Sydney sitzt "The Man" gegenüber, ihrer Mutter. Wie wird sie mit dieser Situation umgehen? Auf welcher Seite steht Laura Bristow alias Irina Derevko? Lebt Micheal Vaughn noch? Und was ist mit Will los...
Sydneys Mutter wird in der CIA übergeben. Sydney ist nicht glücklich über eine erneute Konfrontation mit ihrer Mutter. In der Zwischenzeit wird Sloane ein vollwertiges Mitglied der Allianz….
Sydney muss in Sri Lanka einen Sender an eine Startbereite Rakete anbringen welche ein Gerät ins All befördert das für Sark sehr wichtig ist. Doch Sark bemerkt dass etwas nicht stimmt und initialisiert die Startsequenz als Sydney noch an der Rakete arbeitet...
Sydney entwickelt immer mehr Vertrauen zu ihrer Mutter. Jack versucht dies auf seine eigene Art und Weise zu verhindern. Doch dabei bringt er Sydney in ernsthafte Gefahr...
Sydney soll für SD-6 Pläne für einige „Next Generation“ Waffen stehlen. Doch die Waffen scheinen nicht das zu sein was Sydney erwartet hat. Zudem kommt ihr der Verdacht, dass ihr Vater etwas damit zu tun hat...
Sark ist dabei eine Biowaffe eine unheimlich mächtige Biowaffe zu entwickeln und Sloane hat eine Begegnung mit einer Person, die er für tot gehalten hat....
Vaughns Leben schwebt in höchster Gefahr und die einzige Möglichkeit ihm zu helfen ist die Zusammenarbeit mit Sark. Doch er verlangt etwas von Sydney als Gegenleistung....
Jack, Irina und Sydney begeben sich zusammen auf gemeinsame Mission um sechs nukleare Sprengköpfe aufzuspüren. Und dabei steht ihnen nicht nur der Feind im Weg...
Noch immer sind Sydney und ihre Eltern unterwegs und als sie in Gefangenschaft geraten stellt sich heraus, dass sie Irina doch nicht vertrauen können... oder vielleicht doch?
Sloane ist scharf auf das Abhörsystem "Echelon" der NSA. Als die CIA zunächst verhindern kann, dass er an Echelon kommt, startet Sloane einen neuen Versuch und dabei gerät Marshall in Lebensgefahr...
Marshall, der sich in Gefangenschaft befindet, schwebt in höchster Lebensgefahr. Sydney setzt alles daran ihn zu befreien. Unterdessen muss die CIA verhindern, dass Sloane Zugriff zum Echelon System erhält und benötigt dabei Irinas Hilfe...
Sloane hat eine Frau namens Ariana Kane dazu angesetzt, den Mord an Emily zu untersuchen. Ihr Verdacht fällt sofort auf Jack, von dem sie denkt, dass er etwas verheimlicht. Nun muss Jack sich etwas einfallen lassen, damit er und Sydney nicht als Maulwürfe entlarvt werden...
Die CIA schafft es in Besitz von geheimen Serverdaten der SD-Zellen zu kommen. Gleichzeitig hat der neue SD-6 Chef Geiger herausgefunden, dass Jack ein Maulwurf ist. Als die CIA SD-6 stürmt, schafft Sydney es in letzter Sekunde ihn zu retten...
Die CIA findet heraus, dass es ein Programm namens "Helox" gibt, das Menschen das Aussehen und die Stimme eines anderen Menschen geben kann. Der CIA Agent Lennox ist einer dieser Personen, die gedoubelt wurden. Aber wer ist die andere?
Sark entführt den Mathematiker Neil Caplan. Dieser soll Sloane eine Rambaldi - Maschine zusammen bauen. Währendessen überlegt sich Sydney, ob sie nicht endlich ein neues Leben beginnen sollte - ohne die CIA.
Sloane tut alles um an das zweite Stück eines Rambaldi Manuskriptes zu kommen und Sydney findet heraus, dass irgendjemand Wanzen in ihrer Wohnung versteckt. Doch wer?
Irina schmiedet den Plan, sich in der Unterwelt zu zeigen um Sloane aus seinem Versteck heraus zu locken. Es gelingt ihr und Sloane verlangt ein Treffen mit ihr. Dabei soll der Übergriff der CIA erfolgen - doch nicht alles läuft so wie geplant...
Sydney erkennt, dass ihre Mutter sie hintergangen hat. Schwer enttäuscht macht sie nun eine Hetzjagd auf Sloane, Irina und Sark. Als die CIA die drei endlich gefunden hat, stirbt eine unschuldige Person...
Sydney fasst den Entschluss, endlich etwas gegen die Entführung von Neil Caplan zu tun, der sich noch immer in Sloanes Fängen befindet. Dabei erfährt sie, dass er nur noch 24 Stunden zu leben hat und ihr somit nicht mehr viel Zeit bleibt...
Rambaldi verfasste eine Prophezeiung, die apokalyptische Ereignisse voraussagt - und diese Prophezeiung wird in exakt 48 Stunden eintreffen. Doch dies ist keine leichte Mission, da Dixon noch immer um seine Frau trauert...
Jack verdächtigt Will, dass er das zweite Double ist. Sydney begibt sich auf die Suche nach der DNA der Doubles und trifft dabei auf ihre Mutter, die sie um einen Gefallen bittet...
Sydney findet endlich heraus, wer das zweite Double ist, nachdem sie so lange gesucht hat und bringt sich dadurch in eine gefährliche Situation. Und schließlich stellt sich heraus, dass Zeit wirklich relativ ist...