Veronica beginnt gemeinsam mit ihrem Freund Logan und ihren Freunden Wallace und Mac ihr Studium am Hearst College. Wallace bittet Veronica um Hilfe, als sein neuer Mitbewohner Piz bestohlen wurde. Während sie an seinem Fall arbeitet, findet sie heraus, dass der Campus-Serienvergewaltiger wieder zugeschlagen hat. Keith gerät unterdessen in Schwierigkeiten, als er einen kürzlich entlassenen Sträfling durch das Land transportiert, um ihn mit Kendall zusammenzuführen.
Veronica wird von der College-Zeitung angeheuert, die "Zeta Theta"-Schwesternschaft auszuspionieren, um hinter Parkers Vergewaltigung zu kommen. Im Laufe ihrer Ermittlungen wird Veronica jedoch klar, dass im Haus der Schwesternschaft nicht alles so ist, wie es scheint. Logan und Wallace nehmen in der Zwischenzeit an einem Gefängniswächter-/ Insasse-Rollenspiel für ihren Soziologiekurs teil, was sie psychisch fordert.
Kurt, ein Footballspieler der College-Mannschaft vermisst das Spielbuch, in dem unter anderem Spielzüge festgehalten werden. Er beauftragt Veronica, es zu suchen.
Als Logan erfährt, dass sein Erbe langsam aber sicher immer weniger wird, wird er mißtrauisch und bittet Veronica um Hilfe. Sie findet heraus, dass große Summen an Geld an einen jungen Mann namens Charlie Stone gegangen sind. Keith wird unterdessen von Harmony angeheuert, gegen ihren untreuen Ehemann zu ermitteln.
Es ist Halloween und während Veronica im geheimen Campus-Casino nach Logan sucht, wird dieses überfallen und der Dieb stiehlt Veronicas Halskette, die sie von Lilly geschenkt bekommen hatte. Der Direktor des Hearst College Dean O'Dell und seine Frau Mindy bitten unterdessen Keith um Hilfe, Steve zu suchen, den leiblichen Vater von Mindys Sohn, der tödlich erkrankt ist. Und Wallace, der von seinen neuen Freunden abgelenkt ist, hat Schwierigkeiten, seinen Maschinenbaukurs zu bestehen.
Claire, die ihre angebliche Vergewaltigung nur erfunden hat, wird nach Veronica Mars' Recherchen von Dekan O'Dell mit sofortiger Wirkung vom Hearst-College geworfen. Da Nish als Herausgeberin der Collegezeitung in seinen Augen wenig Objektivität in der Berichterstattung gezeigt hat, enthebt er sie ihres Amtes. Nish schwört Dekan O'Dell daraufhin im Beisein von Veronica Rache...
Veronica ist enttäuscht von Keith bezüglich seiner anhaltenden Beziehung zu Harmony, die mit ihm für ein Wochenende verreisen will. Während Veronica sich in das Zimmer von Wallace und Piz flüchtet, um ihre Ruhe zu haben, sucht Logan ihre Hilfe, um die Anschuldigungen gegen Mercer zu beseitigen, will ihr aber das Alibi nicht verraten.
Selma Rose, die wohlhabende Enkelin des Gründers des Hearst College und Mitglied des Vorstands verschwindet auf mysteriöse Art und Weise in der Nacht vor einer wichtigen Abstimmung, die die Zukunft des "Greek System" entscheidet. Keith wird von Dekan O'Dell angeheuert, dem Verschwinden nachzugehen. In der Zwischenzeit wird Veronica als Fotografin für die Hearst Free Press engagiert, und sie und Logan gerade in einen Streit wegen des Vergewaltigers.
Veronica Mars fällt aus allen Wolken, als ihr Freund Logan unerwartet die Beziehung beendet. Obwohl sie gegenüber ihren Freunden Mac und Wallace versucht, sich cool zu geben, leidet sie mehr unter der Situation, als sie zugeben will. Da ist es ihr nur recht, ein wenig Ablenkung zu haben, denn der Fall des Vergewaltigers vom Hearst College gerät buchstäblich wieder in die Schlagzeilen: In der Collegezeitung erscheint eine anonyme Anzeige, in der der Täter ankündigt, auf der anstehenden Party der "Pi Sigs"-Verbindung sein neues Opfer auszuwählen!
Keith stellt erste Ermittlungen im Fall Dean O'Dell an, da seine Frau nicht glaubt, dass es Selbstmord war. Veronica macht sich unterdessen auf die Suche nach einem vermissten Laboraffen. Bei Mac entwickelt sich derweil endlich wieder ein Privatleben.
Während Keith weiterhin im Fall O'Dell ermittelt, wird Veronica von einem Jungen gebeten, dessen Bekanntschaft aus einer Nacht ausfindig zu machen. Es stellt sich heraus, dass zwei Freunde ihm zu diesem Glück verholfen hatten, doch war nicht zu erwarten, dass er sich derart verliebt. Veronica kann sie natürlich ausfindig machen und es stellt sich jetzt die Frage, was bzw. wie fühlte sie?
Bonnie, die Freundin von Professor Landrys Assistenten Tim Foyle, hat ihr Baby verloren, nachdem ihr jemand heimlich die Abtreibungspille RU486 verabreicht hat. Bonnie beauftragt ihre Kommilitonin Veronica, herauszufinden, wer ihr das angetan hat...
Der Basketballtrainer wird nach einem Streit mit seinem Sohn Josh tot aufgefunden. Die Ehefrau geht daraufhin zu Keith, um seine Hilfe zu erbitten. Veronica muss sich der Untersuchungen annehmen, da ihr Vater sich um den Mordfall von Dekan O'Dell kümmert. Josh kann derweil aus dem Gefängnis flüchten und Veronica wird festgenommen, da man sie für seine Komplizin hält.
Veronica wird aus dem Gefängnis entlassen, während Mac, Parker, Logan und Bronson zur "Valentine's Day Savenger Hunt" gehen. Josh entscheidet sich dafür, das Land zu verlassen, nachdem er die Wahrheit über seinen Vater herausgefunden hat. Lamb macht derweil eine Untersuchung von Steves und Mindys Haus.
Jetzt, wo Keith wieder als Sheriff arbeitet, kann er dem Fall um den Tod des Dekans noch besser nachgehen. In der Zwischenzeit wird Prof. Landry in Gewahrsam genommen und Veronica schließt sich mit Tim zusammen, um ihm zu helfen. Gleichzeitig erfährt Veronica, dass Mindy O'Dell die Stadt verlassen hat.
Veronica wird angestellt, um etwas über eine Tat herauszufinden, die wahrscheinlich aus Hass zustande gekommen ist. In der Zwischenzeit findet Keith heraus, dass eine Bar Alkohol an Unter-21-Jährige ausgibt und dabei von der Polizei geschützt wird. Logan lädt unterdessen Veronica zu einer Party ein, die er für Parkers Geburtstag schmeißt. Wallace ermutigt Piz alles auf eine Karte zu setzen und Veronica seine Gefühle für sie zu gestehen.
Desmond Fellows, ein alter Rockstar, kommt nach Hearst für ein Charity-Konzert. Doch die Kassetten mit der Hintergrundmusik, die für das Konzert benötigt werden, sind verschwunden. Veronica wird von Piz, dem Konzertverantwortlichen, beauftragt, diesen Fall zu lösen. Während ihrer Untersuchungen stellt sie fest, dass Fellow sich als Alkoholiker und Verlierer darstellt. Keith fühlt sich derweil in seinem neuen Job sehr wohl, doch schon bald taucht ein neuer Kontrahent im Wettbewerb um die Stelle des Shetriffs auf.
Veronica ist offiziell eine Privat Detektivin, da sie ihr Examen bestanden hat. Piz macht ein Interview mit Apollo Bukenya, einem afrikanischen Student in Hearst, der ein Buch über seine Zeit als Kindersoldat im Bürgerkrieg von Uganda geschrieben hat. Veronica wird derweil von einem afrikanischen Mann gebeten zu beweisen, dass er Apollos Vater ist...
Noch eine Woche bis zu den Abschlussprüfungen, und Veronica Mars ist sowohl privat wie auch dienstlich schwer beschäftigt: Ihr Freund Piz hat damit zu kämpfen, dass Veronica die Sommerferien über nicht in Neptune sein wird, da sie ihr Praktikum beim FBI antritt. Seine Laune ist dementsprechend...
Wütend darüber, dass Logan Piz angegriffen hat, sagt Veronica Logan, dass sie nichts mehr mit ihm zu tun haben will. Parker konfrontiert Logan damit, dass er immer noch Gefühle für Veronica hat, während Piz Veronica versichert, dass er nichts mit dem Sexvideo zu tun hat. Veronica findet mit Weevils Hilfe heraus, wer dahinter steckt und trifft auf eine Person aus ihrer Vergangenheit.