plan weiterzuverfolgen und alle Bewohner von Chester’s Mill auf ihre Seite zu ziehen. Für den eingesperrten Sam hat Christine sich eine ganz besondere Behandlung ausgedacht. Sie injiziert ihm ihr eigenes Blut und will ihn so zu ihrem Verbündeten machen. Kann Sam die perfide Attacke abwehren?
Nach der verheerenden Zerstörung im Tunnelsystem greift Christine ihre Gegner nun an. Sie gibt Barbie den Auftrag, Julia und ihre Truppe zu töten. Inzwischen gelingt es Hunter das Passwort auf dem Recorder zu entschlüsseln. Jetzt können sie Christines geheime Botschaft abhören. Eva erfährt eine freudige Botschaft – sie ist schwanger, genauso wie es sich Christine gewünscht hat. Doch Christine hat zu kämpfen, ihre Energiereserven schwinden immer mehr.
In ihrem Kampf um Chester’s Mill finden die Gegner von Christine einen unerwarteten Verbündeten: Hektor Martin, den Chef von Aktaion. Durch ihn erfahren sie viele interessante Informationen über die Kuppel. Doch Julia und Big Jim trauen dem neuen Freund nicht so recht. Welche Absichten verfolgt Martin tatsächlich? Währenddessen findet Hunter beunruhigende Dokumente. Sie offenbaren, was mit den infizierten Einwohnern von Chester’s Mill passieren wird.
Barbie bringt sich beim Versuch, Eva vor Christine zu retten, in große Gefahr. Unterdessen hat Aktaion-Chef Hektor Martin einen Auftrag für Julia und Big Jim: Sie sollen ein neues Heilmittel an den infizierten Bewohnern testen. Während Christines Gegner mit allen Mitteln gegen sie kämpfen, offenbart diese Joe schockierende Details über das Wesen der Kuppel. Er gerät ins Grübeln. Wäre es klüger, mit Christine zusammenzuarbeiten?
Die Zeit wird knapp: Die Verkalkung der Kuppel schreitet voran – 24 Stunden bleiben den Bewohnern von Chester’s Mill noch, bevor alles zusammenbricht, was für die Eingeschlossenen den sicheren Tod bedeuten würde. Unter Hochdruck versucht Joe weiter, die Kuppel zu zerstören. Kann er es schaffen, einen kühlen Kopf zu bewahren, obwohl die Uhr erbarmungslos tickt?
Series Finale: As the Dome in Chester's Mill comes down, the Resistance makes a final attempt to protect the outside world from the infected townspeople in the Kinship and their new queen.