Morgens gegen 07:00 Uhr entgleist an der Westküste ein Pendlerzug - alles deutet auf einen terroristischen Anschlag hin. Jack Bauer ist in seiner neuen Funktion als Vertreter des US-Verteidigungsministeriums gerade auf dem Weg zu einem Meeting mit dem CTU. Dort angekommen wird er sofort in die Arbeit der Einheit verwickelt, denn ein zweiter Anschlag durch türkische Topterroristen soll unmittelbar bevorstehen...
Jack Bauer wird provisorisch wieder als CTU-Agent aktiviert, um Andrew Paige in Sicherheit zu bringen. Verteidigungsminister James Heller und seine Tochter Audrey werden währenddessen vom Terroristen Omar und dessen Helfern in einer alten Lagerhalle gefangen gehalten.
Chloe hilft Jack weiterhin, obwohl er zögert, das Leben ihres alten Freundes Andrew zu retten. Ihre Chefin Driscoll vertraut Jack nicht mehr. Der verfolgt die Spur der Terroristen derweil weiter, auch wenn er zu drastischen Mitteln greifen muss.
Jack überfällt einen Gemischtwarenladen, in dem sich der Terrorist Kalil aufhält, um diesen dort festzuhalten und Zeit zu gewinnen. Verteidigungsminister Heller täuscht seinen Bewachern einen Herzinfarkt vor, um gemeinsam mit Audrey zu entkommen...
Kalil erkennt, dass er verfolgt wird, und beendet durch einen spektakulären Unfall sein Leben, um die CTU nicht zu Omar zu führen. Verteidigungsminister Heller und seine Tochter versuchen sich unterdessen das Leben zu nehmen, um dem terroristischen Schauprozess, den Omar plant, zu entgehen.
Jack Bauer schafft es in letzter Minute, den Verteidigungsminister und Audrey aus den Händen der Terroristen zu befreien. Audreys Ehemann Paul kommt nach L.A., um seine Frau zurückzuerobern. Derweil erteilt Navi Araz einem Killer namens Tariq den Auftrag, seinen Sohn Behrooz zu töten.
Nachdem die Experten in der CTU erkannt haben, dass die Terroristen einen Anschlag auf US-Kernkraftwerke planen, beginnt ein Wettlauf mit der Zeit: Die Terroristen versuchen, die Kontrollsoftware der Reaktoren zu manipulieren, um eine Kernschmelze in die Wege zu leiten. Derweil unternimmt die CTU alles, um die Katastrophe doch noch abzuwenden...
Der CTU ist es gelungen die meisten Atomkraftwerke vom Netz zu nehmen. Doch sechs Kernreaktoren sind nach wie vor unter der Kontrolle der Terroristen. Derweil erhärtet sich der Verdacht, dass es eine undichte Stelle in der CTU-Zentrale gibt. Immer wieder sickern geheime Informationen nach draußen...
Jack und Tony machen sich auf die Suche nach einer Frau, die Powell mehrmals angerufen hat. Währenddessen versucht Edgar, seine Mutter zu retten, welche sich in einem äußerst kritischen Gebiet befindet.
Jack versucht, Behrooz aus der Gewalt von Navi zu befreien, damit Dina endlich anfängt zu reden. Derweil beginnt Curtis in der CTU damit, Marianne zu verhören – viel weiß sie jedoch nicht.
Die CTU steht kurz davor, das Kontrollgerät zu finden, doch noch immer stellen sich die beiden einzigen Zeugen, Paul Raines und Dina Araz, quer. Jack bzw. Tony müssen bei ihren Verhörmethoden auf andere Mittel zurückgreifen…
Jack und Paul machen sich auf den Weg zu Marwans Arbeitsplatz, um seinen Computer nach Dateien zu durchsuchen. Derweil versucht Heller Driscoll davon zu überzeugen, nach dem Tod ihrer Tochter lieber nach Hause zu gehen.
Jack und Paul sind im Gebäude von McLennan-Forster und versuchen, mit dem Dokument zu fliehen. Dies ist jedoch nicht ganz leicht, da Conlon bereits seine eigenen Truppen angefordert hat. In der CTU gibt es derweil einige Spannungen zwischen Tony und Michelle…
Paul wird in der CTU operiert. Derweil hat die CTU einen Kontaktmann von Marwan gefunden und versucht, ihn mit Hilfe von Dina Araz auszutricksen…
Mitch Anderson macht sich auf der Air Force-Basis bereit, mit einem Jet abzuheben. In der CTU wird Behrooz derweil verhört – jedoch ist er sehr unkooperativ. Marwan, welcher Jack noch immer in seiner Gewalt hat, schlägt einen Tausch vor…
Nachdem Marwan noch immer auf der Flucht ist, trifft sich Jack mit einem FBI-Agent in Mitch Anderson’s Wohnung. Die CTU hat erfahren, was Anderson vor hat…
Nachdem Air Force One abgestürzt ist, gibt es einige offene Fragen: Lebt der Präsident? Und Wo ist Marwan? – die wichtigste ist aber wohl: Wo ist der nukleare Football – jenes Gerät, mit dem der Präsident die Kontrolle über das Atomarsenal der USA hat.
Logan wurde zum Präsidenten vereidigt und hat immer mehr Schwierigkeiten, wichtige und vor allem richtige Entscheidungen zu treffen. Die CTU hat einen Mann gefangen nehmen können, der möglicherweise Marwan kennt und weiß, wo sich dieser aufhält, doch ein Verhör ist nicht so einfach wie Anfangs gedacht. Marwan hat sich derweil einen Atombombe beschaffen können…
Präsident Logan ist mit der Tatsache, Präsident zu sein, weiterhin klar überfordert. Seine nächste Amtshandlung: die Verhaftung von Jack Bauer, welche fatale Folgen hat.
Jack findet heraus, wo sich ein weiterer Kontaktmann von Marwan findet. Leider ist er nur schwer erreichbar. Nun liegt es an dem neuen alten Präsidenten Palmer, eine schwere Entscheidung zu treffen…
Audrey zeigt Jack nach seiner Aktion die kalte Schulter. Palmer hat alle Hände voll zu tun, sich mit den Chinesen zu beschäftigen, während die CTU weiterhin nach der Atomrakete und Marwan sucht.
Im Bunker des Weißen Hauses drückt ein Abgeordneter Besorgnis darüber aus, dass Palmer sich hier befindet, wo doch Logan der Präsident ist. Im Lagerhaus zeigt sich Marwan noch immer recht stur, doch die CTU hat eine neue (bzw. alte) Spur: Richard Heller.
Tony wurde von Mandy gefangen genommen – doch noch weiß niemand, wer die Terroristin ist – und vor allem, was bereits alles auf ihr Konto geht. In Washington gibt es immer mehr Konflikte mit den Chinesen. Agent Bern soll nun aus LA ausgeflogen werden, um ein wasserdichtes Alibi zu erhalten.
Mandy redet endlich und sagt, wo sich Marwan befindet. Noch immer ist der Ort, an dem die Rakete einschlagen soll, unbekannt. Die Chinesen fordern nun die Auslieferung von Jack, doch der Sicherheitsberater von Logan hat eine „bessere“ Idee…