Nachdem Holt in die Abteilung für Öffentlichkeitsarbeit versetzt wurde, lässt die Ankunft des neuen Chefs den Bezirk im Chaos versinken, obwohl sich Terry mit aller Kraft dagegenstemmt. Jake und Amy müssen indes mit den Nachwirkungen ihres „echten“ Kusses zurechtkommen.
Im Bezirk kommt es zu einer weiteren Personalrochade, die die blühende Beziehung zwischen Jake und Amy gefährden könnte. Terry assistiert Holt indes bei einer wichtigen PR-Aufgabe, während Rosa und Gina versuchen, Charles davon zu überzeugen, dass eine Beziehung unter Kollegen eine schlechte Idee ist.
Jake glaubt, Boyle könnte in Genevieve seine Seelenverwandte gefunden haben, weshalb er ein Date zwischen den beiden arrangiert. Rosa muss sich indes mit Diebstahl unter den Bezirken herumschlagen und Holt erbittet Amys Hilfe für eine Imagekampagne.
Die Truppe muss einen Fall um einen Serienkiller aufklären, also bittet Jake Holt um dessen Mithilfe, um die Ermittlung schnell wieder zu beenden. Während Rosa und Amy auf der Wache auf einen alten Konkurrentin treffen, entdeckt Terry eine neue Leidenschaft für sich.
Holt und Jake teilen das Team für das jährliche Halloween-Fest in zwei Gruppen. Es entspinnt sich ein spannender Wettkampf, wer denn nun der beste Ermittler der gesamten Wache ist.
Jake und Charles überzeugen Terry, einen Wochenendtrip mit seiner Familie zu machen, jedoch merken sie schnell, dass sich Terry vielleicht besser ein anderes Wochenende ausgesucht hätte. Auf der Wache bekommt Rosa derweil ein paar Beziehungstipps von Holt, und Amy sagt Gina zu, ihr bei einer Vorstellung zu helfen.
Jake und Amy überreden den Captain, sie gemeinsam an einem Fall arbeiten zu lassen, der sich um eine neue Droge auf den Straßen Brooklyns dreht. Ihre neue Beziehung kommt den beiden aber in die Quere. Währenddessen gerät Charles in Panik, weil er versehentlich eines von Holts wertvollsten Besitztümern zerstört hat. Terry lehrt Rose derweil eine Lektion in Sachen Disziplin.
Terry überlässt es Jake, seine schwangere Frau Sharon zu unterhalten, während er und Rosa nach Rikers gehen, um die Douglass-Street-Morde aufzuklären. Als dann jedoch Sharons Fruchtblase früher platzt als erwartet, entsteht eine Krise auf dem Revier. Auf Grund eines Internetausfalls müssen Amy und Charles derweil den gesamten Papierkram per Hand machen, um zu verhindern, dass die Arrestzellen überfüllt werden und Holt muss sich seinem Ex-Freund stellen.
Um einen internationalen Fall aufzuklären, müssen Jake und Rosa mit einigen schwedischen Ermittlern zusammen arbeiten und schnell entwickelt sich ein Wettbewerb. Amy und Terry bieten Gina ihre Hilfe bei einem großen Test an und Holt bittet Charles bei dem jährlichen Squash-Turnier als sein Partner einzuspringen.
Charles, Gina und Jake sind in einer echten „Die Hard“-Situation während der Feiertage. Terry muss sein Familienweihnachten verlassen um sein Team zu retten. Amy versucht zu beweisen, dass sie genauso tough ist wie Holt und Rosa.
Charles und Genevieve wollen ihre Beziehung weiterführen, doch seine Ex-Frau Eleanor durchkreuzt ihre Pläne. Amy bittet Terry um ein Empfehlungsschreiben, bekommt aber das genaue Gegenteil. Holt und Rosa bitten unterdessen Gina um Hilfe bei der Lösung eines Falls.
Als Captain Holt und Jake sich während einer Ermittlung versehentlich die Mumps einfangen, lassen sie sich gemeinsam in Quarantäne sperren, damit sie zumindest noch den Fall lösen können. Rosa versucht derweil, Boyle durch eine Trauerphase zu begleiten. Und Terry sieht sich dazu gezwungen, ein Chaos zu beseitigen, das Hitchcock und Scully verursacht haben.
Jake und Amy können es kaum erwarten, ihren ersten gemeinsamen Urlaub zu verbringen. Ihr Pläne gehen aber nicht auf, als sie feststellen, dass sich ein alter Gegenspieler von ihnen auf derselben Kreuzfahrt wie das Pärchen befindet. Während Gina und Terry Captain Holt helfen, den Besuch seiner Schwester zu überstehen, sind Charles und Rosa hinter der gleichen leer stehenden Wohnung her.
An seinem Geburtstag bringt Jake Amy mit um seine Mutter kennenzulernen. Doch ein Überraschungsbesuch seines Vaters bringt alles durcheinander. Rosa und Charles haben Schwierigkeiten mit einer neuen Anordnung als sie mit Terry und Gina auf Streife sind.
Das Revier begrüßt die Ermittler der 98. Wache, wodurch Jake auf seinen alten Partner trifft, was Charles wiederum sehr eifersüchtig macht. Der Rest des Teams versucht sich derweil darin, freundlich zu den Gästen zu sein - jedoch mit verhaltenen Erfolg.
Jake macht sich über die Arbeitsweise von Hitchcock und Scully lustig, woraufhin die beiden ihm beweisen wollen, dass sie nicht so unfähig sind, wie er glaubt. Amy und Gina helfen Rosa unterdessen dabei, eine ihrer größten Ängste zu meistern, während Holt und Boyle sich einem Fall um einen Berühmtheit widmen.
Jake weiß nicht, was er mit dem Cop machen soll, der jahrelang undercover arbeitete und nun zu Nine-Nine zurückkehrt. Charles' rebellisches Verhalten gibt Ärger mit dem Pförtner des Reviers. Holt braucht Ginas Hilfe bei der Produktion eines „lustigen und informativen“ Videos mit sich und Rosa in den Hauptrollen.
Holt erlaubt Amy und Jake auf sein Haus aufzupassen während er Kevin in Paris besucht. Doch dann verschwindet unter ihrer Aufsicht Holts geliebter Hund Cheddar. Ein Flirt zwischen Adrian Pimento und Rosa stört Terry und den Rest des Reviers.
Terry möchte seinem alten Revier beweisen, dass er keine Witzfigur mehr ist, also schließt er sich mit Jake zusammen, um einen ungelösten Fall aufzuklären. In der Zwischenzeit zieht Adrian bei Charles ein, mit gemischten Resultaten, während Amy zusammen mit Holt und Rosa eine sehr harte Trainingsstunde absolviert.
Jake soll Rosa dabei helfen, Terrys missbilligende Meinung über ihre schnell voranschreitende Beziehung zu Adrian Pimento zu ändern. Doch ihre Liebe muss pausieren als Adrian glaubt, dass jemand aus seiner Vergangenheit nach seinem Leben trachtet.
Um an Informationen über kriminelle Machenschaften zu kommen, muss Amy in einem Frauengefängnis undercover gehen und sich mit einer der Insassinnen anfreunden. Holt und das Team planen währenddessen eine falsche Beerdigung um einen Auftragskiller zu stellen.
Noch immer ist Pimentos Leben in Gefahr und Captain Holt sucht Hilfe bei einem alten Freund beim FBI. Inzwischen hat Amy einen Durchbruch während sie undercover ermittelt und Terry und Gina kommen einer undichten Stelle in der Abteilung auf die Spur.
Im Finale der dritten Staffel, muss das Polizei-Büro zusammenstehen, um Holt zu retten. Ein Versuch von Holt Adrian Pimentos Auftragskiller zu finden geht schief.