Nach dem ereignisreichen Sommer versucht Veronica nun wieder ein "normales" Leben zu führen. Logan geriet nach der Verhaftung seines Vaters selbst in Verdacht, jemand getötet zu haben. Durch diese Ereignisse hat sich Logan so verändert, dass Veronica sich von ihm trennte. Nun ist sie wieder mit Duncan zusammen und gehört wieder zur Clique der angesagten Schüler. Mit Detektivarbeit will sie nichts mehr zu tun haben. Doch dann wird ausgerechnet Wallace aus dem Basketballteam geworfen, weil er Drogen genommen haben soll. Er bittet Veronica, seine Unschuld zu beweisen. Mit der Normalität ist es dann endgültig vorbei, als ein Schulausflug in einer Katastrophe endet ...
Nach dem schweren Busunglück, bei dem acht Menschen starben, steht Veronica noch immer unter Schock. Außerdem fühlt sie sich schuldig, weil Duncans Ex-Freundin Meg bei dem Unfall schwer verletzt wurde. Denn Veronica glaubt, dass Meg nur ihretwegen in dem Bus saß. Die Polizei kommt zu dem Schluss, dass der Busfahrer Ed den Unfall verschuldet hat, weil er depressiv gewesen sei und deswegen Medikamente genommen habe. Aber Eds Tochter glaubt nicht an die Selbstmordtheorie der Polizei und bittet Veronica, die Unschuld ihres Vaters zu beweisen. Keith Mars überlegt indessen, ob er sich erneut um den Posten des Sheriffs bewerben soll ...
Als Veronica erfährt, dass der Mann, den sie an der Unglücksstelle gesehen hatte, tot aufgefunden wurde und ihren Namen auf der Handfläche notiert hatte, beginnt sie sofort nachzuforschen. Zu ihrer Überraschung findet sie heraus, dass der Mann offenbar mit Aaron Echolls befreundet war. Gleichzeitig versucht sie im Auftrag von Cassidy herauszufinden, ob Kendall seinen Vater betrügt. Während sie Kendall beschattet, kommt sie aber viel mehr als nur einer Affäre auf die Spur, denn Cassidys Vater ist offenbar in illegale Machenschaften verwickelt. Außerdem stellt Veronica geschockt fest, dass der Mann, mit dem Kendall ihren Mann betrügt, Logan ist ...
Gegen den Willen ihres Vaters nimmt Veronica den Auftrag einer wohlhabenden Frau an, die wissen will, ob ihr Verlobter sie nur wegen des Geldes heiraten will. Während Veronica die Treue des Verlobten testet, beginnt sie allerdings plötzlich an Duncan zu zweifeln. Denn sie findet heraus, dass er seine Ex-Freundin Meg heimlich jeden Tag im Krankenhaus besucht. Keith beobachtet indessen misstrauisch, dass Alicia noch immer von dem mysteriösen Fremden verfolgt wird. Als er Alicia zur Rede stellt, behauptet sie, er sei ein Ex-Freund, der sie einfach nicht in Ruhe lassen würde. Doch dann findet Keith heraus, dass der Mann ein Cop ist und dass Alicia in Wahrheit Cherie Parker Saunders heißt ...
Wallace ist total durcheinander, seit sein leiblicher Vater aufgetaucht ist, und möchte von seiner Mutter wissen, warum sie ihn jahrelang wegen seines Vaters belogen hat. Veronica versucht sich Wallace zuliebe mit dessen Freundin Jackie anzufreunden, obwohl es ihr schwer fällt. Um ihren guten Willen zu beweisen, versucht sie Jackie dabei zu helfen, ihre gestohlene Kreditkarte wieder zu finden. Doch Jackie spielt ein falsches Spiel mit Veronica. Sheriff Lamb schreckt indessen vor nichts zurück, um Keith Mars als Konkurrenten um seinen Posten aus dem Rennen zu werfen. Dennoch erzählt Keith dem Sheriff, dass Veronica den Beweis dafür gefunden hat, dass das Busunglück kein Unfall war ...
Da Aaron Echolls wegen des Lilly Kane-Mordes überführt wurde, wird der zuvor als Täter verurteilte Abel Koontz aus der Haft entlassen. Doch er ist schwerkrank und möchte unbedingt noch einmal mit seiner Tochter Amelia sprechen. Da sie verschwunden ist, bittet er Veronica um Hilfe. Sie entdeckt tatsächlich eine viel versprechende Spur, erlebt dann aber eine unangenehme Überraschung. Indessen wird Logan erneut wegen Mordes an Felix Tombs verhaftet, weil ein Zeuge aufgetaucht ist. Im Gefängnis teilt er die Zelle ausgerechnet mit seinem Vater. Keith findet gleichzeitig einen neuen Hinweis im Fall des Busunglücks ...
Duncan erzählt Veronica, dass sich Meg kurz vor dem Busunglück große Sorgen um ein Kind gemacht hat, bei dem sie Babysitter war. Dieses Kind wurde offenbar von seinen Eltern psychisch misshandelt, und Meg wollte ihm helfen. Da Meg auf mehrere Kinder aufgepasst hat, ermittelt Veronica Undercover als Babysitterin, um das betroffene Kind zu finden. Doch die Spur führt überraschenderweise zu Megs kleiner Schwester. Veronica ermittelt aber auch noch in einer anderen Sache, denn Logan hat sie gebeten, Tom Griffiths zu überprüfen: Tom behauptet gesehen zu haben, dass Logan Felix Tombs getötet hat ...
Veronica und ihr Vater versuchen herauszufinden, wer die Eltern eines der beim Busunglück getöteten Jugendlichen terrorisiert. Da Mr. und Mrs. Oliveres die Schule wegen des Todes ihres Sohnes verklagen wollen, fürchten sie, dass die Schule sie unter Druck setzen will. Außerdem untersucht Veronica weiterhin den Mord an Felix Tombs, weil Logan sie gebeten hat, seine Unschuld zu beweisen. Eine Spur führt zu den Fitzpatricks, einer für ihre kriminellen Machenschaften berüchtigten, irisch stämmigen Familie. Als Veronica dennoch weiter nachhakt, gerät sie in große Gefahr ...
Veronica wird vom Vizedirektor der Schule zum Nachsitzen verdonnert, weil sie in sein Büro eingebrochen ist. Als sie zur Strafe die Schulakten sortiert, erfährt sie aus der Akte ihrer Mutter Lianne, dass diese einmal vom Unterricht suspendiert wurde. Veronica findet heraus, dass Lianne böse Gerüchte über die Schwangerschaft einer Mitschülerin verbreitet haben soll. Während des Abschlussballs ihrer Mutter wurde tatsächlich ein Baby ausgesetzt, aber die Suche nach der Identität von Mutter und Kind birgt weitere Überraschungen. Der größte Schock erwartet Veronica jedoch, als sie Meg im Krankenhaus besucht ...
Kurz vor Weihnachten hat Veronica einen heftigen Streit mit Duncan wegen Meg. Als wäre das noch nicht genug, erfährt sie auch noch, dass sie zur Geschworenen berufen wurde. Bei dem Prozess geht es um eine junge Frau mexikanischer Herkunft, die behauptet, von zwei Jugendlichen überfallen worden zu sein, die aus wohlhabenden Neptuner Familien stammen. Obwohl zunächst alles gegen die Frau spricht, zweifelt Veronica an ihrer Schuld. Keith hilft indessen Sheriff Lamb dabei herauszufinden, wer die belastenden Videobänder aus dem Aaron Echolls-Prozess gestohlen hat ...
Duncan macht vor den Augen vieler Mitschüler mit Veronica Schluss. Kurz darauf entführt er seine kleine Tochter, um sie vor Megs Eltern zu beschützen, und verschwindet mit ihr spurlos. Sheriff Lamb ist überzeugt, dass Veronica mit Duncan unter einer Decke steckt, und lässt sie verhaften. Auch Keith glaubt, dass Veronica in die Entführung eingeweiht ist, und versucht ihr klarzumachen, dass sie diesmal mit dem Sheriff kooperieren sollte. Wenig später schaltet sich sogar das FBI in die Ermittlungen ein. Obwohl sie eigentlich erklärte Gegner sind, suchen Logan und Weevil insgeheim gemeinsam nach dem Mörder von Felix ...
Veronica erfährt, warum Wallace wirklich zurückgekommen ist: Er war in Chicago zusammen mit Rashard, dem Basketball-Star seiner neuen Schule, in einen Unfall mit Fahrerflucht verwickelt. Als Wallace einem Reporter erzählt, dass Rashard derjenige war, der am Steuer des Wagens saß, nutzt Rashard seinen ganzen Einfluss, um Wallace die Schuld in die Schuhe zu schieben. Aber Veronica sucht entschlossen nach einem Weg, Wallace zu helfen. Außerdem soll sie für Weevil den Beichtstuhl in Neptunes katholischer Kirche verwanzen, um herauszufinden, wer aus Weevils Gang Geschäfte mit den Fitzpatricks macht ...
An der Neptune High wird ein Jahrmarkt veranstaltet, um einen Schulausflug zu finanzieren. Ausgerechnet Veronica wird dort die Kassette mit den Einnahmen gestohlen. Da der Verdacht zuerst auf sie fällt, sucht sie selbst nach dem wahren Täter. Neben Veronica wird Jackie verdächtigt, die in Ungnade gefallen ist, seit ihr Vater wegen des Busunglücks unter Anklage steht. Veronica hält dagegen Weevil für den Dieb. Er war zur Tatzeit an ihrem Stand und hatte seine kleine Nichte dabei, die einen auffallend großen Rucksack trug. Aber nach der Durchsuchung der Schulschränke deutet plötzlich alles auf Thumper ...
In Neptune werden mehrere Schüler überfallen. Wie sich herausstellt, richten sich die Angriffe gezielt gegen homosexuelle Teenager. Da die betroffenen Schüler darüber hinaus erpresst werden, bittet Ryan schließlich Veronica um Hilfe. Keith erklärt sich bereit, Terrence Cook zu helfen und nach Beweisen für dessen Unschuld zu suchen. Er findet tatsächlich heraus, dass Cook zur Tatzeit im Casino war und von dort unmöglich den Anruf tätigen konnte, der die Explosion im Bus ausgelöst hat. Aber dann entdeckt Veronica neue belastende Beweise. Dr. Griffith stellt indessen fest, dass sich seine Tochter Hannah mit Logan trifft ...
Veronica versucht herauszufinden, warum Janes Schwester Heidi kurz vor ihrer Hochzeit verschwunden ist. Die wohlhabenden Eltern von Heidis Verlobtem waren von der Wahl ihres Sohnes offenbar wenig begeistert und ließen Heidi überwachen. Keith informiert indessen Sheriff Lamb über den Sprengstoff, den Veronica in Terrence Cooks Garage entdeckt hat. Lamb verhaftet Cook, doch dann stellt Keith fest, dass ihm der Sprengstoff möglicherweise untergeschoben wurde. Der Staatsanwalt rät Logan, sich wegen Felix' Ermordung schuldig zu bekennen, denn dann würde er nur wegen fahrlässiger Tötung verurteilt. Aber Logan hofft noch immer, dass Hannahs Vater seine Falschaussage gegen Logan zurückzuzieht ...
Veronica begleitet Wallace zu einer Informationsveranstaltung des Hearst College und trifft dort zu ihrer Überraschung auf ihren Ex-Freund Troy Vandergraff. Er beteuert, sich geändert zu haben, aber Veronica ist skeptisch. Umso irritierter ist sie, als Troy sie tags darauf um Hilfe bittet, weil er beschuldigt wird, bei einer Party eine Studentin vergewaltigt zu haben. Keith versucht indessen seinem Freund Cliff zu helfen, dem eine Prostituierte die Mappe mit den Unterlagen zu Logans Prozess gestohlen hat. Hannahs Vater hat seine Aussage gegen Logan zurückgezogen, damit sich Logan künftig von Hannah fernhält. Aber Logan erzählt Hannah von der Abmachung mit ihrem Vater ...
Weevil bittet Veronica, ihm dabei zu helfen, endlich Felix' wahren Mörder zu überführen. Er hält inzwischen Thumper für den Täter. Veronica und Weevil finden tatsächlich den echten Zeugen des Mordes, aber er weigert sich, zur Polizei zu gehen. Logan gewinnt einen Schreibwettbewerb an der Schule und erhält dadurch ein Praktikum bei Bürgermeister Woody Goodman. Als er in dessen Post eine DVD mit seltsamen Aufnahmen aus Woodys Haus entdeckt, die offenbar heimlich gemacht worden sind, zeigt er die DVD Keith. Aber als Keith eine Spur entdeckt, entzieht ihm Woody plötzlich den Fall ...
Veronica hat jede Nacht Alpträume von dem Busunglück und verfolgt neue Hinweise, um endlich den Täter zu überführen. Als sie von der Universität Stanford angenommen wird, kann sie ihr Glück kaum fassen. Doch die Freude währt nicht lange, denn Veronica droht kurz vor der Ziellinie das Rennen um das Kane-Stipendium noch zu verlieren. Wallace und Logan sehen eine Chance, Veronica zu helfen, als sie zusammen für ein Schulprojekt eingeteilt werden. Indessen bittet die Schule Keith herauszufinden, ob es rechtens ist, dass plötzlich so viele Schüler wegen übermäßiger psychischer Belastung eine Sonderbehandlung bei den Prüfungen verlangen ...
Veronica verspricht einem Mitschüler herauszufinden, wer seinen Hund angefahren und getötet hat. Doch der Fall ist komplizierter als erwartet und bringt neue, überraschende Informationen über den Busanschlag ans Licht. Denn Gia hat den Wagen, der den Hund überfahren hat, gesehen, kurz bevor der Schulbus verunglückte. Veronica findet heraus, dass der Bus Liam Fitzpatricks Großmutter gehört. Gleichzeitig legt sich Weevil mit den Fitzpatricks an, weil sie seine alte Biker Gang terrorisieren. Keith überprüft indessen Kendall Casablancas Vergangenheit und stößt dabei auf ungeahnte Abgründe ...
Als der Abschlussball der Neptune High von der Schulleitung abgesagt wird, organisiert Logan einen Alternativ-Ball. Woody steigt mit einer seiner Wahlhelferinnen im Camelot Hotel ab. Als sie plötzlich bewusstlos wird, ruft er Keith an. Keith hilft ihm widerwillig, einen Skandal zu vermeiden, gerät dadurch aber selbst in die Schusslinie. Woodys Tochter Gia ist indessen sicher, dass sie verfolgt wird, und bittet Veronica um Hilfe. Obwohl Keith dagegen ist, übernimmt Veronica den Fall und findet heraus, dass der Schulhausmeister Lucky der Stalker ist. Doch bevor sie Gia warnen kann, lauert Lucky Gia mit einem Messer auf ...
Veronica ist zwar froh, dass der Aaron Echolls Prozess endlich beginnt, aber das Verfahren entwickelt sich nicht wie erhofft. Denn Aaron leugnet weiterhin, etwas mit Lillys Ermordung oder dem Mordversuch an Veronica zu tun zu haben. Er bittet seinen Sohn, vor Gericht zu lügen, um ihn zu entlasten. Aber Logan sagt wie Veronica und Keith gegen Aaron aus. An der High School sorgt indessen Lucky für Panik, als er mehrere Schüler mit einem Gewehr bedroht. Doch in der Waffe sind nur Platzpatronen. Kurz darauf durchsucht Veronica heimlich Woodys Computer - und findet tatsächlich einen Beweis dafür, dass der Bürgermeister selbst in den Busanschlag verwickelt ist ...
Veronica und ihre Mitschüler erhalten bei einer feierlichen Zeremonie ihre Abschlusszeugnisse. Keith macht sich gleich anschließend auf die Suche nach Woody, der die Stadt verlassen hat, bevor er verhaftet werden konnte. Veronica will inzwischen herausfinden, wem die dritte Stimme auf dem Tonband gehört, das sie bei Woody gefunden hat. Als ihr klar wird, dass Beaver für das Busunglück verantwortlich ist, versucht sie sofort Mac zu warnen, die gerade mit ihm zusammen ist. Doch nicht Mac liest die alarmierende SMS, sondern Beaver. Er lockt Veronica in eine Falle und versucht sie zu töten. Logan eilt Veronica zu Hilfe, aber Beaver hat nichts mehr zu verlieren ...