Peter wird angeklagt und sitzt im Gefängnis für den Mord an Senator Pratt, den eigentlich Neals Vater begangen hat. Doch der ist nirgends aufzutreiben. Nun liegt es an Neal Peters Unschuld zu beweisen. Er und Mozzie finden einen Weg, neue Beweise vorzulegen. Doch dafür müssen sie sich auf ein gefährliches Spiel mit einem ehemaligen Feind einlassen. Unterdessen beginnt jemand Verdacht zu schöpfen als ein Münzraub verübt wird. Außerdem steht Peter vor einer beruflichen Veränderung.
Peter besorgt einen neuen Betreuer für Neal. Dessen Loyalität wird auf die Probe gestellt, als eine Ermittlung Mozzie in den Mittelpunkt rückt. Der neue Agent, David Siegel hat bereits Erfahrung im Umgang mit kriminellen Informanten, doch ist er auch Neal gewachsen? Diana will trotz Schlafmangel nicht nach Hause gehen. Unterdessen macht Peter sich Gedanken, ob er Neal noch vertrauen kann.
Peter findet sich auf seinem neuen Posten nicht ganz zurecht, während Neal den Überfall auf ein Museum koordiniert. Gemeinsam mit Mozzie arbeitet er an dem nächsten Befehl vom Dutchman und der hat mit einem mysteriösen Buch zu tun, das niemand öffnen darf. Um daran zu kommen muss er auch seinen neuen Betreuer Agent Siegel hinters Licht führen, der Neal derweil zwar nicht vertraut, ihm aber seine Vergangenheit anvertraut.
Peter schickt Neal undercover zu der Psychiaterin Dr. Summers, die mit ehemaligen, reformwilligen Patienten arbeitet. Nachdem ein verwirrter Mann beim FBI auftaucht, der offenbar einen Überfall begangen hat, an den er sich nicht erinnern kann, gerät Dr. Summers ins Visier des Teams. Neal begibt sich in Gefahr und versucht mit Mozzie seine Geheimnisse zu beschützen, doch das bringt ihn in eine anderen, unangenehme Lage.
Neal muss als Butler undercover gehen, um einen Betrüger zu entlarven, der an das Erbe einer Familie aus Manhattan gelangen will. Der entscheidende Tipp kommt von Elizabeth, die mit der Familie um den Patriarchen William befreundet ist. Unterdessen kämpft Peter gegen eine Grippe und erhält dabei Unterstützung von einer überraschenden Seite, nämlich durch Mozzie.
Peter und Neal müssen als Eisskating-Pros undercover gehen um einen Ring aus Passfälschern in Little Odessa auffliegen zu lassen. Dabei darf Peter dieses Mal den Hauptact geben. Er kann das Vertrauen der Eiskunstläuferin Katya gewinnen, die ihm wertvolle Beweise gegen den Mob-Boss Sergej liefert. Unterdessen verfolgt Neal seinen ganz eigenen Plan mit dem Codex. Er und Mozzie versuchen tatkräftige Unterstützung von Rebecca zu bekommen, die ihnen eine überraschende Offenbarung macht.
Während Neal gemeinsam mit Rebecca tiefer in das Geheimnis des Codex' eintaucht, nimmt Peter einen klassifizierten Spionagefall mit einer FBI-Agentin an, seiner Ex-Freundin Jill. Das treibt Elizabeth in eine ungewohnte Eifersucht. Sie wendet sich an Mozzie um Rat. Unterdessen bekommen Neal und Jones einen Tipp, wo Siegels Dienstmarke sein könnte.
Neal und Peter nehmen einen beispiellosen Fall für das Museum of Natural History an: Ein gestohlenes Tyrannosaurus Rex-Skelett und das dazugehörige Ei sind gestohlen worden. Schnell kommen sie auf die Fährte von Brett Forsythe, ein reicher Sammler, der ganz offensichtlich etwas zu verstecken hat. Als Neal mit einem Ablenkungsmanöver undercover geht, gerät er plötzlich in große Gefahr. Unterdessen zeigt Peter sich als überraschender Kenner der Materie.
Peter wendet sich einem ungeklärten Fall von Diebstahl zu, was Neal beunruhigt, denn er ist einer derjenigen, die das Verbrechen begangen haben. Mit dem richtigen Instinkt und ein bisschen Glück erfährt Peter ein großes Geheimnis, das die Freundschaft zwsichen den beidne an ihre Belastungsgrenzen bringt. Auch Rebecca sieht sich einer komplizierten Wahrheit gegenüber. Doch schon bald könnte Neals Situation sich grundlegend zum Schlechteren verändern.
Ein Leben ist in Gefahr als Hagen Neal seinen letzten Auftrag gibt und Peter bekommt ein verlockendes Angebot, was ihn vor eine schwierige Entscheidung stellt. Während Neal und Mozzie sich bemühen, das letzte Geheimnis des Codex zu lüften, findet Peter eine heiße Spur in einem anderen Fall, die ihn direkt zum Dutchman zu führen scheint. Doch nach einem alles verändernden Zwischenfall finden Neal und Peter verstörende Beweise in einer Wohnung, die bis zu dem Mord an Siegel zurückreichen könnten.
Als Neal und Peter versuchen mehr über Rebeccas Doppelleben in Erfahrung zu bringen, müssen sie sich auf ein gefährliches Spiel einlassen, das besonders von Neal viel abverlangt. Sie stellen fest, dass vielleicht nicht alles gelogen war, was Rebecca in der letzten Zeit von sich gegeben hat. Unterdessen erhalten Peter und Elizabeth Neuigkeiten zu ihrem möglichen Umzug und neuen Karriereschritten in Washington.
Als ein Fall von Industriespionage eine persönliche Bindung zu Neal hat, wirbt Peter Diana aus der Mutterschaftspause an, um an einem Undercovereinsatz auf einen dubiosen Aktienhändler teilzunehmen.
Peter und Neal begeben sich auf einen Wettlauf gegen ein kriminelles Superhirn um einen wertvollen Schatz zu finden, der in New York versteckt ist.