In 29 Metropolen der Erde erscheinen plötzlich riesige Raumschiffe am Himmel. Anna, die Anführerin, beteuert die friedliche Absicht der Besucher und sichert der Menschheit medizinische Hilfe und moderne Technologien zu. Im Gegensatz zu ihrem Sohn Tyler zeigt sich FBI-Agentin Erica Evans skeptisch. Schon bald muss sie erkennen, dass die Fremden bereits seit Jahrzehnten als Schläfer die Erde unterwandern, und dass hinter der menschlichen Haut reptilienartige Wesen stecken ...
Anna kündigt ein Impfprogramm an, um das Immunsystem der Menschen zu stärken. Ryan wird dadurch hellhörig. Er erinnert sich, dass die Besucher bereits vor Jahren an einem speziellen Impfstoff gearbeitet haben, der unter die Bevölkerung gebracht werden sollte ... Chad arbeitet an einer Reportage über die Heilzentren und stößt dabei auf eine unerfreuliche Neuigkeit: Er hat ein Aneurysma. Die Besucher versprechen ihm Heilung ...
Georgie befindet sich in der Gewalt der Besucher und sieht sich perfider Folter ausgesetzt. Dennoch weigert er sich, Namen zu nennen. Joshua gibt Ryan den Rat, nach John Mays altem Kommunikator zu suchen, um Kontakt halten zu können. Damit gelangt Ryan an den Ort zurück, wo ihn May zum Menschenfreund geformt hat ... Anna bewirbt ihr neues Programm. Chad erkennt Zusammenhänge zwischen den Kandidaten und konfrontiert Anna damit. Er versucht, die Besucher unter Druck zu setzen ...
Anna kündigt ein Impfprogramm an, um das Immunsystem der Menschen zu stärken. Ryan wird dadurch hellhörig. Er erinnert sich, dass die Besucher bereits vor Jahren an einem speziellen Impfstoff gearbeitet haben, der unter die Bevölkerung gebracht werden sollte ... Chad arbeitet an einer Reportage über die Heilzentren und stößt dabei auf eine unerfreuliche Neuigkeit: Er hat ein Aneurysma. Die Besucher versprechen ihm Heilung ...
Pater Travis bringt den verletzten Jack in ein Heilzentrum, wo ihm der geheimnisvolle Impfstoff R6 injiziert wird. Ryan findet heraus, dass mit R6 geimpfte Menschen als Sender fungieren, die jederzeit geortet werden können ... Erica hat Angst um Tyler, der bei Anna auf dem Schiff seine Erinnerungen scannen lässt ... Chad ist skeptisch, ob er sich von den Besuchern behandeln lassen soll. Ein befreundeter Arzt kann zudem keine Anzeichen für ein Aneurysma entdecken ...
Hobbes möchte Annas Ankündigung mit einer Botschaft der "Fünften Kolonne" stören. Zu diesem Zweck schleicht sich Ryan auf dem Mutterschiff ein, doch Samuel bemerkt, dass er nicht frei von menschlichen Gefühlen ist. Anna ordnet einen Emotionstest an ... Erica bringt Tyler zu ihrem Exmann Joe, um ihm den Kontakt zu den Besuchern zu erschweren. Doch schon bald erhält Tyler auch bei seinem Vater Besuch ... Georgie wendet sich an Chad, um mehr über die Besucher zu erfahren ...
Georgie befindet sich in der Gewalt der Besucher und sieht sich perfider Folter ausgesetzt. Dennoch weigert er sich, Namen zu nennen. Joshua gibt Ryan den Rat, nach John Mays altem Kommunikator zu suchen, um Kontakt halten zu können. Damit gelangt Ryan an den Ort zurück, wo ihn May zum Menschenfreund geformt hat ... Anna bewirbt ihr neues Programm. Chad erkennt Zusammenhänge zwischen den Kandidaten und konfrontiert Anna damit. Er versucht, die Besucher unter Druck zu setzen ...
Anna und Chad nehmen am Weltentwicklungsgipfel in Genf teil. Die Besucher wollen eine neue Energieform präsentieren und diese der Menschheit zum Geschenk machen. Anna hofft, die Welt von der "Blauen Energie" abhängig machen zu können ... In Queens werden drei ermordete Mietglieder der "Fünften Kolonne" aufgefunden. Offenbar stecken die Besucher hinter den Morden ... Ryan bringt es nicht übers Herz, Valerie die Wahrheit über sich zu sagen ...
Anhänger der Widerstandsbewegung versuchen aus dem Heckenschützen Jeffrey Barnes herauszubekommen, welches Motiv hinter den Morden steckt. Erica erfährt von Barnes' Ehefrau, dass dieser bei den Besuchern in der Schuld steht, da sie seine gelähmte Tochter geheilt haben ... Nach seiner Operation bietet Chad seine Hilfe bei der Suche nach Mitgliedern der "Fünften Kolonne" an ... Lisa beginnt, menschliche Emotionen zu entwickeln ...
Joshua informiert die Anhänger der Widerstandsbewebung darüber, dass Anna ein Shuttle mit Fährtenlesern auf die Erde schicken will. Sie sollen Ryans Spur verfolgen. Schon bald wächst unter den Widerständlern der Plan, das Shuttle abzuschießen. Über Chad, der von Jack gewarnt wurde, erfährt Anna von der Gefahr. Daraufhin lässt sie ein Shuttle mit toten Menschen bestücken, sorgt für den Abschuss desselben und stellt die Widerständler als Terroristen hin ...
Anna stellt Lisa als Opfer eines Angriffs der "Fünften Kolonne" dar. Als vermeintliche Tatverdächtige dienen Kyle Hobbes und der Wissenschaftler Lawrence Parker, der mit Kollegen zufällig ein Virus erschaffen hat, das als Waffe gegen die Besucher dienen könnte. Hobbes gelingt es, Parkers Aufenthaltsort ausfindig zu machen und seine Festplatte zu stehlen. Er will die Forschungsergebnisse an Marcus verkaufen ...
Anna lädt Erica und Tyler zum Abendessen ein. Die Widerständler wollen die Gelegenheit nutzen, Annas Brutstätte und sämtliche Eier zu zerstören. Zu diesem Zweck präpariert Hobbes Ericas Handtasche mit einer Bombe ... Chad kann sich nicht entscheiden, auf welcher Seite er steht. Schließlich denunziert er Mitglieder der Kolonne über eine Nachricht von Jack, die er eigentlich Joshua übergeben sollte. Auch Hobbes fährt weiterhin zweigleisig ...