Cole Farragout, ein Mann aus dem Unterstützerteam des frisch gewählten Bürgermeisters, wurde tot aufgefunden. Frank Reagan, der Chef des New York City Police Departments, untersucht persönlich den Tatort. Der Bürgermeister lässt bei seinem obersten Polizisten durchblicken, dass er es gerne sähe, dass die Medien den Tod seines Mitarbeiters als zufälligen Akt der Gewalt darstellen. Währenddessen nimmt Jamie, Franks jüngster Sohn, im Rahmen seiner Ausbildung an seinem ersten Undercovereinsatz teil, der sich gegen gefährliche Drogenhändler richtet. Jamie nähert sich in einer Bar einem verdächtigen Gast.
Danny, der älteste von Frank Reagans Söhnen, trifft während eines scheinbar ungefährlichen Routineauftrags eine fatale Fehlentscheidung. Weil er bei seinem Gegenüber eine Waffe bemerkt, schießt er auf den Mann und verletzt ihn schwer. Bei dem Angeschossenen handelt es sich allerdings um einen verdeckten Ermittler der New Yorker Polizei. Jetzt hat Danny die Abteilung für Interne Angelegenheiten am Hals, die seine Zurechnungsfähigkeit überprüft. Währenddessen leidet Jamies Selbstvertrauen.
Drei Männer versuchen, eine Bank auszurauben. Als die Situation immer mehr außer Kontrolle gerät, nehmen sie die Anwesenden als Geiseln. Danny Reagan, der mit seinem Vater Frank und einem polizeilichen Großaufgebot vor Ort ist, erkennt in einem der Geiselnehmer einen ehemaligen Polizisten und alten Freund Franks. Dem Polizeichef wird schnell klar, dass sich der Mann aus Sorge um seine schwer kranke Tochter, deren Behandlung viel Geld kostet, zu dem Überfall hat hinreißen lassen. Jamie arbeitet währenddessen erstmals mit seiner neuen Partnerin Luisa Sosa zusammen.
In einem Park wurden bei einer Schießerei drei Jugendliche getötet. Zunächst sieht es nach einem Akt der Willkür aus, weder Danny noch Jackie können ein Motiv für die Bluttat erkennen. Doch damit will sich Danny nicht zufrieden geben. Frank Reagan wird von seiner beruflichen Vergangenheit eingeholt: Moderne DNA-Tests beweisen, dass Frank vor 18 Jahren als junger, unerfahrener Polizist einen Mann unschuldig als Serien-Vergewaltiger hinter Gitter gebracht hatte. Obwohl die Fälle inzwischen verjährt sind, öffnet Erin die Akte erneut und lässt Frank den wahren Täter suchen.
Jamie ermittelt wieder undercover als „Jimmy Reardon“, als Noble, der Kronprinz des Gangsterbosses Phil Sanfino, ihn zur großen Eröffnungsfeier seines neuen Restaurants einlädt. Der Nachwuchs-Gangster war in einer Entzugsklinik, nachdem Jamie ihn mit einer Überdosis ins Krankenhaus gebracht und damit sein Leben gerettet hatte. Die beiden Großväter Frank und Henry sind indessen froh, endlich einmal Babysitter bei Sean und Jack spielen zu dürfen, weil Danny und Linda zu einem romantischen Wochenende unterwegs sind. Doch ein neuer Fall macht den beiden einen Strich durch die Rechnung.
Frank muss eine politische Krise durchstehen: Nach einem falschen Notruf fahren Jamie und Renzulli zur Kirche einer afroamerikanischen Gemeinde und werden dort vom Sicherheitspersonal mit Gewalt am Betreten gehindert. Jamie wird leicht verletzt, während Renzulli sogar ins Krankenhaus muss. Frank und Danny müssen verhindern, dass Reverend Darnell Potter, der charismatische Leiter der Kirche und ein politischer Freund des neuen Bürgermeisters, Rassenunruhen provoziert. Während der Druck von Presse, Öffentlichkeit und Bürgermeister wächst, reagiert der Chief mit einer finanziellen Überprüfung.
Jackie wird undercover als Lockvogel eingesetzt. Sie soll in einer sehr gefährlichen Aktion einen Serienkiller überführen, der Prostituierte in Hotelzimmern ermordet. Ihr Partner Danny ist alles andere als begeistert, dann aber doch bereit, auf Jackie aufzupassen. Währenddessen trifft Erin in einer Kunstgalerie einen potenziellen Verehrer, der offensichtlich auch ihre Interessen teilt.
Ayla Demir ist in den Tod gestürzt. Die ermittelnden Beamten Danny und Jackie gehen zunächst von Selbstmord aus, doch nachdem sie sich im Haus der Toten umgesehen haben, kommen ihnen starke Zweifel. Hier deutet nichts auf einen Suizid hin. Während Aylas jähzorniger Freund ein eher fadenscheiniges Alibi hat, weist ihr Bruder Hafiz jeden Verdacht empört zurück, dass es sich um einen Ehrenmord gehandelt habe. Währenddessen sucht Jamie Hilfe für das Problem, das Renzulli mit einem Buchmacher hat. Außerdem steht Thanksgiving vor der Tür...
Nachdem ihm der immer dankbare Noble einen Broker-Job beim Schatzmeister Johnny Tesla vermittelt hat, führt Jamies Undercover-Operation ihn immer näher ans finanzielle Zentrum des Safino-Clans. Allerdings ist Johnny rasend eifersüchtig auf jeden, der Nobles Schwester zu nahe kommt. Und die flirtet heftig mit Jamie. Tommy Barrone jr. wurde wegen Autodiebstahls eingesperrt. Danny bietet ihm einen Deal an: Wenn sein Vater, ein lebenslänglich einsitzender Ex-Gangster, aussagt, wo die Opfer zweier Morde vergraben wurden, kommt der Sohn glimpflich davon. Danny und Sam sollen Barrone sen. begleiten.
Ein Informant von Erin wurde ermordet. Jetzt muss Danny herausfinden, ob er getötet wurde, weil er für die Polizei gearbeitet hatte. Als ein Video auftaucht, auf dem ein Polizist einen alten Mann verprügelt, schaltet sich Frank in die Sache ein. Der Cop behauptet Frank gegenüber, dass das Video so geschnitten wurde, dass der Eindruck entstehen musste, er behandle den Mann besonders brutal. Nachdem Frank das ungeschnittene Original-Video von dem Journalisten erhält, der es an die Öffentlichkeit gebracht hatte, steht er zu dem Polizisten.
Danny und Jackie untersuchen eine Schießerei in einem Diner. Ein Zeuge sagt aus, dass ein Uniformierter vom Tatort geflohen sei, nachdem die tödlichen Schüsse gefallen waren. Danny findet heraus, dass es sich bei dem Geflohenen um den Hilfspolizisten Mike Galatis handelt, der wahrscheinlich in illegale Waffengeschäfte verwickelt ist. Jamie muss zusätzlich Geld verdienen, um sein Harvard-Studiendarlehen zurückzahlen zu können. Zusammen mit Anthony Renzulli nimmt er einen Malerjob nach Feierabend an.
Danny ist mit Linda und den Kindern gerade auf dem Rückweg von einem Familienessen, als ihm jemand ins Auto läuft. Als Danny sich um den Verletzten kümmern will, schießt ein Mann, der den Verunglückten verfolgt hatte, auf die beiden. Fast hätte die Kugel Dannys Kinder im Wagen getroffen. Als Jackie und Danny später versuchen, den Schützen zu finden, verkündet Linda, dass sie es leid sei, immer nur die zweite Geige hinter dem NYPD zu spielen. Frank beginnt eine Psychotherapie, um den bevorstehenden Tod eines alten Kameraden zu verkraften.
Nachdem eine sehr vermögende Frau an einer Herzattacke gestorben ist, behauptet deren exzentrische Tochter, Gott habe zu ihr gesprochen und ihr mitgeteilt, ihr Stiefvater habe ihre Mutter ermordet. Danny und Jackie müssen ihre Skepsis überwinden und trotzdem ermitteln. Währenddessen bittet der Erzbischof Frank um Unterstützung: Er soll herausfinden, ob ein Priester aus der Gegend, der heiliggesprochen werden soll, in den 60er Jahren eine Straftat begangen hat. Widerstrebend geht Frank Gerüchten nach, dass der Priester in seinem Protest gegen den Vietnam-Krieg zu weit gegangen sei.
Die Familie eines mexikanischen Immigranten wird ausgeraubt und geschlagen. Danny und Jackie werden zum Tatort gerufen, nachdem einer der Täter erschossen wurde. Die Reagans diskutieren, wie weit sie gehen würden, um die eigene Familie zu verteidigen. Nachdem eine College-Studentin bei einer Demonstration verhaftet wurde, bekommt Frank Probleme wegen der geheimen Identität des Mädchens.
Danny und sein Partner sind undercover unterwegs, um einen Drogen-Dealer zu überführen. Über die Funkverbindung erleben sie mit, wie ihr Kollege und Freund Juan Cruz und sein Partner, die auch undercover ermitteln, erschossen werden. Danny ist danach wie besessen von dem Gedanken, den Mörder zu finden. Doch Angst und falsch verstandene Loyalität innerhalb der Polizei behindern die Ermittlungen. Schließlich greift Frank ein und setzt die Aufklärung des Polizistenmordes ganz oben auf die Prioritätenliste.
Jamie bekommt einen Anruf von Bianca Sanfino. Sie teilt ihm mit, dass Johnny Tesla tot ist und ihre Familie wegen der Vorfälle während seiner Undercoverarbeit davon ausgeht, er trage die Verantwortung dafür. Jamie fährt zu ihr und findet sie in Todesangst vor. Währenddessen entgeht die Journalistin und gute Freundin von Frank Reagan, Melanie Maines, nur knapp einem Anschlag. Franks rechtzeitiges Einschreiten verhindert das Schlimmste. Der Polizeichef beauftragt Danny, der Sache nachzugehen. Doch Melanie reagiert zurückhaltend, weil sie nicht verraten will, an welcher Story sie gerade arbeitet.
Während Erin die Strafsache einer Frau verfolgt, die beschuldigt wird, ihren Ehemann getötet zu haben, wird auch deren Anwalt Roger Kelly ermordet. Der hatte noch kurz vorher behauptet, ein mysteriöser Mr. M. könnte den Mord begangen haben. Und tatsächlich findet Danny, der die Ermittlungen in diesem Fall übernimmt, Hinweise, dass es so gewesen sein könnte. Doch als er vor Gericht seine Aussage macht, gerät er mit Erin aneinander. Jamie, der den Prozess beobachtet hat, fühlt sich in seiner Entscheidung bestätigt, das Jurastudium aufzugeben.
Frank, der Bürgermeister und Reverend Potter fördern mit großem Einsatz ein Waffenrückkaufprogramm, bei dem versprochen wird, keine Fragen zur Herkunft der Waffen zu stellen. Doch dann wird beim NYPD eine Waffe abgegeben, die bei einem Raubüberfall benutzt wurde. Danny, der in dem Raubüberfall ermittelt, gerät in eine schwierige Lage: Der Officer, der die Waffe entgegengenommen hat, hat ein Foto des Mannes gemacht und gibt es Danny.
Jamie hat ein Baby aus einem brennenden Gebäude gerettet. Als die Presse wissen will, wer dieser heldenhafte Retter ist, muss sich Frank etwas einfallen lassen, damit Jamie und dessen Undercover-Auftrag nicht durch eine Helden-Geschichte in den Medien gefährdet werden. Der 12-jährige Sohn eines Feuerwehrwehrmanns glaubt nicht, dass sein Vater Selbstmord begangen hat. Er bittet Danny inständig, den Fall noch einmal aufzurollen. Danny tut ihm den Gefallen und entdeckt tatsächlich eine Menge Ungereimtheiten.
Erin hat eine Anklage gegen Mitglieder der russischen Mafia vorbereitet. Doch der Kronzeuge zeigt Nerven, als es zur Aussage kommen soll. Erin beruhigt ihn und verschiebt die Befragung auf den folgenden Tag. Doch der Zeuge wird ermordet. Daraufhin setzt sich Erin mit einer anderen mutmaßlichen Zeugin in Verbindung. Die Frau leugnet lange, irgendetwas zu wissen. Doch dann kann Erin sie davon überzeugen, eine Aussage zu machen, indem sie ihr verspricht, sie unter Polizeischutz zu stellen. Dannie und Jackie sollen persönlich für die Sicherheit der Zeugin sorgen.
Danny und Jackie untersuchen den Tod eines Wall-Street-Bankers. Der Fall birgt einige Auffälligkeiten: Der Mann weist Verletzungen auf, die auf einen Kampf hindeuten. Eine Spur führt die Ermittler in einen illegalen Fight-Club. Die Untersuchung ergibt außerdem, dass der Mann unter Drogen stand und sich deshalb nicht verteidigen konnte. Währenddessen stellt Frank Jamie unter Hausarrest, weil bekanntwurde, dass die Sanfinos einen Anschlag auf ihn planen.
Ausgerechnet am Muttertag erfährt Frank, dass möglicherweise ein Anschlag mit biologischen Kampfmitteln auf New York City stattfinden soll. Um eine Massenpanik zu vermeiden, entschließt Frank sich dazu, Stillschweigen zu bewahren, bis mehr über das Vorhaben bekannt ist. Danny bittet die Polizeistreifen, nach dem möglichen Attentäter Ausschau zu halten. Jamie kann ihn tatsächlich aufspüren und verbucht den Erfolg auf sein Konto. Doch auch Danny reklamiert die Festnahme für sich. Ein lange schwelender Konflikt zwischen den Brüdern kommt zum Ausbruch.