Während Walt sich mit den Folgen der Casa Tranquila Explosion auseinandersetzen muss, versucht Hank seine Ermittlungen gegen Gus zu beenden.
Während Walt und Jesse sich einen eher ungewöhnlichen Partner für eine neue Geschäftsidee suchen, findet die DEA bei ihren Ermittlungen eine neue Spur.
Nachdem sich Walt einen Plan für das neue Labor ausdenkt, macht sich bei ihm der Verdacht breit, dass der neue Partner Mike ihn vielleicht nur ausnützt. Zur selben Zeit macht sich Marie über Skyler Sorgen.
Die DEA rückt der deutschen Firma, die das Meth Labor beliefert, immer dichter auf die Fersen. Skyler ist beunruhigt und unternimmt den Versuch, ihre zwei Kinder aus dem Haus zu schaffen.
Die Untersuchungen der DEA nähern sich bedrohlich dem Meth Labor. Walt, Jesse und Mike denken sich einen genialen Plan aus, um ihre Vorräte aufzufüllen. Zur selben Zeit versucht Skyler, ihre Kinder bei Marie und Hank unterzubringen.
Um aus dem Drogengeschäft auszusteigen, versuchen Mike und Jesse das Methylamin an einen Konkurrenten zu verkaufen. Als Walt dem Plan jedoch nicht zustimmt, und auch die Ermittlungen der DEA immer näher an sie heranrücken, werden die Zukunftspläne des Meth Labors zerschmettert
Zur gleichen Zeit als Walt verlautbart, dass er alle Chemikalien dazu verwenden will um sein Geschäft zu erweitern, stößt die DEA auf Mike. Als Hank sich dazu entschließt, einen neuen Partner zu finden, muss Mike alles daran setzen, um sich aus der Schlinge zu ziehen.
Nachdem er Mikes Leiche verschwinden lässt, konzentriert sich Walt darauf, alle Kontakte zu eliminieren, die ihn mit Fring verbinden. Als sich die neue Partnerschaft finanziell endlich auszahlt, fragt sich Skyler, ob man jemals genug Geld besitzen kann
Während sich Walt und Jesse langsam an ein Leben außerhalb des Geschäfts gewöhnen, kämpft Hank mit einer besorgniserregenden Spur …
Während Skyler von den Schatten ihrer Vergangenheit heimgesucht wird, verwischt Walt seine Spuren. Jesse kämpft mit seinem schlechten Gewissen.
Jesse entscheidet sich für eine Veränderung, während Walt und Skyler eine unerwartete Nachfrage erfahren.
Jesse will Walts Haus in Brand stecken, wird dabei aber von Hank überrascht. Walt muss sich für seine Familie eine Erklärung dafür ausdenken, warum das ganze Haus nach Benzin riecht. Später schlägt Saul vor, Jesse endgültig zu beseitigen. Unterdessen versucht Hank, Jesse dafür zu gewinnen, dessen ehemaligen Partner zu überführen.
Walt beauftragt Jack, Jesse zu töten. Hank erfährt, dass Walt sein Geld in der Wüste vergraben hat und entwirft einen Plan, um ihn mit Jesses Hilfe zu dem Aufbewahrungsort zu locken und ihn so zu überführen. In der Wüste kommt es zum Showdown zwischen den DEA-Agenten und Jack und seinen Männern.
Nach der Schießerei in der Wüste entführen Jack und Todd Jesse in ihr Labor. Walt will gemeinsam mit seiner Familie alle Zelte abbrechen, aber Skyler und Walt jr. stellen sich ihm entgegen. Als sein Sohn die Polizei anruft, schnappt sich Walt Baby Holly und flüchtet.
Walt muss endgültig abtauchen und versteckt sich in einem abgelegenen Haus in New Hampshire, ohne Kontakt zur Außenwelt. Jesse versucht, sich aus seinem Gefängnis zu befreien, wird aber gezwungen, einem schrecklichen Erlebnis beizuwohnen. Nach einem niederschmetternden Telefongespräch mit seinem Sohn ist Walt bereit aufzugeben.
Walt kehrt noch einmal nach Albuquerque zurück, um seine noch unerledigten „Geschäfte“ abzuschließen. Nach einem kurzen Treffen mit seiner Ehefrau Skyler macht er sich zunächst auf zu seinen ehemaligen Geschäftspartnern Gretchen und Elliot. Danach fährt er zu Jacks Anwesen, um endgültig abzurechnen. Dort kommt es auch zur letzten Begegnung mit Jesse, der immer noch gefangen gehalten wird.