In der Abteilung des suspendierten Jack Malone erscheint Clark Medina, der neue Boss. Er tritt sehr selbstbewusst, arrogant und besserwisserisch auf, sodass Spannungen vorprogrammiert sind. Zugleich fordert er sofortige Aufklärung aktueller und zurückliegender Fälle von Kindesentführungen. Vor drei Jahren wurde die kleine Lindsey, Tochter des geschiedenen Elternpaares Julia und Ryan Mitchell, entführt. Ryan sucht seither wie verbissen seine verschwundene Tochter ...
Auf einer Party in seinem Nobelclub stellt Nick Selat seiner Marketingleiterin Sara Kent Kim Morgan vor - die Ehefrau von Richter Morgan, mit dem Sara schon längere Zeit ein Verhältnis hat. Sara ist genervt und verlässt nach einem Anruf ihrer Kollegin und Freundin Jackie Bell frühzeitig die Party. Kurz darauf wird sie aus einem Taxi gezerrt und entführt. Medina, Jack und die anderen nehmen sich des Falles an und stoßen dabei auf sehr pikante Machenschaften ...
Der Broker Alan Reynolds hat vor Gericht Anlagebetrug im großem Stil gestanden und bekommt deshalb nur 14 Monate Haft. Seinen Partner Gerratt erwarten jedoch 15 Jahre. Bei der Überführung zum Gericht gelingt Reynolds die Flucht. Später stellt sich heraus, dass er den ehemaligen Gefängnisinsassen Roger Graham mit der Aussicht auf einen 10 Millionen Dollar-Bankraub animierte, ihm zu helfen. Das FBI-Team um Jack nimmt sich des Falles an...
Der 17-jährige Schüler Will Duncan gerät in eine schwere Krise, als sein großes Vorbild, sein Vater Mark Duncan, der als Fälschungsspezialist beim Secret Service arbeitet, fremdgeht. Will ist erschüttert, ebenso seine Mutter Lisa. In einer Art Trotzreaktion beginnt Will, nicht nur die Schule zu schwänzen, sondern bringt auch gefälschte Dollar in Umlauf, die sein Vater für Vorträge vor Bankern bei sich zu Hause hat. Wenig später wird Will auf der Straße angegriffen und verprügelt.
Fran ist Zeugin eines Doppelmordes an ihrem Bruder Tyler und dessen Frau Diane. Das Ziel des Anschlages sollte sie eigentlich selbst sein. Wie sich später herausstellt, ist der Täter Richard, ein Junkie sowie Freund ihrer Tochter Carla. Um Carla zu schützen, gibt Fran gegenüber dem FBI an, ihr gewalttätiger Ehemann Andrew Costello sei der Täter gewesen. Am Tatort wird sie von Ariana, einer lesbischen Psychologin, betreut. Kurz darauf ist Ariana verschwunden...
Die Bankerin Erin MacNeil und ihr Mann Larry versuchen seit längerer Zeit, ein Baby zu bekommen - vergeblich. In ihrer Bank hat ihr Vorgesetzter Jay sie in die ungeliebte Hypothekenabteilung versetzt, wo sie sich mit Zwangsvollstreckungen von Häusern auseinandersetzen muss und sich viele Feinde macht. Eines Abends beobachtet eine Nachbarin einen Streit zwischen Erin und einem fremden Mann - kurz darauf ist Erin verschwunden...
Chris trainiert wie besessen mit seinem Rennrad für die Aufnahme an der Polizeiakademie. Dabei kommt es eines Nachts zu einem Unfall: Das Licht von Chris' Rad geht plötzlich aus, sodass der Trucker Ray Bennet ihn nicht sehen kann. Es kommt zu einer Kollision, infolgedessen Chris querschnittsgelähmt ist. Dass er selbst an dem Unfall Schuld ist, verschweigt er und da er bei seinem Bruder einige Schulden hat, beschließt er, aus der ganzen Sache einen Versicherungsfall zu machen...
Rob Simms, der vor 15 Jahren während seiner Jugend in L.A. Junkie und Alkoholiker war, arbeitet inzwischen in New York als Geschäftsführer einer Fluggesellschaft. Dort verunglückt der Techniker Kyle Ryan tödlich, und Rob gibt sich die Schuld. Ursache waren aber eher Sparmaßnahmen, die vom Vorstand und von Robs Vorgesetzten Spence angeordnet wurden. Rob geht ungeladen zum Trauergottesdienst und ist kurz danach verschwunden. Jack und seine Kollegen machen sich auf die Suche ...
Die Ärztin Erica Loza hat, gegen die Anweisung ihrer Vorgesetzten Sally Moss, den schwerkranken Patienten Mister Lewis in ein anderes Krankenhaus überwiesen - dort ist er verstorben. Die Todesursache war eine Einlagerung im Gehirn. Kurz danach ist Erica verschwunden, zuvor war sie von Mister Lewis jr. massiv beschimpft worden. Die FBI-Einheit von Jack Malone nimmt die Ermittlungen auf und stößt auf ärztliche Kunstfehler sowie Medikamentendiebstahl ...
Ben Coleman, ein egozentrischer, eitler Wetterfrosch bei einem Fernsehsender, fällt während seiner Moderation mit einer scheinbaren Stichverletzung auf, überspielt dies aber und ist anschließend verschwunden. Jack und sein Team finden heraus, dass er einen hochdotierten Job in Philadelphia-Anaheim in Aussicht hatte. Aus Karrieregründen nimmt er nicht einmal Rücksicht auf seine Verlobte Emma, die sich daraufhin von ihm trennt ...
Zwei getrennt lebende Eheleute streiten um das Sorge- und Besuchsrecht für ihre Tochter. Das Zerwürfnis eskaliert, als die Mutter die 13-Jährige kurzerhand kidnappt. Doch wenige Stunden später ist das Mädchen komplett verschwunden. Die FBI-Vermissten-Einheit um ihren Chef, Special Agent Jack Malone, übernimmt den Fall.
Ken betreibt ziemlich erfolglos eine Bar. Seine verstorbene Frau hat ihm eine Statue der Heiligen Theresa hinterlassen, die plötzlich zu weinen scheint. Sofort sehen die Gäste in ihr etwas Heiliges, was sich wie ein Lauffeuer verbreitet. Aus Geldnot kommt Ken auf die Idee, neben der Statue einen Karton für Gebete aufzustellen, die man gegen einen Obolus dort einwerfen kann; die Leute machen davon regen Gebrauch. Kurze Zeit später sind Ken und die Statue verschwunden ...
Zum Serienfinale muss Agentin Elena Delgado (Roselyn Sanchez) noch einen besonders nervenaufreibenden Fall lösen. Polizistin Bianca, mit der sie vor ihrem Job beim FBI zusammenarbeitete, ist nach einem verpatzten Undercovereinsatz verschwunden. Das Team um Jack Malone (Anthony LaPaglia) begibt sich auf die Suche. Die Fahndung stellt sich für Elena schnell als Alptraum heraus, weil dadurch immer mehr unangenehme Erinnerungen ans Licht kommen.
Die Nachbarinnen Julie Fisher und Cate Connelly trinken gemeinsam eine Tasse Kaffee, als ein Mann gewaltsam in Cates Haus eindringt und beide Frauen entführt. Das FBI-Team um Jack Malone (Anthony LaPaglia) steht vor einem Rätsel. Als Julie schließlich angeschossen aufgefunden wird, scheint es, als sei Cate das eigentliche Ziel des Entführers. Den Ermittlern bleibt wenig Zeit, die Frau lebend zu finden.
Ein Collegestudent verschwindet - an sich ein gewöhnlicher Fall. Jack Malone (Anthony LaPaglia) und sein Team ermitteln jedoch, dass der Vermisste ein Hochstapler mit diversen Identitäten ist.
Kara und ihr Sohn Hayden besuchen Giselle in der Sporthalle des Gemeindezentrums, wo diese Unterricht in Selbstverteidigung gibt. Nachdem ein Feueralarm ausgelöst wurde, sind Kara und ihr Sohn verschwunden. Das FBI-Team um Jack Malone macht sich an die Arbeit. Im Laufe der Ermittlungen stellt sich heraus, dass das Ganze eine selbst inszenierte Entführung war. Jonah, Haydens Vater, ist auf der Flucht vor Brody. Gemeinsam haben die beiden vor fünf Jahren einen Überfall verübt ...
Der junge Psychologe Zack arbeitet für die Firma Tri-Quest. Diese ist für die Auswahl Geschworener vor Gericht zuständig. In einem Fall, in dem es um die Verteidigung eines Chemiekonzerns geht, arbeitet er konsequent für den Angeklagten. Als seine Freundin Liza betrunken mit dem Auto verunglückt, verändert sich in Folge seine ganze Persönlichkeit. Er will nur noch für die Gerechtigkeit kämpfen, und das ausgerechnet im niedergeschlagenen Fall des Mafioso Malucci ...
Der Psychologe Justin Morgan rettet eine junge Frau vor dem Selbstmord und ist anschließend verschwunden. Jack Malone und sein Team machen sich auf die Suche nach ihm. Im Laufe der Ermittlungen stellt sich heraus, dass Justin einen Bruder namens Matthew hat, der wegen Vergewaltigung im Gefängnis sitzt. Beide hatten eine schwere Kindheit, mit brutalem Vater und hilfloser Mutter. Justin will unbedingt die Unschuld seines Bruders beweisen ...
Lana Peters, eine gebürtige Russin, wurde Jahre zuvor vom Menschenrechtsaktivisten Jake aus Russland in die USA geholt. Mittlerweile betreibt sie eine Partnervermittlung für einen gehobenen Kundenkreis. Als Lana plötzlich verschwindet, nehmen Jack Malone und sein Team die Ermittlungen auf. Es stellt sich heraus, dass Lana ihren angeblichen Bruder Dimitri, der aber ihr politisch verfolgter Geliebter war, aus Russland in die USA holen wollte ...
Milliardärssohn Keith Anderson, Besitzer einer Ski-Produktion, ist mit seinem Privatflugzeug über einem Waldgebiet in Pennsylvania abgestürzt. Nun fehlt jede Spur von ihm. Auf der Suche nach Anderson gelangt das Team um Jack Malone bald zu der Erkenntnis, dass dessen schwerreicher Vater seine Finger im Spiel haben muss. Unterdessen erfährt Martin verwirrende Neuigkeiten über Freundin Kim (Vanessa Marcil).
Die Journalistin Molly Samson wird von der Promi-Klatschabteilung einer Internetplattform in die Abteilung zur Aufklärung politischer Affären und Skandale befördert. Getrieben von falschem Ehrgeiz konstruiert sie hemmungslos eine Geschichte gegen den Abgeordneten Raymond Walsh. Nach einem Treffen mit einem Privatdetektiv ist Molly plötzlich verschwunden. Jack Malone und sein Team machen sich auf die Suche nach der Journalistin ...
Mike, ein junger Vater, kauft für seinen Sohn eine DVD für Kinder. Als er sich das Video gemeinsam mit seiner Frau ansieht, stellt sich heraus, dass es sich um eine Mischung aus Kindertrickfilm und dem Quälen einer jungen Frau handelt. Schließlich landet die DVD in Jack Malones Händen - sein Team nimmt die Ermittlungen auf. Es stellt sich heraus, dass die junge Frau in dem Video die vermisste Chinesin Stacey Jian ist, die gemeinsam mit ihren Eltern in Chinatown lebt ...
Shay, der Freund von Jacks Tochter Hannah, kommt überraschend nach New York. Hannah und Shay halten seine Anwesenheit zunächst geheim, doch Jack kommt bald hinter das Geheimnis seiner Tochter. Floh Shay vor seinem gewalttätigen Vater oder wollte er einfach nur bei Hannah sein? Als Shay plötzlich verschwunden ist, macht sich das FBI auf die Suche. Es stellt sich heraus, dass Shay Kontakt zu dubiosen Leuten in New York hatte ...
Das Team sucht nach einem Mann, der nach einem nächtlichen Tauchgang vermisst wird, und versucht herauszufinden, wer für dessen Verschwinden verantwortlich ist. Unterdessen heben Danny und Elena ihre Beziehung auf eine neue Ebene.