Nach einem Jahr voller Verwirrung, Betrug, Schmerzen und Verlust muss sich Sydney nun neu Orientieren, deshalb kündigt sie beim CIA...
Sydney ist völlig Perlex, als sie Erfährt, mit wem sie nun in der neuen Untergrund-Organisation des CIA's, APO genannt, zusammen Arbeiten soll. Noch dazu muss sie den Tod einiger geliebten Person verkraften ...
Die APO ist auf den Spuren des Meisterdiebes Bishop, der einen neuen Supercomputer der NSA gesohlen hat, um es einer deutschen Terrororganisation zu verkaufen...
Sydney und der Rest von APO ist hinter einer biologischen Waffe namens ICE her. Um an diese heran zu kümmen, müssen Vaughn und Syd wieder Undercover gehen ...
Syndey und Vaughn sollen eine russische Organisation infiltrieren, und müssen sich dabei als Ehepaar ausgeben...
Eine Droge namens "Nocturne" lässt sogar die stärksten Agenten durchdrehen. Sloane setzt sein Team darauf an, und bringt dadurch nicht nur Sydney in höchste Gefahr...
Sydney und Nadia gehen endlich auf einen gemeinsamen Einsatz und müssen dabei einen hochexplusiven, russischen Sprengsatz nachjagen. Dabei geraten die zwei Schwestern nicht nur in eine riskante Situation...
Sloane wird mit seiner Vergangenheit konfrontiert und muss das Kommando von APO erstmal Jack übertragen. Der Grund: Sydney's Ex - Erzfeindin Anna Espinosa ist wieder aufgetaucht, und bringt Nadia in eine Lebensgefährliche Situation...
Während Nadia im Koma liegt, sollen Vaughn und Sydney mit Sarks Hilfe die Bombe wieder an sich zu bringen. Nur haben sie die Rechnung ohne Anna gemacht...
Während Sydney und die APO hinter dem "Blackwell Index“ her jagen, macht sich Vaughn auf den Weg, um seinen kranken Onkel zu besuchen, nur um dort überraschende Neuigkeiten zu bekommen...
Die APO kommt zu Informationen über eine neuartige Waffe. Sydney soll sie beschaffen und zieht dabei einen Zivilisten mit in ihre Geschäfte. Vaughn versucht weitere Informationen über seinen Vater zu bekommen...
Vaughn bekommt eine wichtige Spur was die Suche nach seinem Vater angeht während Nadjas jemanden trifft, mit dem sie früher Verbrechen begangen hat. Gegen ihren Willen muss sie diese Verbindung nun für die APO ausnutzen...
Nachdem eine Undercover Mission schief geht, wird ein Virus in APO frei gesetzt, während Sydney sich in einer noch misslicheren Lage befindet. Ihre einzige Rettung: Marshall...
Während Vaughn von "Geistern der Vergangenheit" verfolgt wird, bekommt es Sydney mit der Angst zu tun, als sie mit Projekt Nightingale konfrontiert wird. Die Lage scheint aussichtslos...
Vaughn glaubt, dass sein Vater noch am Leben ist. Er will mehr über Bill Vaughn herausfinden und kommt deshalb in eine Situation, in der er gegen die CIA arbeiten muss...
Sowohl Vaughn als auch Syd glauben, dass Sloane hinter den letzten Ereignissen steckt. Als sie die Sache überprüfen, merken sie, dass etwas nicht stimmt. Ist Sloane diesmal wirklich unschuldig? Wer treibt nun das falsche Spiel?
Sophia, die Frau, die Nadja im Waisenheim großgezogen hat, kommt nach L.A. Sloane traut ihr nicht und versucht herauszufinden, wer sie wirklich ist. Dixon arbeitet undercover um mehr über eine Terroristengruppe herauszufinden und gerät dabei in Gefahr...
Syd versucht, den Hydrosek zu bekommen und dadurch schlimmes zu verhindern, während Jack eine sehr gefährliche Heilung für seine Krankheit entdeckt...
Sloane's Doppelgänger versucht eine geheimnisvolle Orchidee zu beschaffen, mit der er dir Bevölkerung unter seine Kontrolle bringen könnte. Die einzige Möglichkeit ihn zu stoppen, liegt in Sloane's Vergangenheit...
Nadja wird verdächtigt, gegen die CIA zu arbeiten und mitgeholfen zu haben, Rambaldiartefakte der DSR zu stehlen. Außerdem kommt ans Licht, was Elena Derevko wirklich im Schilde führt...
Elena Derevko's Plan, die Apokalypse einzuläuten, steht kurz vor seiner Vollendung. Nur eine Person könnte das Rad noch einmal wenden: Irina Derevko. Doch wo wird sie gefangen gehalten?
Elena und Sloane haben den roten Ball des Rambaldidevice über der russischen Stadt Sovogda aufgebaut. Die Menschen dort sind aufeinander losgegangen, die ganze Stadt ist ein Trümmerhaufen. Das APO Team muss nach Russland reisen, um Elena und Sloane davon abzuhalten, das auch mit dem Rest der Welt zu machen...