Als ein Fischerboot auf hoher See von einer unsichtbaren Kraft erfasst und in die Tiefe gezogen wird, steht der Kommandant der „HMS Vigil“, Neil Newsome, vor einer schweren Entscheidung. Sein U-Boot befindet sich in der Nähe. Trotz Protesten des Offiziers am Sonar, Craig Burke, taucht die „Vigil“ nicht auf, um die Besatzung des Trawlers zu retten. Einige Stunden später liegt Burke tot in seiner Kabine. Die „HMS Vigil“ hat ballistische Interkontinentalraketen an Bord, gehört zum „Trident“-Programm der britischen Marine und ist auf Patrouille. Ihr Heimathafen ist im schottischen Dunloch. Innerhalb von 15 Minuten sind die Nuklear-Torpedos der „Vigil“ im Ernstfall feuerbereit. Die Patrouillen dienen der nuklearen Abschreckung. Auf seiner aktiven Mission darf das U-Boot unter keinen Umständen länger auftauchen oder einen Hafen anlaufen. Da Petty Officer Burke in britischen Hoheitsgewässern starb, muss die Navy die lokale Polizei informieren. DCI Amy Silva aus Glasgow soll Burkes Tod untersuchen. Bei einer Lagebesprechung mit ihrem Chef, Superintendent Robertson, und Konteradmiral Shaw erfährt Amy, dass sie ihre Arbeit an Bord der „Vigil“ durchführen muss. Mit einem Hubschrauber wird sie über dem tosenden Atlantik an ihren neuen Arbeitsplatz abgeseilt. Drei Tage lang soll sie an Bord bleiben. Amys Kollegin, DS Kirsten Longacre, soll parallel an Land ermitteln. Die beiden Frauen waren privat ein Liebespaar, haben sich bei der Arbeit kennengelernt. Die „Vigil“ ist für Amy eine enge, fremde, unbekannte Welt. Die Besatzung begegnet ihr teilweise mit Misstrauen. Craig Burke soll an einer Überdosis Drogen gestorben sein, aber bei Amys Untersuchung seiner Leiche ergeben sich Hinweise auf Fremdeinwirken, also Mord. Kommandant Newsome lässt Amy unter der Auflage ermitteln, gegenüber der Crew nicht von diesem Tatbestand zu sprechen. Kirsten findet in Burkes Appartement auf dem Festland einen versteckten USB-Stick, auf dem er Unglaubliches behauptet. Außerdem verhört sie Burkes Freundin, die Umweltaktivistin Jade Antoniak. Jade behauptet, Burke habe nie Drogen genommen.
Eine Reaktorstörung lenkt Kommandant Newsomes Aufmerksamkeit von Amy ab. Bei der Notabschaltung verletzt sich Ingenieur Gary Walsh und kommt auf die Krankenstation der „Vigil“. Das Boot muss mit Notstrom laufen und auf Seerohr-Tiefe fahren. Elliot Glover, der Coxon (Steuermann), sieht Amy bei ihren Ermittlungen über die Schulter. An Land: Als Kirsten die Adjutantin Branning befragt, erfährt sie, dass Walsh zwei Brüder hat. Burke hatte den Jüngsten wegen Mobbing angezeigt, woraufhin dieser sich das Leben nahm. Der mittlere Bruder, Sam, hat eine Vorgeschichte mit Drogen. Die Familie Walsh hatte also definitiv eine Rechnung mit Burke offen, die in einer Schlägerei in einem Pub gipfelte. Neben Walsh und Burke war Lieutenant Hadlow an der Schlägerei beteiligt. Er tut ebenfalls Dienst auf der „Vigil“. Kirsten informiert Amy. Diese konfrontiert Hadlow mit diesen Informationen. Lieutenant Commander Prentice, Erster Offizier der „Vigil“, ärgert sich über Amy, da sie aus seiner Sicht das Boot in einer schwierigen Situation gefährdet, und sperrt die Kommissarin kurzerhand in ihrer Kabine ein. Amy erleidet eine Panikattacke. Die Erinnerungen an den tödlichen Unfall kommen wieder hoch, bei dem sie ihren Freund Ian verlor. Später entkommt sie durch den Notausgang. Die „Vigil“ kollidiert beinahe mit einem Tanker, da sie wegen des Reaktorausfalls nahe unter der Meeresoberfläche fahren muss. An Land wird Kirsten Longacre von zwei Männern überrascht, die in Amys Wohnung eingebrochen sind, wo Kirsten auf Bitte Amys vorübergehend wohnt. Es kommt zu einem erbitterten Kampf, bei dem Kirsten am Hals verletzt wird. Doch die Männer entkommen. Kirsten vermutet, dass sie nach dem USB-Stick suchen, den sie in Craig Burkes Appartement gefunden hat. Auf der „Vigil“ konnte der Reaktor repariert und wieder hochgefahren werden. Neue Spuren führen zu einem neuen Verdächtigen: Lieutenant Commander Prentice wird von Amy lange verhört. Er hatte eine handgreifliche Auseinandersetzung mit Burke an dessen Todestag und mit dem Heroin falsche Spuren gelegt. Amy hat den Verdacht, dass Burke vergiftet wurde. Kirsten Longacre erhält einen nächtlichen Hilferuf von Jade Antoniak, Friedensaktivistin und Burkes Freundin, die nahe Dunloch in einem „Peace Camp“ lebt. Zuvor hatte Jade Kirsten erzählt, der MI5 würde das Camp ausspionieren. Jetzt will Jade sich mit jemandem treffen, der angeblich weiß, was wirklich mit Craig Burke passiert ist. Kirsten soll dazukommen. Doch als sie auf der Landstraße ankommt, liegt Jade unweit davon tot im Wasser.
Kirsten Longacre steht unter Schock, nachdem sie Jade Antoniaks Leiche gefunden hat. Sie vermutet, dass Craig Burke seiner Freundin geheime Informationen über das „Trident“-Programm der britischen Regierung weitergegeben hatte und deshalb beide getötet wurden. Amy Silvas erneute Untersuchung von Craig Burkes Leiche, die sich immer noch auf der „Vigil“ befindet, bestätigt ihren Verdacht: Burke wurde vergiftet. Da die Polizei in Glasgow die verschlüsselten Dateien auf Burkes USB-Stick öffnen konnte, ergeben sich weitere Verdächtige. Burke hatte Fotos von Bordärztin Tiffany Docherty und einem nicht zu erkennenden Mann beim Sex. Der Unbekannte hat ein auffälliges Drachen-Tattoo auf dem rechten Arm. Ein verschlüsselter Hinweis Kirstens lässt Amy den Mann auf einem Foto erkennen. Kirsten Longacre ermittelt einen verdächtigen Kontakt zwischen Jade und dem schottischen Abgeordneten Patrick Cruden. Sie befragt ihn, und er erklärt, tatsächlich vertrauliche Infos von Craig Burke und Jade erhalten zu haben. Außerdem gesteht Cruden, dass Jade seine uneheliche Tochter war, deren Existenz er vor seiner Frau verheimlicht. Mittlerweile hat die britische Navy den gesunkenen Trawler geborgen und an ihm Spuren eines U-Bootes gefunden. Doch es ist nicht die „Vigil“ und auch kein russisches Boot, sondern ein US-Boot der Los-Angeles-Klasse. Ohne Wissen der britischen Regierung haben sich die Verbündeten an die „Vigil“ gehängt. MI5, britischer Inlandsgeheimdienst, schaltet sich in die Ermittlungen ein. Gary Walsh, verzweifelt und betrunken, versucht, sich das Leben zu nehmen, aber Amy kann ihn retten. Sie fragt ihn nach einem Vorfall in Florida, zu dem Burke ebenfalls Material gesammelt hatte. Vor einiger Zeit hatte die „Vigil“ in Port Havers den Hafen angelaufen. Beim Landgang war es zu Alkohol-, Drogen und Gewaltexzessen der Mannschaft gekommen, zwei Techniker starben. Schlechte Presse war die Folge. Die Urin-Drogentests fielen jedoch allesamt negativ aus. Silva erfährt von Burke die Wahrheit über die Ereignisse in Florida, die von der Navy vertuscht wurden.
Amy Silva, deren Aufenthalt auf der „Vigil“ von drei Tagen auf drei Wochen verlängert wurde, wird durch einen Alarm aus ihrer Koje geschreckt. Die Mannschaft der „Vigil“ bereitet den Abschuss eines atomaren Sprengkopfes vor, und Amy will eingreifen. Das Ganze stellt sich jedoch als Übung heraus. Elliot Glover, Coxon (Steuermann) der „Vigil“, gibt Amy gegenüber zu, von Burke mit seiner Affäre erpresst worden zu sein. Amy droht, es Kommandant Newsome zu melden. Elliot kontert, die Besatzung hielte sie wegen ihres Verhaltens während der Übung für geistesgestört. Vor Newsome kommt es zur Konfrontation zwischen Amy und Glover. Daraufhin befiehlt Newsome Amy, sich in seiner Kabine auszuruhen. Kirsten Longacre wird vom MI5 zum Verhör einbestellt. Sie begegnet den Beamten mit Misstrauen, da sie glaubt, dass diese Jade Antoniak überwacht und das Friedenscamp infiltriert haben. Eine neue Spur führt von Jade zu einem Mann namens Peter Ingles. Aufnahmen von Überwachungskameras und sein Autokennzeichen verraten seinen Wohnort. Ingles, vermutlich Jades Mörder, entpuppt sich als russischer Spion mit diplomatischer Immunität. Die Polizei muss ihn gehen lassen. Ingles ist auch einer der beiden Männer, die Kirsten in Amys Haus überfallen haben. Ermittlungen der Navy und Hinweise auf Ingles’ konfisziertem Laptop legen nahe, dass er verschlüsselt mit einem U-Boot der Royal Navy kommunizierte. Das heißt, Burkes Mörder könnte ebenfalls ein russischer Spion sein, der sich weiterhin an Bord der „Vigil“ befindet und ihrer Mission schaden will. Die Navy will die „Vigil“ nun doch nach Dunloch zurückbeordern, aber der Befehl dringt nicht durch, da auf dem U-Boot alle Kommunikationssysteme ausgefallen sind. Amy erfährt, dass der Sohn von Bordköchin Jackie Hamilton vorzeitig aus einem Gefängnis in Indonesien entlassen wurde, wo er wegen Drogenbesitzes saß. Für Amy klingt das nach einem verdächtigen Deal. Sie untersucht Jackies Koje und findet Hinweise auf das Gift, an dem Burke starb. Als Amy Jackie zur Rede stellen will, liegt diese tot im Vorratsraum. Einen Moment später stürzt ein maskierter Mann auf die Kommissarin zu.
Der Mann mit der Gasmaske war Elliot Glover. Er hat Amys Leben gerettet, denn Teile der „Vigil“ wurden mit einem tödlichen Gift verseucht, gegen das es keine wirksamen Mittel an Bord gibt. Kommandant Newsome muss große Abschnitte des U-Bootes sperren lassen. Den Giftanschlag wertet er als einen Angriff auf die nationale Sicherheit Großbritanniens, der die geheime Mission der „Vigil“ dient. Der Tod Jackies wirft neue Fragen auf. Eine bei ihr gefundene Notiz legt nahe, dass sie erpresst wurde, Burke zu töten. Kirsten Longacres parallele Ermittlungen an Land ergeben weitere Resultate. Es gibt einen Verräter an Bord der „Vigil“, jemand, der vermutlich von den Russen rekrutiert wurde. Bereits der Ausfall des Reaktors war ein Sabotageakt. Jemand will die „Vigil“ zum Auftauchen zwingen und ihre Mission stören. Es sind bereits russische Schiffe in das Patrouillengebiet der „Vigil“ vorgedrungen und die Navy kann das Boot nicht warnen, weil der Funkkontakt abgebrochen ist. Über Peter Ingles’ Leidenschaft für die „Glasgow Rangers“ findet Kirsten eine Verbindung zu Ben Oakley. Sie kennt ihn aus dem Friedenscamp, er ist Aktivist und war mit Jade befreundet. Die Polizei durchsucht seinen Camper und findet Jades Laptop. Doch nach wie vor fehlt der entscheidende Hinweis auf die Identität des Saboteurs und Mörders an Bord der „Vigil“. Ben Oakley flüchtet sich zu Patrick Cruden und erzählt diesem, er habe fotografische Beweise dafür, dass die Russen einen Spion in Dunloch haben. Ben Oakley ist bereit, die Info öffentlich zu machen, aber er will diplomatische Immunität und deshalb in Edinburgh in ein Konsulat flüchten. Kirsten erhält diese Infos von Cruden, nachdem sie ihm klargemacht hat, dass Ben Oakley an Jades Tod beteiligt war. Amy und Glover unternehmen an Bord der „Vigil“ eine gefährliche Mission: Im überhitzten, abgesperrten Raketenbereich untersucht Amy Jackies Leiche, während Elliot die Schutzanzüge sichert. Mit Eiswürfeln gefüllte Taucheranzüge sollen sie schützen. Elliots Taucheranzug reißt am Bein auf. Er wird kontaminiert. Aber er kann das Gift sicherstellen, das Jackie tötete. Amy und Elliot Glover retten sich mit letzter Kraft aus der kontaminierten Zone. Glover entsorgt das Gift. Als Amy sich total erschöpft in Sicherheit wähnt, passiert es: Doward, der Offizier, der für Burke am Sonar einsprang und mit Amy auf die „Vigil“ kam, schlägt Amy nieder und steckt die wehrlose Polizistin in ein Torpedorohr, das er flutet.
Showdown auf der „HMS Vigil“. Matthew Doward versucht vergeblich, einen lästigen Zeugen zu beseitigen, der ihn als russischen Spion identifizieren kann, und Elliot Glover auf der Krankenstation zu töten. Das Gift, das Steuermann Glover verletzte, wird mithilfe einer Bleichmittel-Dekontamination auf dem Raketendeck beseitigt. Aber auch den Bleichmittel-Dämpfen darf ein Mensch sich nicht längere Zeit ungeschützt aussetzen. Amy Silva ist im Torpedorohr gefangen, in das Wasser einläuft. Sie gibt Klopfzeichen, die auf der Brücke der „Vigil“ vom Ersten Offizier Mark Prentice als Morsezeichen gedeutet werden. Prentice folgt den Morsezeichen und befreit Amy. Doward lauert Prentice auf. Es kommt zu einem unerbittlichen Zweikampf zwischen den beiden Männern, den Prentice mit dem Leben bezahlt. Amy flieht vor Doward durch das Boot. Doward hat ein Außenventil der „Vigil“ geöffnet. Jetzt strömt mehr als eine Tonne Wasser pro Sekunde in das U-Boot ein. Solche Mengen können kaum noch abgepumpt werden. Die Besatzung versucht verzweifelt, das Ventil zu schließen. Gary Walshbemüht sich unterdessen, das defekte Kommunikationssystem der „Vigil“ wieder herzustellen. Kirsten Longacre kann Ben Oakley in Edinburgh verhaften, kurz bevor er das chinesische Konsulat erreicht. Schließlich bekommt auch die Admiralität in Dunloch Informationen zur Notlage der „Vigil“. Dowards sollte im Auftrag der Russen das U-Boot zum Auftauchen bringen und damit die britische Atomabwehr diskreditieren. Letzteres kann verhindert werden, nachdem Matthew Doward überwältigt und von Amy verhaftet wird. Wieder an Land wohnt Amy Matthew Dowards langem Verhör durch Kirsten Longacre bei. Auch privat haben die beiden Frauen noch etwas zu klären.