Vor zehn Jahren haben die Hirten die Menschen sterilisiert. Jackson Oz hat eine neuen Identität angenommen, arbeitet als Evakuierungskämpfer und bringt Menschen vor den Hybriden in Sicherheit. Jamie ist weiterhin auf der Jagd nach den Hirten, auch wenn Logan sie davon abzuhalten versucht. Mitchs Tochter Clementine hat herausgefunden, dass ihr Vater noch lebt. Mitch gelingt die Flucht.
Jackson und Logan finden heraus, dass Abigail Westbrook bei den Hybrid-Angriffen ihre Finger im Spiel hatte. Indessen haben Jamie, Clementine und der von Jamie gefangen gehaltene Hirte Mansdale Informationen gesammelt, um Mitch endlich befreien zu können. Mitch gelingt zusammen mit einer jungen Frau, die sich als seine Tochter ausgibt, die Flucht. Als sie auf die richtige Clementine treffen, kommt es zu einem verhängnisvollen Zwischenfall …
Isaac wurde von Reiden Global für Versuchsreihen verschleppt. Jonah, ein ehemaliger Kollege von Abe, bietet seine Hilfe an, da er sich verantwortlich fühlt. Der Versuch, Isaac zurückzuholen, misslingt jedoch. Durch einen Sprach-Aussetzer stößt Mitch derweil auf einen Stick in seinem Kopf, den die Hirten entwickelt haben. Mitch steht vor einer schweren Entscheidung: Bleibt der Stick im Kopf, stirbt man nach drei Monaten; entfernt man ihn, verliert man sein komplettes Gedächtnis.
Das Team schafft es, vor den Hybriden zu fliehen. Als ihnen klar wird, dass die fliegenden Hybriden durch Lockrufe gesteuert werden, versuchen Jackson und Abe eine Lösung zu finden, um die Feinde aufzuhalten. Außerdem wollen sie Abigail zur Rechenschaft ziehen.
Abraham, Dariela und Jackson konnten den Locksender ausfindig machen und in ihre Gewalt bringen. Sie entschließen sich, das Gerät mitsamt Jamies Auto in einen Vulkan zu werfen, damit die Hybriden sich ebenfalls in den Vulkan stürzen. Allerdings bemerken sie dabei nicht, dass Mansdale aus dem Laderaum entkommen konnte und sich in Jamies Wagen versteckt hatte …
Das Team konnte die entführten Kinder lokalisieren und plant deren Befreiung. Dabei kommt der perfide Plan Abigails zum Vorschein, die durch einen Hinterhalt noch einmal entkommen konnte. Derweil sind Jamie und Mitch auf der Suche nach einer unsichtbaren Riesenschlange, dem nächsten Hybriden …
Die angeschossene Abigail wird von ihren Hybriden gerettet. Als sie wieder zurück im Camp ist, wird sie zur schnellen Heilung in den Stasis Tank gesteckt. Derweil befreit Mitch Clementine aus den Händen einer Vereinigung, die sich die „Gentleman“ nennen. Deren Plan: Sie wollten die hochschwangere Clementine an den Höchstbietenden versteigern. Parallel versucht das Team, Isaac zu finden.
Abigail verfolgt einen perfiden Plan: Sie kidnappt Jackson, um so an Informationen zu gelangen, wie er die Tiere beeinflussen kann. Zunächst weigert er sich hartnäckig, doch schließlich provoziert sie ihn so lange, dass er vor Wut fast durchdreht und ihr sein Wissen preisgibt. Derweil versucht das Team im Flugzeug, einen Absturz zu verhindern. Es stellt sich heraus, dass Abigail einen Hybriden an Bord geschleust hat, der die gesamte Bordelektronik zerstört.
Jamie gelingt es, das Flugzeug kurz vor dem Absturz hochzuziehen. Mitchs Alter Ego Duncan ist nicht mehr an Bord, und Clem ist auch unverletzt. Als Jamie Signale von Mitchs Handy empfängt, macht sie sich gemeinsam mit Max und Abe auf die Suche nach ihm. Währenddessen hat Garrisons Team im Schwarzwald das Hybrid-Nest zerstört. Allerdings gab es durch toxische Spuren Tote …
After Jackson attacks Abigail, the team rushes to save her as her life hangs in the balance.
As the team is trapped inside the plane by toxic spores surrounding them, complications arise during the delivery of Clementine’s baby.
After the team’s plane suffers a catastrophic accident in the hybrid zone, Dariela and Tessa set out on a rescue mission to save them.
Season Finale. The team races to stop the hybrids from breaching the barrier wall by shutting down the last beacon that draws them in.